基于生物信息学分析KCNQ1OT1在胃癌中的作用

长非编码RNA KCNQ1OT1在多种肿瘤中高表达,但是在胃癌中的研究较少并且研究结果不一致,其在胃癌中具体的作用机制也缺乏相关研究。通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)公共数据库分析发现:KCNQ1OT1在胃癌中普遍高表达,且高表达KCNQ1OT1的胃癌病人预后不良,它与胃癌多种临床因素密切相关,尤其是与TP53的突变有明显的相关性,而且其表达与免疫细胞浸润明显相关;KCNQ1OT1在胃癌肿瘤细胞系中普遍高表达,敲低后可抑制胃癌肿瘤细胞的增殖能力,共表达网络分析发现,其表达与肿瘤代谢有密切的相关性;谷氨酰胺酶1(glutaminase 1, GLS1)在胃癌中普遍高表达,与预后不良密切相关,KCNQ1OT1与GLS1的表达具有明显的相关性,敲低KCNQ1OT1的表达可抑制GLS1 mRNA的表达,而过表达GLS1可以部分逆转敲低KCNQ1OT1造成的胃癌细胞增殖能力的下降,因此推测KCNQ1OT1可能通过GLS1调控胃癌肿瘤细胞的生长。本研究通过大数据及实验验证了KCNQ1OT1在胃癌中的表达及功能,提示KCNQ1OT1有可能通过调控谷氨酰胺代谢来促进了胃癌的发生发展,这为分子靶向治疗胃癌的临床研究提供了新的靶点和思路。     

中国西藏发现类三角蚌类祖先闯入非海相领域的证据（英文）北大核心CSCD

新发现的双壳类化石命名为Baxoitrigonia baxoiensis gen. et sp. nov.,产地为藏东八宿林卡家东,化石产于景星动物群之下的拉贡塘组下段,同层位有菊石和其他海相双壳类,时代为晚侏罗世Tithonian期;化石的外部特征很接近于三角蛤类Iotrigonia属,但前闭肌痕特征又相似于类三角蚌类,被认为是三角蛤类闯入非海相领域后演变成类三角蚌类的产物。此发现提供了生物和地层两方面的直接证据,证明非海相类三角蚌类(Trigonioidoidea超科)起源于海相三角蛤类(Trigoniida目),而不是起源于珠蚌类(Unionida目)。海相三角蛤类闯入边缘隔绝的洛隆-八宿地区并演变为非海相类三角蚌类,是一次典型的边域成种事件。     

哈萨克族、维吾尔族正常糖耐量人差异代谢物及肠道菌群的比较CSCD

目的 探讨哈萨克族2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)发病率低于维吾尔族的可能原因,比较两个民族正常糖耐量人群肠道菌群、粪便及血浆代谢物的差异。方法 纳入哈萨克族正常糖耐量人(KNGT组)及维吾尔族正常糖耐量人(UNGT组)各8名,利用超高效液相色谱串联四极杆飞行时间质谱(UPLC-QTOF-MS/MS)对其粪便及血浆样本进行非靶向代谢组学检测,通过Illumina测序平台对其粪便样本进行宏基因组测序,对结果进行Wilcoxon检验及LEfSe差异分析。结果 非靶向代谢组学结果显示,KNGT组人群AICAR(5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷)等5种粪便代谢物及1,7-Dimethylxanthine等5种血浆代谢物水平更高;宏基因组数据分析结果显示Dysgonomonadaceae等6种肠道细菌在UNGT组人群丰度较高,Alistipes putredinis等26种肠道细菌在KNGT组人群丰度较高,通过分析碳水化合物活性酶发现,两组人群糖苷水解酶和糖基转移酶的水平最高。结论 KNGT组与UNGT组人群中粪便、血浆代谢物及肠道细菌的差异可能是哈萨克族T2DM发病率较低的原因之一。     

薰衣草非特异性脂质转移蛋白基因nsLTP2-1和nsLTP2-2的克隆与功能分析

非特异性脂质转移蛋白（nsLTP,non-specific lipid transfer proteins）在植物脂质转运和分泌中发挥重要作用。本研究从薰衣草（Lavandula angustifolia）中克隆到2个II型nsLTP基因,命名为nsLTP2-1和nsLTP2-2,并对其进行功能分析。生信分析表明,nsLTP2-1和ns LTP2-2分别编码119个和117个氨基酸,具有脂转移蛋白（LTP,lipid transfer proteins）保守结构域和8个高度保守的半胱氨酸残基;系统进化分析显示它们处于两个分支,与同科的紫苏（Perilla frutescens）相似性最高。基因表达分析显示2个基因均在花蕾中高表达,在叶片、茎和花瓣中几乎不表达,在花萼中的表达存在差异,nsLTP2-1和nsLTP2-2分别在成熟花萼和幼嫩花萼中表达量更高;2个基因在花蕾和叶片中的表达均受到强光诱导,且在花蕾中的表达均受脱落酸诱导,而叶片中nsLTP2-1和nsLTP2-2的表达分别受茉莉酸甲酯和乙烯诱导。亚细胞定位显示2个nsLTPs均定位在细胞膜和细胞壁上,可能与次生代谢物的转运有关。...     

