聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂耐药性研究进展

聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（PARP）抑制剂可选择性杀死同源重组功能缺陷的肿瘤细胞，而对正常细胞的危害较小，这是“合成致死” 理论应用于临床的典型范例。尽管 PARP 抑制剂作为一种新型靶向药物，极具应用潜力，但其临床应用也面临诸多问题，其中耐药性的产 生被认为是限制 PARP 抑制剂临床应用的重要原因之一。简介 PARP-1 的功能及 PARP-1 抑制剂研究进展，着重综述 PARP-1 抑制剂耐药 的临床表现、可能的发生机制及逆转策略，为 PARP-1 抑制剂的临床合理应用提供参考。     

东方蜜蜂微孢子虫N6-腺苷特异性甲基化转移酶基因的克隆、分子特性及表达模式北大核心

【目的】东方蜜蜂微孢子虫(Nosme ceranae)专性侵染成年蜜蜂导致微孢子虫病,给养蜂生产造成很大损失。目前,东方蜜蜂微孢子虫的N6-腺苷特异性甲基化转移酶(N6-adenine-specific methyltransferase,N6AMT)基因NcN6AMT的研究仍然缺失。本研究对NcN6AMT的编码序列(coding sequence,CDS)区进行克隆,并解析NcN6AMT蛋白的理化性质和分子特性,进而测定东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)和中华蜜蜂(Apis cerana cerana)工蜂过程中NcN6AMT的相对表达量,以期丰富NcN6AMT的信息,并为探究东方蜜蜂微孢子虫侵染过程NcN6AMT的功能及表观调控机制提供基础。【方法】采用Protparam和ProtScale软件对NcN6AMT进行等电点和亲水性分析。通过SignalP 5.0、NetPhos 3.1、TMHMM-2.0、SOPMA和SWISS-MODEL等软件分别预测NcN6AMT的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域、二级结构和三级结构。使用WoLF PSORT II软件预测NcN6AMT的亚细胞定位。根据N6AMT氨基酸序列,通过TBtools软件对智人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、褐飞虱(Nilaparvata lugens)、兔脑炎微孢子虫(Encephalitozoon cuniculi)、肠脑炎微孢子虫(Encephalitozoon intestinalis ATCC 50506)、蚱蜢脑炎微孢子虫(Encephalitozoon romaleae SJ-2008)、美洲思普雷格孢虫(Spraguea lophii 42_110)、家蚕微孢子虫(Nosema bombycis CQ1)、隐生菱形藻(Nitzschia inconspicua)和东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的N6AMT进行结构域预测和分析。利用MEME软件和MEGA 11.0软件进行东方蜜蜂微孢子虫和其他物种N6AMT的保守基序预测及进化树构建。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测NcN6AMT在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂和中华蜜蜂工蜂过程的相对表达量。【结果】通过PCR扩增出大小约500 bp的目的片段,克隆测序结果显示其与GenBank数据库收录的预测序列一致;NcN6AMT蛋白的分子量约为18.7 kDa,分子式为C845H1374N214O249S6,理论等电点为5.88,脂溶系数是119.76,不稳定系数为37.47,平均亲水系数为0.025,含166个氨基酸和15个磷酸化位点,不含典型的跨膜结构域和信号肽,可同时定位于细胞质、线粒体、细胞核和液泡膜;NcN6AMT含1个甲基转移酶小结构域(methyltransferase small domain,MTS),该结构域同样存在于家蚕微孢子虫和兔脑炎微孢子虫等8个其他物种的N6AMT;在东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的N6AMT中均预测到5个相同的保守基序;NcN6AMT与家蚕微孢子虫、肠脑炎微孢子虫、兔脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的N6AMT序列一致性达到70.92%;东方蜜蜂微孢子虫和家蚕微孢子虫的N6AMT在系统进化树上聚为一支;东方蜜蜂微孢子虫接种后1–4 d,NcN6AMT在意大利蜜蜂和中华蜜蜂工蜂中肠内均呈现先上升后下降的表达趋势。【结论】成功克隆到NcN6AMT基因的CDS区,明确了NcN6AMT蛋白的理化性质和分子特性,并揭示东方蜜蜂微孢子虫和家蚕微孢子虫的N6AMT蛋白具有较高的保守性,NcN6AMT在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂和中华蜜蜂工蜂的第一个增殖周期(1–4 dpi)内动态表达且均呈上升-下降的表达模式。     

m6AmTwins:基于深度学习和Twins网络的m6Am位点预测

N6,2′-O-二甲基腺苷(m⁶A_m)是一种常见的RNA分子的可逆修饰。部分研究已经说明m⁶A_m对mRNA的影响，但现阶段对m⁶A_m的生物学功能探索仍不够。所以我们提出了m⁶A_mTwins,一种新的端到端双胞胎网络，将Transformer(自动编码器)和双向门控循环单元(Bi-GRU)有机结合，简单利用RNA序列得到RNA的检测性。相比于现有的算法，本文亮点在于利用对比学习，构建新的损失函数来训练m⁶A_mTwins模型，提高了模型的泛化能力。基于Twins网络和简单编码方案，在两组正负比为1∶10的非平衡数据集下，其独立测试集上均取得了较好的结果，马修斯相关系数(MCC)分别得到0.53和0.545。同时，为增强m⁶A_mTwins模型的鲁棒性(robustness),本文在训练集上还进行了10折交叉验证，其MCC结果分别为0...     

