一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用

基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法.     

人类肠道病毒68型3A蛋白可溶区的表达及其结构初步研究

为了解人类肠道病毒68型3A蛋白可溶区的结构,本研究构建了EV-D68 3A蛋白可溶区的原核表达载体,在大肠杆菌中表达、纯化并对其结构进行了初步研究。首先,采用PCR的方法扩增EV-D68 3A(1~61)基因片段,克隆至原核表达载体pET-28a-His-SUMO中,转化进入BL21(DE3)感受态细胞,诱导表达出His-SUMO-3A(1~61)融合蛋白。经Ni-NTA树脂亲和层析初步纯化后得到大量融合蛋白,利用ULP酶酶切去除His-SUMO标签,通过Ni-NTA树脂亲和层析、阴离子交换层析柱、分子筛层析等方法分离标签并进一步纯化目的蛋白。最后通过化学交联反应检测目的蛋白的多聚化状态。结果显示,利用pET28a-His-SUMO-3A(1~61)原核表达载体能够在大肠杆菌中成功表达出大量可溶性的融合蛋白;经过多步纯化方法得到了大量高纯度的目的蛋白,平均每升大肠杆菌可得到约5mg目的蛋白,纯度达95%以上;通过化学交联反应证明了该蛋白的多聚化存在形式。本研究成功建立了EV-D68 3A蛋白可溶区的表达和纯化系统,为进一步获得3A蛋白晶体、研究3A蛋白功能以及设计以3A为靶点的抗病毒药物奠定了基础。     

黄瓜幼苗非结构性碳水化合物代谢对干旱胁迫与CO2倍增的响应

以‘津优1号’黄瓜水培幼苗为试材,采用裂区设计,主区设大气CO2浓度(约380μmol·mol-1)和倍增CO2浓度(760±20μmol·mol-1)2个CO2浓度处理,裂区设无干旱胁迫、中度干旱胁迫和重度干旱胁迫3个水分处理(以PEG 6000模拟根际干旱胁迫),研究了黄瓜幼苗非结构性碳水化合物代谢对干旱胁迫和CO2倍增的响应.结果表明:CO2倍增促进了黄瓜叶片中非结构性碳水化合物(葡萄糖、果糖、蔗糖、水苏糖)的积累,降低了渗透势,提高了黄瓜的耐旱性.在干旱胁迫处理过程中,叶片中蔗糖合成酶、可溶性酸性转化酶和碱性转化酶活性先上升后下降;根中可溶性酸性转化酶和碱性转化酶活性则逐渐上升,蔗糖磷酸合成酶活性先上升后下降.CO2倍增提高了蔗糖合成酶的活性而降低了蔗糖磷酸合成酶的活性,这两种酶和转化酶相互配合,促进了蔗糖的分解和抑制蔗糖合成,导致己糖积累,从而降低了细胞的渗透势,增强吸水能力.因此,CO2倍增能缓解干旱胁迫造成的不利影响,提高黄瓜的耐旱性,并且这种缓解效应在干旱胁迫严重时表现更为明显.     

Association of miR-502-binding site single nucleotide polymorphism in the 3＇-untranslated region of SET8 and TP53 codon 72 polymorphism with non-small cell lung cancer in Chinese population

The objective of this study was to identify whether the miR-502-binding site single nucleotide polymorphism （SNP） in the 3＇-untranslated region （3＇-UTR） of set domain-containing protein 8 （SET8） and the tumor protein p53 （TP53） codon 72 polymorphism were associated with the risk for non-small cell lung cancer （NSCLC）, either in- dependently or jointly, among Chinese people from south- ern Han. The genotypes of SET8 and TP53 codon 72 polymorphisms of peripheral blood DNA were detected using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism and direct DNA sequencing in a case-control study on 164 NSCLC cases and 199 controls. The SET8 TT （odds ratio, OR = 2.173, 95% confidence interval, CI = 1.0454.517） or TP53 GG （OR = 2.579, 95% CI = 1.366-4.870） genotype was associated with an increased risk of NSCLC by comparing with the SET8 CC or TP53 CC genotype, respectively. Similar results were obtained in SET8 recessive model （OR = 2.074, 95% CI = 1.019-4.221, P〈 0.05）, and the dominant and recessive model of TP53 codon 72 were performed, respectively （OR = 1.809, 95% CI = 1.159-2.825, P〈 0.05; OR = 1.933, 95% CI = 1.096-3.409, P 〈 0.05）. In addition, inter- action between the SET8 and TP53 polymorphisms increased the risk of NSCLC in a multiply manner, with the OR being 3.032 （95%CI = 1.580-5.816） for subjects carrying both SET8 TT and TP53 GG genotypes. Therefore, the miR-502-binding site SNP in the 3＇-UTR of SET8 and the TP53 codon 72 polymorphism may he markers of genetic susceptibility to NSCLC in Chinese population, and there is a possible gene-gene interaction in the incidence of NSCLC.     

