基于小鼠肝细胞癌全转录组测序的Cbx3基因上调表达机制分析

为了探讨染色质盒蛋白3(chromobox 3,Cbx3)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中上调表达的可能机制,通过构建小鼠HCC模型,分别取30 d的瘤体组织和癌旁组织及接种0、3、30 d未成瘤小鼠的肝组织,通过全转录组测序和生物信息学手段分析Cbx3基因在瘤体组织及各对照组织中的表达,并进一步筛选与Cbx3或其编码蛋白有蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)和靶标关系的差异(q<0.05,n=3,下同)表达基因[以下将Cbx3编码蛋白PPI涉及的蛋白的编码基因称Cbx3相关基因(Cbx3-associated gene, CAG)],并分析其功能。结果显示,与对照组相比,瘤体组织中Cbx3上调表达,且存在4个Cbx3转录本及116个CAG。其中转录本NM＿007624.3尽管在各组织中皆有大量表达,但在瘤体组织的表达远高于各对照组织的。GO功能富集分析结果显示,Cbx3基因及CAG主要存在于细胞核中,共同参...     

布氏田鼠冷暴露中褐色脂肪组织的增补及解偶联蛋白基因表达

布氏田鼠 (Microtusbrandti)随机分组暴露在冷环境 [12L∶12D ,(4± 2 )℃ ]中 12h ,1d ,3d ,7d ,14d ,2 1d和 2 8d ;对照组生活在温暖环境下 [12L∶12D ,(2 5± 2 )℃ ]。与对照组相比 ,布氏田鼠的褐色脂肪组织 (BAT)重量在冷暴露 12h～ 3d时降低 ,7～ 2 1d时则增加。 7～ 2 8d冷暴露组动物的BAT总蛋白和总DNA含量均比对照组明显提高。冷环境中的布氏田鼠解偶联蛋白 (UCP)的mRNA随时间的延长而表达上调 ,在冷暴露 2 1d时达到高峰。结果表明 ,冷暴露能够诱导布氏田鼠BAT细胞增补和UCP基因表达 ,从而使适应性产热增加。     

新生隐球菌RBP1基因克隆与功能分析

新生隐球菌是自然界广泛存在的具荚膜的酵母型病原真菌,能侵染人类中枢神经系统引起真菌性脑膜炎,每年导致全球大约18万人死亡。本研究在前期隐球菌交配表达谱的基础上,选择一上调表达的RNA结合蛋白基因（CNAG_04772）,进行克隆和功能分析。结果表明该基因全长2 247bp,cDNA全长1 518bp,编码505个氨基酸组成的蛋白,含有2个RNA识别基序RRM1和RRM2,命名为RBP1。基因表达模式分析表明RBP1在隐球菌酵母细胞、担子以及担孢子阶段都有表达,交配菌丝阶段不表达;亚细胞定位分析表明Rbp1蛋白定位于隐球菌的细胞核和细胞质中。与野生型菌株H99相比,敲除突变体菌株能够交配并产生双核菌丝,但丧失产生担孢子的能力,而互补菌株与野生型菌株H99间无显著差异。致病力测定结果显示,敲除突变体菌株致病性显著降低。     

非洲菊花瓣总RNA提取方法的改进

利用异硫氰酸胍一步法和植物总RNA提取试剂盒（RNeasy Plant Mini Kit）提取非洲菊（Gerbera hybrida）花瓣中总RNA时存在多糖的干扰。实验中利用异硫氰酸胍一步法提取总RNA,在RNA沉淀后,再次加入适量变性液,冻融2次,再加热至45 ℃使RNA完全溶解;试剂盒提取时,适当延长各提取步骤的离心时间,并增加DEPC H2O溶解RNA的时间。通过以上操作方法的改进可排除多糖的干扰,得到高质量的总RNA。为进一步利用Northern杂交技术研究非洲菊中花色素苷基因的表达,进行花色改良提供了方便、有效的实验手段。     

格氏栲幼苗叶绿素荧光和非结构性碳水化合物积累对种子散布位置的响应

植物种子从母树掉落形成土壤种子库时,凋落物或土壤是其最初接触的物理环境,种子所处位置(种子在凋落物上层、土壤表层或凋落物下层)影响了幼苗天然更新进程。模拟格氏栲种子在凋落物上层(种子下层铺垫2和4 cm凋落物)、土壤表层(无凋落物)及凋落物下层(种子上层覆盖2、4、6和8 cm凋落物)等3种不同散布位置,探讨种子散布位置对幼苗叶绿素荧光特性、非结构性碳水化合物、比叶面积、叶干物质含量和养分含量的影响。结果表明:不同散布位置的幼苗单位面积的叶氮含量与可溶性糖、非结构性碳水化合物含量呈显著正相关,与比叶面积呈显著负相关。适宜凋落物覆盖(2和4 cm)的幼苗通过提高叶绿素相对含量、可溶性糖含量、非结构性碳水化合物含量、叶干物质含量和单位面积的叶氮含量和叶磷含量,降低比叶面积等的资源获取策略来实现自身快速生长需求。无凋落物和深层凋落物覆盖(6和8 cm)的幼苗采取高单位重量的叶氮含量和比叶面积,低叶干物质含量和非结构性碳水化合物含量的资源保守型策略以截获更多有效光资源,进而弥补深层凋落物带来的郁闭环境,降低幼苗因“碳饥饿”而死亡的几率。下层铺垫凋落物的幼苗通过在叶片储藏淀粉,降低叶片光合组织消耗能量(低PSⅡ最大光化学效率)等维持幼苗生长。熵值法综合分析表明,浅层凋落物覆盖(2 cm)对格氏栲幼苗生长的促进作用最为显著,未来可通过调节天然林凋落物层厚度以促进格氏栲幼苗生长与更新。     

