肿瘤表达谱基因芯片数据的混合效应模型分析

目的:研究混合效应模型(Mixed Effects Model)在肿瘤表达谱基因芯片数据分析中的检验效能,并探讨其分析效果。方法:采用混合效应模型分析肿瘤实例基因芯片数据,并以基因集富集分析方法(GSEA)作为参照比较分析结果的有效性和科学性,探讨其检验效果。结果:通过混合效应模型和基因集富集分析(GSEA)两种方法对肿瘤基因芯片数据的分析和比较,两种方法筛选出共同的差异表达通路外,混合效应模型额外地筛选出来GSEA未能检验到的8条差异表达通路,且得到文献支持;混和效应模型筛选出的前10个差异表达通路中有6个已有生物学证明而基因集富集分析方法(GSEA)筛选出的前10个差异表达通路中仅有4个已有生物学证明。结论:混合效应模型作为top-down方法中的典型代表,其优势在于通过构建潜变量达到降维目的,可有效地减少多个复杂的变异来源从而保证了结果的准确性和科学性,其检验效能优于基因集富集分析方法(GSEA),是一种行之有效的筛选肿瘤基因芯片数据的分析方法。     

农业生产中四组数据的Logistic模型的参数确定

本文介绍了求非线性回归模型参数的基本理论,选择Logistic回归模型作为模型函数.以牧草再生长的数据集1为例,用Mathematica软件绘制了数据集1的点图.最后给出四组数据的拟合曲线和置信域.     

利用基因芯片技术筛选秦川牛公牛与阉牛肌肉组织差异表达基因

为了筛选秦川牛公牛和阉牛肌肉组织差异表达的基因,探讨二者肉质差异的分子生物学机理,文章利用Affymetrix公司生产的牛基因组芯片技术,分别检测了3头36月龄秦川牛公牛与阉牛背最长肌肌肉组织的mRNA表达水平变化;运用Significance Analysis of Microarrays(SAM)法对秦川牛公牛和阉牛基因表达谱进行了差异分析;并通过分子注释系统平台(MAS2.0)对差异表达基因进行了功能富集类分析和调控通路分析;最后应用实时定量PCR技术对部分差异表达基因进行了验证。基因表达谱分析结果显示,在36月龄秦川牛的肌肉组织中,共检测到约11000个探针,代表大约10000个基因。共筛选出差异表达基因143条,主要涉及胶原纤维的组织和合成、细胞粘附、细胞生长调控、泛素介导的蛋白分解代谢和横纹肌收缩等生物学过程;在分子注释系统数据库中注释到的显著调控通路为细胞外基质受体反应、细胞通讯、焦点粘连和紧密连接等;所验证的差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。结合已有的文献报道,文章初步认为ECM受体反应、细胞通讯、焦点粘连、紧密接头等调控通路及COL3A1、COL1A1、COL1A2、SPP1、FBN1、MMP2、ECM1、MYH3、MYH8、S100A4、ASPN、CFD等基因可能是参与调控秦川牛阉割前后肉质性状差异的重要调控通路和基因。此外,还筛选出一些尚未在GenBank上登陆的序列,推测可能是未知的新基因,它们在牛肉质代谢过程中的作用还需进一步的研究证明。     

草鱼胶原凝集素基因的克隆及其功能分析

从草鱼Ctenopharyngodon idella肝肾cDNA文库中克隆得到胶原凝集素基因。草鱼胶原凝集素全长cDNA为1128bp,其中5′非编码区229bp,3′非翻译区104bp,最大开放阅读框为795bp,编码264个氨基酸。系统进化分析表明草鱼胶原凝集素与斑马鱼的亲缘关系最近。根据草鱼胶原凝集素序列特征,克隆了包含糖基识别域(CRD)的cDNA,并进行原核表达、纯化获得其重组蛋白PCRD。进行PCRD与6种细菌的凝集和糖抑制实验,结果表明半乳糖、葡萄糖、甘露糖和麦芽糖4种糖都会使PCRD与嗜水气单胞菌的凝集明显下降甚至极大地干扰凝集;麦芽糖使金黄色葡萄球菌的凝集明显下降,而肽聚糖和甘露糖会使凝集受到抑制;此外,PCRD的凝集反应不依赖Ca2+。     

胰岛素在外科领域的应用进展

胰岛素是治疗糖尿病最重要的药物,越来越多的证据表明,作为体内最重要的促合成激素,胰岛素不仅仅能降低血糖,而且能改善代谢失调、炎症应答、免疫功能,并促进创伤愈合.胰岛素在外科领域的应用逐渐受到重视,例如危重痛、创伤外科、感染外科等等.     

