DNA 序列中模式发现的一种快速算法

模式发现是生物信息学的一个重要研究方向,但目前的大部分算法还不能保证获得最优的模式．文章推导了针对三个序列片段相似性关系的判据,将其作为剪枝规则,提出并实现了一种深度优先的穷举搜索算法——判据搜索算法(criterion search algorithm,CRISA),理论分析表明,对绝大多数模式发现问题,CRISA具有多项式的计算时间复杂度和线性的空间复杂度。对仿真的和实际的生物序列数据的测试也表明,CRISA能够快速而完全地识别出序列中所有的模式,具有优于其它算法的总体评价,能够应用于实际的模式发现问题。     

树栖蚂蚁设陷狩猎

以法国图卢兹大学进化与生物多样性研究室Alain Dejean为首的生物学家与美国的合作者们首次发现,一些树栖的蚂蚁为了在有限的寄主素食环境中获得必需的氮元素,会采取集体伏击的战术来捕获大个的猎物。     

光亲和标记技术在药物发现中的应用

功能蛋白质组学的研究在药物发现中扮演着重要的角色,而光亲和标记技术是研究功能蛋白质组学的主要策略之一,它主要有两个方面的应用：靶标蛋白的确定和活性小分子配体与靶标蛋白作用模式的揭示,这些信息为药物的发现提供了强有力的支持。     

镉对灵芝菌丝抗氧化系统的影响

研究了不同浓度镉(Cd) (0、10、50、100、200和400 μmol·L^-1)对灵芝菌丝抗氧化系统的影响.结果表明,随着Cd浓度增加,菌丝鲜质量、脯氨酸、总糖和还原糖含量逐渐下降,非蛋白巯基化合物（NPT）水平逐渐上升,当Cd浓度达到400 μmol·L^-1时,NPT含量急剧上升至对照组的6.7倍.在试验浓度范围内,灵芝菌丝体过氧化物酶（POD）、谷胱甘肽还原酶（GR）和过氧化氢酶（CAT）活性呈显先上升后下降的变化趋势,并均在Cd浓度为100 μmol·L^-1时达峰值;超氧化物歧化酶（SOD）和脂氧合酶（LOX）活性则随着Cd浓度的增加而逐渐上升,在Cd浓度为400 μmol·L^-1时达峰值.采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析Cd胁迫下灵芝菌丝抗氧化酶的同工酶谱发现,100～400 μmol·L^-1 Cd处理诱导出2条Mn-SOD型同工酶带;10～200 μmol·L^-1 浓度Cd上调组成型CAT、SOD、POD和LOX同工酶的表达强度;而400 μmol·L^-1 Cd的则显著抑制了POD同工酶的表达.     

鳞翅目昆虫中甾体载体蛋白-2的初步鉴定

甾体载体蛋白-2(SCP-2)是介导昆虫胆固醇吸收和运输的一种重要载体蛋白,已在双翅目中被发现和鉴定.利用SDS-PAGE和western blot鉴定鳞翅目昆虫棉铃虫和粉纹夜蛾离体培养细胞中SCP-2的存在.结果 表明棉铃虫中肠组织和粉纹夜蛾Tn581细胞中确实存在SCP-2蛋白.     

拟南芥TOC1蛋白特异片段原核表达培养基的优化

通过正交设计实验,优化蛋白诱导培养基中的有机成分和无机成分及各因素之间的相互组合,将各因素对拟南芥生物钟重要组成成分TOC1诱导的影响进行方差分析,发现氧气充足和氧气较缺乏时,培养基最佳组合不同.对各因素进行回归分析得到目的蛋白的培养基最佳配方为:氧气充足时为酵母提取物19g·L-1,NaCl 5g·L-1,DifcoPeptone 25g·L-1 CaCl20.092g·L-1, KCl0.372g·L-1;氧气较缺乏时为酵母提取物19g·L-1,NaCl 5g·L-1,葡萄糖6g·L-1,胰蛋白胨21.7g·L-1 NaH2PO4·2H2O 0.184g·L-1 MgCl20.847g·L-1 KCl 0.372g·L-1.通过进一步的试验发现氧气充足时的最佳配方优于氧气较缺乏时的最佳配方.     

杆状病毒基因Ac108的克隆和原核表达

目的:克隆和表达苜蓿丫纹夜蛾核多角体病毒(Autographa califorica multicapsid nucleopolyhedrovirus,AcMNPV)开放阅读框108(open reading frame,ORF108,Ac108)基因,为进一步研究其功能打下基础.方法:将Ac108基因克隆至原核表达载体pQE30,在大肠杆菌M15中表达AC108蛋白.以纯化的AC108蛋白作为抗原,免疫新西兰大白兔制备蛋白的多克隆抗体.用该抗体检测了该蛋白在病毒感染细胞中的表达.结果:实现了AC108蛋白的表达,获得了AC108蛋白的多克隆抗体,Western blot检测发现在AcMNPV感染的Sf-9细胞中有一条大小约为27kDa的杂交带,远大于预期的11kDa.结论:AC108蛋白可能以同源或异源聚合物形式在电场中迁移.     

干燥综合征NOD小鼠模型研究进展

回顾国外NOD小鼠模型研究干燥综合征病理所取得的成果.查阅PUBMED上自2000年以来的相关文献,发现研究成果为疾病早期的细胞凋亡和疾病期的自身免疫反应提供了有利的证据.说明NOD小鼠模型在干燥综合征的病理机制研究中具有重要的作用,同时新抗原受体的发现为今后的研究提供了方向.     

琥珀酸产生菌的快速选育

以牛瘤胃内容物为菌源,在高浓度CO2下向培养基额外添加莫能菌素和富马酸钠实现选择性富集培养.溴甲酚绿中性平板变色圈作为筛选标记,以变色区域大小初步筛选得到500株产酸菌株.结合TLC法快速地确定了其中含有28株产琥珀酸菌株.在HPLC和HPCE对发酵液检测的对比过程中优选HPCE法,检测发酵液得到6株优良菌株,其中发现15号菌株琥珀酸产量达11.5g/L,有较少的甲酸和乙酸产生.验证试验表明:该方法对牛瘤胃中的琥珀酸产生菌可以实现快速、有效的分离筛选,具有很好的重现性.     

基因靶向技术的炫目光芒2007年诺贝尔生理学或医学奖解读

三位英美科学家因在胚胎干细胞和哺乳动物DNA重组方面的一系列突破性发现,为"基因靶向"技术的发展奠定了基础,荣获2007年诺贝尔生理学或医学奖.基因靶向技术已广泛应用于基因功能研究,人类疾病动物模型的研制以及经济动物遗传物质的改良等方面,给现代生物学和医学研究带来了革命性的变化,并直接引发了现代生物学和医学研究各个领域中许多突破性的进展,成为后基因组时代研究基因功能最直接和最有效的方法之一.