核糖体图谱技术在植物学研究中的应用

随着高通量测序技术的持续发展和进步,开发出很多新颖的测序技术,为诸多悬而未决的生物学难题提供了解决方案。其中,核糖体图谱技术能够在全基因组水平和单核苷酸分辨率上监控细胞内的翻译事件,填补了转录组学和蛋白质组学研究之间的空隙。核糖体图谱技术不仅能够鉴定处于翻译状态的RNA分子,还能够精确定位RNA分子上正在翻译的核苷酸,进而准确描绘RNA分子上的开放阅读框。此外,结合转录组测序数据,核糖体图谱技术还可以确定每个转录本上的核糖体数量,从而计算每个转录本的翻译效率。目前,核糖体图谱技术已成功应用于动物、植物和微生物等研究领域,加深了人们对翻译调控机制的认识。然而,由于植物细胞和组织的特性,核糖体图谱技术在植物学研究中的应用仍然存在局限。该文综述了核糖体图谱技术的实验原理,以及在植物学研究中的相关进展。     

尖锐湿疣病变的人乳头瘤病毒6型L1序列多态性分析

采用PCR方法从协和医院尖锐湿疣患者皮损中检测人乳头瘤病毒(HPV),并通过限制性片断长度多态性分析分型发现,HPV6型为主要感染型别,其次是HPV11型.根据临床特征选择主要致病型HPV6 8个分离株,扩增L1晚期基因,构建重组测序质粒,双脱氧法测序并分析L1区的核苷酸和氨基酸序列变异状况.结果表明,HPV6L1基因序列发生碱基替换的区域主要有四个区,包括SR1(5911～6104),SR2(6217～6273),SR3(6540～6661)和SR4(7062～7250).少数的碱基替换导致错义突变,推导的蛋白质一级结构中有0～3个氨基酸发生变异,但抗原性强弱与原型HPV6基本一致.     

云南元江普通野生稻穗颈维管束和穗部性状的QTL分析

以云南元江普通野生稻为供体亲本,籼稻品种特青为轮回亲本构建高代回交群体,用SSR标记构建连锁图谱,在第1、2、3、4、7和10染色体上定位到7个控制穗颈大维管束数的QTL,在第1、2、3、4和8染色体上定位到5个控制穗颈小维管束数的QTL,在第11和12以外的10条染色体上,共定位到15个控制穗一、二次枝梗数和穗颖花数QTL。来自野生稻的等位基因大多表现负效,能显著减少群体的穗颈维管束数、枝梗数和颖花数,说明从野生稻演化成栽培稻的过程中,可能淘汰了一些对产量不利的QTL,保留了有利的QTL。相当一部分控制穗颈维管束数、枝梗数及颖花数的QTL在染色体上成簇分布或紧密连锁,且加性效应的方向一致,从理论上解释了这些性状表型显著相关的遗传基础,同时也说明在人工选择或自然选择下,这些性状可能存在平行进化或协同进化的关系。     

新型戊肝病毒ORF3和部分ORF1基因的序列分析

用RT－PCR方法对2例感染新型HEV的样品进行了检测,并对PCR产物进行了克隆及测序。检测结果显示用常规PCR检测易造成ORF3中GC丰富区的缺失,但不同于已报道的HEVⅠ型、Ⅱ型和Ⅲ型,为一新的基因型。T1和T11与Ⅰ型在该区的核苷酸同源性为79％－82％;与Ⅱ型的同源性为80％－81％;和Ⅲ型的同源性为83％－85％。     

基于生态通道模型的北部湾渔业管理策略的评价

北部湾位于南海17°00′-21°45′N,105°40′-110°10′E,为中越两国共同管辖的天然半封闭海湾。根据1997-1999年在北部湾进行的渔业资源和生态环境调查数据,利用EwE软件构建了北部湾生态系统的营养通道模型（Ecopath）。在此基础上,以30a为周期,利用Ecosim中的“渔业管理者”模拟了不同管理策略（经济效益最大化、社会效益最大化、生态效益最大化以及综合考虑三者的最佳管理）对北部湾捕捞结构的影响。结果表明：以经济利益最大化为管理策略时会提高所有渔具的捕捞努力量,除了拖网下降43.2%之外;以社会利益最大化为管理策略时模型要求极大地增加小型渔业,尤其是混合渔业的捕捞努力量将上升3.34倍;而以生态稳定性最大化为管理目标时,模型要求所有渔业的捕捞努力量都必须降低甚至停止。以经济和社会利益最大化为管理目标对不同的vulnerability（V＇s）值的反应敏感,高营养级种类减少而低营养级种增加,其中社会利益最大化时系统的营养级最低（2.78）;而生态稳定性和综合管理目标最大化则对不同的敏感度的反应较为一致。综合考虑经济、社会和生态效应的最佳管理策略能满足渔业和保育目标的平衡,有望成为最佳的管理策略。由此可见,多鱼种捕捞策略的模拟是个复杂的任务,目标功能有时互相冲突,而且易受到初始模型条件的影响。     

