基于深度学习与多层次信息融合的药物靶标亲和力预测*

药物研发是非常重要但也十分耗费人力物力的过程。利用计算机辅助预测药物与蛋白质亲和力的方法可以极大地加快药物研发过程。药物靶标亲和力预测的关键在于对药物和蛋白质进行准确详细地信息表征。提出一种基于深度学习与多层次信息融合的药物靶标亲和力的预测模型,试图通过综合药物与蛋白质的多层次信息,来获得更好的预测表现。首先将药物表述成分子图和扩展连接指纹两种形式,分别利用图卷积神经网络模块和全连接层进行学习;其次将蛋白质序列和蛋白质K-mer特征分别输入卷积神经网络模块和全连接层来学习蛋白质潜在特征;随后将4个通道学习到的特征进行融合,再利用全连接层进行预测。在两个基准药物靶标亲和力数据集上验证了所提方法的有效性,并与其他已有模型作对比研究。结果说明提出的模型相比基准模型能得到更好的预测性能,表明提出的综合药物与蛋白质多层次信息的药物靶标亲和力预测策略是有效的。     

基于生物膜干涉技术检测PDL1抗体与PDL1抗原的亲和力

生物膜干涉（biolayer interferometry,BLI）技术可对抗体与抗原的相互作用进行亲和力、动力学的全面分析。在抗体克隆筛选、动力学常数测定中对链霉亲和素（streptavidin,SA）生物传感器的需求量较大,但目前鲜有关于SA传感器重复利用的报道。基于BLI技术、再生SA生物传感器建立一种使用再生后的传感器检测PDL1抗体与PDL1抗原亲和力的方法。通过将生物素化的PDL1抗原偶联至SA生物传感器上,再与单链抗体、双价单链抗体、完整抗体和双特异性抗体这4类PDL1抗体结合,计算抗原抗体的亲和力常数,利用甘氨酸（10 mmol·L^-1,pH 1.7）再生SA传感器,再次进行分子间相互作用力分析。结果显示,重复性相对标准偏差（relative standard deviation,RSD）均值为6.87%,批间重复性RSD为0.82%,稳定性RSD均值为6.13%,说明运用甘氨酸再生后的SA生物传感器测分子间的亲和力数据可靠、重现性好、稳定性高,再生后的传感器可继续用于本样品的实时、无标记的抗原抗体相互作用力分析。BLI技术可节省检测成本,为SA传感器的重复利用提供理论依据。     

纤维蛋白凝胶联合磷酸钙骨水泥的理化性能及生物相容性

目的:探讨纤维蛋白凝胶联合磷酸钙骨水泥的理化性能及生物相容性.方法:将磷酸钙骨水泥作为对照组,纤维蛋白凝胶联合磷配钙骨水泥作为研究组,通过测定两组复合物抗压强度极限、抗弯强度极限、电镜结构以及固化体相组成,初步分析纤维蛋白凝胶联合磷酸钙骨水泥复合材料的理化性能及生物相容性.结果:与对照组抗压强度极限、抗弯强度极限比较,研究组抗压强度极限、抗弯强度极限明显增加,差异显著,有统计学意义(P＜0.05),扫描电镜显示研究组微孔数少于对照组,纤维分散较好.X线衍射观察在31b和35b之间均可见衍射峰,并且与对照组相比较,研究组特征衍射峰强度相对高,羟基磷灰石相比例增加.结论:纤维蛋白凝胶的加入提高了骨水泥强度,加速骨水泥向羟基磷灰石转化,是比较好的骨移植替代材料.     