谈谈美国的转基因玉米

正美国所有的玉米食品(除了甜玉米外,下同)都含有转基因成分,因为法律规定10%的非转基因玉米必须与转基因玉米混种,其结果就是非转基因玉米与转基因玉米混种,混收,混加工,混出口。所谓的BT"毒蛋白"在美国已经不归为农药范畴,没有残留量指标,任何食品和饮用水中的BT蛋白含量已无需监测,不仅不是毒蛋白,而且属于食品蛋白     

电针腧穴联合当飞利肝宁治疗非酒精性脂肪性肝炎的临床研究

目的:探讨电针腧穴联合当飞利肝宁治疗非酒精性脂肪性肝炎(nonalcohlic steatohepatitis,NASH)的临床疗效及其安全性。方法:选择符合2010年非酒精性脂肪性肝病诊疗指南[1]诊断标准的80例非酒精性脂肪性肝炎患者,随机分为联合组(电针联合当飞利肝宁治疗组)和对照组(护肝宁治疗组)各40例,两组患者均在纠正不良生活方式、控制饮食(BMI24)、适量有氧运动等的基础上给予相应的治疗,对照组仅服用护肝宁,3次/d,联合组服用当飞利肝宁及电针腧穴治疗。观察和比较两组的疗效、血清转氨酶、血脂水平、脂肪肝程度变化和不良反应的发生情况。结果:联合组和对照组的治疗总有效率分别为90.0%和62.5%,两组总有效率比较有显著性差异(P0.05)。治疗后,联合组患者的血清转氨酶、血脂水平均较对照组显著降低(P0.05)。治疗中两组均未发现明显不良反应。结论:电针腧穴联合当飞利肝宁对非酒精性脂肪性肝炎有较好的治疗效果,具有很高的临床应用价值。     

NAR患者鼻灌洗EOS与诱导痰EOS的相关性研究

目的:评估非变应性鼻炎(nonallergic rhinitis,NAR)患者全身、鼻腔及下气道嗜酸性粒细胞(Eosinophils,EOS)浸润水平及相关性。探讨EOS在NAR患者鼻腔及下气道的特征及意义。方法:2011年6月~2012年6月在我院就诊的NAR患者241例,同期征集健康对照组222例,所有受试者均进行病史采集、皮肤点刺实验(SPT)、血清嗜酸性粒细胞、鼻灌洗、诱导痰检查。结果:1NAR组和对照组相比鼻灌洗EOS计数、诱导痰EOS比例、血EOS比例均显著高于健康对照组(P均0.01)。2有鼻腔EOS炎症和无鼻腔EOS炎症层的诱导痰EOS百分比阳性率分别为34.7%vs 9.6%(P0.01)。3NAR组鼻灌洗EOS计数和诱导痰EOS比例存在明显相关性(r=0.262,P=0.000),鼻灌洗EOS计数和血EOS比例存在明显相关性(r=0.228,P=0.000),诱导痰EOS比例和血EOS比例存在明显相关性(r=0.291,P=0.000)。结论:NAR患者血液、鼻腔及下气道EOS浸润程度较正常对照组均明显升高,EOS在NAR患者血液、鼻腔及下气道炎症中存在明显一致性,提示NAR是一种全身系统性炎症性疾病;无下气道症状的NAR患者部分存在下气道EOS炎症,鼻腔及血液EOS炎症是导致下气道EOS炎症的主要高危因素。鼻灌洗EOS可能是观测NAR患者下气道炎症及对下气道炎症进行评估和追踪的有效指标。EOS可能是鼻炎、哮喘及血液炎症相关的效应细胞,是上下气道炎症有效生物标记物。     

Livin 蛋白在非小细胞肺癌中的表达及其临床意义

目的：研究livin 蛋白在非小细胞肺癌中的表达及其与非小细胞肺癌的生物学特性及临床预后的关系。方法：通过免疫组化 的方法检测和比较88 例非小细胞肺癌组织和20例癌旁正常肺组织中livin 蛋白的表达,并分析其与非小细胞肺癌的临床病理特 征和预后的相关性。结果：非小细胞肺癌组织及癌旁正常肺组织中livin 蛋白的阳性表达率分别为54.55%和5%,差异有显著统计 学差异(P<0.05)。非小细胞肺癌组织中livin 蛋白的表达水平与淋巴结转移、TNM分期显著相关(P<0.05),但与患者的性别、年龄、 分化程度及病理学类型无关(P>0.05)。Livin 高表达的非小细胞肺癌患者生存时间显著短于livin 低表达的患者(P<0.05)。结论： Livin 蛋白在非小细胞肺癌的发生及发展中起重要作用并与患者的预后相关,可能作为非小细胞肺癌新的防治靶点。     

microRNAs在肝病中的研究进展

非编码小分子RNA(miRNA)调节肝脏生物学功能,大量实验表明,小分子RNA(miRNA)对肝脏病理学中有作用。本文概述了miRNA在肝炎、肝硬化肝病领域的进展。microRNA-122是肝细胞中最丰富的微小RNA,在丙型肝炎病毒复制中起着非常明确的作用。实验数据显示,microRNA-122亦可作为一种可行性的靶向治疗。microRNA-122在其他肝脏疾病中亦有作用。大量研究证明,与肝炎有关的其他类型miRNA的重要调节潜力与酒精性肝炎、代谢综合征和自身免疫过程有关。此外,在动物模型和人类研究中,miRNA系列与肝脏纤维化进程有关联。miRNA在肝脏中的功能与细胞分布重要性以及miRNA潜在地作为细胞与器官联系纽带,循环miRNA作为肝损伤、肝癌疾病早期和进展的生物学标志,这些是值得我们讨论的。重要的是:miRNA在肝脏中的调节作用,代表着未来肝病治疗医疗技术中的一种新方法。