空间修复与公共空间更新的行动主义— 一个公共性与自主性的理论综述

从空间修复与微更新视角,将公共性理论、行动主义理论结合并融入学科自主性的讨论之中,从行动者网络的角度形成一个公共领域的能动性网络批判性框架,检视与评价社会复愈的著名案例,以期设计行业以此为参考,助力现行国家推行的基层自治、城市双修和社区微更新等空间实践。同时,也系统性地总结提出了一种基于全球在地化现实来拓宽学科自主性的可能与范式。     

鼻咽癌转录组学研究的现状与进展

转录组学是一门在整体水平上研究某一时刻某一细胞中基因全部转录本种类、结构和功能及转录调控规律的学科,它为研究鼻咽癌不同发病阶段的分子机理和调控网络提供全新的手段.现简要介绍鼻咽癌不同发病阶段相关易感/抑瘤基因的分离鉴定及其功能研究,各阶段基因转录谱和转录调控网络的构建等方面的研究现状和进展.     

蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略

当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.     

一个基于基因表达谱的基因逻辑网络模型的建立与应用

基因之间除了线性关联作用关系外,还存在着非线性的逻辑关系.用这种逻辑关系构建的生物系统网络模型对研究细胞内的各种生物通路和细胞分子网络非常重要.首先,根据图着色原理确定了基因的低阶和高阶逻辑关系,然后应用结肠癌基因表达谱数据分析了51个癌基因和抑癌基因的逻辑关系,在此基础上构建了结肠癌基因表达的逻辑网络.通过这个网络模型发现了与KEGG数据库中结肠癌通路一致的转化生长因子信号通路,并分析了各生物通路成员之间错综复杂的关系.实验结果表明,基因逻辑网络模型在一定程度上揭示了结肠癌基因和抑癌基因之间并行、分叉等复杂的相互作用关系,反映了结肠癌发病的复杂分子机制,为分子生物医学家提供了一个参考模型.     

人眼底血管网络结构改变的分维描述及应用

人类视网膜血管（ＨＲＶ）网络结构（ＮＳ）改变程度的分维定量描述具有十分重要的科研及临床价值。首先对ＨＲＶ的生长模式加以研究及仿真实验,以验证ＨＲＶ的生长符合ＤＬＡ生长模型及ＨＲＶＮＳ具有自相似结构,在此理论基础上,提出了ＨＲＶ网络高效提取及ＨＲＶ网络分维数自动测量的新方法,以定量分析正常及异常状况下ＨＲＶＮＳ的细微改变,临床实验表明,对ＨＲＶ网络进行分维分析所得结果在视网膜动脉硬化Ｉ,ＩＩ级患者及     

基于静态和动态数据推断微生物生态网络的理论方法与算法研究进展

微生物群落广泛分布于自然界,在全球能量流动、物质循环以及维持宿主健康方面发挥重要作用。基于高通量测序数据推断微生物群落的分类群间的相互作用是理解和预测微生物群落时间动态行为的关键,所以如何根据不同类型的微生物数据发展对应的生态网络推断方法是研究重点。基于相关文献,该文首先从静态网络和动态网络角度出发,回顾了目前针对微生物各种数据类型发展的生态网络推断方法,理论框架包括对数据的整合处理方法、方法理论介绍以及实现的算法步骤。其次总结了这些推断方法中存在的局限性、不同方法间的关联性、差异互补性以及目前网络推断中遇到的挑战。最后对微生物生态网络推断中未来可能的研究方向进行了展望,为相关研究提供了理论依据。     

武汉城市圈生态网络鲁棒性模拟及稳定性分析

生态网络在不同破坏程度或干扰强度下呈现出不同的鲁棒性,势必造成区域生态系统的稳定性风险。基于武汉城市圈生态网络的构建与识别,建立节点和廊道的重要性评价体系,运用鲁棒模型模拟随机干扰情景下的鲁棒性变化评价生态网络的稳定性特征。结果表明:基于复杂网络理论对武汉城市圈生态网络进行拓扑网络提取,共生成117个节点和189条连接线,重要性等级较高的节点占23.9%,主要分布在研究区中北部区域,重要性较低的节点占节点总数的51.3%,主要分布在研究区的西北和东南地区;采用重力模型判别生态廊道重要性,得到17条重要廊道,28条一般廊道,重要廊道对生态网络的连通性和稳定性具有极大影响;节点数量和重要度对网络的稳定性具有显著影响,当节点失效率低于50%时,生态网络稳定性变化较小,整体处于较高的稳定性;当节点失效率在50%—85%时,生态网络极其不稳定;当节点失效比率达到85%时,生态网络开始瘫痪;依据生态节点和廊道的重要性以及模拟结果,分别提出生态节点保护和廊道建设的差异化管理策略。     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学探究尖尾芋抗乳腺癌作用机制

本研究通过UPLC-Q-TOF-MS/MS技术、网络药理学策略探究尖尾芋石油醚部位抗乳腺癌药效物质基础及作用机制,并通过4T1乳腺癌荷瘤小鼠模型验证尖尾芋石油醚部位(petroleum ether fraction of Alocasia cucullata,EAC)体内抗乳腺癌作用及机制。基于UPLC-Q-TOF-MS/MS数据获取EAC化学成分41个,包括11种芳香类成分、8种萜类成分、5种生物碱类成分、4种脂肪酸类成分、2种香豆素类成分和11种其他类成分;基于鉴定出的化合物通过网络药理学得到556个潜在作用靶点;蛋白互作网络(PPI)分析发现MAPK1、Bcl-2等10个核心靶点,富集分析发现核心靶点可能通过MAPK、PI3K-Akt等细胞凋亡相关信号通路发挥抗乳腺癌作用,并通过分子对接技术验证了毛地黄毒苷配基等活性成分与细胞凋亡相关蛋白pERK、Bcl-2、Bax具有良好的结合能力。抗乳腺癌活性研究结果表明与模型对照组比较,EAC低、中、高剂量组肿瘤生长趋势渐缓,肿瘤质量减少,抑瘤率逐渐增加;EAC中、高剂量组脾脏指数有显著性差异,EAC低剂量组脾脏指数效果不显著(P<0...