毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探

rDNA序列中的ITS作为DNA barcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列。比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1 790bp、156bp、156bp、206bp、3 432bp、2 247bp、121bp和2 135bp,总长度10 641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果。与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1 400-2 200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究。     

新辅助化疗联合间隔肿瘤细胞减灭术治疗晚期卵巢癌的临床观察

目的:观察新辅助化疗与间隔肿瘤细胞减灭术联合治疗晚期卵巢癌的临床疗效。方法:选取我院收治的晚期卵巢癌患者88例,采取分层随机法分成两组,对照组采取间隔肿瘤细胞减灭术治疗,将全子宫、大网膜、双附件、肿瘤转移灶、阑尾切除,根据手术中的情况,切除腹主动脉旁、盆腔淋巴结及受累的脏器,观察组在对照组基础上采取新辅助化疗,行2-3次化疗后进行手术,采取TP方案进行新辅助化疗,150 mg/m~2紫杉醇,行静脉滴注,持续滴注3小时,每天1次;0.06卡铂、200 m L 0.9%氯化钠注射液,行静脉滴注,每天1-3次;每个疗程间隔3周。比较两组的临床治疗总有效率、腹水量、术中出血量、病灶大小、手术时间、住院时间。结果:观察组的治疗总有效率(75.00%)显著高于对照组(54.55%)(P0.05),腹水量、术中出血量均明显少于对照组,病灶显著小于对照组(P0.05),手术时间、住院时间均明显短于对照组(P0.05)。结论:新辅助化疗联合间隔肿瘤细胞减灭术治疗晚期卵巢癌患者的临床效果明显优于单用间隔肿瘤细胞减灭术。     

紫芝基因组rDNA序列特征及ITS2二级结构比较

紫芝栽培品种‘紫芝S2’(武芝2号)的ITS序列与NCBI数据库中5个紫芝菌株/分离株相似度高达99.79%-100%,在系统进化树上相聚成一类。本研究预测‘紫芝S2’基因组与参考基因组中的rRNA基因簇,分析rDNA结构及各构件序列间的多态性。从高质量‘紫芝S2’基因组中挖掘得到完整rDNA,序列全长40.377 kb,由4组串联重复的(18S、5.8S、28S、5S) rRNA基因簇组成,并含有完整的基因内间隔区(ITS1、ITS2)和基因间间隔区(IGS1、IGS2)。在紫芝S2的rDNA中,高度保守的28S rRNA基因间出现3个SNP和2个插入(1 bp,10 bp)位点;虽然第4条ITS2中有1个SNP位点,但紫芝S2的4条ITS2在二级结构上的分子形态高度一致,与ITS2数据库中其他紫芝菌株仅存在螺旋区间夹角的微小差异。由‘紫芝S2’基因组rDNA的ITS2生成的DNA条形码与二维码,可以作为该栽培品种鉴定与同源物种其他菌株鉴别的分子标记。     

地衣型真菌三个中国新记录种

报道了在宁夏六盘山和贺兰山发现的3个地衣型真菌中国新记录种,分别是亚洲黄烛衣(Candelaria asiatica D.Liu&J.-SHur),黄厚膜衣[Placolecis loekoesiana(S.Y. Kondr., Farkas, J.J. Woo&Hur) An. C. Yin]和粉橙衣(Caloplaca lenae S?chting&Figueras)。对3个种的形态解剖特征进行了详细描述,并提供了形态结构照片。凭证标本保存在宁夏大学生命科学学院植物标本室。     

CRISPR/Cas技术及其在发酵菌株上的应用

发酵菌株的改良在发酵工业生产上通常是一项非常重要的内容,而传统的驯化模式周期长、效率低、稳定性差且成本高,很难满足工业化快速生产的要求。规律成簇间隔短回文重复Cas(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/Cas,CRISPR/Cas)是细菌及古生菌中的一种适应性免疫系统,在此系统上改进的基因编辑技术能实行RNA导向的DNA精准编辑。因而利用CRISPR/Cas基因编辑技术对菌株的快速构建和优化,是一条快速获得高产菌株的新途径。本文综述了CRISPR/Cas系统组成、工作原理、分类以及该技术在发酵菌株上的应用研究进展,并探索了该技术存在的问题以及目前的解决办法,最后对CRISPR/Cas技术在发酵工程上的潜力进行了展望。     

