2012年第10期《遗传》封面说明

近年来,随着牛全基因组高密度SNP芯片的出现,基于牛全基因组信息的研究迅速成为了热点。2008年,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所牛遗传育种研究室在内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区建立资源群体,截止2012年已收集     

茉莉酸甲酯和虫害诱导棉花对棉蚜及其天敌选择行为的影响

以棉蚜及其天敌十一星瓢虫、叶色草蛉为对象,通过Y型嗅觉仪测定了3种昆虫对不同味源物的行为反应。结果表明,健康棉株叶片对棉蚜的吸引作用与虫害棉叶和茉莉酸甲酯(MeJA)处理棉叶未存在显著性差异;十一星瓢虫和叶色草蛉对虫害棉叶的选择性是健康棉叶的2.7和2.2倍(P<0.001),对MeJA处理棉叶的选择性明显高于健康叶片(P<0.001),其中0.02μmol.mL-1处理的棉叶对天敌的吸引力最强,单一的MeJA对十一星瓢虫和叶色草蛉也具有吸引作用。     

基于稀疏表示算法的蛋白质质谱数据特征选择

高维、小样本数据的特征选择方法在蛋白质质谱数据处理分析领域有着广泛应用。本文针对蛋白质质谱特征选择问题,结合稀疏表示这一新理论框架,提出了一种基于稀疏表示的特征选择算法(sparse representation based feature selection,SRFS)。该方法将稀疏表示分类的结果作为评定某一个特征子空间特征相对重要性的度量,然后通过对大量随机采样子空间计算结果的统计,得到特征空间中每个特征的排序,并进一步分析提炼出与肿瘤疾病相关的若干谱峰。通过在卵巢癌公共数据集OC-WCX2a和浙江省肿瘤医院乳腺癌数据集BC-WCX2a上的实验结果表明,SRFS算法可以有效应用于本文所使用的SELDI-TOF蛋白质质谱数据的分析。     

陕西牛背梁自然保护区血雉对栖息地的选择

2009年1月～2010年12月,对牛背梁自然保护区血雉栖息地选择与利用情况进行了调查研究.结果表明,血雉Ithaginis cruentus sinensis David栖息分布于秦岭主脊以南海拔2000～2500 m中山地带、乔木高度较矮(5～10 m)、郁闭度较低(0.3～0.5)、林下灌木稀疏(≤0.2)的针阔混交林中.从地形情况来看,则多活动于山坡的上坡位或梁脊处、坡度相对较为平缓(≤25°)地带的半阴半阳坡.距离水源较远(150 m),对人为干扰的敏感性相对较弱.从对各生态因子的偏好性来看,血雉比较偏好坡度相对较陡(25°～40°)、乔木高度低矮(≤5 m)、郁闭度低(≤0.2)的针叶林,以及盖度在0.3～0.6的竹林、隐蔽性较高(≤5 m)、距离水源较近(50～100 m)的环境,而对其他因子的选择性和偏好性则无差异.主成分分析表明,血雉栖息地选择的主要因子有3种:干扰因子(依次为坡向、植被类型、坡位、乔木高度与人为干扰距离)、隐蔽因子(灌木盖度、竹林盖度、隐蔽性、坡度、乔木郁闭度和水源距离)和食物因子(灌木盖度).人为活动干扰是影响血雉对栖息地各生态因子选择的最根本的诱因.     

Studies on selectable marker for genetic engineering of Zymomonas mobilis ZM4 and CP4 strain

尽管质粒和选择标记的使用作为基因工程最基本的一环而为人们所熟知,但对一些特殊菌种(菌株)或研究很少的菌种(菌株)的基因工程操作来说,质粒和选择标记可能仍然是一个并未完全解决的问题,因而需要不断提高认识、不断改进.运动发酵单胞菌Zymomonas mobilis具有突出的产醇性能,但其多种内源质粒和多种抗性的特点,增加了其基因工程操作时质粒和选择标记选用的难度.本研究在测定四个抗生素即Ap、Cm、Tc、Km对典型菌株ZM4、CP4的最低生长抑制浓度的基础上,初步确定了这两个菌株基因工程操作时的四个抗生素使用浓度依次分别为300、100、25、350μg/mL(ZM4)和500、100、25、250 μg/mL(CP4);并进一步通过穿梭载体pZB21、宽宿主载体pBBR1MCS-2和整合载体pBR328-ldh R-cml - ldhL的转化,初步分析和证明了这些选择标记和在相应抗生素浓度下的效果:首先,对每一个选择标记基因来说,前述抗生素浓度是适于携带此选择标记基因的质粒的转化筛选和相应转化子培养的;其次,在前述抗生素浓度下,综合筛选平板阳性率和转化效率、培养物菌体形态异常程度等指标,四个选择标记基因中,以Cm和Tc抗性标记基因效果最好,Km抗性标记基因居中,Ap抗性标记基因最差.这些结果为ZM4、CP4基因工程遗传改造用抗性标记基因、质粒、抗生素的选择及转化系统的完善奠定了基础.     

