DLGCN:基于图卷积网络的药物-lncRNA[]关联预测

为实现高通量识别新的药物-长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)关联,本文提出了一种基于图卷积网络模型来识别潜在药物-lncRNA关联的方法DLGCN(Drug-LncRNA graph convolution network)。首先,基于药物的结构信息和lncRNA的序列信息分别构建了药物-药物和lncRNA-lncRNA相似性网络,并整合实验证实的药物-lncRNA关联构建了药物-lncRNA异质性网络。然后,将注意力机制和图卷积运算应用于该网络中,学习药物和lncRNA的低维特征,基于整合的低维特征预测新的药物-lncRNA关联。通过效能评估,DLGCN的受试者工作特性曲线下面积(Area under receiver operating characteristic, AUROC)达到0.843 1,优于经典的机器学习方法和常见的深度学习方法。此外,DLGCN预测到姜黄素能够调控lncRNA MALAT1的表达,已被最近的研究证实。DLGCN能够有效预测药物-lncRNA关联,为肿瘤治疗新靶点的识别和抗癌药物的筛选提供了重要参考。     

基于NGS的染色质测序在肿瘤研究中的应用

染色质是真核生物细胞核内由核酸和蛋白质组成的复合结构,有着精密且复杂的三维结构。染色质除基本的DNA序列外,内部还存在着不同化学修饰,DNA-蛋白质相互作用,DNA-DNA相互作用和DNA-RNA相互作用,以上这些若发生改变都可能在肿瘤发生发展过程中起到至关重要的作用。通过不同的染色质测序方法,可以解析出这些改变,并进一步加深研究者对肿瘤形成机制的理解,最终应用于肿瘤的治疗。本文对常见的染色质测序技术部分原理和应用进行综述。     

生物钟异常通过重塑肿瘤代谢促进AOM/DSS诱导的炎性小鼠结肠癌生长

生物钟紊乱已被确定为肿瘤的一个独立风险因素,与肿瘤的发生发展密切相关,而代谢紊乱是肿瘤发生发展的重要特征之一.因此,研究生物钟与肿瘤代谢之间的调控关系尤为重要.本研究采用氧化偶氮甲烷(azoxymethane,AOM)联合葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)方法构建肠炎相关性结肠癌小鼠模...     

α-肿瘤坏死因子的肿瘤靶向性改造

α-肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)是一种多效性的细胞因子,能高效地杀伤或抑制肿瘤细胞。但是由于其对全身有毒副作用,这使T N F-α的应用受到了限制。提高T N F-α的抗肿瘤活性,降低毒副作用以及开发具有肿瘤靶向性的融合蛋白是将其应用于临床的关键。     

P63和TTF-1在肺癌组织中的表达及意义

目的研究P63和TTF-1在肺癌各种类型组织中的表达及其意义。方法随机收集原发性肺癌组织标本53例（其中鳞癌16例,腺癌16例,小细胞癌14例,大细胞癌7例,均为中低分化程度癌组织）,采用免疫组织化学S-P法分别检测P63蛋白和TTF-1蛋白在各种类型肺癌组织中的表达并结合二者表达的结果进行分析。结果二者的表达在肺癌细胞中定位于细胞核,呈棕黄色。在肺鳞癌、肺腺癌、肺小细胞癌和肺大细胞癌中,P63的阳性表达率分别为93.8%（15/16）、37.5%（6/16）、21.4%（3/14）、28.6%（2/7）;TTF-1的阳性表达率分别为18.8%（3/16）、75%（12/16）、78.6%（11/14）、0%（0/7）。结论①P63在肺鳞癌中的表达水平较高,可以作为鉴别低分化鳞癌与低分化腺癌,小细胞癌的指标;②TTF-1在低分化腺癌和小细胞癌中的表达水平较高,对于肺癌组织类型和非癌组织的鉴别具有一定意义;③根据P63和TTF-1在肺癌组织的特异性表达,将二者联合起来有助于对低分化鳞癌和低分化腺癌以及低分化鳞癌和小细胞癌的鉴别诊断。     

