糖组学:破解生命信息的第3种途径

糖组学是随着糖生物学而兴起的研究糖链的表达、调控和生理功能的科学。糖链由于结构的多样性和复杂性而成为细胞的信息分子,是生物体基因组信息的延续,因此糖组学研究是后基因组时代阐明基因功能的必由之路。糖组学的内容主要包括对糖链的结构研究和在细胞信号传递、细胞识别方面的功能分析,以及通过糖蛋白组建糖组学数据库,从而建立起一套从基因组蛋白组到糖组的研究体系,对糖链的生物学功能的认识将有助于基因组学和蛋白质组学的研究。     

对硫磷真菌降解酶的分离纯化和性质

黑曲霉Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ Ｙ－８在液体培养其中３０℃培养５ｄ,其菌体用超声波破碎后,经硫酸铵沉淀、ＤＥＡＥ－纤维素层析、Ｓｅｐｈａｄｅｘ－１００凝胶过滤,得到凝胶电泳均一的对硫磷降解酶,其比活为６．９４,提纯倍数为１３．６倍,收率为１７．４％,酶作用的最适温度是５０℃,最适ＰＨ为７．５,在４０℃以下和ＰＨ６．０－９．０之间稳定,此酶为单亚基蛋白,凝胶过滤法测得分子量为４２０００,含     

苦荞类黄酮糖基转移酶FtUFGT1的重组表达与酶学性质分析

黄酮类化合物是苦荞重要的功能性成分,其糖基化修饰可改变生物体内黄酮类化合物的稳定性、可溶性及生物活性。该研究基于苦荞转录组数据并以苦荞叶片中提取的总RNA为材料,利用RT PCR克隆了苦荞类黄酮糖基转移酶(UDP glycose:flavonoidglycosyltransferase,UFGT)基因FtUFGT1,采用无缝克隆方式构建其重组表达载体并转化大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态,采用GST resin纯化重组表达的蛋白,采用高效液相色谱(HPLC)技术检测分析纯化后FtUFGT1的酶学性质。结果表明：(1)成功克隆的FtUFGT1编码区为1 413 bp,其编码470个氨基酸,并成功构建了FtUFGT1的重组表达载体pGEX 6p 1 FtUFGT1。(2)经转化苦荞FtUFGT1基因在大肠杆菌Rosetta(DE3)中得到可溶性的表达,并通过GST亲和层析纯化得到高纯度的苦荞FtUFGT1蛋白。(3)HPLC分析显示,以槲皮素为底物,苦荞FtUFGT1可催化异槲皮素的合成,比活力为9.174 U/mg;重组FtUFGT1的最适温度为30 ℃,最适pH为7.0,5%(V/V)的甲醇和0.5%(V/V)的Triton X 100可以显著抑制其活性。研究结果为深入揭示FtUFGT1的生物学功能及体外催化黄酮类衍生物的合成奠定了基础。     

现生毛猬Neotetracus属与Hylomys及Neohylomys属齿系和颅骨的比较(英文)

鼩猬属Neotetracus是毛猬亚科Hylomyinae中一个个体小、对其知之甚少的成员。本文对其齿系(包括乳齿)和颅骨的特征进行了描述,并与毛猬属Hylomys及毛猬类其他近亲的齿系和颅骨形态进行了相应比较。由于现生的鼩猬属为一单型属,其惟一的种Neotetracus sinensis被一些研究者归入毛猬属,本文之所以进行这样的比较,目的是为了弄清楚这种归并是否合理。Neohylomys hainanensis是毛猬类的另一属种,亦有学者将其归入Hylomys属。尽管这一属种的材料不多,在此同样作了比较研究。比较表明,毛猬亚科上述三属间在齿列上的几乎每一颗牙齿和某些头骨形态上都有明显的差别,研究的结果为保留Neotetracus,Neohylomys和Hylomys属的独立存在提供了证据,并根据这三个属在形态上的差异对其相互间的进化水平进行了评估。现代的毛猬亚科动物生活在亚洲东南部一个相对小的地区,总共有5属6种。地史上,特别是在中、晚中新世期间,这一亚科几乎散布整个北半球,从亚洲到欧洲和北非,从旧大陆到新大陆都有其踪迹。那时的种类也比现在的多,迄今描述的化石已有9属47种。因此,有理由认为毛猬亚科是一类孑遗动物。毛猬亚科分布地区缩小的原因还不清楚,为了探讨和认识这一有意思的课题,本文对其历史和分布做了简要的阐述。     

细菌人工染色体文库的构建方法分析

细菌人工染色体是一种承载大片段DNA的新型载体系统,它具有插入片断大、嵌合率低、遗传稳定性好、易于操作等优点.在高等生物基因组文库的构建和基因功能的分析等方面有广泛应用.BAC文库的构建是基因组较大的真核生物基因组学研究的重要基础.介绍了近年来细菌人工染色体文库构建方法上的研究进展,对其中载体的制备和高分子量DNA的制备这两个关键环节作了较深入的探讨.     

