半枫荷调控RA模型的非靶向代谢组学研究

为探讨半枫荷干预类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)模型大鼠血浆内容物代谢轮廓的变化和特征,该研究以半枫荷正丁醇提取物给药前后RA模型大鼠血浆为研究对象,借助超高效液相色谱联用四极杆飞行时间质谱(UPLC-QTOF/MS)技术进行非靶向代谢组学检测,并用SIMCA-P软件对代谢物测定结果进行多元变量统计分析,筛选差异代谢物并作通路富集分析。结果表明：(1)给药前后大鼠血浆代谢轮廓存在显著差异,与模型组相比,给药组在正负离子模式合并后筛选出321种差异代谢物,其中负离子模式鉴定到174种代谢物,正离子模式鉴定到192种代谢物。(2)鉴定到的所有代谢物根据其化学分类归属信息归为12种类型,有机酸及其衍生物和脂类及类脂分子这2类代谢物数量占比较高。(3)通路富集获得37个代谢通路且呈显著性差异(P<0.05),给药组中蛋白质的消化和吸收、肿瘤胆碱代谢通路和ABC转运蛋白通路出现较大扰动且富集到的差异代谢物数量最多,所有通路均显著上调(P<0.05)。这对阐明半枫荷调控RA症状的变化机制具有一定指导价值和理论意义。     

柴芩承气汤辅助治疗对急性胰腺炎患者Th17/Treg免疫失衡和外周血TLR4/NF-κB通路mRNA表达的影响

摘要 目的：观察柴芩承气汤辅助治疗对急性胰腺炎（AP）患者辅助性T 细胞17（Th17）/调节性T细胞（Treg）免疫失衡和外周血Toll样受体4（TLR4）/核因子κB（NF-κB）通路mRNA表达的影响。方法：纳入2021年3月到2022年12月期间成都市第一人民医院收治的90例AP患者,按照随机数字表法分为对照组和实验组,各为45例。对照组患者接受常规西医治疗,实验组患者在对照组的基础上接受柴芩承气汤辅助治疗。对比两组疗效、中医证候评分、Th17/Treg免疫失衡相关指标、外周血TLR4/NF-κB通路mRNA表达。结果：实验组的临床总有效率高于对照组（P<0.05）。治疗1周后,两组腹痛剧烈、有痞满燥实坚征象、日晡潮热、恶心呕吐、小便短赤中医证候评分均下降,且实验组低于对照组（P<0.05）。治疗1周后,两组Th17细胞比例、Th17/Treg均下降,且实验组低于对照组（P<0.05）,治疗1周后,两组Treg细胞比例升高,且实验组高于对照组（P<0.05）。治疗1周后,两组TLR4 mRNA、NF-κB mRNA均下降,且实验组低于对照组（P<0.05）。结论：柴芩承气汤辅助治疗AP患者,可提升治疗效果,降低中医证候积分,调节Th17/Treg免疫失衡和外周血TLR4/NF-κB通路mRNA表达。     

干扰WNT5B抑制胃癌细胞的集落形成、侵袭和迁移

目的 探索无翅型MMTV整合位点家族成员5B(wingless-type MMTV integration site family member 5B,WNT5B)对胃癌细胞的集落形成、侵袭和迁移的影响及其机制.方法 采用蛋白质免疫印迹法检测WNT5B在癌旁非肿瘤胃组织和胃肿瘤组织、人正常胃粘膜细胞(GES-1)以及胃...     

Helicobacter pylori 26695 基因组尺度代谢研究进展

代谢网络在代谢功能研究、生物代谢过程控制、疾病诊断分析和药物靶标设计等方面具有重要理论和实践意义。生物信息学研究利用序列同源、结构模拟、对接等手段与生化实验有效结合促进了生物体代谢网络的进一步完善。本文作者在构建幽门螺杆菌（Helicobacter pylori 26695,H.pylori 26695）代谢网络的工作基础上综合了近年来研究者对H.pylori 26695代谢通路关键酶的研究成果,并结合基因组信息,综述了H.pylori 26695特异性的重要代谢通路。本文从基因组水平阐明代谢通路与基因的关系,并详细分析了关键酶对H.pylori 26695生理的重要作用,最后探讨了重构一个连续、完整的代谢网络面临的困难及其在药物靶标设计方面的研究前景。     

生物信息学分析筛选结直肠癌靶基因及评估预后价值

为寻找与结直肠癌发展和预后相关的潜在关键基因及信号通路.从美国国立信息中心NCBI的GEO数据库获得结直肠癌基因表达数据集GSE106582,通过PCA对样本进行分组,利用GEO2R进行综合分析,筛选结直肠癌与癌旁对照组的差异表达基因;通过DAVID在线工具对差异表达基因进行GO本体分析和KEGG通路富集分析,初步分析...     