家兔支气管败血波氏杆菌重组百日咳杆菌粘附素（PRN）蛋白的原核表达及其间接ELISA方法的建立

目的表达支气管败血波氏杆菌（Bordetella bronchiseptica,Bb）PRN蛋白,并以此建立检测Bb抗体的间接ELISA方法。方法参照GenBank公布的猪源支气管败血波氏杆菌prn基因序列（AY376325）设计了一对特异性引物,PCR扩增出相应的核苷酸片段。将PCR扩增产物连接至原核表达载体pGEX-4T-1中,以E.coli BL21（DE3）为表达菌株进行诱导表达,以纯化重组蛋白PRN作为诊断抗原,通过探索最佳抗原包被量和抗体血清稀释倍数等,建立检测支气管败血波氏杆菌抗体的间接ELISA方法。结果成功克隆了prn全基因序列,并在E.coliBL21（DE3）中获得高效表达,经SDS-PAGE、Western blot分析显示重组蛋白PRN具有良好的抗原性。应用重组蛋白PRN为抗原建立了检测Bb血清抗体的间接ELISA诊断方法。试验确定重组蛋白PRN抗原的包被浓度为500ng/mL,最适血清稀释度为1∶40。结论建立的ELISA检测方法,不仅为Bb抗体检测提供了实用的血清学检测手段,也为进一步开发Bb检测试剂盒奠定了基础。     

使用哈迪-温伯格不平衡检验对QTL进行关联分析(英文)

多位点单体型的可用性对于数量性状位点(QTL)的遗传分析提供了有价值的工具。QTL定位可以通过检测极端群体中一个标记位点的哈迪-温伯格不平衡(HWD)来实现.本文拓展了HWD检验到多个标记位点,通过选择基因型对QTL进行单体型关联分析.我们用分析方法调查了不同遗传率,不同样本大小和不同样本选择阈值对HWD检验的统计功效影响.结果表明HWD检验具有高的功效.一个基于血管紧张素转换酶(ACE)基因的10个SNPs单体型频率的模拟研究用来评估HWD检验的性质.     

凹耳蛙MHCII类B基因第二外显子多态性分析

两栖类正经历全球范围内的种群衰退,很多两栖动物集群灭绝事件与环境病原体(如壶菌(Batrachochytrium dendrobatidis)的侵扰有关。MHC基因的表达产物在有颌脊椎动物免疫应答过程中起关键作用,其多态性通常与动物对疾病的抗性或易感性密切相关,因而被认为是研究动物适应性进化的最佳候选基因之一。本文对中国特有的无尾两栖动物凹耳蛙(Odorrana tormota)MHC II类B基因多态性进行初步研究。首先,利用1对通用引物扩增出凹耳蛙MHC II类B基因exon2长约180bp的DNA片段。在此基础上,利用ligation-mediated PCR进一步获取侧翼未知序列,序列拼接后长2,030bp,包含exon2以及intron1和intron2的部分序列。基于上述序列设计出凹耳蛙B基因exon2特异性引物(IIQ1BU/IIQ1BD),对该物种黄山种群32个样品进行PCR扩增和克隆测序,共获得34个不同的等位基因,等位基因序列核苷酸和氨基酸变异位点的比例分别为16.17%(33/204)和26.87%(18/67),大多数氨基酸变异位点位于推测的抗原结合位点(antigen binding sites,ABS)。每个样品包含2-5个等位基因,结合等位基因序列特征以及cDNA表达分析结果,推测凹耳蛙至少拥有3个可表达的B基因座位。与文献报道的蛙科其他物种比较后发现,尽管凹耳蛙目前的分布区非常狭窄,但其MHC II类B基因多态性明显高于蛙科其他动物。等位基因碱基替换模式提示凹耳蛙MHC II类B基因曾经历过强烈的正选择作用,ABS区的dN值显著大于dS(P<0.05),PAML软件包CODEML程序中不同模型的似然比检测(likelihood rate test)结果同样支持上述推论,贝叶斯经验贝叶斯路径(Bayesian Em-pirical Bayes)共检测出5个显著受正选择作用的氨基酸位点。贝叶斯系统树的拓扑结构显示,无尾两栖类不同科的等位基因分别形成单系群,但蛙科不同属的等位基因未能形成单系群,蛙属绿池蛙(Rana clamitans)的1个等位基因与臭蛙属凹耳蛙的部分等位基因享有共同的谱系关系,提示蛙科不同属间的B基因存在跨种多态性。     

基于蛋白质序列的泛素化位点预测研究进展

泛素化是目前广受关注的一种翻译后修饰过程,对蛋白质降解、DNA修复等多种细胞过程都具有重要的调控作用。本文根据国内外蛋白质泛素化位点预测的研究,分析了预测泛素化位点的特征属性,总结了对这些特征进行优化的特征选择方法,并对预测过程中所使用的各种机器学习分类器进行了概述。     

对反季节植树造林关键技术的探讨

所谓反季节植树造林即指在非植树造林季节中所进行的植树造林的生产活动。有时即便是在植树造林的季节某些较为珍稀的苗木也不易存活,反季节就更要在苗木的栽植与抚育的过程中加倍注意造林的细节与关键技术。