大肠杆菌与酵母菌基因特定序列信息参量的研究

提出核酸序列的矩阵表示形式,按位点定义了有生物学意义的信息参数M1（1）、M2（l）和M3(l）。着重研究了不同表达水平的大肠杆菌（Escherichia coli,E.coli）的SD序列（Shine-Dalgrno region,SD）以及大肠杆菌（E.coli）和酵母菌（Yeast）基因起始、终止密码子邻近区域核酸序列的碱基关联性与保守性。并求出相应矩阵的本征值,给出了信息参量与基因表达水平的关系。发现信息参量体现了原核生物和真核生物释放起始区域的显著差异,而且真核生物碱基起始区域的单碱基保守性程度及碱基关联性程度要比原核生物强。     

图论在RNA二级结构中的应用

图论是以图为研究对象的数学分支,是一门研究事物对象在图表示法中的特征与性质的学科。鉴于RNA二级结构在功能基因组研究中的重要地位,已发展了用二维图解表示法描述RNA二级结构。文章介绍了用于RNA二级结构图解表示法的两种图,即树图和对偶图的构造规则。并在树图表示基础上产生Laplacian矩阵和相应本征值谱。以有害突变预测和类RNA模体设计的例子,说明图论在RNA二级结构中的应用,同时对可能存在的一些问题做了讨论。     

大肠杆菌E.coli K-12转录因子结合位点的理论预测

基于实验验证的22种大肠杆菌K12的转录因子结合位点序列,分析了转录因子结合位点每一位置的碱基保守性,提出了预测转录因子结合位点的位置权重矩阵打分函数算法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种检验方法对此算法进行检验,self-consistency检验总的预测成功率达到87.59%,cross-validation检验成功率达到85.48%。对基因间序列进行搜索,获得了多个可能的转录因子结合位点。     

成虫期长于幼期的昆虫实验种群生殖力表参数估计模型的改进

针对昆虫的某些类群成虫期长于幼期的实际情况,利用矩阵建立了内禀增长力估计的改进型模型,使得因成虫期过长而引起的世代重叠情况下,子孙后代在母代成虫存活期内的繁殖量得到表达.对成虫期远长于幼期而引发的当代成虫生殖期间,出现的世代重叠和生殖量进行估计,使得内禀增长力rm的计算与实际较为吻合.经rm的精确值估计模型的验算,证明新模型比原模型在估计rm值时,更加接近精确值.     

具有变时滞竞争神经网络的指数稳定性

利用微分方程组的基解矩阵及推广的Halanay微分不等式等分析技巧,讨论了一类具有不同时间尺度的变时滞竞争神经网络的平衡点存在和唯一性,并给出指数稳定性判定的充分条件,最后通过数值仿真实例检验结果的正确性.     

长白山阔叶红松林径级结构动态模拟和优化经营

以原始阔叶红松林为研究对象,采用密度依赖矩阵模型,模拟了自然生长预案下林分径级结构的动态变化,分析了一种择伐预案对林分径级结构的影响,计算了7种不同择伐强度下森林的恢复期。结果表明:原始阔叶红松林比较稳定,但也有比较缓慢的自然生长,林分株数密度呈下降趋势,符合森林的自然稀疏规律,随着时间的推移,各径阶株数的变化速度逐渐减弱,趋于稳定,验证了演替顶极理论。以生长量、收获量、保留林分结构和采伐费用为森林经营效果的评价指标,则20%的采伐强度、35年采伐周期和25%的采伐强度、45年的采伐周期的2种方案较优。     

蛋白质序列的矩阵图谱表达

基于经典HP模型,利用蛋白质序列的矩阵图谱表达法(MGR)及数值刻画的思想提出了一种新的蛋白质序列的比对方法,通过观察蛋白质序列的数值刻画图及计算两蛋白质序列之间的欧氏距离d,对木聚糖酶两家族的蛋白质序列进行了相似性分析.发现被划分为同一木聚糖酶家族的蛋白质序列之间的相似性更大,而且蛋白质序列的相似性程度与分子大小、结构和分子进化相关.     

基于Kappa系数的景观变化测度——以辽宁省中部城市群为例

分析了辽宁省中部城市群1988～1998年间的景观变化,结果表明沼泽地从景观中完全消失,沙地的变化弹性最大,耕地的变化最小。优势景观类型(耕地)的转化方向较多,非优势景观类型(沙地)转化的方向少。某些景观类型之间较稳定地相互转化(林地和耕地) ,但某些景观类型之间转化极不稳定(耕地和沼泽地)。总体上,景观的变化趋势是:居住用地面积增加,占居了周围的耕地,促进了耕地向菜地的转化。面积大的景观类型变化小(林地和耕地) ,相反,面积小的类型变化大。Kappa系数分析结果表明,位置、数量、随机和标准Kappa系数都降低,即景观在数量上丢失3.86 %的信息,位置上丢失5 .95 %的信息,丢失的综合信息为6 .89%。而且建议进行综合信息评价时用随机Kappa系数,因为它既不考虑数量,又不考虑位置的影响。虽然Kappa系数从位置、数量和综合信息方面揭示了景观变化,但是这些分析是单方面的,而且没有说明在整个图的一致率中由于空间位置、数量和偶然因子所引起的一致率和变化率。景观变化过程中,不考虑空间位置和数量的情况下,景观在空间上随机分布,某个象元属于某个类型的概率等于1/ J(J=类型总数) (8% )。随景观中类型数量的减少,偶然一致率所占的比重增加,因此建议对单个类型不要进行一致性分析。位置一致率在整个一致率中     

脱贫期间诏安县土地生态安全时空演化

区域脱贫攻坚期间土地利用结构、方式等变化对土地生态安全具有重要影响.选取福建省诏安县为研究区域,借助空间主成分分析法对诏安县2014和2017年的土地生态安全状态进行评价,利用空间自相关分析、地理探测器识别诏安县土地生态安全时空演化特征和驱动因素.结果表明:(1)2014—2017年诏安县土地生态安全等级较高(Ⅳ级、Ⅴ...     

基于认知诊断理论编制“减数分裂”测试卷

基于认知诊断理论,以高中生物学"减数分裂"测验的编制为例,探索生物学测验编制的方法。首先,结合普通高中生物学课程标准和高考试题,依据布卢姆教育目标分类法,构建生物学"减数分裂"认知属性模型;其次,基于Q矩阵理论编制预测卷,并运用认知诊断模型中的Dina模型估计项目参数和学生对各认知属性的掌握概率,为教师修正试题和采取针对性的补救教学提供指导。