跑台运动通过依赖p38MAPK信号通路上调FNDC5改善db/db小鼠非酒精性脂肪性肝病

该文旨在探讨8周跑台运动改善Ⅱ型糖尿病小鼠非酒精性脂肪性肝病(nonalcoholic fatty liver disease, NAFLD)的作用及分子机制。将SPF级别的8周龄的雄性m/m小鼠作为阴性对照组(Con组), 8周龄的雄性db/db小鼠随机分为4组:Ⅱ型糖尿病模型组(db组)、Ⅱ型糖尿病跑台运动组(db+EX组)、Ⅱ型糖尿病跑台运动联合p38MAPK抑制剂组(db+EX+SB203580组)、单纯p38MAPK抑制剂组(db+SB203580组),每组各10只。腹腔注射p38MAPK抑制剂2 h后进行跑台运动干预,每天运动干预40 min,每周5天,连续8周。通过小鼠体质量、血糖、肝体比、血脂以及HE、油红和Masson染色评价运动干预对NAFLD的干预效果。通过Western blot和qRT-PCR测定相关蛋白和mRNA表达水平。结果显示, 8周跑台运动可以明显减轻db/db小鼠体质量、血糖、肝体比值的增加,降低小鼠血脂水平。运动干预减少了小鼠肝脏脂肪变性、胶原蛋白沉积及ACC1、SREBF1脂肪从头合成酶的表达水平。单纯p38MAPK抑制剂干预加重了肝脏脂肪变性和...     

非编码RNA调控蛋白翻译与疾病发生

蛋白翻译是细胞生命活动最重要的事件之一.蛋白翻译控制使细胞能够迅速和动态地适应各种刺激,其功能的紊乱将导致疾病的发生.因此,解析蛋白翻译机器及其与疾病发生的联系,是生命科学领域的重要课题.非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)的发现被认为是近年来生物学的一个重大突破,其广泛参与细胞生命活动调控,为深入解析蛋白翻译机器及其与疾病发生的紧密联系带来了机遇.本文系统综述了ncRNA调控蛋白翻译与疾病发生的最新进展.分别从rRNA生成加工与核糖体组装、蛋白翻译起始与延伸、非经典翻译调控等蛋白的全景过程,重点回顾了近年来,新型ncRNA调控蛋白翻译在疾病发生发展中的功能,以及作为基于蛋白翻译的新型靶点和治疗策略.从一个新的维度探讨ncRNA参与蛋白翻译机器精密过程,为基于蛋白翻译控制过程治疗疾病提供新的视角和思路.     

嗜肺军团菌调控宿主非折叠蛋白反应的研究进展

内质网作为细胞内重要的细胞器之一,参与胞内蛋白的成熟及转运,其稳态与细胞的存活及免疫反应密切相关.非折叠蛋白反应是维持内质网稳态的重要机制之一,参与细胞的天然免疫反应,在宿主细胞抵抗病原体入侵中具有重要作用.嗜肺军团菌是一种革兰氏阴性致病菌,能够感染人体肺泡巨噬细胞引起严重肺炎,即军团菌病.在入侵宿主细胞后,嗜肺军团菌通过其Ⅳ型分泌系统将330多个效应蛋白转运至宿主细胞中,干扰宿主细胞的多种细胞进程,以形成其生存和复制所需的场所——含嗜肺军团菌囊泡(Legionella-containing vacuole, LCV).LCV的形成与宿主细胞的内质网密切相关.本文主要从嗜肺军团菌的致病机制、细胞非折叠蛋白反应及其与病原体的关系、军团菌对宿主细胞的非折叠蛋白反应的调控等方面进行综述,以期为揭示病原体与内质网应激之间的关系提供参考.     

基于AAVS1位点构建稳定表达Cas9蛋白的非小细胞肺癌细胞系

该研究旨在利用CRISPR/Cas9介导的同源重组技术将Cas9基因序列整合入非小细胞肺癌A549细胞基因组中的AAVS1位点,建立稳定表达Cas9蛋白的A549单克隆细胞系。该技术避免了Cas9基因随机整合进入基因组带来的潜在风险。通过PCR、Western blot、CCK-8、STR技术分别检测A549单克隆细胞系的插入位点、Cas9蛋白水平、细胞增殖能力、基因编辑能力以及细胞身份信息。上述结果显示,在单克隆细胞系A549 Cas9-copGFP-1中Cas9基因准确插入至AAVS1安全位点并高表达Cas9蛋白,细胞增殖能力未发生改变。此外,该细胞还具有良好的基因编辑能力,细胞身份信息准确无误。总之, A549 Cas9-copGFP-1细胞可用于进一步的基因编辑,为肺癌相关基因的高通量筛选和功能性研究提供一种有力工具。     

小檗碱增强非小细胞肺癌放疗敏感性和下调STAT3信号通路分子水平

目的 探讨小檗碱对非小细胞肺癌放疗敏感性的影响及其作用机制.方法 分别用放疗、小檗碱处理、小檗碱联合放疗非小细胞肺癌Calu-1细胞后,通过MTT法检测细胞活性,流式细胞术检测细胞凋亡.构建Calu-1细胞异位移植瘤裸鼠模型,分别采用放疗、小檗碱处理和小檗碱联合放疗处理异位移植瘤裸鼠后,测量移植瘤的体积和质量;通过HE...     

LncRNA ZNF667-AS1靶向miR-31-5p对食管癌细胞增殖、迁移和凋亡的机制研究

目的 探究长链非编码RNA(lncRNA)ZNF667-AS1通过靶向miR-31-5p对食管癌细胞增殖和迁移的影响及潜在的机制.方法 采用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测ZNF667-AS1在食管癌细胞Eca109、EC1、TE1和正常食管上皮细胞Het-1A的表达水平,并选择表达差异最大的细胞株进行后续实验....