基于扩展起始节点和加权融合策略预测肺癌风险致病基因

肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致病基因预测算法(命名为AFMFSC),并在肺癌中验证算法有效性.首先,基于增广模糊测量思想,计算疾病表型近似基因间的增广功能相似得分,从中选出重要基因与致病基因作为扩展起始节点;其次,采用节点拓扑相似度转移矩阵及基因表达差异相关性转移矩阵,分别在蛋白质网络中重启随机游走,并将两种结果加权融合排序;最后,通过富集分析排名靠前基因,得到有显著意义的风险致病基因.AFMFSC算法预测的73个肺癌风险致病基因,均与肺癌发生、发展有密切联系,生物学意义显著.与其他排序算法相比,AFMFSC算法的Top 1%、Top 5%和AUC值比较大,平均排名和受拓扑特性偏差影响程度小;融合策略排名性能优于单一转移矩阵或普通邻接矩阵游走排名.AFMFSC算法不仅能准确有效地预测肺癌风险致病基因,而且可推广预测其他疾病风险致病基因,为探索癌症致病机理提供新视角及依据.     

酿酒酵母核小体定位理论模型的体外实验验证

核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好地预测了核小体占据率。利用该理论模型,以1 bp碱基为步长、147 bp碱基为窗口,用该算法计算了酵母1号、3号、14号染色体上核小体形成能力强、中、弱各3条长度为147 bp的DNA序列,将这些片段克隆到重组质粒中,大量扩增回收9条标记biotin分子的目的序列。同时分别表达纯化了组蛋白H2A、H2B、H3和H4,复性后装配形成组蛋白八聚体结构。利用盐透析方法将9条DNA序列在体外组装形成核小体结构,经biotin标记检测后计算了反应过程的吉布斯自由能,对比了9条目的序列形成核小体的亲和力大小。研究发现,9条序列中有5条序列与理论预测完全符合,4条序列与理论预测不完全一致。实验结果与该算法预测的核小体定位结果基本一致,表明该理论模型能够有效预测酿酒酵母基因组核小体占据水平。     

滇中几种人工林生态系统恢复效应研究

对滇中几种典型人工林生态系统恢复效应研究表明,由不同树种构成的人工林生态系统植物多样性、森林水文、地表土壤侵蚀控制、土壤改良和森林结构的恢复具有显著差异．用乡土树种造林能促进植物多样性．生态恢复变量间具有某种相关关系．草本植物盖度、群落均匀度、Shannon-Wiener指数、土壤有效钾、土壤容重、草本植物生物量、乔木材积、全钾、土壤侵蚀、土壤Si／V、枯落物凋落量、非毛管孔隙、穿透降雨是生态恢复主导效应变量．植物多样性的恢复处于生态恢复的中心位置．并用平均恢复距离指数及恢复距离树对几种生态系统恢复程度进行了评价。     

北京市水果消费的生态足迹距离研究

采用生态足迹距离指标方法体系,对2009年至2012年间北京市水果消费的生态足迹距离进行研究。结果表明4年间:跨区转移的生态承载力质量距离,由2009年的11.5×10~8t km逐年增加到了2012年的17.01×10~8t km,共增加了47.91%;生态足迹距离则相对稳定在886.66 km至1073.55 km之间;人均生态足迹距离,总体上由2009年的4.39×10~4km增加到2012年的5.55×104km,共增加了26.42%。从类别的视角,年均生态足迹距离最大的是香蕉(2072 km),最小的是苹果(476 km);年均跨区转移的生物承载力质量距离,最大的是西瓜(4978×10~8kg km),最小的是香蕉(518×10~8kg km);而4年平均人均生态足迹距离,最大的是西瓜(17.7×10~4km),最小的是香蕉(1.92×10~4km)。快速城市化阶段的北京,对外生态依赖范围也迅速扩大,并高于人口增加的速率。     

小麦亲本遗传距离与产量杂种优势间的相关性研究

本文以10个小麦品种和按双列杂交配制的45个组合为材料,对遗传距离与产量杂种优势的关系进行了研究,结果表明:亲本遗传距离与产量杂种优势有极显著的非线性回归关系.遗传距离等于零时,杂种优势等于零;随着遗传距离的增大,杂种优势迅速达到最大值,然后缓慢下降,为通过原点的不对称抛物线.并对玉米、棉花的遗传距离与杂种优势的关系重新进行了探讨,一致表明,非线性回归关系优于抛物线回归关系.     

浙江天台山甜槠种群遗传结构的空间自相关分析

采用空间自相关分析方法对浙江天台山亚热带常绿阔叶林优势种甜槠种群全部个体及不同年龄级个体的小尺度空间遗传结构进行了分析,以探讨甜槠种群内遗传变异的分布特征及其形成机制。根据11个ISSR引物所提供的多态位点,经GenAlEx 6软件计算地理坐标和遗传距离矩阵在10个距离等级下的空间自相关系数。在样地内,甜槠种群内个体在空间距离小于10 m时存在显著的正空间遗传结构,其X-轴截矩为9.945。甜槠种群的空间遗传结构与其种子短距离传播和广泛的花粉传播有关。Ⅰ年龄级、Ⅱ年龄级和III年龄级个体在空间距离小于10 m时存在显著的正空间遗传结构,其X-轴截矩分别为11.820、9.746和9.792。当距离等级为5 m时,其空间自相关系数r分别为0.068、0.054和0.070。Ⅳ年龄级个体在所有空间距离等级中均不存在显著的空间遗传结构。甜槠是多年生、长寿命植物,自疏作用是导致IV年龄级个体空间遗传结构消失的主要原因。     

