Mg2+依赖性蛋白磷酸酶1δ的生物信息学分析

Mg2+依赖性蛋白磷酸酶1δ(protein phosphatase magnesium-dependent 1δ,PPM1D)作为肝癌潜在的预后标志物和治疗靶点,其致癌机制和预后价值仍未完全阐明。为了全面认识PPM1D,使用生物信息学方法,对PPM1D蛋白的序列同源性、组织表达、亚细胞定位、理化性质、空间结构及蛋白质相互作用网络进行分析。结果表明:人PPM1D基因编码605个氨基酸组成的多肽,与物种进化程度一致,属于PP2C蛋白超家族,是碱性不稳定的亲水蛋白,无信号肽和跨膜区域;PPM1D蛋白主要定位于细胞核内,其主要二级结构为随机卷曲,存在磷酸化、乙酰化、甲基化和泛素化位点,与PPM1D相互作用的蛋白主要是细胞周期检查点蛋白和细胞损伤修复相关蛋白。根据分析结果阐述了PPM1D蛋白与癌症的相关性以及PPM1D蛋白作为癌症标志物的理论基础,为进一步研究该蛋白及其参与的信号通路提供一定的借鉴和参考。     

SHCBP1:乳腺癌治疗候选靶点和潜在预后标志物

探讨SHCBP1在乳腺癌及其不同亚型中的表达特征和预后价值。利用Oncomine, bc-GenExMiner v4.2, Kaplan-Meier plotter, GSE41994及STRING数据库分析乳腺癌病人SHCBP1的mRNA表达水平及其与乳腺癌患者生存率的相关性等。结果:(1)乳腺癌组织中SHCBP1的mRNA水平明显高于正常组织样本,但不同分子亚型的乳腺癌患者中SHCBP1的表达水平不同;(2)SHCBP1表达升高可导致Luminal A亚型更短的无转移生存期(Distant metastasis-free survival,DMFS)和无病生存期(Disease-free survival, DFS);(3)在雌激素受体阳性(ER+)、孕酮受体阳性(PR+)亚型、仅接受辅助化疗、仅接受辅助化疗的ER(+)与接受包括或排除内分泌治疗乳腺癌患者中,SHCBP1表达升高则无复发生存率(Relapse-free survival,RFS)显著缩短;(4)SHCBP1和CDC45 mRNA表达水平之间呈正相关,并可能与KIF23等10种蛋白相互作用。结论:SHCBP1是一种很有前景的乳腺癌预后指标和潜在的治疗靶点。     

乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异分析

[目的]基于GEO数据库中乳腺癌相关基因表达谱芯片,探讨乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异.[方法]收集2016年10月～2017年10月于医院进行乳腺癌根治术患者乳腺癌组织及其对应正常乳腺组织,共213对样本.GEO数据库提取乳腺癌相关基因表达谱芯片数据,根据筛选基因对应基因差异倍数(FC)对数值,定义表达上调和下...     

重症急性胰腺炎患者肠道菌群和代谢产物的变化特征及其与病情的相关性

目的 研究重症急性胰腺炎（SAP）患者肠道菌群和代谢产物的变化特征及其与病情的相关性。方法 选择2017年8月至2021年8月期间丽水市中心医院消化科收治的SAP患者作为SAP组,轻症急性胰腺炎（MAP）患者作为MAP组,同期体检的健康志愿者作为对照组。收集全部入选对象粪便标本检测肠道菌群失调情况。收集入选对象血清标本检测二胺氧化酶（DAO）、D-乳酸（D-LA）、肿瘤坏死因子-α (TNF-α)、高迁移率族蛋白B1(HMGB-1)、白介素（IL）-6、IL-8的水平。采用急性生理与慢性健康评分（APACHE-Ⅱ评分）、急性胰腺炎严重程度床边指数评分（BISAP评分）、全身炎症反应综合征评分（SIRS评分）评价SAP的病情,采用28 d生存情况评价SAP患者的短期预后。结果 SAP组的肠道菌群失调发生率及血清DAO、D-LA水平均高于对照组和MAP组（均P<0.05）。SAP组中肠道菌群失调患者的血清DAO、D-LA、TNF-α、HMGB-1、IL-6、IL-8水平及APACHE-Ⅱ评分、BISAP评分、SIRS评分、28 d累积病死率均高于肠道菌群正常患者（均P<0.05...     

