基于狄利克雷多项式过程模型与K-means 结合的菌群分析

群体分型是一种有助于更好的理解人类身心健康等复杂生物学问题的有效方法,聚类是一种为了对样本分组来降低复杂性的定义肠型的方法,而传统K-means聚类算法的K值选取无法确定,本文在传统K-means聚类算法的基础上进行了改进,并公开数据集上进行了验证,实验表明改进算法能够解决K值选取无法确定的问题,且聚类结果的稳定性、准确性和聚类质量都得到显著提高。将改进后的模型运用于肠道菌群OTUs数据,发现不仅能够有效地区分2-型糖尿病患者样本间的相似性,而且能鉴定出影响菌群结构异质性最大的OTUs菌,为临床解决2-型糖尿病问题提供了一种新的思路。     

家牦牛线粒体DNA(mtDNA)遗传多样性及其分类

通过分析包括我国10个家牦牛品种(类群)在内共296个样本的mtDNA控制(D-loop)区部分序列的遗传变异,对我国家牦牛的遗传多样性、遗传分化、聚类关系和分类进行了研究.所测序列经比对后,共检测到61个变异位点,定义了77种单倍型.分析显示青海环湖牦牛的单倍型多样性最高,达0.9848±0.0403,而巴州牦牛单倍型多样性最低,为0.8000±0.0825;核苷酸多样性方面,斯布牦牛存在最为丰富的核苷酸序列变异,核苷酸多样性值为0.022582±0.011767,而巴州牦牛仅为0.006856±0.002476,表明我国家牦牛品种(类群)遗传多样性水平存在较大差异.总体上,我国家牦牛单倍型多样性、核苷酸多样性分别为0.9251±0.0095和0.015265±0.007757,呈现出丰富的遗传多样性.聚类分析显示我国家牦牛存在两个聚类簇--斯布牦牛独立为一类;其余9个品种(类群)聚为一类,表明家牦牛品种(类群)间遗传距离与地理分布无明显相关.分子变异分析(AMOVA)显示九龙、嘉黎、斯布牦牛构成的组与其余7个家牦牛品种(类群)构成的组之间存在极显著的遗传分化(?CT=0.05285,P<0.01),且其品种间/组内遗传分化不显著(?SC=0.00648,P>0.05),支持依据遗传分化程度将我国家牦牛划分为两大类型.AMOVA支持的分组在品种(类群)组成上与蔡立的研究结果相符,首次为我国家牦牛划分为横断高山型和青藏高原型两种类型提供了源自分子遗传学的证据.     

三江平原农业生态系统露水凝结规律

露水是农业生态系统水分平衡、养分循环不可忽视的输入项。在对露水相关参数设定的基础上进一步探讨农田露水的凝结规律。选择杨木棒做为露水收集器,在三江平原于作物生长季(6月初—9月末)对水稻、玉米和大豆茎叶上的露水凝结进行了实地监测。结果表明:生长季农作物约70%的无雨夜间有露水凝结,年露日数约为70d;7、8月份作物露水强度最强,丰水年露水强度显著强于平水年(P0.05),水稻和大豆的露水强度基本持平,显著高于玉米露水强度(P0.05);垂直方向上各作物露水凝结规律一致,冠层露水强度强于顶层,底层露水强度最弱;农作物露水量较为可观,旱田作物年露水量保守值约为10—15mm,水田作物年露水量为旱田的2—3倍,叶面积指数(LAI)成为限制作物年露水量的关键因子。此外,露水对水田喷洒叶面肥等农业生产活动有指导意义,在旱田作物抗病虫害、集水抗旱方面具有重要生态意义。     

蛋白质的糖组学研究进展

蛋白质的糖组学主要研究单个个体所包含的所有糖蛋白上聚糖的结构、功能等生物学作用。糖组学的出现使人类可以更深刻理解第三类生物信息大分子——聚糖在生命活动中的作用。目前,糖组学的发展仍处于初步阶段,基于DNA测序仪的荧光糖电泳、糖芯片等新技术的出现和质谱技术的应用对糖组学研究起到了很大的推动作用。     

马尾松毛虫质多角体病毒NS5蛋白的表达和功能初步分析

马尾松毛虫质型多角体病毒湖南株第9个片段编码非结构蛋白NS5,利用pET-32a(+)载体带有组氨酸标记的重组蛋白进行表达,获得纯化的重组蛋白.利用凝胶电泳阻滞检测试验(EMSA)检测蛋白和核酸的结合作用,结果表明NS5蛋白能与病毒基因组dsRNA结合.     

