基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型

[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...     

人类Y染色体常染色质部分DNA YAC重叠克隆构建

人类基因组研究的目标在于人类基因组全部DNA的核苷酸顺序的测定,及在此基础上的对所有基因的编码及其生化功能的研究。全基因组DNA的完全的物理图谱构成,包括全基因组DNA的大片段克隆,及覆盖完整基因组的克隆重叠排序是达成这一目标的首要步骤。     

糖皮质激素抑制加压素释放的细胞膜机制

利用离休孵育脑薄片和放射免疫测定其释放的精氨酸加压素（ＡＶＰ）方法,探讨糖皮质激素（ＧＣ）在不能进入细胞内的情况下,对去肾上腺大鼠的下丘脑薄片释放ＡＶＰ的快速影响及其可能的细胞膜机制。结果如下：（１）下丘脑薄片能够稳定地释放ＡＶＰ（２ｈ）,其释放量为１５．４２±１．２８ｐｇ／ｍｉｎ;（２）牛血清白蛋白耦联皮质酮（Ｂ－ＢＳＡ）对ＡＶＰ的释放具有快速的（２０ｍｉｎ）抑制性效应,在１０￣（－７）─１０￣（－４）ｍｏｌ／Ｌ范围内呈剂量一效应关系;（３）ＧＣ细胞内受体拮抗剂ＲＵ４８６（１０￣（－４）─１０￣（－３）ｍｏｌ／Ｌ）能部分地阻断Ｂ─ＢＳＡ的快速抑制效应;（４）孵育液中Ｃａ￣（２＋）程度升高,Ｂ─ＢＳＡ的快速抑制效应明显增强;反之,孵育液中无Ｃａ￣（２＋）则Ｂ－ＢＳＡ的快速抑制效应有所减弱。表明ＧＣ在未进入细胞内的情况下也可快速地抑制大鼠下丘脑薄片释放ＡＶＰ,因此没有通过传统的基因组机制,而是由非基因组机制介导的,其作用部位在细胞膜水平上,可能是影响Ｃａ￣（２＋）的跨细胞膜内流通量或／和影响有Ｃａ￣（２＋）参与的ＡＶＰ释放过程的结果。     

质体在非均衡分裂下传递分配的概率

质体非均衡分裂时,其传递和分配情况复杂,重组状态多。本文分析了突变质体在各种分配情况下得到的概率,条件概率、联合概率和一细胞至少含m_0个突变质体的概率公式及计算示例。讨论了它们在生物学中的重要意义。     

一个多抗小麦—中间偃麦草新种质的选育和细胞分子生物学鉴定

经过多年田间和温室接种抗病性鉴定,从(77-5433×中5)杂交组合花药培养后代中选育出一个兼抗大麦黄矮病、条锈、叶锈和秆锈4种小麦主要病害的新种质遗4212。遗4212的体细胞染色体数为42,在减数分裂中期Ⅰ,在几乎所有的花粉母细胞中都可以观察到21个二价体,这说明遗4212是一个在遗传上业已稳定的整倍体材料。对(遗4212×77-5433)F_1代花粉母细胞的观察表明,遗4212可能是含1对外源中间偃麦草染色体的代换系或具较大中间偃麦草染色体片段的易位系。用基因组原位杂交(genomic in situ hybridization,GISH)对遗4212的有丝分裂中期相、减数分裂后期Ⅰ相和(遗4212×77-5433)F_1代花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ、后期Ⅰ进行了检测,确证遗4212含1对外源中间偃麦草染色体。这些结果表明,遗4212是一个小麦一中间偃麦草代换系,其抗病性来自其携带的1对中间偃麦草。     

质体环状DNA的制备

一、前言 质体(原质体系)的编码潜力寄存于单环DNA分子中,在生物学的基本过程中,这种DNA分子高度重复并且与基因组合作。在译解自养真核生物复杂的遗传系统中,这种DNA是一种有用的探针。     

大豆7S贮存蛋白基因结构

大豆胚胎发生的中熟期(mid-maturation)合成的大量贮存蛋白质为研究高等植物基因表达调节提供了一个极好的系统。已对其中两种主要的贮存蛋白质,大豆球蛋白(glycinin)(11s)和conglycinin(7S)作了生物化学定性。     

木犀科植物叶绿体基因组结构特征和系统发育关系

木犀科11属19个种叶绿体基因组的一般特征和变异特征的比较分析显示, 结果表明, 该科叶绿体基因组大小为154-165 kb, 其差异主要是大单拷贝(LSC)长度的差异所致。Jasminum属3个物种的叶绿体基因组长度与其余物种有较大差异, 该属clpP基因内含子和accD基因丢失。共线性分析表明, Jasminum属3个物种多个基因出现基因重排现象, 倒位可能是重排的主要原因。Jasminum属在IRb/SSC和SSC/IRa边界的基因均与其它物种不同; 重复序列与SSR数量检测结果表明, Jasminum属与其余物种在数量及重复长度上差异较大。基于CDS数据构建的系统发育树表明, Abeliophyllum distichum和Forsythia suspensa为木犀科中较早分化的类群。     

鲤科鱼类6个正反交人工异源三倍体胚胎的染色体变化及其发育命运

采用静水压休克保留第二极体的方法,在鲤(♀)×鲢(?)、鲫(♀)×鲢(?)、白鲫(♀)×鲢(?)和鲢(♀)×鲤(?)、鲢(♀)×鲫(?)、鲢(♀)×白鲫(?)6个正反交组合中都诱导出了异源三倍体,但只有正交鲤(♀)×鲢(?)、鲫(♀)×鲢(?)和白鲫(♀)×鲢(?)3个处理组中整倍性的异源三倍体胚胎才有可能正常发育,孵化出苗;而反交鲢(♀)×鲤(?)、鲢(♀)×鲫(?)和鲢(♀)×白鲫(?)3个处理组中的异源三倍体胚胎在发育过程中不断发生染色体排除和丢失,形成非整倍体而死亡,只有少数雌核发育二倍体鲢才能孵化出苗。结果表明,鱼类人工异源三倍体胚胎的发育命运与杂交物种间的基因组大小有关。