基于相互作用的蛋白质功能预测

蛋白质功能预测是后基因时代研究的热点问题。基于相互作用的蛋白质功能预测方法目前应用比较广泛,但是当"伙伴蛋白质"(interacting partners)数目k较小时,其预测准确率不高。从蛋白质相互作用网络入手,结合"小世界网络"特性,有效解决了k较小时预测准确率不高的问题。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的相互作用网络进行预测,当k≤4时其预测准确率比相同条件下的GO(global optimization)方法有一定提高。实验结果表明:该方法能够有效的应用于伙伴蛋白质数目较小时的蛋白质功能预测。     

重组丙酮酸磷酸双激酶与荧光素酶偶联催化ATP-AMP循环反应

丙酮酸磷酸双激酶（pyruvate phosphate dikinase, PPDK; EC 2.7.9.1）能够可逆催化磷酸烯醇式丙酮酸（phosphoenolpyruvate, PEP）、单磷酸腺苷（adenosine monophosphate, AMP）和焦磷酸盐（pyrophosphate, PPi）生成三磷酸腺苷（adenosine triphosphate, ATP）、无机磷酸盐（orthophosphate, Pi）和丙酮酸（pyruvate）.以热玫瑰小双孢菌基因组DNA为模板,PCR扩增得到了编码PPDK的基因,将此基因片段插入表达载体pET24a (+),在大肠杆菌中表达C端融合His-Tag的重组PPDK.与我们先前表达的N端融合His-Tag的PPDK相比,酶的活性提高了20倍,提示该酶的N端对活性十分重要.重组PPDK单体分子量为98 kD.经过镍亲和层析和超滤后,重组PPDK基本达到电泳纯.重组PPDK与荧光素酶偶联能够形成1个ATP-AMP循环反应,在该循环反应中,荧光素酶催化ATP生成的AMP和PPi能够被PPDK重新转化成ATP,产生一个持续稳定的信号.     

茶园间作柑桔杨梅或吊瓜对叶蝉及蜘蛛类群数量和空间格局的影响

为评价茶园间作几种常见经济作物对重要害虫假眼小绿叶蝉及其主要天敌蜘蛛类群数量和空间格局的影响,遂选乌牛早品种纯茶园、乌牛早分别与柑桔、杨梅和吊瓜的间作茶园、以及安吉白茶与吊瓜间作茶园,2007年9月上旬—2008年12月下旬,每旬1次调查茶丛上、中、下层叶蝉和各种蜘蛛的数量。结果表明:(1)与纯茶园相比,间作茶园叶蝉种群数量和蜘蛛类群个体数量显著地增加,间作茶园蜘蛛种数显著地增加;(2)间作茶园茶丛上、中、下层叶蝉、蜘蛛个体数量分布明显区别于纯茶园茶丛上、中、下层叶蝉、蜘蛛个体数量分布;(3)茶丛上层的嫩梢是制作高档茶的原料,而纯茶园茶丛上层叶蝉虫口百分率为54.16%,间作茶园茶丛上层叶蝉虫口百分率皆减小,并且叶蝉高峰期间蜘蛛的跟随效应增强;(4)间作增加了经济收入并减少了防治次数。认为:(1)间作可在一定程度上调控叶蝉种群、蜘蛛类群的数量和空间格局;(2)间作可减轻叶蝉为害造成的产值损失,增强了茶园群落对于叶蝉的自然控制潜能。     

小篮子法测定植物种子呼吸速率的方法改进

利用CO2红外气体分析仪对测定植物种子CO2呼吸速率的小篮子法进行了改进。结果表明:改良小篮子法操作简便,可实时监测数据变化,测定的实验数据准确度较高,变异系数较小,在一定程度上克服了传统小篮子法的缺陷,使实验测定更具科学性和严谨性,可用于本科生植物生理学实验教学。     

多子小瓜虫的形态、生活史及其防治方法和一新种的描述

一、引言 小瓜虫是一种身体比较大,肉眼能见的原生动物,寄生在各种淡水鱼的上皮粗械和鳃系粗械中,剥取寄主的上皮细胞和红血球为生。同时,由于它在粗械中不停的活动和钻营的结果,上皮粗械引起病态的浮肿,形成白色突出的小点,故有“白点”病之称。     