四次跨膜蛋白超家族成员与肿瘤的研究进展

Tetraspanins又称四次跨膜蛋白超家族(transmembrane 4 superfamily,TM4SF),包含33个家族成员,通过形成二聚体或异二聚体,或与其他蛋白质分子如整合素、黏附分子、主要组织相容性复合体II类抗原(major histocompatibility complex class II,MHC II)、T细胞受体等相互作用,调控细胞黏附、增殖、组织分化、免疫反应等生物学过程。越来越多研究表明,一些TM4SF分子也与肿瘤发生发展密切相关,参与迁移、上皮?间质转化、血栓形成、肿瘤干细胞及外泌体信号转导等多阶段过程。对能够促进或抑制肿瘤发生发展的TM4SF功能和调控机制的深入了解,将为未来有针对性的靶向干预提供新的策略。     

二甲双胍脂质体靶向增强TAMs糖摄取对B16-TAMs共培养体系糖分布的影响

该文探讨了二甲双胍脂质体(metformin liposome,Met-lipo)通过靶向增强肿瘤相关巨噬细胞(tumor-associated macrophages,TAMs)的葡萄糖摄取以改变小鼠黑色素瘤细胞株B16与TAMs共培养体系中葡萄糖分布,以及抑制B16细胞增殖与迁移的可能性。利用2-NBDG作为葡萄糖类似物模拟细胞对葡萄糖的摄取;接着通过2-NBDG摄取实验、葡萄糖/乳酸试剂盒检测二甲双胍(metformin,Met)对TAMs葡萄糖摄取的影响,以及经Met预处理的TAMs改变B16-TAMs共培养体系中葡萄糖分布的能力。用细胞划痕实验、细胞增殖实验、q-PCR实验评价Met预处理的TAMs抑制B16细胞增殖与迁移的能力。同时,通过硫酸铵梯度法制备了Met-lipo,并对其粒径、电势、稳定性、包封率进行表征。通过2-NBDG摄取实验、细胞划痕实验、细胞增殖实验、q-PCR实验检测Met-lipo改变B16-TAMs接触共培养体系中葡萄糖分布的能力和其抗肿瘤效果。结果显示,Met(10 mmol/L)的处理能够有效增强TAMs的糖摄取效率,并实现对B16细胞的葡萄糖剥夺...     

组织激肽释放酶在肿瘤发展中的作用

组织激肽释放酶(kallikrein-related peptidases,KLKs)是人类基因组中已知最大的丝氨酸蛋白酶家族。KLKs主要存在于体液和组织中,参与了广泛的生理过程,它们的异常调节与肿瘤的发生发展密切相关。该文总结了KLKs参与肿瘤发生发展的相关机制,以及部分KLKs成员在肿瘤发展进程中发挥的重要作用,综述了它们所介导的肿瘤发展进程以及作为肿瘤生物标志物和候选治疗靶点的研究进展。     

非编码RNA在肿瘤发生发展和诊治中的作用

非编码RNA以其庞大复杂的RNA调控网络在生命活动的各个过程中都发挥着重要作用.越来越多的研究证明非编码RNA可以在表观遗传水平、转录水平以及转录后水平影响肿瘤细胞的生长、转移、凋亡、代谢和免疫逃逸等,调控肿瘤的发生发展.此外,非编码RNA已被证实在多种恶性肿瘤中差异表达,具有成为生物标志物的潜力.本文归纳总结了非编码RNA在肿瘤发生发展过程中不同方面的作用,并且介绍了非编码RNA在液体活检和化疗耐药中的应用前景.相信非编码RNA作为细胞生命活动的重要调控因子,在将来会有更深入的研究和有价值的临床应用.     

肿瘤坏死因子与病毒感染

肿瘤坏死因子是一种具有广泛生物学活性的细胞因子,在病毒感染中具重要作用,许多病毒能诱导机体细胞产生ＴＮＦ,研究表明ＴＮＦ能选择性地破坏病毒感染细胞,具有抗病毒作用。近几年研究发现ＴＮＦ能增加某些病毒复制,加速机体损害,与病毒感染疾病的严重程度有关。