高通量测序技术在阴道感染性疾病的病原鉴定及诊断中的应用

阴道感染性疾病是育龄妇女最常见的妇科疾病,其主要的类型有细菌性阴道病和外阴阴道假丝酵母菌病。目前的临床诊断主要包括病原体的显微镜观察以及病原体代谢物的检测等,但因其诊断阳性率低、敏感性低等限制,导致抗感染药物选择困难、治愈率低、复发率高等。本综述在比较阴道感染性疾病,特别是细菌性阴道病以及外阴阴道假丝酵母菌病临床常见诊断方法的基础上,介绍了高通量测序技术在细菌性阴道病和外阴阴道假丝酵母菌病的病原体鉴定及诊断中的应用,以期为阴道感染性疾病的诊断、治疗及愈后提供实验依据。     

Plant diversity promotes soil fungal pathogen richness under fertilization in an alpine meadow

高寒草甸植物多样性促进了施肥条件下土壤真菌病原体的丰富度 在农业生态系统中,氮添加对植物病原真菌丰富度和相对多度的影响已被基本阐明,然而在自然生态系统中,氮添加如何影响土壤中的植物病原真菌(通过影响植物群落结构或土壤理化指标)仍知之甚少。本研究以青藏高原东部高寒草甸为研究对象,基于7年的氮添加梯度野外实验,使用Miseq平台,针对土壤真菌的ITS1基因进行测序,以评估氮添加对高寒草甸土壤中的植物病原菌丰富度和相对多度的影响,并阐明氮添加通过不同途径(即植物群落结构和土壤理化指标)影响病原菌的潜在机制。基于模型筛选和结构方程模型等统计方法,本研究发现,氮添加通过改变土壤理化指标影响土壤中的植物病原菌相对多度。但是,在排除掉氮添加对土壤中植物病原菌丰富度的影响后,地上植物物种丰富度与土壤中植物病原菌丰富度仍存在显著的正相关性。因此,我们认为高寒草甸土壤中植物病原菌丰富度和相对多度受到不同的机制调控。世界范围内,自然生态系统中氮素输入量的加剧(包括氮沉降和氮肥施用)所引起的植物物种丧失引起了人类的较大关注。除此之外,氮素输入所引起的植物病原菌丰富度和相对多度的变化也值得我们警醒,因为植物病原菌群落结构的改变可能会对生态系统功能和服务产生重要影响。     

科学出版社生命科学分社新书推介2011-1,2

新疆鸟类分布名录著译者马鸣ISBN 978-7-03-030046-1定价$66.00开本B5装帧平装营销分类生物分类出版时间2011年1月本书是一部新疆鸟类种和亚种分类与分布的专著。编写过程参考了30多年来的考察成果和近10年的观鸟记录。书中共收录鸟类453种(约598种及亚种),隶属于21目,65科,196属,占中国鸟类种数的34%。另外,对于有疑问的94种鸟类单独列在正文之后,以备参考。正文给出每个种的中文名、拉丁名(学名)、英文名、地理分布(至县级地名及主要地理单元)、生态习性等。每科附有形态     

乳杆菌活菌制剂对细菌性阴道病局部免疫的调节

目的检测正常人和细菌性阴道病(BV)患者治疗前后阴道局部细胞因子的变化,探讨乳杆菌活菌制剂对女性生殖道免疫的影响,为阴道微生态平衡与阴道黏膜免疫屏障的关系的研究提供一定的依据。方法用乳杆菌活菌制剂治疗BV,通过酶联免疫吸附试验法即ELISA法来检测BV患者治疗前后及正常健康妇女阴道局部细胞因子sIgA、IL-2、IL-13的水平。结果 sIgA、IL-13水平治疗前组较对照组明显升高(P<0.01),治疗后组较治疗前组水平下降(P<0.05),治疗后组较对照组水平升高(P>0.05);IL-2水平治疗前组较对照组明显降低,治疗后组较治疗前组明显升高(P<0.05),治疗后组较对照组下降(P<0.05)。结论 BV患者阴道局部免疫功能发生了改变;乳杆菌活菌制剂对BV患者阴道局部免疫具调节作用.     

细菌性阴道病患者阴道分泌物16SrDNA序列分析

目的分析健康妇女及细菌性阴道病(Bacterial vaginosis,BV)患者阴道分泌物16S rDNA序列。方法提取20例健康妇女及40例BV患者阴道分泌物标本中的总DNA,针对细菌16S rDNA保守区设计通用引物进行PCR扩增、克隆、测序,将获得的16S rDNA序列与美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的发表序列进行比对,分析克隆群中细菌种类和比例。结果通过阴道分泌物16S rDNA序列分析,发现健康妇女阴道分泌物中以卷曲乳酸杆菌(Lactobacillus crispatus),惰性乳酸杆菌(Lactobacillus iners),加氏乳酸杆菌(Lactobacillus gasseri)为优势菌种,而BV患者阴道菌群种类繁多,以加德纳菌属(Gardnerella)和奇异菌属(Atopobium vaginae)克隆子占较大比例,仅4例患者可见卷曲乳酸杆菌(Lactobacillus crispatus),其他患者均未见有乳酸杆菌克隆子且奇异菌属阴道病患者甲硝唑治疗疗效较差。结论健康妇女和BV患者阴道分泌物菌群种类有较大区别,BV患者在治疗前进行16S rDNA序列分析检测有较大的临床意义。     