重庆地区眉溪小车轮虫及其与近缘种的比较

通过活体显微观察和银染法, 文章对采自重庆地区不同宿主的眉溪小车轮虫Trichodinella myakkae (Mueller, 1937) ?rámek-Hu?ek, 1953的3个株系进行了详细的形态学描述, 并与近缘种周丛小车轮虫Trichodinella epizootica (Raabe, 1950) ?rámek-Hu?ek, 1953和纤细小车轮虫Trichodinella subtili (Lom, 1959) Lom & Haldar, 1977进行了比较。结果显示: 眉溪小车轮虫各株系在形态上无明显差异, 但与周丛小车轮虫及纤细小车轮虫有明显差异。基于所获眉溪小车轮虫的分子数据, 详细分析了眉溪小车轮虫的分子特征, 研究了眉溪小车轮虫种内分化, 结果显示: 眉溪小车轮虫各株系的18S rDNA序列相似度为99.2%—100%, 遗传距离为0.000—0.003, T. myakkae (HM)与T. myakkae (AN)的18S rDNA几乎一致, 但T. myakkae (PP)与T. myakkae (HM和AN)的18S rDNA存在7个变异位点, 且在18S rRNA 四个高变区 (V3、V4、V5和V7) 均具有一致的二级结构构型, 表明三株系的18S rDNA相似度和遗传变异属于种内水平, 但T. myakkae (PP)与T. myakkae (HM和AN)则显示出分子分化。系统发育分析显示: 眉溪小车轮虫与周丛小车轮虫相互独立, 眉溪小车轮虫各株系与其宿主鱼一致的系统发育关系显示出两者具有协同进化的趋势。     

向小黑杨转化蜘蛛杀虫毒素基因（英文）

近年来,危害小黑杨Populus simonii×Ｐ.nigra的害虫发生严重,给林业生产造成很大损失。为了提高小黑杨的抗虫能力,避免使用杀虫剂带来的污染,用农杆菌介导法将澳大利亚漏斗蛛Atrax robustus的毒蛋白基因和苏云金芽孢杆菌CryⅠA（b）基因C末端的融合基因BGT转化入小黑杨。PCR 和Southern印记分析转基因植株,结果表明,BGT杀虫基因已经整合在小黑杨基因组上。活性实验表明,取食转基因杨树6天和9天后,舞毒蛾Lymantria dispar 2龄幼虫的校正死亡率分别是37.0%和92.6%。方差分析表明取食转基因和对照杨树的舞毒蛾幼虫体重差异显著。这些结果显示转基因杨树上的舞毒蛾的发育速率受到影响。     

炭样小单孢菌产抗生素对水稻细菌性条斑病菌的抗菌作用及其机理

【背景】水稻细菌性条斑病菌为水稻细菌性条斑病的病原菌,土壤中分离到的一株具有广谱抗菌活性的炭样小单孢菌JXNU-1,其发酵产物(即抗生素JX)对植物病原菌具有较强的抑菌活性。【目的】研究抗生素JX对水稻细菌性条斑病菌的抗菌作用及其机理。【方法】采用杯碟法测定抑菌圈大小,二倍稀释法测定最低抑菌浓度、最低杀菌浓度,并且从菌体形态观察、电导率变化、培养液大分子漏出、蛋白质合成、核酸合成和膜电位变化6个方面探究其作用机理。【结果】抗生素JX对水稻细菌性条斑病菌的抑菌圈直径达18.84±0.28mm,最低抑菌浓度和最低杀菌浓度分别为1.39μg/m L和2.78μg/mL,且杀菌速度很快,作用12 h的杀菌率达100%。在抗生素JX作用下,水稻细菌性条斑病菌的细胞形态发生改变,培养液电导率、膜电位和大分子漏出量均随抗生素浓度增加而增大,但菌体蛋白质含量随着抗生素浓度增加而降低,同时,通过实时荧光定量PCR方法检测发现ef-p表达量下调。【结论】抗生素JX对水稻细菌性条斑病菌具有较强的抗菌作用,推测其抑菌机理是通过抑制菌体蛋白质的生物合成和影响细胞膜完整性而起作用。     

基于小鼠肝细胞癌全转录组测序的Cbx3基因上调表达机制分析

为了探讨染色质盒蛋白3(chromobox 3,Cbx3)基因在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中上调表达的可能机制,通过构建小鼠HCC模型,分别取30 d的瘤体组织和癌旁组织及接种0、3、30 d未成瘤小鼠的肝组织,通过全转录组测序和生物信息学手段分析Cbx3基因在瘤体组织及各对照组织中的表达,并进一步筛选与Cbx3或其编码蛋白有蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)、竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)和靶标关系的差异(q<0.05,n=3,下同)表达基因[以下将Cbx3编码蛋白PPI涉及的蛋白的编码基因称Cbx3相关基因(Cbx3-associated gene, CAG)],并分析其功能。结果显示,与对照组相比,瘤体组织中Cbx3上调表达,且存在4个Cbx3转录本及116个CAG。其中转录本NM＿007624.3尽管在各组织中皆有大量表达,但在瘤体组织的表达远高于各对照组织的。GO功能富集分析结果显示,Cbx3基因及CAG主要存在于细胞核中,共同参...