具有负扰动项二阶中立型非线性动力方程的振动性与渐近性质

本文讨论时标上具有负扰动项的二阶中立型非线性动力方程的振动性与渐近性质,获得了适用于所有时标的动力方程解的振动性和渐近性的充分条件,阐述了方程中各项的系数在方程解的定性性质中的作用,推广和改进了已有文献的有关结果,并给出了应用实例.     

Bayesian Peak Picking for NMR Spectra

Protein structure determination is a very important topic in structural genomics,which helps people to understand varieties of biological functions such as protein-protein interactions,protein–DNA interactions and so on.Nowadays,nuclear magnetic resonance(NMR) has often been used to determine the three-dimensional structures of protein in vivo.This study aims to automate the peak picking step,the most important and tricky step in NMR structure determination.We propose to model the NMR spectrum by a mixture of bivariate Gaussian densities and use the stochastic approximation Monte Carlo algorithm as the computational tool to solve the problem.Under the Bayesian framework,the peak picking problem is casted as a variable selection problem.The proposed method can automatically distinguish true peaks from false ones without preprocessing the data.To the best of our knowledge,this is the first effort in the literature that tackles the peak picking problem for NMR spectrum data using Bayesian method.     

朴素贝叶斯判别的判别效用分析

通过模拟实验研究了朴素贝叶斯判别的独立性假定对误判率的影响.实验结果表明:对于两个二维正态总体,当两类的距离为1、2、3时,在真实密度下进行判别的误判率随类内特征间相关系数的增加而减小,而朴素贝叶斯判别的误判率与特征间相关系数变化无关,因此随着类内特征间相关系数的增加,朴素贝叶斯判别的误判率明显增加,当类内特征间相关系数均为0.8时,朴素贝叶斯判别的误判率分别提高43.8%、220.8%和785.7%;对于高维正态总体模拟实验显示出同样的规律.     

基于nrDNA ITS 和 ETS序列对樟科黄肉楠属（Actinodaphne)的系统学研究

应用nrDNA ITS和ETS序列探讨了樟科Lauraceae黄肉楠属Actinodaphne的系统演化关系。对得到的3个序列矩阵(ITS、ETS和ITS/ETS), 采用MP (maximum parsimony), ML (maximum likelihood)和Bayesian 3种分析方法进行了系统发育分析。结果显示, 本文选的黄肉楠属Actinodaphne物种与所选的月桂族中的外类群靠近并混和在一起, 进一步证实了本属为一个复系类群。结合对传统的形态学性状的重新认识, 认为花序类型特征可能是重新界定黄肉楠属的最重要的性状, 具有相同花序类型的物种可能具有相同的起源。然而, 由于取样数量相对较少以及对矩阵的单独分析存在一定的差异, 还需更详细的研究来验证本文对黄肉楠属系统演化关系的假设, 并进一步更精确地重建本属的系统发育关系。     

基于GES机制遗传算法构建基因调控网络

目的：基因调控网络在药物研发与疾病防治方面有重要的生物学意义。目前基于芯片数据构建网络的方法普遍效率不高,准确度较低,为此提出了一种新的高效调控网络结构预测算法。方法：提出了一种基于贪婪等价搜索机制的遗传算法构建基因调控网络模型。通过引入遗传算法的多点并行性,使得算法易于摆脱局部最优。通过编码网络结构作为遗传算法的染色体和设计基于GES机制的变异算子,使网络的进化过程基于马尔科夫等价空间而不是有向无环图空间。结果：通过对标准网络ASIA和酵母调控网络的预测,与近期Xue-wen Chen等提出的Order K2算法进行了比较,在网络构建准确率上获得了更佳的结果。与标准遗传算法比较下在执行效率上大大提高。结论：提出的算法在网络结构预测准确率上相对于最近提出的Order K2算法在准确率上效果更佳,并且相较标准遗传算法网络在进化过程上效率更高。     

