代谢组学信息获取与数据预处理瓶颈问题探讨

经过近15 年的快速发展,代谢组学已逐步成熟并渗透到生命科学和医学研究领域的各个层面。随着认识的不断深入,各种影响代谢组学研究的细节因素和技术瓶颈逐步被揭示。从生物样品采集与制备、原始数据采集、数据预处理和方法学验证等方面系统探讨了影响代谢组学研究的主要瓶颈问题,以期推动代谢组学研究的精细化和规范化发展。     

非编码RNA在急性肾损伤中作用及机制的研究进展

急性肾损伤(acute kidney injury,AKI)是临床常见的综合征,是慢性肾脏病和终末期肾脏病的独立危险因素.目前对于AKI的治疗和早期诊断的手段仍十分有限,其发病率和死亡率呈上升趋势.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),包括微小RNA、长链非编码RNA和环状RNA,是转录自基因组的不...     

基于最小数据方法的甘南藏族自治州生态补偿标准

生态补偿标准的确定是生态补偿机制建立的难点和重点.根据1987-2007年甘南州气象站和2007年甘南藏族自治州的社会调查资料,采用最小数据方法、社会调查法、降水储水量法对草地生态系统服务的供给曲线进行模拟.结果表明：2007年,甘南藏族自治州年实施生态补偿的机会成本为503.6 yuan·hm^-2,草地生态系统提供的单位水源涵养量为1110.7 m³·hm^-2,补偿标准为788.6 yuan·hm^-2,草地生态系统提供的总水源涵养量为2.56×10.9 m³.     

植物基因组大小进化的研究进展

不同的真核生物之间基因组大小差异很大, 并与生物体复杂性不相关, 在基因组中存在大量的非编码DNA序列是造成这种差异的主要原因, 特别是转座子序列。文章综述了植物基因组大小差异以及引起这种差异的主要进化动力的最新研究进展。植物基因组多倍化和转座子积累是导致基因组增大的主要动力, 而同源不平等重组和非正规重组则是驱动基因组DNA丢失的潜在动力, 以制约基因组无限制地增大。文中还讨论了植物基因组大小进化方向, 即总体趋势是朝着增大的方向进化, 某些删除机制主要是削弱这种增大作用但不能逆转。     

光照和不同药剂浸种对龙葵种子发芽率的影响

为探索超富集植物龙葵种子的快速发芽方法,以滤纸为发芽基质,采用恒温培养箱及温室培养的方法,对龙葵种子进行不同浸种处理,探讨光照及不同浸种液对龙葵种子发芽的影响.结果表明: 光照条件是龙葵种子发芽的重要条件之一,光照条件下的发芽率约为无光照条件下发芽率的5倍(P<0.05);不同浸种液均能显著提高龙葵种子的发芽率,其中以双氧水的处理效果最好,发芽时间最短(P<0.05);浸种后不经清洗处理的龙葵种子发芽率约为浸种后再经清洗处理发芽率的2～3倍(P<0.05).     

国家野外试验站现状分析及网络化体系构建

为了推动筹建国家级重点野外科学观测试验站网络化管理的工作,充分发挥野外试验站所观测数据的作用.我们选取了25个野外试验站作为试点站,并于2002年8月至10月主要采用调查表、网上查询和电子邮件交流的方式进行调查,调研的主要内容涉及各野外台站的基本情况、软硬什和网络以及数据集现状,以及国外野外台站的运行状况和发展趋势.通过调查结果的分析,表明目前我国野外台站在数据监测、管理以及数据标准化与共享方面存在较多的不足之处.据此提出建立网络台站管理体系的框架,为实现我国国家级野外试验站数据标准化与信息共事的目标奠定基础.     

玉米花粉特异的非编码RNA基因ZM401 cDNA全长的克隆及其发育表达模式

通过差异筛选法并结合冷噬菌斑筛选,从玉米(Zea mays L.)成熟花粉cDNA文库中克隆到一个玉米花粉特异表达的cDNA片段ZM401(663bp).Northern杂交表明ZM401是一个玉米花粉特异表达的基因.本文采用5'RACE,3'RACE及重叠PCR技术获得了ZM401 cDNA的全长(1 149 bp).采用生物学软件对ZM401 cDNA的序列和结构进行分析,结果表明,该基因缺乏明显的开放阅读框架,序列中最长的开放阅读框架仅有89个氨基酸,但具有poly(A)尾部结构,符合非编码RNA基因的特点.推断ZM401基因是一个非编码基因.RT-PCR及Northern blot分析表明ZM401基因从玉米花粉小孢子四分体时期、单核期、双核期、成熟花粉开始表达,而且表达量依次增强,证明ZM401可能与玉米花粉的晚期发育过程相关.同时,Northern杂交显示ZM401基因在玉米花粉发育中有两种转录本存在.     

基于物质流分析和数据包络分析的区域生态效率评价——以江苏省为例

区域生态效率(eco-efficiency)评价是考量区域可持发展的重要内容.基于物质流分析(material flow analysis, MFA)构建区域生态效率评价指标体系,并将污染物排放作为一种非期望输入引入到数据包络分析(data envelopment analysis, DEA)模型中,以江苏省(1990～2005年)为例进行生态效率分析评价.结果表明,江苏省的区域生态效率在1990～2005年期间呈现逐步上升的趋势.但是,同期的总物质投入(total material input, TMI)、物质需求总量(total material requirement, TMR)和污染物排放量也呈上升趋势.因此,江苏省社会经济发展和环境影响总体上呈现"弱脱钩(weak de-link)".     

沙地景观中矢量数据栅格化方法及尺度效应

针对景观生态学研究中的数据转换(矢量数据转换为栅格数据)问题,从斑块面积、周长、数量对转换方法及尺度的响应角度进行了详尽的分析.以库布齐沙漠地区的2003年1:10万的矢量数据为例,转换尺度以10m为起点,200m为终点,10m为间隔,利用最大面积值方法(RMA)和中心属性值方法(RCC)两种转换方法分别进行栅格化,讨论了面积、周长、斑块数量对不同尺度及不同转换方法的响应,同时还讨论了运算时间对转换方法及尺度的响应.得出了"30m大小的转换尺度为最佳尺度,最大面积值方法(RMA)优于中心属性值方法(RCC)"的结论.     

太湖水污染防治计划实施效率评估

数据包络分析方法是评价非赢利组织绩效的有效方法之一。研究采用数据包络分析,从绩效审计的观点探讨沿太湖6市环境保护局（以下简称环保局）2001～2005年执行太湖水污染防治“十五”规划的相对效率。结果表明：从技术效率来看,40％的决策单位为相对有效率;对于规模效率,有36．7％的决策单元为相对有效率,各环保局的效率不能令人满意。外部影响因素分析结果表明,人口和经济发展水平对环保局的总技术效率不具有明显影响,而企业数与环保局的整体技术效率具有显著差异性。在此基础上提出了促进环保局效率的对策建议。