踝关节镜下微骨折手术与常规开放手术治疗距骨骨软骨损伤疗效比较的回顾性研究

摘要 目的：对比踝关节镜下微骨折手术与常规开放手术治疗距骨骨软骨损伤（OLT）的疗效。方法：回顾性分析2017年5月~2021年5月期间首都医科大学附属北京地坛医院收治的90例OLT患者的临床资料。按照手术方式的不同将患者分为A组（常规开放手术,44例）和B组（踝关节镜下微骨折手术,46例）。对比两组临床指标、视觉模拟评分（VAS）、美国矫形外科足踝协会（AOFAS）评分、踝关节背伸-跖屈活动度、影像学评估结果和并发症发生率。结果：B组术中出血量少于A组,手术时间、下地行走时间、完全负重时间短于A组（P<0.05）。B组末次随访VAS评分低于A组,AOFAS评分高于A组,踝关节背伸-跖屈活动度大于A组（P<0.05）。两组末次随访改良Outerbridge分级、Kellgren-Lawrence分级比例均得到改善,且B组的改善效果优于A组（P<0.05）。B组的并发症发生率低于A组（P<0.05）。结论：与常规开放手术相比,踝关节镜下微骨折手术治疗OLT患者,在恢复踝关节功能、缓解疼痛及促进康复进程等方面疗效更好,同时还可降低并发症发生率。     

IRES介导的非帽依赖翻译调控研究进展

内部核糖体进入位点(Internal ribosome entry site, IRES)是一种存在于RNA内部的特殊功能元件,其可在不依赖5’端帽子结构的情况下直接招募核糖体启动蛋白翻译,已被发现与多种细胞过程密切相关。近来,越来越多的证据表明IRES在环形RNA翻译调控中扮演着极其重要的角色,由此IRES引起人们的极大关注。本文针对目前真核细胞中IRES介导的翻译调控机制进行了综述,并对IRES元件相关生物信息学工具进行了总结。     

生物多样性数据论文发表趋势分析

近年来有关科学数据共享的呼声越来越高, 基于同行评审的生物多样性数据论文也受到越来越多的关注, 并出现了一些专门发表数据论文的数据期刊。本文总结了近年来生物多样性数据发表方面的进展, 选择两本代表性数据期刊(Biodiversity Data Journal和Scientific Data), 分析了它们自创刊以来的发文数量、涉及生物类群、文章浏览量和被引次数等指标。结果显示两本数据期刊的发文量都呈稳步增长趋势, 其生物多样性数据论文覆盖了包括动物界、植物界、真菌界在内的众多生物类群, 文章浏览量和被引次数方面也有可喜的表现, 说明数据论文正在被越来越多的研究者所接受。对文章作者国别的分析则显示了不同地区的研究者在发表生物多样性数据论文或数据共享方面的不均衡。建议相关领域的中国研究者和期刊关注生物多样性数据论文和数据共享政策, 更多地践行数据共享。     

有希望成为治疗靶标的人乳头瘤病毒蛋白

人乳头瘤病毒(HPV)的持续感染是引起宫颈癌的致病因素之一。HPV基因组是一个约8 kb的双链环状DNA,编码8个病毒蛋白,其中编码E6和E7蛋白的开放阅读框被认为是主要的HPV癌基因。E6和E7在宫颈癌和癌前病变组织中表达;因此,这些蛋白作为研制新型HPV治疗性疫苗的潜在靶标而被广泛研究。在此我们回顾了E6和E7在病毒生长周期和肿瘤发生过程中的表达和功能。我们也探索了其他HPV蛋白的表达和功能,包括那些具有致癌性质的蛋白,同时就这些分子作为治疗性靶标的可能性进行了讨论。