基于质谱技术的肺癌代谢标志物筛选研究进展

肺癌早期诊断可显著改善患者预后,提高患者生存率。肺癌发生发展进程伴随机体代谢物变化,因此通过对体内代谢通路的全面检测,进而结合生物信息学工具分析代谢应答变化,可高效筛选肺癌相关代谢标志物,有助肺癌早期发现。近年来已开发多种代谢检测技术用于肺癌代谢标志物筛选,其中质谱技术在检测的灵敏度、特异性、分析速度、多指标平行检测等方面展现出显著优势,因此在癌症诊断、疾病监测和治疗等领域有重要地位。该文概述了质谱技术方法在肺癌临床诊疗应用中的最新研究进展,并对应用质谱方法学研究生物标志物的前景进行了系统性展望。通过对近期研究的深入了解,预期将进一步理解肺癌代谢特征,为肺癌早期诊断和治疗提供精准评估技术手段。     

一种基于13个基因的结直肠癌预后风险预测模型的开发和验证

结直肠癌（colorectal cancer,CRC）是全球范围内最常见的消化道恶性肿瘤之一,鉴于基因的异常表达在CRC发病机制中的关键作用,本研究旨在开发一种多基因预后风险预测模型以对CRC患者的生存结果进行分层和预测。在3个独立的转录组数据集中鉴定人类CRC肿瘤组织样本和正常结直肠组织样本之间的显著差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）;基于219个重叠的DEGs,通过单因素Cox回归分析鉴定出31个具有预后价值的基因;采用LASSO Cox回归分析构建一个由13个基因组成的预后模型,其预后预测效果通过KM(Kaplan-Meier)生存分析和时间依赖性ROC分析在验证集中得到验证。多因素Cox回归分析表明,基于该模型的风险评分可以作为CRC患者生存结局[包括总生存期（overall survival,OS）、无病生存期（disease free survival,DFS）和疾病特异性生存期（disease special survival,DSS）]的独立预测因子。功能分析表明,该模型与CRC患者的免疫状态和化疗反应密切相关。此外,...     

基于甲基化组学数据建立并验证肝细胞癌预后评价模型研究

利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）预后相关模型是当前的研究热点。利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库（TCGA-LIHC）和基因表达综合数据库（GSE136380）甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE136380数据差异甲基化CG位点,采用wgcna包对GSE136380进行加权基因共表达网络分析,确定三者交集为关键甲基化CG位点集,共获得83个甲基化CG位点。利用LASSO-COX风险比例回归分析筛选出6个甲基化CG位点,包括cg15744128、cg24282479、cg17922226、cg13090969、cg23505966和cg08708079,构建并验证HCC外科切除术后的预后模型。拟合模型在训练集中1、3和5年的AUC分别是0.756(95%CI:0.644～0.876)、0.749(95%CI:0.638～0.854)和0.797(95%CI:0.661～0.920);测试集中1、3和5年的AUC分别为0.848(95%CI:0.680～0.990)、0.833(95%CI:0....     

RET原癌基因在甲状腺癌中的研究进展

原癌基因RET(rearranged during transfection)在1985年被鉴定,随后,在甲状腺乳头状癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）中发现了不同类型的RET/PTC染色体重排。在遗传性和散发性的甲状腺髓样癌（medullary thyroid carcinoma, MTC）中发现RET点突变基因。与PTC中RET的变化存在不同,MTC中RET的活化主要通过激活点突变。RET不同类型的重排活化与甲状腺癌的高发密切相关,RET不同的活化机制需对应不同的治疗对策。讨论了RET原癌基因在甲状腺乳头状癌和甲状腺髓样癌中的致病、诊断和预后的作用,以期为RET活化引起的甲状腺癌的治疗提供理论依据。     

心室壁机械感受性反射敏感性与急性心肌缺血预后之间的关系

急性心肌缺血并发致命性心律失常和心源性休克是患者死亡的主要原因。近年来的研究表明,急性心肌缺血所引发的植物神经反射与心肌缺血预后之间关系密切。本研究在以往对心室壁机械感受性反射敏感性（ＶＭＲＳ）研究的基础上,通过观察ＶＭＲＳ与心肌缺血预后之间的关系,...     

ras基因和表皮生长因子受体在胃癌中的表达及其病理临床意义

应用免疫组化方法检测ｒａｓ基因蛋白和表皮生长因子受体（ＥＧＦＲ）在７５例胃癌组织中的表达,研究它们与胃癌病理特征及预后关系。７５例胃癌ｒａｓ基因表达阳性率为４６．７％,与胃癌的分化程度,生长方式,浸润深度和淋巴转移呈明显正相关（Ｐ＜０．０５）;ＥＧＦＲ表达阳性率６１．３％,癌旁组织及新生血管有阳性表达;ＥＧＦＲ表达与胃癌大体类型,分化程度,生长方式和淋巴结转移呈正相关（Ｐ＜０．０５）;ｒａｓ蛋白表达与ＥＧＦＲ表达有明显关系（Ｐ＜０．０５）;Ｋａｐｌａｎ－Ｍｅｉｅｒ生存分析ｒａｓ蛋白和ＥＧＦＲ表达与胃癌的预后有明显的关系（Ｐ＜０．０１）。两者表达的检测有助于判断胃癌的恶性程度和预后估计。