埃博拉病毒来源miRNA的研究综述

近年来,随着对microRNA（miRNA）的广泛研究,人们发现,不仅有细胞结构的生物具有产生miRNA的能力,无细胞结构的病毒同样具有产生miRNA从而影响自身复制及调控宿主基因表达和信号通路的能力。埃博拉病毒（Ebola virus,EBOV）已经多次导致一定规模的流行,病毒的高致死率和复杂的致病机制引起了人们的高度重视,多项研究指出EBOV具有产生miRNA的能力,且在其感染过程中发挥一定的作用。本文对埃博拉病毒来源miRNA的预测、证实及检测相关研究进行综述,以期为全面了解EBOV来源的miRNA提供参考。     

沉默FNBP1表达诱导7703细胞形态重塑

FNBP1在真核细胞中广泛表达,能通过诱导细胞膜管状化、内陷或变形及后续膜曲率依赖性肌动蛋白聚合过程,参与细胞内吞和运动;还可参与端粒维持及FasL与溶酶体结合过程的调控。研究发现,在肝癌细胞7703中,利用RNA干扰（RNA interference technology,RNAi）技术使内源FNBPI基因表达沉默以后,7703细胞形态发生重塑,由上皮样转变为树状分枝的纤维状,表明FNBP1在细胞形态维持过程中亦具有不可或缺的潜在作用;通过对已知FNBP1蛋白相互作用情况的分析推断,FNBP1可能是通过对肌动蛋白骨架动态组装过程的分子调控参与7703细胞形态的控制。     

辣木叶乙醇提取物对非酒精性脂肪肝小鼠 模型血脂和氧化应激影响的研究

该研究以低剂量(5 mg·kg~(-1))、中剂量(30 mg·kg~(-1))和高剂量(60 mg·kg~(-1))的辣木叶乙醇提取物(EE-MO)干预高脂饮食诱导的非酒精性脂肪肝(NAFLD)小鼠动物模型。结果表明:(1)高剂量的EE-MO显著降低NAFLD小鼠的体重和肝湿重; EE-MO剂量依赖性地降低NAFLD小鼠血清TC、TG、HDL-C和LDLC含量;高剂量的EE-MO除降低上述生化指标外,还显著降低血清中FFA含量。(2) HE和苏丹红Ⅲ染色发现,EE-MO处理后,模型组小鼠的肝脂肪病变和细胞损伤得到显著改善。(3) EE-MO对NAFLD小鼠模型的血脂代谢具有改善作用。(4)高脂饮食诱导小鼠肝脏和血清的ROS和MDA的含量,诱导SOD、POD和CAT活性增加,降低GSH-Px活性。(5)低剂量、中剂量和高剂量的EE-MO依赖性地降低NAFLD小鼠肝脏和血清的ROS和MDA的含量,缓解氧化胁迫。(6)低剂量的EE-MO对SOD、POD、CAT和GSH-Px酶活性无显著影响;中剂量和高剂量的EE-MO处理后,NAFLD小鼠的SOD、POD和CAT酶活性显著下降,GSH-Px活性显著增加; EE-MO可能通过GSH-Px抗氧化酶途径缓解NAFLD小鼠的氧化胁迫。     

RNAi介导的OsBTF3基因沉默及其对水稻籽粒相关性状的影响

为了创制OsBTF3基因沉默的水稻植株、验证该基因在水稻籽粒相关性状中的功能、评价其在水稻遗传改良中潜在的应用价值,设计和合成OsBTF3基因序列的引物、扩增部分基因片段,构建RNAi基因沉默载体、通过农杆菌介导转化愈伤组织、植株再生、潮霉素抗性筛选和PCR验证、定量分析OsBTF3基因表达量,测定转基因水稻籽粒相关性状。结果表明,成功地获得了20个T1代OsBTF3-RNAi转基因株系,OsBTF3基因表达量得到显著的抑制和干扰,抑制效果平均达到85%;与野生型对照株相比,5个所测定RNAi转基因株系的穗长、穗粒数、千粒重和穗粒重等籽粒相关性状明显地减小或降低。因此,RNAi介导的基因沉默导致了OsBTF3基因表达水平抑制以及在籽粒性状中的功能缺失;OsBTF3可能是一个调控水稻籽粒相关性状重要的功能基因。     

结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在利用PacBio单分子实时(singlemoleculereal-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析,进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性。【方法】采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定。通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证。采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA,取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合。进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度,外显子数量与长度,内含子长度,GC含...