耐药细菌分析——“只有民族的才是世界的”

正细菌的耐药问题已经成为一种全球性的严重威胁[1],耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、多重耐药鲍曼不动杆菌和耐药性艰难梭菌等多种耐药细菌感染疾病负担巨大,中国的情况尤其严重。近期中国研究团队在动物和人源细菌中均发现了一种新型的位于细菌质粒上的粘菌素耐药基因mcr-1[2],使细菌耐药问题受到进一步关注。本刊2015年第1期刊登了杨永刚、陈瑜等的研究文章"耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分型及流行现状"[3],     

环介导恒温扩增对莱姆病病原伯氏疏螺旋体的分型鉴定

使用环介导恒温扩增技术,基于莱姆病病原伯氏疏螺旋体的外膜蛋白A(OspA)基因,针对伯氏疏螺旋体不同的基因型设计特异性引物,对国内主要的莱姆病病原伯氏疏螺旋体的3个基因型进行分型鉴定。研究结果表明,设计的引物具有良好的特异性,可以对狭义伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensu strict)、嘎氏疏螺旋体(B.afzelii)和伽氏疏螺旋体(B.garinii)进行分型鉴定。伯氏疏螺旋体的分型鉴定可以对不同临床症状莱姆病患者的治疗和莱姆病的控制提供一定的依据。     

人乳头瘤病毒芯片寡核苷酸探针的研究*

高危型人乳头瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)是宫颈癌的主要致病因子。利用Arraydesigner2·0和BLAST等生物学软件对10种型别的人乳头瘤病毒全基因组序列进行分析,设计高特异性、熔解温度?和GC含量相近的60merHPV型特异性寡核苷酸探针,用于HPV检测芯片的制备,并对其中四型最常见HPV病毒(HPV6,11,16,18探针的有效性进行初步验证,结果表明设计所得的探针型特异性好,可以应用于HPV的检测与分型。     

基于狄利克雷多项式过程模型与K-means 结合的菌群分析

群体分型是一种有助于更好的理解人类身心健康等复杂生物学问题的有效方法,聚类是一种为了对样本分组来降低复杂性的定义肠型的方法,而传统K-means聚类算法的K值选取无法确定,本文在传统K-means聚类算法的基础上进行了改进,并公开数据集上进行了验证,实验表明改进算法能够解决K值选取无法确定的问题,且聚类结果的稳定性、准确性和聚类质量都得到显著提高。将改进后的模型运用于肠道菌群OTUs数据,发现不仅能够有效地区分2-型糖尿病患者样本间的相似性,而且能鉴定出影响菌群结构异质性最大的OTUs菌,为临床解决2-型糖尿病问题提供了一种新的思路。     

基于多位点序列分型方法的于桥水库微囊藻遗传多样性分析

为了研究天津于桥水库微囊藻(Microcystis)的遗传多样性及其系统发育关系,将分离自于桥水库的10株微囊藻的7个管家基因(ftsZ、glnA、gltX、gyrB、pgi、recA和tpi)构建了微囊藻的多位点序列分型(MLST)基因库,与20个鄱阳湖序列型(STs)和237个日本湖泊的序列型进行比对,结果发现于桥...     

不同分子分型乳腺癌患者血清IGFBP-3、Angptl-2表达水平及其与骨转移、预后的相关性

摘要 目的：分析不同分子分型乳腺癌患者血清胰岛素样生长因子结合蛋白3（IGFBP-3）、生成素养蛋白2（Angptl-2）表达水平及其与骨转移、预后的相关性。方法：选取2018年3月-2021年3月东南大学附属中大医院收治的128例乳腺癌骨转移患者进行研究,其中包括Luminal A型50例、42例Luminal B型（HER-2阴性）42例、HER-2过表达型16例、三阴性乳腺癌（TNBC）20例,并分析4种分子分型乳腺癌的临床病理特征,同时采用酶联免疫吸附法检测其血清IGFBP-3、Angptl-2表达水平;随访24个月后记录两组患者的预后情况,并采用多因素Logistic模型分析影响4种分子分型乳腺癌骨转移患者预后的独立危险因素,以及血清IGFBP-3、Angptl-2与不同分子分型乳腺癌骨转移患者预后的相关性。结果：Luminal A型、Luminal B型、HER-2过表达型、TNBC型TNM分期、淋巴结转移比较,差异有统计学意义（P＜0.05）。与Luminal A型、Luminal B型、TNBC型乳腺癌骨转移患者相比,HER-2过表达型乳腺癌骨转移患者的血清IGFBP-3表达水平较低,Angptl-2表达水平较高（P＜0.05）。Luminal A型、Luminal B型、HER-2过表达型、TNBC型乳腺癌骨转移患者的死亡率分别为13.46%、38.46%、23.08%、25.00%。多因素Logistic结果显示,TNM分期、淋巴结转移、血清IGFBP-3、Angptl-2均是影响不同分子分型乳腺癌骨转移患者预后的独立危险因素（P＜0.05）。血清IGFBP-3异常高表达提示4种分子分型乳腺癌骨转移患者的不良预后,而Angptl-2表达水平与4种分子分型乳腺癌的预后呈正相关性（P＜0.05）。针对不同分子分型乳腺癌骨转移患者的预后预测中,血清IGFBP-3、Angptl-2、IGFBP-3+Angptl-2均呈现AUC＞0.75。结论：血清IGFBP-3、Angptl-2可作为HER-2过表达乳腺癌骨转移患者的潜在生物标志物;同时还可根据血清IGFBP-3、Angptl-2表达水平预测不同分子分型乳腺癌骨转移患者的预后。     