GATA1s敲除hPSCs模型构建与造血分化影响初探

本文建立了GATA1s敲除人多能干细胞(human pluripotent stem cells,hPSCs)细胞株，并以此为模型探讨了GATA1s缺失对体外诱导造血分化的影响。本文通过构建含有重组臂-敲入片段(GATA1外显子Ⅱ-Ⅵ序列及BGH polyA序列)-LoxP-潮霉素筛选标记-LoxP-重组臂的打靶质粒和含有gRNA-Cas9的gRNA质粒对hPSCs进行基因编辑以敲除GATA1s。通过第一步电穿孔将以上质粒导入细胞，潮霉素初步筛选7 d后的阳性克隆进行下一步电穿孔环化重组酶(Cre)使LoxP位点特异性重组以去除筛选标记，通过单细胞克隆的方式进一步培养，PCR及测序鉴定出正确基因编辑细胞，最后通过蛋白质免疫印迹验证其GATA1与GATA1s蛋白的表达情况，验证敲除GATA1s后的细胞株进行体外诱导造血分化，发现其CD34⁺、CD43⁺及CD45⁺细胞增多，但GPA⁺、CD41a⁺及CD42b⁺细胞显著减少，通过转座子系统过表达GATA1也不...     

Self-/conspecific discrimination and superparasitism strategy in the ovicidal parasitoid Echthrodelphax fairchildii （Hymenoptera： Dryinidae）

Superparasitism in solitary parasitoids results in fatal competition between the immature parasitoids, and consequently only one individual can emerge. In the semisoli- tary ovicidal parasitoid Echthrodelphaxfairchildii （Hymenoptera： Dryinidae）, 2 adults can emerge under superparasitism with a short interval （〈24 h） between the first and second ovipositions. We determined the female parasitoid＇s behavioral responses under self- and conspecific superparasitism bouts with first-to-second oviposition intervals of 〈2 h. The self- and conspecific superparasitizing frequencies increased up to an oviposition interval of 0.75 h, with the former remaining lower than the latter, particularly for oviposition intervals of _〈0.25 h, suggesting the existence of self-/conspecific discrimination. The superparasitizing frequency plateaued for oviposition intervals of _〉0.75 h, with no dif- ference between self- and conspecific superparasitism. The ovicidal-probing frequency did not differ under self- and conspecific superparasitism, and was usually 〈20%. The females exhibited no preference for the oviposition side （i.e., ovipositing on the side with or without the first progeny） and almost always laid female eggs for any oviposition in- terval under self- and conspecific superparasitism. The sex ratio was not affected by the type of superparasitism, oviposition sides, or the occurrence of ovicidal probing. These observed results about the oviposition side, ovicidal probing, and sex ratios differed from the predictions obtained assuming that the females behave optimally. Possible reasons for the discrepancies are discussed： likely candidates include the high cost of selecting oviposition sides and ovicidal probing, and, for the sex ratio, the low frequency of encountering suitable hosts before superparasitism bouts.     

洋山港宏病毒组分析揭示CRISPR-Cas系统病毒靶标序列的特异性

目的 为了探究CRISPR-Cas系统的靶标特点。方法 运用了包括BALST在内的多种生物信息学分析技术和方法对洋山港宏病毒组数据进行了分析。结果 洋山港宏病毒组数据集中共有25 391条双链DNA病毒序列，其中238条序列上的265个开放读码框（ORF）与134条规律间隔短回文重复（CRISPR）间隔序列产生了315个匹配。经注释后获得了128个ORF和135个匹配的功能信息，占比前5位的依次为终止酶（terminase）、衣壳蛋白（capsid protein）、门蛋白（portal protein）、肽酶（peptidase）和DNA甲基化转移酶（DNA methyltransferase）。匹配多在病毒特定功能基因的保守域或关键结构域中。这表明，CRISPR-Cas系统发挥免疫功能时表现出针对病毒特定基因、功能和结构域的靶标特异性。此外，属于Class 1门类下的Type＿I型系统的CRISPR-Cas间隔序列匹配数量远高于其他类型系统，占总数的89.0%。结论 本文的研究结果揭示了CRISPR-Cas系统的靶标偏好，增进了对其的认识，为更好地理解病毒-宿主免疫互作机制提供了新...