膜层析技术在下游工艺中的应用

随着生物技术尤其是单抗药物的快速发展,我们发现工艺过程中会陆续遇到一些挑战,例如：药物使用剂量的增加需要更加经济稳定的工艺的支撑;在工艺设计之初就要考虑所选择方法的简便性和可放大性;同时法规也就药品中内毒素、残留DNA、HCP与潜在病毒等污染物的检测限度提出了更高的要求。面对这些挑战,需要更多的创新技术来解决相应的问题。在改进工艺的经济性和污染物控制上,大家谈论较多的技术是膜层析技术。     

肿瘤: 一种蛋白质组病

恶性肿瘤的发生是一个涉及多因素、多基因的多阶段病理过程. 以往的研究主要集中在基因组和转录组分析. 随着人类基因组计划的完成, 肿瘤研究开始进入“后基因组时代”, 肿瘤蛋白质组学应运而生. 蛋白质作为基因功能的主要执行者, 一方面在肿瘤发生发展过程中扮演重要角色, 另一方面在很大程度上决定正常细胞和肿瘤细胞之间的差异(如异型性、恶性特征等). 本文提出, 肿瘤是一种蛋白质组病, 并根据肿瘤比较蛋白质组、表达蛋白质组、功能蛋白质组和结构蛋白质组研究进展, 从肿瘤发生发展过程中蛋白质(组)表达水平及状态、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用及网络调控等三个方面进行阐述. 该观点的提出, 将为肿瘤发病机制的研究开辟新的领域, 为肿瘤的诊断(如生物标志物筛选)和筛选(如药物新靶标)提供新的思路, 具有重要的科学意义和临床应用价值.     

多通道局部场电位时变频谱的同步模式及其对行为事件的编码

用时变相干（time-varying coherence）频谱方法分析多通道局部场电位（local field potentials, LFPs）随时间变化的同步模式及其对行为事件的编码。实验数据为行为事件前后3秒的28通道LFPs。分别计算每个通道LFP的功率谱密度（power spectral density, PSD）及多通道LFPs各个特征频段的PSD,选取PSD分布集中的?兹频段为LFPs的特征频段;应用离散二进小波变换获取LFPs的?兹频段分量;从28通道LFPs中选取PSD最大的通道作为参考通道。选取计算窗口为50 ms,从初始点开始计算每个窗口中每个通道LFP及其?兹分量对参考通道的频谱相干分析。移动窗口步长为25 ms,获取多通道LFPs及其?兹分量的时变频谱相干动态分布。研究结果显示,?兹频段分量的PSD占LFPs总功率的71.95%,表明?兹分量是实验中多通道LFPs同步的特征频段;多通道LFPs的?兹分量频谱相干值随时间变化,行为事件点前后1 s的相干值具有显著差别（P＜0.05）,表明多通道LFPs的?兹频段时变频谱相干有效地编码了这一行为事件。     

桂西南岩溶区八种适生植物光合性状的变异与关联

为探究岩溶植物的光合生理适应机制，采用Li-6400XT便携式光合作用测量系统，对广西平果市岩溶区8种适生植物的叶片净光合速率(P_n)、气孔导度(G_s)、胞间CO₂浓度(C_i)、蒸腾速率(T_r)、水分利用效率(WUE)和气孔限制值(L_s)等光合特征参数进行了测定分析。结果表明：(1)6个光合特征参数在种内和种间均存在不同程度的变异，并且种内变异均大于种间变异。(2)G_s和T_r的变化主要来源于种间变异(46.72%～49.76%),而P_n、C_i、WUE和L_s变化主要来源于种内变异(48.66%～64.50%)。在生活型水平上，P_n、G_s和T_r的种内变异表现为常绿植物小于落叶植物，而C_i、WUE和L_s则相反。(3)各参数的种间变异均表现为落叶植...     

细胞渗透肽的研究近况

细胞渗透肽是一类能携带大分子物质进入细胞的短肽,其跨膜能力不依赖经典的胞吞作用,被认为是一种理想的运载工具,在将蛋白质和其他分子导入活细胞的研究中有着广泛的应用前景.该文着重介绍细胞渗透肽的跨膜转运机制及其应用等.