二聚体蝎钠通道毒素的1.4 分辨率晶体结构:反常非脯氨酸顺式肽键及其内在结构因素(英文)

报道了以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4!分辨率晶体结构.蛋白质中的肽键是局部双键,不可旋转,因此具有顺式(cis)和反式(trans)两种构型,它们不能通过旋转操作相互转换.非脯氨酸顺式肽键是指形成该肽键的氨基是由脯氨酸以外的氨基酸提供的(Xaa-nonPro),这类肽键的顺式构型的自由能远比反式高,因此极少出现在天然蛋白质结构中.事实上,在长时间中,多肽链的“反式肽键连接”被视为蛋白质结构的一条基本规则,把顺式肽键视为不可能.随着高分辨率精确蛋白质结构数量的增加,近年来有详细的统计分析揭示,非脯氨酸顺式肽键(Xaa-nPro)在蛋白质结构中出现的几率为0.03%～0.05%,而且大多存在于功能敏感的结构区域,可能具有重要意义.但由于所用的基本结构数据都来自晶体结构,对这种反常肽键是否由结晶环境影响而形成,存在疑问.此前曾在以单体形式存在的蝎神经毒素mono-BmKM1的高分辨率结构中发现其中肽键Pro9-His10是非脯氨酸顺式肽键,并详细分析了其结构-功能意义.以二聚体存在的dimo-BmKM1的1.4"分辨率晶体结构表明,它与mono-BmKM1有不同的空间群、不同的分子堆积方式,不同的晶体环境.结构模型被高度精化,Rcryst达到0.109.dimo-BmKM1结构显示,在不对称单位中的两个M1分子在同一位置(残基9-10之间)都清晰地存在顺式肽键.立体化学分析显示,这一肽键的几何参数和局部结构与mono-BmKM1中的(9-10)顺式肽键基本相同.这一结果表明,非脯氨酸顺式肽键9-10的存在与结晶环境无关,是BmKM1分子的固有结构特征.在此基础上,综合分析了与顺式、反式肽键相关的结构元素,发现与残基(8-19)序列模体-KPXNC-(X为任意氨基酸)所决定的特征回折结构可能是分子内在的主要结构因素,其中第8位残基是Lys或Asp对决定肽键是顺式还是反式有关键作用.近来的突变实验及其晶体结构测定已证实,Lys8/Asp8是(9-10)肽键顺式/反式异构的结构开关,它们对该类分子与不同种属钠通道作用的专一选择性具有重要作用.通过BLAST搜索,发现在其他18个蛋白质中也存在相同的序列模体-KPXNC-,推测在这些蛋白质的相应肽键位置也可能存在反常的脯氨酸顺式肽键.     

The Conserved Proline Residue in the LOB Domain of LBD18 Is Critical for DNA-Binding and Biological Function

Dear Editor, The LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN （LBD）/ ASYMMETRICLEAVES2-LIKE （ASL） genes （hereafter referred to as LBD） encode proteins containing a conserved plant-specific LOB domain and play roles in lateral organ development （Iwakawa et al., 2002; Shuai et al., 2002; Majer and Hochholdinger, 2011）. The LOB domain is approximately 100 amino acids in length and contains a conserved four-Cys motif （CX2CX6CX3C）, the Gly-Ala-Ser block （GAS）, and the leucine-zipper-like coiled-coil motif （LX6LX3LX6L） （Shuai et al., 2002）. The leucine-zipper-like coiled-coil motif in the LOB domain is predicted to function in protein dimerization. LOB, AS2, and LBD4 preferentially bind unique DNA sequences in electrophoretic mobility shift assays （EMSAs） （Husbands et al., 2007）. The LOB domain of AS2 cannot be functionally replaced by those of other members of the LOB family,     

人源5-羧酸吡咯啉还原酶的结构与功能研究

脯氨酸(Proline)是生物体内一种重要的非酶类抗氧化剂,对抗细胞凋亡起着重要的作用;而P5C(Δ1-pyrroline-5-carboxylate)恰好相反,能够产生活性氧,因而导致或者促进细胞凋亡。5-羧酸吡咯啉还原酶