刺激内脏大神经引起的小强荧光(SIF)细胞的组织化学和超微结构变化

对豚鼠一侧内脏大神经进行电刺激后,显微分光光度术测量发现:(1)刺激侧腹腔神经节小强荧光(SIF)细胞的儿茶酚胺(CA)荧光强度较对照侧下降了35.6%±4.6%((?)±SE)。(2)在单胺氧化酶(MAO)反应后,刺激侧 SIF 细胞的平均光密度(O·D·值)较对照侧显著升高;在镁离子激活的腺苷三磷酸酶(Mg~(2 )-ATPase)反应后,刺激侧的 O·D·值较对照侧显著下降。对超微结构进行的立体学分析显示,刺激侧 SIF 细胞内颗粒小泡的体积密度(V_v)较对照侧下降29.6%。这些结果表明:(1)豚鼠腹腔神经节 SIF 细胞受交感节前神经纤维支配。(2)刺激这些神经纤维可促使 SIF 细胞释放 CA。(3)释放的 CA 主要来自颗粒小泡的贮存。(4)CA 的这一释放过程伴有细胞内 MAO 活性的升高及 Mg~(2 )-ATPase 活性的下降。这些细胞能对电刺激发生反应的事实提示:交感神经节中的成团分布型 SIF 细胞可以在应激状态下,通过释放 CA 参与对机体的内分泌调节过程。     

m6A甲基化修饰在前列腺癌发生发展中的调控机制

N6-腺苷甲基化(N6-adenosine methylation)是腺苷N6位点的甲基化形式，常出现在真核生物的mRNA中，是最常见的RNA内部修饰的方式之一。研究表明，m6A通过调节基因的表达来影响细胞的生物过程；同时m6A的调控因子也在各种癌症的发生、发展中发挥着关键作用。前列腺癌(prostate cancer, PCa)是一种常见的男性恶性肿瘤，超过60岁的男性的患病风险逐年攀升，并且随着人口老龄化的问题，可以预计PCa的患病数目会继续升高。近年来，关于m6A在肿瘤发生发展中的作用逐渐受到广泛关注，但是m6A甲基化修饰在PCa中的研究仍然有限，因此，进一步探讨二者之间的关系显得尤为重要。本文综述了近年来关于m6A甲基化修饰在PCa中的作用、机制及应用的研究进展，尤其详细综述了METTL3,FTO,YTHDF2三种经典的m6A相关调控蛋白质在PCa中的作用机制；并阐述了m6A在晚期PCa(例如：去势抵抗性前列腺癌，骨转移性前列腺癌)中的潜在应用。从甲基化修饰角度为PCa的早期诊断、治疗和预后挖掘一套有效治疗策略，为实现个体化治疗提供更多理论参考。     

基于双层BiGRU网络的哺乳动物组织m6A甲基化位点预测

目的 N⁶-甲基化腺苷（N⁶-methyladenosine，m⁶A）是RNA中最常见、最丰富的化学修饰，在很多生物过程中发挥着重要作用。目前已经发展了一些预测m⁶A甲基化位点的计算方法。然而，这些方法在针对不同物种或不同组织时，缺乏稳健性。为了提升对不同组织中m⁶A甲基化位点预测的稳健性，本文提出一种能结合序列反向信息来提取数据更高级特征的双层双向门控循环单元（bidirectional gated recurrent unit，BiGRU）网络模型。方法 本文选取具有代表性的哺乳动物组织m⁶A甲基化位点数据集作为训练数据，通过对模型网络、网络结构、层数和优化器等进行搭配，构建双层BiGRU网络。结果 将模型应用于人类、小鼠和大鼠共11个组织的m⁶A甲基化位点预测上，并与其他方法在这11个组织上的预测能力进行了全面的比较。结果表明，本文构建的模型平均预测接受者操作特征曲线下面积（area under the receiver operating characteristic curve，AUC）达到93.72%，与目前最好的预测方法持平，而预测准确率（accuracy，ACC）、敏感性（sensitivity，SN）、特异性（specificity，SP）和马修斯相关系数（Matthews correlation coefficient，MCC）分别为90.07%、90.30%、89.84%和80.17%，均高于目前的m⁶A甲基化位点预测方法。结论 和已有研究方法相比，本文方法对11个哺乳动物组织的m⁶A甲基化位点的预测准确性均达到最高，说明本文方法具有较好的泛化能力。