麻雀幼鸟和成鸟逃逸距离的比较

逃逸是鸟类常用的反捕食手段。自然选择会优化鸟类的逃逸距离,以便在躲避被捕食风险和保持能量之间做出权衡。理论模型预测动物个体可依据期望寿命来调整自身的行为：期望寿命短的个体倾向于风险偏好,即逃逸距离短;而期望寿命长的个体倾向于风险回避,即逃逸距离长。同时,逃逸距离还受到外部因素（如人为干扰强度、鸟类群体大小）的影响。本研究在北京城区收集了麻雀（Passer montanus）145只成鸟和75只幼鸟的逃逸距离数据,发现麻雀成鸟比幼鸟有着更长的逃逸距离,且成鸟更可能是群体中首先逃逸的个体。此外,研究发现麻雀的逃逸距离随着人为干扰强度的增加而降低,随着群体大小增加而增加。本研究结果符合理论预期：存活率高的类群（成鸟）有着更长的逃逸距离。     

基于温带针阔混交林植物-土壤反馈的Janzen-Connell假说检验

目前对森林生物多样性维持机制的研究主要集中在检验地上生物的多度丰富度等内容,物种之间的交互作用及地下真菌是否影响生物多样性的维持在很大程度上还是未知的。探讨土壤真菌的作用及植物-土壤反馈在植物生长过程中的作用有重要意义。该研究以吉林蛟河针阔混交林中4个常见树种为研究对象,利用杀菌剂处理及不同树种幼苗的栽种控制实验来检验Janzen-Connell假说,计算生物反馈及特异性反馈,并依据高通量测序方法测定土壤真菌多样性,检验不同处理组间差异性。利用方差分解分析(VPA)分析两种反馈的幼苗生物量与树种本身、真菌功能类型及土壤元素间的关系。结果表明,土壤杀菌处理并未显著影响生物反馈,同物种土壤的幼苗生物反馈未表现出显著的距离制约效应。异种物种土壤并未显著提高水曲柳(Fraxinus mandshurica)幼苗的特异性反馈。此外, VPA结果表明,影响植物-土壤反馈最大的因素是物种本身特性,土壤和真菌的影响大小因反馈类型而异。该研究揭示了温带针阔混交林中植物-土壤反馈的影响因素,同时反映出温带森林不同树种的Janzen-Connell效应存在较大的变异性,为更好地研究物种间相互作用与其内在调控...     

起测径对南盘江流域次生林中枯立木空间结构的影响

树木大小是林分的基础属性,反映个体在森林生态系统过程中扮演的角色和地位。作者于2016-2018年在中国西南地区南盘江流域松栎混交林中建立3块永久性标准固定样地(A、B、C),并用双相关函数g(r)、标记相关函数kmm(r)、标记变差函数γ(r)和k-邻体距离分布函数Dk(r)分析不同大小枯立木的空间结构特征,以揭示林分水平上枯立木的大小和空间结构之间的关系。结果显示:(1)枯立木的起测径(minimum measured diameter,mmd)越小,小尺度上(r=0~5 m)的分布格局趋向聚集状态,但随着起测径的增大(mmd=5~8 cm),随机分布格局几乎占据每个尺度(r=0~20 m)。(2)当起测径等于1~2 cm时,枯立木的大小在小尺度上(r=0~1 m)接近聚集分布,除此之外它一直保持随机分布。(3)当起测径≤4 cm时,枯立木的树种分布集中;反之,它在每个尺度上越接近或成为随机状态。(4)当起测径由1 cm增大至8 cm时,r=0~10 m之内相邻木的株数减少且距离增加,其变化程度受到林分株数的影响。研究表明,枯立木的起测径与其分布格局类型、标记特征以及距离分布紧密相关,暗示同种小树易呈团块死亡,而大径的枯立木偏向随机分布;对比分析枯死木的空间结构需使用统一的起测径标准。     

山西历山国家级自然保护区千金榆群落种间分离研究

对山西历山国家级自然保护区普通沟和西峡的千金榆(Carpinus cordata)群落进行野外调查,共记录了40个样方,44个物种,组成946个种对.利用最近邻体法构造N×N最近邻体列联表,以x2检验和种间分离指数S作为区分指标,研究了千金榆群落的种间分离情况.结果表明:(1)946个种对中呈现随机毗邻的最多,有507个种对,占总数的53.59％;呈现正分离的有349个种对,占总数的36.89％;而呈现负分离种对最少,只有90对,占总数的9.52％.(2)群落的建群种或优势种因为有较强的生存能力和竞争能力,往往表现出正分离,例如千金榆、小叶鹅耳枥(Carpinus turczaninowii)、五角枫(Acer mono)、葛罗槭(Acer grosseri)等有较强生存能力的物种与大多数的物种发生正分离;而六道木(Abelia biflora)、东北茶镳子(Ribes mandshuricum)、小花溲疏(Deutziaparviflora),美蔷薇(Rosa bella)和紫花卫矛(Euonymus porphyries)等群落中的伴生种或小灌木,与部分物种形成负分离.其余物种之间发生随机毗邻的较多.(3)对千金榆群落44×44列联表进行全面分离,结果表明群落内的44个物种相互交错分布,不是全面分离.此外,种间分离的结果也揭示该群落处于演替初期,受岩石风化崩塌的影响较严重,人为干扰因素较轻.