木质素过氧化物酶基因5′端上游调控序列的分析

黄孢原毛平革菌（Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）能产生降解木质的胞外木质过氧化物酶（ＬＩＰ）和锰过氧化物酶（ＭｎＰ）同工酶。为研究ＬＩＰ基因的转录调控机理,对ＬＩＰ基因（ＧＬＧ３和ＧＬＧ６）的５′端上游序列进行亚克隆,获得６个亚克隆ＤＮＡ片段,然后应用凝胶迁移率变动分析技术筛选能与菌体蛋白质专一性结合的ＤＮＡ片段。结果表明：ＬＩＰ基因ＧＬＧ６的５′端上游有一个约６７０ｂｐ的     

具有不同碳源利用方式的酿酒酵母菌株的脉冲电泳核型分析

根据酵母属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ Ｍｅｙｅｎ ｅｘ Ｒｅｅｓｓ）分类学研究的最新进展,对保藏于中国普通微生物菌种保藏中心的酿酒酵母（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ Ｍｅｙｅｎ ｅｘ Ｈａｎｓｅｎ）菌株进行了系统的分类学研究。在表型性状,包括形态、对６种糖类化合物的发酵反应、对１８种碳源和３种氮源化合物的同化反应、在无维生素培养基中和在３５℃及３７℃下的生长情况、对放线菌素酮的抗性等研究的基础上,     

聚丙烯二氧化钛负载膜固定化活性污泥对污水处理的研究

利用聚丙烯二氧化钛负载膜为载体,吸附固定活性污泥微生物,处理有机废水,考察了聚丙烯膜的组成、吸咐固定时间以及聚丙烯二氧化钛活性污泥负载膜对污水有机物的降解。由全有机碳分析仪对降解过程的有机物进行检测;结果表明;活性污泥负载膜处理废水8小时后,废水中的有机物含量下降达50％-60％,对所处理的废水的降解效果明显。     

G蛋白偶联受体的双聚化及其对受体介导信号转导的影响

近年来发现一些G蛋白偶联受体（GPCR）能在细胞膜上形成同源或异源双聚体,并证实受体的双聚化为一些有重要生理功能的GPCR在细胞膜上的表达和信号转导的启动所必需,进一步研究表明,一些GPCR的双聚化不仅可以改变受体与配体结合的特异性和亲和力,而且影响GPCR介导的信号转导的调控,这些结果提示,GPCR之间以及GPCR与其它蛋白在细胞膜上的相互作用是调控GPCR转导信号的一个新途径。     

人表皮生长因子（hEGF）基因在蓝藻中的表达

人表皮生长因子（hEGF)是由53个氨基酸组成的蛋白,在临床上内服与外敷可促进内外表皮细胞的生长。将人工合成的hEGF基因连接到质粒pRL-489上,位于启动子psb下游。验证连接成功后,用三亲接合转移方法将载体pRL-hEGF导入聚球藻Synechococcus sp.PCC7002和鱼腥藻Anabeana sp.PCC7120。由于pRL-hEGF没有能在单细胞蓝藻中自主复制的复制子,通过筛选,hEGF在聚球藻7002中是整合到蓝藻染色体上进行表达的。用PCR扩增的方法在两种转基因藻中均检测到hEGF基因的存在。放射免疫分析证明,hEGF基因在两种转基因藻中均得到了表达。而且,在聚球藻7002中是采用分泌形式将表达产物分泌到培养液中。