锌指结构：最普遍的核酸识别元件

锌指是最大的DNA结合蛋白家庭,是识别DNA最有效、最成功的一种结构元件。其模块性结构特点及与核酸作用的相对简单性,使其成为研究蛋白-核酸相互作用的理想材料,以及人为设计筛选新的核酸结合蛋白的最佳元件。     

基于感光色素吸收信号的太湖藻类识别

铜绿微囊藻和斜生栅藻是太湖"水华"的主要藻种,基于室内纯铜绿微囊藻、斜生栅藻组成色素的吸收系数,通过四阶微分、标准化系数等方法对太湖水体浮游植物中铜绿微囊藻和斜生栅藻进行识别,并确定其组成比例。结果表明,纯藻组成色素的吸收系数应用于其在太湖水体浮游植物中比例的确定和识别中,能够全面考虑辅助色素的识别作用,较好地避免非色素物质吸收信号的干扰,具有较好的识别效果。太湖水体浮游色素中铜绿微囊藻比例最高,斜生栅藻次之,由夏季向冬季过度中,铜绿微囊藻比例不断减小,斜生栅藻的比例逐渐升高,但铜绿微囊藻比例仍略高于斜生栅藻;铜绿微囊藻的区域分布差异性较小,但时间差异性相对较大,而斜生栅藻恰恰相反,空间分布差异性较大而时间分布差异性较小。       

植物根毛生长发育及分子调控机理

植物根毛是植物吸收营养的主要器官, 了解根毛的发生、发育及遗传规律, 能对植物的养分吸收研究提供有利依据。文章旨在介绍植物根毛形态发生特性、发育生长过程及分子调控机理的研究进展, 利用比较基因组学方法研究农作物根毛形态和功能, 及有目的性的对根生长发育进行调控提供参考。研究发现植物根毛发育有反馈侧向抑制(lateral inhibition with feedback)和位置决定模式(position-dependent pattern of cell differentiation)两种方式。拟南芥根表皮细胞是以位置方式决定毛或非毛细胞发育类型, 已成为研究植物细胞命运和分化的模型。目前, 已经鉴定出控制根毛发育的基因, 包括一些转录因子如MYB家族蛋白TRIPTYCHON(TRY)、CAPRICE(CPC)和basic Helix-Loop-Helix (bHLH)蛋白GLABRA3、ENHANCER OF GLABRA3(EGL3)及WD-repeat蛋白等基因。最后针对根毛研究前景提出展望。     

古代DNA研究中污染的控制和识别

现代分子生物学中PCR技术的发展使得直接分析古代动植物和人类材料中的DNA成为可能,这为考古学、人类学和古生物学提供了一种新的研究手段。但由于PCR技术的高度敏感性和古代DNA含量的极其微量性,古代DNA研究也极易受现代DNA污染。如何甄别所获得的DNA是真实的古代DNA而不是污染的现代DNA是所有古代DNA研究工作者都要面临的挑战,污染的控制和识别也因此成为古代DNA研究中一个至关重要的问题。本文将着重讨论在古代DNA研究的各个步骤中应如何进行有效的污染控制和识别。     

锌指蛋白的核酸识别特异性研究进展

锌指蛋白是最大的DNA结合蛋白,它能和DNA进行特异性识别,是研究蛋白－DNA相互作用的理想对象。改变锌指元件上的几个保守的氨基酸位点可设计筛选出序列特异的全新锌指蛋白,计算机在锌指蛋白设计方面的应用,使得全新的锌指蛋白识别特异性明显增强。这在基因治疗等方面,具有广阔的应用前景。     

HBV前S1蛋白与HepG2细胞膜蛋白结合位点鉴定

为鉴定HepG2细胞膜蛋白识别HBV包膜蛋白preS1区的位点.通过删除突变的方法构建preS1的不同区域片段与GST融合的重组表达质粒,将表达质粒转入E.coli BL21菌株中原核表达,以生物素标记HepG2细胞膜蛋白,pull down试验分析HepG2细胞膜蛋白识别preS1的位点.结果表明,21～33位氨基酸是HepG2细胞膜蛋白识别preS1的主要位点.通过对HepG2细胞膜蛋白与preS1结合的位点的分析,为进一步研究preS1在HBV早期感染中的作用和HBV包膜蛋白受体打下基础.     