基于线粒体基因组全序列的鲟形目鱼类(Pisces: Acipenseriformes)的分子系统发育重建

为厘清鲟形目鱼类的系统发育, 研究新测定了中华鲟(Acipenser sinensis)、长江鲟(A. dabryanus)、短吻鲟(A. brevirostrum)、纳氏鲟(A. naccarii)、鳇(Huso dauricus)和匙吻鲟(Polyodon spathula)共6种鲟类的线粒体全基因组序列。联合已测的17种鲟类的线粒体基因组数据, 利用最大似然法和贝叶斯法重建了鲟形目鱼类的分子系统发育关系, 并采用似然值检验对不同的树拓扑结构进行了评价。结果表明, 6种新测鲟类的线粒体基因组大小为16521—16766 bp, 编码13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因和2个核糖体基因, 与大多数已测的鲟类的线粒体基因组结构高度相似。基于23种鲟形目鱼类线粒体基因组数据, 系统发育分析的结果表明: (1)鲟形目的两个科, 匙吻鲟科(Polyodontidae)和鲟科(Acipenseridae)均为单系; (2)鲟科的内部亲缘关系复杂, 鲟属和鳇属的物种均不构成单系群。鲟科鱼类按分子系统发育重建结果可以分为3个类群: 尖吻鲟类(A. sturio - A. oxyrinchus clade)、大西洋鲟类(Atlantic clade)和太平洋鲟类(Pacific clade)。树拓扑结构的检验结果表明, 鲟科的系统发育关系为(尖吻鲟类(太平洋鲟类, 大西洋鲟类))。铲鲟属(Scaphirhynchus)是大西洋鲟类的基部类群。研究也说明线粒体基因组数据在鲟形目鱼类系统与进化研究方面具有重要应用价值。     

主流分子钟定年方法的原理、误差来源和使用建议

近年来, 分子钟定年方法(molecular dating methods)得以广泛运用, 为宏观进化研究尤其是生物多样性及其格局形成历史的相关研究提供了不可或缺且十分详尽的进化时间框架。贝叶斯方法(Bayesian methods)和马尔可夫链蒙特卡罗方法 (Markov chain Monte Carlo)可容纳多维度、多类型的数据和参数设置, 因此以BEAST、PAML-MCMCTree等软件为代表的贝叶斯节点标记法(Bayesian node-dating methods)逐渐成为分子钟定年方法中最为广泛使用的类型。贝叶斯框架的优势之一在于其可以利用复杂模型考虑各种不确定性因素, 但是该类方法中各类模型和参数的设置都可能引入误差, 从而影响进化分化时间估算的可靠性。本文介绍了贝叶斯分子钟定年方法的原理和主要类型, 并以贝叶斯节点标记法为例, 重点讨论了分子钟模型、化石标记的选择与放置、采样频率及化石标记点年龄先验分布等因素对节点定年的影响; 提供了贝叶斯时间树构建软件的使用建议、节点年龄的讨论原则和不同模型下时间树的比较方法, 针对常见的引起节点年龄潜在高估和低估风险的情况作了分析并给出了合理化建议。我们认为, 合理整合多种贝叶斯方法和模型得出的结果并从中择优, 能够提高定年结果的可靠性; 研究人员应对时间树构建结果与其参数设置的关系开展讨论, 从而为其他学者提供参考; 化石记录的更新与分子钟定年方法的改进应同步不断跟进。     

一类非线性分数阶奇异耦合系统正解的存在性

讨论了一类非线性分数阶奇异耦合系统正解的存在性和唯一性,通过分数阶格林函数及其性质将微分系统转化为等价的积分系统,应用偏序上的不动点定理得到系统正解的存在性和唯一性.     

几类具有无穷时滞泛函微分方程正周期解的存在性

运用Leray-Schauder不动点定理研究具有无穷时滞的泛函微分方程的正周期解的存在性问题,获得了存在正周期解的充分条件,改进了文献[3]中的结果.     

Multilocus Phylogeny of Lycodon and the Taxonomic Revision of Oligodon multizonatum

Classification of the Asian snake genera Lycodon and Oligodon has proven challenging. We conducted a molecular phylogenetic analysis to estimate the phylogenetic relationships in the genus of Lycodon and clarify the taxonomic status of Oligodon multizonatum using mitochondrial（cyt b, ND4） and nuclear（c-mos） genes. Phylogenetic trees estimated using Maximum Likelihood and Bayesian Inference indicated that O. multizonatum is actually a species of Lycodon. Comparing morphological data from O. multizonatum and its closest relatives also supported this conclusion. Our results imply that a thorough review of the evolutionary relationships in the genus of Lycodon is strong suggested.