泡盛曲霉植酸酶的酶学性质研究

泡盛曲霉植酸酶作为动物饲料添加剂具有广泛的应用前景。以半固体发酵方式培养泡盛曲霉AS3.324(Aspergillus awamori),并得到纯化的植酸酶。对其酶学性质研究表明:其反应最适温度为50～55℃,最适pH为5.5,在37℃下以植酸钠为底物的Km值为1.05nmol/L,Vmax为2.16μmol/(L.min)。EDTA基本不影响植酸酶活性;Ca2 、Mg2 、Mn2 对植酸酶活性有轻微的抑制作用;Fe2 、Zn2 对酶促反应有显著的抑制作用。对该酶的耐热性研究表明,在较高温度条件处理后,仍有较高残余酶活性,与当今商品化的植酸酶相比,有较强的耐热性。     

生命与健康大数据中心资源

生命与健康多组学数据是生命科学研究和生物医学技术发展的重要基础。然而,我国缺乏生物数据管理和共享平台,不但无法满足国内日益增长的生物医学及相关学科领域的研究发展需求,而且严重制约我国生物大数据整合共享与转化利用。鉴于此,中国科学院北京基因组研究所于2016年初成立生命与健康大数据中心(BIG Data Center, BIGD),围绕国家人口健康和重要战略生物资源,建立生物大数据管理平台和多组学数据资源体系。本文重点介绍BIGD的生命与健康大数据资源系统,主要包括组学原始数据归档库、基因组数据库、基因组变异数据库、基因表达数据库、甲基化数据库、生物信息工具库和生命科学维基知识库,提供生物大数据汇交、整合与共享服务,为促进我国生命科学数据管理、推动国家生物信息中心建设奠定重要基础。     

杜氏盐藻完整叶绿体的分离及其蛋白提取

应用高压破碎及蔗糖密度梯度离心的方法,分离出杜氏盐藻的完整叶绿体,随后用冻融法和研磨法分别提取叶绿体蛋白,并通过蛋白定量和SDS-PAGE凝胶电泳对两种蛋白提取方法进行比较,确立了一套适用于杜氏盐藻叶绿体分离和蛋白提取、定量以及电泳的方法.结果表明:用高压破碎结合蔗糖密度梯度离心的方法能够获得完整且较纯的盐藻细胞叶绿体;SDS-PAGE凝胶电泳结果显示,冻融法提取叶绿体蛋白效率高,电泳条带清晰,蛋白数量较多,蛋白齐全.为下一步在亚细胞水平进行杜氏盐藻耐盐机制的蛋白组学研究奠定了基础.     

环境抗生素抗性基因研究进展

抗生素耐药性及其在全球范围内的传播已成为国际关注的热点。本文结合最新文献,综述了抗生素抗性基因在环境中的来源、传播、分布以及新型抗性基因的发现等方面的研究进展。环境中抗生素抗性基因的来源主要是环境中细菌的内在抗性基因及随人或动物粪便排到体外的抗性细菌。功能宏基因组学技术的应用极大地丰富了人们对抗生素抗性组学的认知,并已从环境中筛选到多种新型抗性基因。近年来,由于抗生素在医疗以及养殖业中的大量使用,增加了抗性基因在环境中的丰度和多样性,加速了抗性基因在环境中的传播,在多种环境介质(如养殖水域、污水处理厂、河流、沉积物和土壤等)均检测到多种高丰度的抗生素抗性基因。我们建议今后在以下方面开展深入研究:(1)抗性基因传播和扩散的机制;(2)新型抗性基因筛选和抗性机制;(3)抗生素和抗性基因环境风险评估体系等。     

高分辨质谱技术视野下的细胞代谢组学研究策略

高分辨质谱技术的卓然发展,分析化学、化学计量学与生物学的深度融合,使得秉承系统性思维、依托大数据信息表征能力的诸多组学技术在当今大行其道,让生命科学研究具备了愈加宏大开阔的视野。以Q Exactive为代表的高分辨率/准确质谱同时定性与定量能力的坚实提升为细胞代谢组学研究提供了系统完备的解决策略,从科学发现到假说验证,从非靶向全组分代谢信息表征到基于高分辨定量的靶标代谢分析,高分辨质谱技术视野下的代谢组学思维将深切地改变着细胞研究的科研形态,为生命科学打开一扇崭新的开启宝藏之门。