遥感技术在鸟类生态学研究中的应用

获取鸟类活动及生境信息是鸟类生态学研究的基础, 而遥感技术弥补了传统野外调查方法的缺陷, 提供了获取多种信息的新途径。应用遥感技术的鸟类生态学研究热点从最初的种群行为观察, 到栖息地选择, 再到生境适宜性、破碎化及人为干扰探究等, 随着技术的不断发展也在扩展和变化。不同波段或组合下的遥感技术各有所长。光学遥感应用广泛, 尤其是信息量较大的红外波段图像和作为野外鸟巢及物种活动监测常用工具的红外相机; 多光谱图像常用于栖息地制图以及地物识别, 高空间分辨率的数据甚至可对鸟类种群进行直接计数; 高光谱数据则可对光谱特征相似的地物进行更为精确的区分和反演; 激光雷达遥感主要用于栖息地植被结构的三维探测, 为了解鸟类栖息地选择提供更好的依据。微波遥感在飞鸟探测上应用颇多, 近年来多极化数据在复杂栖息地精确制图上也具有优势, 但成本较高、解译复杂且推广度较低。在实际应用中, 遥感数据时空尺度的选择会影响研究结果, 部分遥感反演参数也缺乏生态学意义。多源遥感数据的结合应用能够提升制图分类的精度, 实现数据的时空分辨率互补, 优化鸟类生态研究所需参数。未来的遥感技术在鸟类生态学中的应用应致力于提供更加明确的光谱信息、相对简便的解译方法, 以及更为合理的多源数据组合方式等。     

KELMPSP:基于核极限学习机的假尿苷修饰位点识别

假尿苷(ψ)是RNA序列中的一种化学修饰,其在基因转录过程中,由酶的催化作用而形成。它是目前所发现为数最多的一种RNA修饰,并且在正常行使生物学功能方面扮演着重要角色。因此,假尿苷修饰位点的识别是一个非常重要的研究领域。随着RNA序列数据的急速增长,基于机器学习识别假尿苷位点的方法相继提出,但其识别精度有待提高。因此,本文提出了一个新的融合核苷酸化学性质、核苷酸浓度和位置特异性的单核苷酸、双核苷酸、三核苷酸偏好特征的序列编码方式,并基于此编码方式和核极限学习机（Kernel Extreme Learning Machine, KELM）算法,构建了一个新的假尿苷位点预测器,该预测器被称为“KELMPSP”。通过Jackknife测试和独立数据集测试表明,KELMPSP明显优于现有的假尿苷位点预测器。KELMPSP可以通过网站：http://39.10577.161:8890/KELMPSP进行使用。     

广聚萤叶甲成虫取食经历对后续 产卵寄主选择的影响

【背景】取食经历对植食性昆虫的寄主选择行为具有较大影响,影响天敌昆虫寄主专一性测定的设计和结果解释。【方法】采用选择性试验,观察了入侵豚草的重要天敌——广聚萤叶甲成虫羽化后取食不同植物对其后续产卵寄主选择的影响。【结果】与取食豚草的试虫相比,有取食三裂叶豚草、苍耳或菊芋经历的成虫选择苍耳产卵的频次增加,不再对豚草表现出明显的选择偏好性。对产卵识别期的Cox模型分析结果表明,成虫早期取食不同植物,对后续产卵选择有显著影响,成虫羽化后如果先取食豚草或三裂叶豚草,则选择苍耳产卵的倾向显著低于豚草;但如果先取食苍耳、菊芋和农家向日葵,则选择苍耳产卵的倾向与豚草无显著差异。【结论与意义】由此推测,广聚萤叶甲初羽化成虫取食的植物对其后续产卵选择具有较大影响,因而在寄主专一性测定中应关注测试前饲喂的植物种类。     

雌性根田鼠对血液气味的行为识别

大量研究表明尿液在动物的嗅觉通讯中具有重要作用,血液是尿液的根本来源,但对其嗅觉通讯功能的研究较少.因此以雌性根田鼠Microtus oeconomus为研究对象,在行为选择箱中观察其对4种气味源的行为响应模式以判断能否识别不同血液气味.气味源分别为雌性根田鼠血液、雄性根田鼠血液、雄性Wistar大鼠血液和蒸馏水对照.结果表明:雌性根田鼠能够识别血液气味,且通过血液气味进行种间识别,但不能进行性别识别.