深圳住院患儿MRSA的分子分型和耐药性

目的 了解深圳住院患儿耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA）分子型别及其抗生素的耐药情况,为深圳地区和我国其他地区儿童MRSA感染的监控提供实验依据,为研究该地区儿童MRSA菌株的耐药机制提供依据。方法 收集2014年1月至2015年10月深圳市儿童医院临床分离的社区获得性MRSA（community-acquired,CA-MRSA）、院内获得性MRSA（hospital-acquired,HA-MRSA）共129株,应用SCCmec、spa、MLST等方法进行分子分型及追溯同源性。结果 129株MRSA SCCmec分型中只有SCCmecⅤ型、SCCmecⅣ和未分出型别（non-typeableNT型）,spa分型中t437是最主要型别,MLST分型ST59为最主要型别。两类MRSA对非β-内酰胺酶抗生素如红霉素、克林霉素耐药高达70%以上。结论 深圳住院患儿MRSA中的ST59-SCCmecⅣ-t437为主要流行克隆。CA-MRSA与HA-MRSA在分子分型上无差异性。MRSA对部分非β-内酰胺酶抗生素高度耐药,暂无耐万古霉素MRSA菌株。     

血流感染产ESBLs肺炎克雷伯菌毒力基因及分子分型研究

目的 研究血流感染产ESBLs肺炎克雷伯菌的毒力基因和基因分型特点。方法 采用PCR检测菌株中高毒力因子、荚膜血清型以及ST分型;采用微量肉汤稀释法对菌株进行药敏试验;采用加克拉维酸的复合药（头孢他啶/克拉维酸或头孢噻肟/克拉维酸）与单药（头孢噻肟或头孢他啶）的药敏纸片组合进行肺炎克雷伯菌产ESBLs的表型确证试验。结果 128株血流感染肺炎克雷伯菌中,有23株产ESBLs（产ESBLs组）,占17.97%（23/128）;105株不产ESBLs（非产ESBLs组）,占82.03%（105/125）。本地区血流感染肺炎克雷伯菌主要流行ST型别为ST23、ST65、ST37和ST29,其中ST23、ST29、ST65为非产ESBLs的优势ST型别菌株,而在产ESBLs菌株中无优势型别。两组菌在高黏液表型、荚膜血清型和毒力基因分布上差异均无统计学意义（P>0.05）。产EBSLs组中发现8株高毒力产EBSLs肺炎克雷伯菌。结论 临床诊疗中需在肺炎克雷伯菌耐药株中识别出高毒力肺炎克雷伯菌并给与及时的治疗,避免其并发症的发生。     

Proteotyping：A New Approach Studying Influenza Virus Evolution at the Protein Level

Phylogenetic methods have been widely used to detect the evolution of influenza viruses.However,previous phylogenetic studies of influenza viruses do not make full use of the genetic information at the protein level and therefore cannot distinguish the subtle differences among viral genes.Proteotyping is a new approach to study influenza virus evolution.It aimed at mining the potential genetic information of the viral gene at the protein level by visualizing unique amino acid signatures(proteotypes).Neuraminidase gene fragments of some H5N1 avian influenza viruses were used as an example to illustrate how the proteotyping method worked.Bayesian analysis confirmed that the NA gene tree was mainly divided into three lineages.The NA proteotype analysis further suggested there might be multiple proteotypes within these three lineages and even within single genotypes.At the same time,some proteotypes might even involve more than one genotype.In particular,it also discovered some amino acids of viruses of some genotypes might co-reassort.All these results proved this approach could provide additional information in contrast to results from standard phylogenetic tree analysis.     

复发性外阴阴道假丝酵母菌病菌种分型及药敏

目的对RVVC、VVC患者阴道分泌物进行培养、菌种分型及药物敏感试验,探讨RVVC发生的原因。方法用沙保弱琼脂培养基培养阴道分泌物,分离纯化菌株;VITEK 2全自动微生物分析仪鉴定菌种;同时进行药物敏感试验。结果共分离出101株假丝酵母菌,其中RVVC组45株,VVC组51株,健康组5株。101株中白色假丝酵母菌86株,占85.1%(86/101),RVVC组45株中35株为白色假丝酵母菌,占77.8%(35/45);VVC组51株中47株为白色假丝酵母菌,占92.2%(47/51),健康组5株中4株为白色假丝酵母菌,占80%(4/5)。RV-VC组非白色假丝酵母菌比例高,与VVC组比较差异有显著性(P<0.05)。RVVC组假丝酵母菌对唑类药物敏感性低于VVC组。结论VVC、RVVC的主要致病菌仍是白色假丝酵母菌,RVVC组非白色假丝酵母菌比例高于VVC组。RVVC组假丝酵母菌对氟康唑的敏感率明显低于VVC组。