基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立

【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。     

人NFE2基因上游增强子lncRNA调控NFE2基因转录和K562细胞增殖

目的 转录因子NFE2的异常表达在许多骨髓增殖性肿瘤患者中被观察到,然而造成这种异常的转录调控机制尚不明确,本研究旨在探究参与NFE2转录调控的元件和分子机制。方法 首先通过公共数据库中ChIP-seq数据和ATAC-seq数据预测NFE2基因的潜在增强子元件,并通过双荧光素酶报告实验进行体外验证。随后,通过PRO-seq和GRO-seq数据结合RACE技术克隆这些增强子RNA转录本,经在线编码潜能预测工具分析认为其为lncRNA,通过RT-qPCR检测该lncRNA在不同白血病细胞系中和这些细胞诱导分化前后的表达变化及其亚细胞定位。最后,通过慢病毒系统在K562细胞中过表达和敲降该lncRNA以探究其功能。结果 鉴定出调控NFE2转录的3个增强子元件,分别位于NFE2转录起始位点-3.6k,-6.2k和+6.3k区域,这些元件插入NFE2启动子上游均能增强下游萤火虫荧光素酶的表达。克隆出-3.6k增强子负链方向的转录本,将其鉴定为-3.6k-lncRNA。本研究发现,该lncRNA在K562、U937和HL-60这3种白血病细胞系中均有一定程度的表达,且均定位于细胞核内。当该lncRNA在K562细胞中过表达,NFE2水平随之提高,细胞增殖和细胞迁移能力受到抑制;当其被敲降时,NFE2水平相应降低而K562细胞增殖能力随之升高。结论 本文鉴定了调控人NFE2基因转录的3个增强子元件和一条增强子lncRNA转录本,并验证了该lncRNA对NFE2转录的正调控作用以及对K562细胞增殖能力具有抑制作用。     

甲基苯丙胺成瘾的表观遗传学机制

苯丙胺类兴奋剂是全世界第二大滥用程度的药物,甲基苯丙胺作为苯胺类兴奋剂中的主要药物,是中国滥用的“头号毒品”。而现有的研究对甲基苯丙胺成瘾机制尚不清晰,且临床上对药物成瘾的治疗依然存在无药可医的局面。因此,发现新的成瘾机制和治疗策略尤为迫切。甲基苯丙胺成瘾与额前叶皮质（mPFC）、中脑腹侧被盖区（VTA）和伏隔核（NAc）中的多巴胺（DA）、谷氨酸（Glu）、去甲肾上腺素（NE）和血清素（SNRIS）等神经递质的异常释放有关。研究表明,这些神经递质受到表观遗传机制中组蛋白乙酰化、甲基化、泛素化和非编码RNA等调节,某些基因的表达在甲基苯丙胺的诱导过程中增强或被抑制,导致甲基苯丙胺依赖性产生。本文将针对表观遗传学对甲基苯丙胺成瘾机制的影响进行着重论述,以期推进临床开发甲基苯丙胺戒断药物的研究。     

核因子E2相关因子2在运动改善非酒精性脂肪性肝病中的作用

核因子E2相关因子2 (nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)信号通路在维持心血管疾病、神经系统退行性疾病以及慢性代谢性疾病中的细胞稳态方面起关键作用。研究表明,以氧化应激、炎症和线粒体功能失调为特征的慢性疾病可通过增加Nrf2表达来恢复机体氧化还原状态,治疗或预防疾病。非酒精性脂肪性肝病（nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）是一种由除酒精以外的其他多种因素导致的以肝脏脂肪变性为特征的慢性代谢性肝脏疾病,其患病率近年来在全球范围内逐渐增加。运动是防治NAFLD的有效手段,可通过运动方式、运动强度、运动环境和运动疲劳等因素影响Nrf2信号通路。本文通过阐述Nrf2信号通路的激活、其调控抗氧化的相关机制以及运动对Nrf2信号通路的影响,以NAFLD的发病机制为基础,探讨运动、Nrf2和NAFLD之间的关系,综述Nrf2在运动改善NAFLD中的作用及相关机制。为运动改善NAFLD的分子机制研究提供理论参考依据。     

氨基酸型肠内营养制剂支持后克罗恩病患者肠道微生物和非靶向代谢组学指标的分析

探讨氨基酸型肠内营养制剂支持后克罗恩病患者的肠道微生物和非靶向代谢组学指标的变化,为该类患者的治疗提供参考。

选择我院收治的20例克罗恩病活动期患者作为研究对象,所有患者均采用氨基酸型肠内营养制剂进行支持治疗。比较患者治疗前后肠道菌群结构、菌群多样性以及非靶向代谢组学检测结果的差异。

