从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究

目的 感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法 通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离．直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和Nested PCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术．提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果 2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论 该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。     

16S DNA用于结核性胸膜炎的快速诊断

目的建立聚合酶链反应—毛细管电泳（PCR-CE）的方法直接检测结核性胸膜炎患者胸水中的结核分枝杆菌,以达到快速诊断结核性胸膜炎的目的。方法在大连市结核病医院收集2006年11月至2007年2月结核性胸膜炎患者的胸水120份,所有标本都经过结核分枝杆菌抗酸染色镜检和结合菌培养,其中115份为阴性标本,5份为阳性标本。利用16S DNA集保守性和变异性于一体的特点,设计合成通用引物G1：5′-FAM-GGC GGACGG GTG AGTAA-3′,G2：5′-ROX-GGA CTG CTG CCTCCC GTA G-3′,然后将标本进行DNA提取并进行PCR扩增,扩增产物用限制性内切酶HaeⅢ消化,用毛细管电泳来检测结核分枝杆菌。结果115份阴性标本中检测出结核分枝杆菌的有19份,未检测出结核分枝杆菌的有96份,其阳性率为16.52%;5份阳性标本中检测出结核分枝杆菌的有5份,阳性率为100%。结论PCR-CE方法检测结核分枝杆菌具有快速、准确、灵敏的特点,可用于结核性胸膜炎的快速诊断。     

基于植物-地形关系的物种丰富度空间格局预测——GAMs途径的一种应用

将基于样本调查数据的群落-生境因子回归分析与GIS支持下的植物属性空间格局预测结合起来,是国际上植被-环境关系定量研究的新途径。通用可加性模型（GAM）的非参数属性使之具有对不同数据类型的广泛适应性,成为这种“回归分析＋空间预测”途经的有效手段;不同程度上依赖于数字高程模型的环境空间数据集是实现空间预测的必要条件。介绍了这一新的研究途径,并应用于案例研究区域植物多样性指标空间格局的预测和分析。野外调查的一组样方地形特征指标和植物多样性指标（包括样方物种丰富度及乔木、灌木、草本、常绿木本、珍稀种类的丰富度）,分别作为预测变量和响应变量,建立GAM模型。结合研究区域10m分辨率的数字高程模型,对该区域植物物种丰富度的空间格局进行空间预测,并对预测模型和结果进行统计分析和检验。结果表明：（1）不同的多样性指标具有不同的模型结构和模拟效果,重复模拟的结果稳定性也不同,反映了所受地形因子影响的差异;（2）影响各多样性指标空间格局的地形变量主要是坡位和坡度等小尺度特征,大尺度海拔因素的影响并不显著;（3）模拟结果与独立检验数据的相关分析表明,对乔木种、草本种、珍稀种的模拟全部有效;对常绿种和样方物种总数的模拟部分有效;而对灌木种丰富度的预测基本失败。（4）模型预测变量有效性和全面性决定了模型对数据的解释能力,样本大小对模型的稳定性和可靠性也有显著影响。就地形因子对生境条件的代表性、模拟误差的来源及GAMs模型的优缺点和应用前景进行了讨论。     

一个与玉米基因表达沉默有关的cDNA片段的克隆及序列分析

利用cDNA-AFLP技术分离了一个与玉米基因表达沉默有关的cDNA片段,Northern杂交分析表明,该基因在Mo17的苗期和雄穗生长锥伸长期都表达,但在Mo17与其亲缘关系较近的另一亲本杂交的F1代中却表现沉默,即表现单亲沉默。同源性分析表明,该克隆片段与GenBank中玉米通用调控因子(GRF)部分区段有98．6％的同源性,与玉米通用调控因子编码的mRNA部分序列有83％的同源性。以上结果表明,基因沉默可能是亲本GRF在F     

细菌Ⅴ型分泌系统研究进展

目前已知革兰阴性(G-)细菌的分泌系统至少有5种类型,即Ⅰ～Ⅴ型。其中Ⅴ型分泌系统为G-菌外膜通道转运蛋白系统中最大的一个家族,该系统又称自主转运蛋白系统,它首先通过Sec依赖的分泌通路跨内膜转运,到达外周质间隙后,又通过自身的C端在外膜上形成一个β折叠桶实现跨外膜转运。Ⅴ型分泌系统的分泌装置最为单一,且该系统分泌的蛋白在跨外膜转运过程中似乎不需要能量和辅助因子(蛋白)的参与。随着对运用Ⅴ型分泌系统在G-菌表面展示异源性多肽/蛋白质的深入研究,该系统在生物技术领域已展示出巨大的应用前景。     