水稻细菌性条斑病菌中受DSF 调控的鞭毛基因flgD、flgE 的功能分析

[目的]为了阐明可扩散性信号分子(diffusible signal factor,DSF)调控的鞭毛基因对水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)Rs105的致病性等方面的影响.[方法]采用PCR的方法克隆靶标基因flgDxoc和flgExoc,用同源重组法构建缺失突变体,测定突变体及其互补菌株的菌体形态、运动性、致病性及过敏性反应等表型,用反转录PCR(RT-PCR)的方法验证Rs105和ArpfFxoc(rpfFxoc基因的缺失突变体,不产生DSF)中flgDxoc、、flgExoc表达量的差异.[结果]从Rs105基因组中克隆到flgDxoc、flgExoc基因,并证实这两个基因在基因组中均为单拷贝.PCR和Southern杂交结果显示,flgDxoc、flgExoc基因被成功敲除.与野生型相比,突变体的鞭毛产生能力丧失,游动性和趋化性能力减弱,接种水稻叶片显示其致病性部分减弱,基因互补可使其恢复.生长能力和对烟草叶片的致敏性无明显改变.RT-PCR结果显示,flgDxoc、flgExoc基因在△rpfFxoc中的转录水平明显降低.[结论]本试验表明:FlgD、FlgE是水稻细菌性条斑病菌鞭毛形成所必需的因子;进一步证明了DSF通过调控flgDxoc、flgExoc基因表达,从而影响条斑病菌的致病性等表型.为深入认识DSF对细菌性条斑病菌鞭毛基因簇的调控提供了科学依据.     

土传真菌病害拮抗菌的筛选及其生防效果研究

为了获得对主要粮食作物水稻、小麦和经济作物大豆常见土传病害具有防治效果的生防菌,本研究从土壤中筛选到一株对所选6种病原真菌均有较好拮抗效果的菌株。基于形态学、生理生化特性及16S rDNA序列分析进行菌种鉴定,利用菌丝生长速率法对其无菌滤液和挥发性气体的抑菌效果进行验证,同时研究了其无菌滤液的热稳定性、酸碱稳定性和对蛋白酶K的稳定性。结果表明:本研究筛选到一株贝莱斯芽孢杆菌Bacillus velezensis CX-2,其无菌滤液对6种病原真菌的抑菌率在71%~95%之间,对小麦纹枯病菌、小麦全蚀病菌的抑菌率分别高达90.13%、94.34%;挥发性气体对6种病原菌的抑菌率在45%~80%之间;无菌滤液中的抗菌活性物质具有较强的热稳定性和对蛋白酶K的稳定性;无菌滤液pH在5~9之间时具有稳定的抑菌活性。该菌株可作为作物土传真菌病害生防菌剂较为理想的功能菌株。     

高迁移率族蛋白1拮抗剂BoxA对细菌性脑膜炎大鼠的治疗作用

目的:探究高迁移率族蛋白1(HMGB1)拮抗剂BoxA尾静脉注射对细菌性脑膜炎(BM)大鼠模型的临床体征改善和炎症抑制作用。方法:除外正常对照的雄性Sprague-Dawley(SD)大鼠设为对照组(n=20),另取60只大鼠行脑室立体定向注射20μL大肠杆菌Escherichia coli (DH5α1×10~7CFU/m L)建立BM模型,之后随机分为两组(各组n=30),一组尾静脉注射HMGB1拮抗剂BoxA,即BoxA组;一组麻醉后进行尾静脉注射无菌磷酸盐(PBS),即Vehicle组。造模3 d后,对各组大鼠的临床指标以及病理生理参数(颅内压和脑脊液白细胞(WBC)计数)进行评估,使用酶联免疫吸附实验(ELISA)法检测血清中HMGB1的相对含量,使用伊文思蓝染色观察血脑屏障(BBB)通透性,使用免疫荧光染色检测大脑皮层炎症因子(IL-1β和TNF-α)的表达水平。结果:相比Control组,Vehicle组临床指标,颅内压,WBC计数以及血清HMGB1含量明显提升(P0.05);而BoxA组相比Vehicle组,以上改变有部分减少(P0.05)。另外,Vehicle组较Control组EB渗漏增加且炎症因子(IL-1β和TNF-α)表达水平增高(P0.05)。与Vehicle组相比,BoxA组的这些变化亦被部分调节(P0.05)。结论:HMGB1抑制剂BoxA尾静脉注射能够下调HMGB1表达水平并同时缓解细菌性脑膜炎大鼠的临床症状和炎症反应。     

湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中诺如病毒的分子生物学特点初步研究

本文初步研究了湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中检出的诺如病毒的分子生物学特征。收集湖州市2008年和2009年2起非细菌性急性胃肠炎暴发疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行RNA多聚酶部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行纯化及序列测定,结合诺如病毒GI、GII各基因型参考株进行核苷酸序列遗传进化分析。结果2起疫情均同时检出了GI和GII型诺如病毒。随后对其中4份RNA多聚酶区扩增阳性的标本进行测序及序列分析,结果发现2008年检出的2株GI型诺如病毒均为GI/2基因型;而2009年检出的1株GI型诺如病毒为GI/3基因型,另一株GII型诺如病毒则与近些年欧洲和亚洲相继出现的遗传组GII的新基因型GIIb的各代表株同源性最高,为GIIb基因型。这说明湖州地区流行的诺如病毒存在很高的遗传多样性,并且不同时间流行的基因型也存在一定差异。这也是国内首次在急性病毒性胃肠炎暴发中检出诺如病毒GIIb变异株。     

阴道加德纳菌研究进展

细菌性阴道病(bacterial vaginosis,BV)主要由阴道加德纳氏菌(Gardnerella vaginalis,GV)与某些厌氧菌混合感染引起,伴有阴道分泌物性质改变的一组症候群,其病理特征无炎症病变和白细胞浸润。是广大妇女的常见病、多发病,占外阴阴道感染的30%~50%[1]。由于对BV病原菌认识的争议