治疗后,患者肠道乳杆菌属（t=5.200,P＜0.001）、大肠埃希菌（t=11.974,P＜0.001）、克雷伯菌属（t=15.033,P＜0.001）、糖单胞菌（t=12.166,P＜0.001）、恶臭假单胞菌（t=31.063,P＜0.001）、肠球菌属（t=28.867,P＜0.001）数量均显著升高;同时患者肠道菌群OUTs（t=40.435,P＜0.001）、Observed species（t=5.475,P＜0.001）、Chao1指数（t=12.348,P＜0.001）、Simpson指数（t=2.961,P=0.005）、Shannon指数（t=3.330,P=0.002）均显著升高。相比治疗前,治疗后患者血清以及粪便中的氨基酸、多肽、脂肪酸、胆固醇及碳水化合物水平均显著改善。

氨基酸型肠内营养制剂支持后,克罗恩病患者肠道菌群丰度提高,同时患者脂质代谢的改善可能与氧化应激反应通路相关联。

     

非编码RNA调控真社会性昆虫品级分化和个体分工的研究进展

真社会性昆虫是最具代表性的表型可塑性的研究对象之一,其个体之间分工协作的社会性生活方式增强了整个群体的环境适应性和繁殖力。真社会性昆虫虽然具有相同的遗传背景,个体之间却表现出明显的品级分化和个体分工,这是由环境和遗传共同影响的。表观遗传被认为是应对环境条件下重塑基因表达的主要机制,非编码RNA作为一类广泛参与机体生命活动的不编码蛋白的功能性RNA,在真社会性昆虫的品级分化、个体分工等方面起着重要的调控作用。本文从微小RNA、长链非编码RNA、环状RNA、与PIWI蛋白相作用的RNA等非编码RNA,对蜜蜂、蚂蚁及白蚁等真社会性昆虫的非编码RNA调控机制研究进展进行了综述,以加深对真社会性昆虫内在遗传分子基础的理解和认识,也为害虫防治领域提供新的研发视角。     

Lynch综合征患者肠道菌群特征及其与糖脂代谢水平的相关性

探讨遗传性非息肉性结直肠癌（Lynch综合征）患者肠道菌群特点及其与糖脂代谢指标的相关性。

选取2011年9月至2021年9月我院收治的42例Lynch综合征患者作为Lynch组,并选取42例同期健康体检人群作为对照组。比较两组对象粪便菌群的丰度和多样性,应用Pearson相关性检验分析不同菌属拷贝数与糖脂代谢指标水平的相关性。

Lynch组患者肠道菌群Chao1指数、Ace指数、Shannon指数均高于对照组,Simpson指数低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者HbA1c、TC、TG、LDL-C、FPG、apo-B水平均高于对照组,HDL-C和apo-A1水平低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者粪便中以变形菌门、肠球菌属、埃希菌属、消化链球菌属、韦荣球菌属、不动杆菌属为主要优势菌。Lynch组患者TG水平与乳杆菌属拷贝数呈负相关,与埃希菌属和韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）;HDL-C水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈正相关,与埃希菌属、韦荣球菌属、消化链球菌属拷贝数呈负相关（均P＜0.05）;FPG水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈负相关,与肠球菌属、埃希菌属、韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）。

Lynch综合征患者肠道菌群丰度和多样性低于健康人,其中乳杆菌属、布劳特菌属、埃希菌属等菌群与糖脂代谢具有相关性。

     

从斑点马鲛鱼检出产色素的非OI群霍乱弧菌

作者从斑点马鲛鱼检出一株产褐色色素的非OI群霍乱弧菌,具有这一特点之菌株尚未见有文献报道。虽该菌株未检出有肠毒素,但有溶血素,仍是可疑的腹泻病原菌。     

细菌非编码小RNA研究进展

细菌非编码小RNA(small non-coding RNA, sRNA)是一类长度在50~500个核苷酸, 不编码蛋白质的RNA。迄今, 在各种细菌中共发现超过150多种sRNA。它们通过碱基配对识别靶标mRNA, 在转录后水平调节基因的表达, 是细菌代谢、毒力和适应环境压力的重要调节因子。细菌sRNA的研究技术主要有基于生物信息学的计算机预测法和基于实验室的检测分析方法。这些方法所得到的sRNA都需要进行实验室确认, 然后再进一步通过各种实验手段研究其功能。     

沉默COPB2通过调节AKT信号通路抑制非小细胞肺癌细胞的增殖、迁移和侵袭

目的 查明沉默外被体蛋白复合物亚基β2(coatomer protein complex subunitβ2,COPB2)在人非小细胞肺癌细胞(A549)中的作用及其生物学机制.方法 通过Western blot法检测非小细胞肺癌组织和癌旁组织、正常肺泡上皮细胞和肺癌细胞中COPB2水平.A549细胞用COPB2短发夹...