通用线性模型筛选家禽生化多态遗传标记的探讨

本研究首次采用线性模型估计生化基因(表)型对产蛋量相关性状的效应,排除环境和遗传背景的差异,检测出效应显著的3种生化基因(表)型。Akp座位F型和Es-1座位AB型的开产蛋重显著降低, 效应的遗传本质有待于深入研究确认。 Tf位点对于36周龄体重的影响不属于基因多效或紧密连锁效应, 可能是距离较远基因连锁的结果,效应随基因间连锁与交换会在品系和世代间产生较大波动;或可能源于非控制误差。本研究还表明生化基因座位与数量性状基因位点(QTL)间的非紧密基因连锁可能大量存在, 但育种意义不大。 Abstract:The literature on associations between biochemical polymorphisms with a Mendelian basis and quantitative traitsis abundant,but it is often difficult to draw conclusions from results that vary in statistical significance and that are sometimes conflicting.Linear models were found capable in estimating associated effects of biochemical genes,precluding deviations due to environmental and population differences.Three biochemical gene- or phenotypes were detected to be significantly associated with laying-related traits.F of Akp locus and AB of Es-1 locus showed large associated effects on egg weight at onset of lay as the result of pleiotrophy or close linkage,or caused by heterogeneity,whereas association of BB at Tf locus with body weight at 36 weeks of age could be due to loose linkage or non-controlled errors which exhibited large variations between populations and possibly through generations Many biochemical loci were also revealed to be occasionally associated with laying-related traits,but few of them could be of breeding importance.     

中介体：结构与功能

中介体,最早在酵母中发现的由多个蛋白质亚基组成的生物大分子复合物,是 RNA 聚合酶Ⅱ通用转录装置的基本组分,在真核 mRNA 合成的活化和阻抑中起着关键作用 . 调控信号可以通过中介体构象的改变而传递,影响转录的起始过程 . 近年来的研究已经确定了哺乳动物中介体的亚基组成及其相关活性,揭示了从酵母到人类中介体结构和功能在进化上惊人的保守性 .     

基于荧光通用引物的多重定量RT-PCR基因表达谱分析平台的构建、优化及其应用

文章建立并优化了一种基于荧光通用引物的多重定量RT-PCR技术, 该技术采用了嵌合特异引物引导荧光通用引物的扩增方案, 多个目的基因被一对通用引物等比例扩增, 从而实现多重定量检测。该技术实现了经济可靠的中通量基因表达定量研究, 弥补了基因表达分析平台中cDNA芯片定量准确性低和Real-time quanti-tative PCR通量小的缺点, 完善了整个基因表达的分析过程。文章以小鼠X染色体上影响性发育启动的QTL区段为例, 选择11个目的基因进行了技术构建及优化, 确定了该技术的检测灵敏度为102拷贝, 通用引物与上游嵌合特异引物的比例以1:1为佳, 并且验证了该技术的重复性和准确性。降落式(Touchdown)PCR结合通用引物补加实验表明, 该优化步骤可大大改善低丰度表达基因的扩增。通过对2个品系(C3H/HeJ和C57BL/6J)15日龄小鼠的下丘脑和睾丸组织中的11个基因的表达分析, 在下丘脑中找到了一个差异表达的基因PHF6可用于进一步的基因功能研究。     

鸻形目鸟类线粒体基因组测序策略

鸻形目（Charadriiformes）,全世界约有384个物种,分属于19科94属,种类繁多、分布广泛,是研究迁徙和觅食行为的良好材料。近年来,线粒体基因组的研究快速发展,由于样品难以收集,缺乏系统的测序策略,鸻形目鸟类线粒体基因组的研究相对滞后。引物设计对聚合酶链式反应（PCR）至关重要,一个成功的PCR实验依赖于高质量的特异性引物,本研究拟设计一套用于鸻形目鸟类线粒体基因组扩增的通用引物。对GenBank中现有的鸻形目物种线粒体基因组进行多重比对,发现若干个保守性区域,本研究在该区域设计13对扩增鸻形目鸟类线粒体基因组的通用引物,扩增的目的片段长度均在1.5 kb左右。我们选取4个物种,即灰头麦鸡（Vanellus cinereus）、丘鹬（Scolopax rusticola）、白腰草鹬（Tringa ochropus）和针尾沙锥（Gallinago stenura）,进行PCR扩增验证,设计的引物在4个物种中均能顺利扩增、测序,该引物在鸻形目鸟类线粒体基因组扩增中的具有普遍适用性。本研究设计的13对通用引物在扩增鸻形目物种线粒体全基因组中具有较强的应用价值,将为鸻形目的系统发育关系、种群遗传学和生物地理学研究提供珍贵的资源。     

基因Ⅰ、Ⅳ型戊型肝炎病毒高灵敏度通用引物的设计和初步应用

设计针对国内流行的戊型肝炎病毒(HEV)基因Ⅰ、Ⅳ型,在这两型序列的保守区域设计了一套RT-PCR引物——E引物,并将E引物与目前较常用的3对通用引物(Meng、ConORF1和ConORF2引物)比较了检测基因Ⅰ、Ⅳ型HEV的灵敏度。对基因Ⅰ型HEV,E引物能检出的稀释度为105,参考引物能检出的稀释度为10^2～10^4;对基因Ⅳ型HEV,E引物能检出的稀释度为10^2,参考引物能检出的稀释度为10^1～10^2。在17份HEV-IgM阳性血清中,E引物检出5份,检出率为29．4％;参考引物只能检出1份或2份,检出率最高为11．8％。E引物在33份HEV-IgM阳性的隐性感染血清中检出6份,阳性率18．2％;在79份HEV-IgM阳性的临床肝炎血清中检出36份,阳性率45．6％。以上结果初步表明,对于在国内流行的基因Ⅰ、Ⅳ型HEV,E引物的检测灵敏度要高于目前常用的通用引物。