细胞信号网络功能鲁棒的简并性拓扑特征

细胞信号网络对于外界环境的干扰表现出优良的鲁棒性,但是其维持功能鲁棒的内在机制尚未明确,本文研究了细胞信号网络功能鲁棒性的拓扑特征。选择布尔网络模型模拟细胞网络的动态行为,利用网络节点状态的扰动模拟外界环境干扰。基于演化策略探寻不同网络拓扑的功能并分析其在干扰环境下的鲁棒性,采用埃德尔曼提出的基于信息论的计算方法评估网络拓扑的简并度、冗余度和复杂度等拓扑属性,对比分析它们与功能鲁棒度的相关性及作用机理。结果显示,在网络模型的演化过程中,其拓扑简并度与功能鲁棒度显著正相关,相关性水平高于拓扑冗余度与鲁棒度的相关性。并且,随着鲁棒度的提升,网络的节点数和复杂度也随之升高,同样简并度与网络的节点数和复杂度的相关性高于拓扑冗余度与网络的节点数和复杂度的相关性。这说明增加的网络节点以简并的方式同时提高了网络拓扑的鲁棒度和复杂度。因此,细胞网络功能鲁棒性的拓扑特征是简并而不是冗余,简并为解决生物系统的复杂问题提供了有效手段,为人工系统的可靠性设计提供有益的借鉴。     

DNA chip-based expression profile analysis indicates involvement of the phosphatidylinositol signaling pathway in multiple plant responses to hormone and abiotic treatments

The phosphatidylinositol (PI) metabolic pathway is considered critical in plant responses to many environmental factors, and previous studies have indicated the involvement of multiple PI-related gene families during cellular responses.Through a detailed analysis of the Arabidopsis thaliana genome, 82 polypeptides were identified as being involved in PI signaling. These could be grouped into different families including PI synthases (PIS), PI-phosphate kinases (PIPK),phospholipases (PL), inositol polyphosphate phosphatases (IPPase), inositol polyphosphate kinases (IPK), PI transfer proteins and putative inositol polyphosphate receptors. The presence of more than 10 isoforms of PIPK, PLC, PLD and IPPase suggested that these genes might be differentially expressed during plant cellular responses or growth and development. Accordingly, DNA chip technology was employed to study the expression patterns of various isoforms.In total, 79 mRNA clones were amplified and used for DNA chip generation. Expression profile analysis was performed using samples that represented multiple tissues or cellular responses. Tested samples included normal leaf, stem and flower tissues, and leaves from plants treated with various hormones (auxin, cytokinin, gibberellin, abscisic acid and brassinosteroid) or environmental factors (temperature, calcium, sodium, drought, salicylic acid and jasmonic acid).Results showed that many PI pathway-related genes were differentially expressed under these experimental conditions.In particular, the different isoforms of each family were specifically expressed in many cases, suggesting their involvement in tissue specificity and cellular responses to environmental conditions. This work provides a starting point for functional studies of the relevant PI-related proteins and may help shed light onto the role of PI pathways in development and cellular responses.     

阻断泛素-蛋白酶体通路对人原代白血病细胞的作用

阻断泛素-蛋白酶体通路对不同类型细胞具有完全不同的结果, 但未见对原代白血病细胞作用的报道. 观察了阻断上述通路对8例白血病患者和10例正常人骨髓单个核细胞(MNC)的作用. 结果表明, 不同个体原代白血病细胞对阻断此通路的反应敏感性存在明显差异, 其中3例细胞极为敏感, 24 h以内90%细胞被迅速诱发凋亡, 而正常人骨髓MNC对阻断泛素蛋白酶体通路反应不敏感, 未观察到凋亡现象发生. 进一步的免疫印迹实验发现, 对上述通路敏感的原代白血病细胞Bcl-2蛋白表达量较高, 而且在凋亡过程中发生了特异位点的酶解;对上述通路不敏感的细胞(包括正常人骨髓MNC)Bcl-2蛋白低表达, 或Bcl-2高表达但未能检测到其特异性酶解现象. 结合其他实验结果, 提示细胞中Bcl-2蛋白是否发生特异位点酶解与细胞对阻断上述通路的敏感性之间具有相关性, 为进一步研究不同种类细胞对阻断泛素-蛋白酶体通路敏感性差异的机制提供了线索.