六种广西道地药材的体外纤溶活性研究

目的：研究六种广西道地药材的体外纤溶活性。方法：采用纤维蛋白平板法,对罗汉果、葛根、天花粉、金银花、姜黄和广金钱草的不同提取液进行体外纤溶活性研究;用大孔吸附树脂柱对广金钱草热水提取物进行分离,并对不同洗脱部位进行体外纤溶活性筛选;用化学定性方法对广金钱草的纤溶活性部位进行化学成分检测。结果：葛根和金银花的冷水超声提取液,天花粉的热水提取液和冷水超声提取液,广金钱草的热水提取液、冷水超声提取液和20％乙醇超声提取液均有体外纤溶作用;广金钱草大孔树脂柱层析的水洗脱部位具有稳定的体外纤溶活性;广金钱草热水提取物和水洗脱前部位的Fehling反应、Molish反应、泡沫试验、三氯化铁试验、溴甲酚绿试验和盐酸一镁粉反应均为阳性;水洗脱后部位的Fehling反应、Molish反应、三氯化铁试验和盐酸一镁粉反应均为阳性,而溴甲酚绿试验和泡沫试验为阴性反应。结论：葛根、天花粉、金银花和广金钱草都具有一定的体外纤溶活性,以广金钱草的纤溶活性最强;广金钱草的纤溶活性成分很可能是还原糖、多糖、鞣质、有机酸、皂苷或黄酮苷。     

慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平的变化

目的:分析慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平的变化及其临床意义.方法:应用乳胶比浊法及凝固法分别测定血浆D-二聚体和纤维蛋白原的水平,其中慢性重型肝炎患者40例,慢性肝炎患者28例作为对照组.结果:慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测异常率分别为62.5％(25/40)、92.5％(37/40),明显高于慢性肝炎组0％(0/28)、28.6％(8/28).慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测水平分别为3.45± 1.90 μg/mL、1.36± 0.49 g/L,慢性肝炎组患者血浆D-二聚体及纤维蛋白原检测水平分别0.91± 0.47 μg/mL、2.53± 1.02 g/L,组间比较差异有统计学意义.慢性重型肝炎组患者27例死亡,13例好转出院,死亡组患者血浆D-二聚体异常率74.1％ (20/27),检测水平为3.92± 1.76μg/mL,纤维蛋白原异常率100％(27/27),检测水平为1.17± 0.4 g/L;好转组患者血浆D-二聚体异常率38.5％(5/13),检测水平为2.48± 1.88 μg/mL,纤维蛋白原异常率为76.9％(10/13),检测水平为1.74± 0.44 g/L,差别有统计学意义.结论:慢性重型肝炎患者血浆D-二聚体水平明显增高,纤维蛋白原明显下降,并与患者的病情严重程度及预后相关,检测血浆D-二聚体和纤维蛋白原水平可以作为慢性重型肝炎患者病情轻重及预后判断的临床指标.     

香菇多糖注射液对直肠癌根治术后患者纤维蛋白水平及免疫功能的影响

目的:研究香菇多糖注射液对直肠癌根治术后患者纤维蛋白水平及免疫功能的影响。方法:将2010年5月-2014年10月期间在我院接受直肠癌根治术的患者随机分为两组,观察组术后接受香菇多糖联合FOLFOX-4化疗,对照组术后接受FOLFOX-4化疗,观察两组患者化疗过程中的不良反应,测定化疗前后纤维蛋白水平及免疫功能指标。结果:观察组患者在化疗过程中消化道反应、肝功能损伤、骨髓抑制、周围神经毒性、口腔黏膜损伤、脱发的发生率均显著低于对照组(P0.05);化疗后,对照组患者外周血中CD3~+CD4~+CD8~-细胞、CD3~+CD4~-CD8~+细胞、CD19~+细胞、CD3~-CD56~+细胞的含量以及血清Ig M、Ig A、Ig G、FIB的含量显著低于化疗前(P0.05),观察组患者外周血中CD3~+CD4~+CD8~-细胞、CD3~+CD4~-CD8~+细胞、CD19~+细胞、CD3~-CD56~+细胞的含量以及血清Ig M、Ig A、Ig G的含量与化疗前无显著性差异(P0.05),血清FIB含量显著低于化疗前(P0.05);观察组患者化疗后外周血中CD3~+CD4~+CD8~-细胞、CD3~+CD4~-CD8~+细胞、CD19~+细胞、CD3~-CD56~+细胞的含量以及血清Ig M、Ig A、Ig G、FIB的含量显著高于对照组(P0.05),血清FIB含量显著低于对照组(P0.05)。结论:香菇多糖注射液辅助治疗能够减轻直肠癌根治术后FOLFOX-4化疗的毒副作用、改善免疫功能。     

消化系统肿瘤中纤维蛋白原及D-二聚体的表达及临床价值

目的:探讨血浆纤维蛋白原和D-二聚体在消化系统肿瘤中的表达水平和临床价值。方法:测定215例消化系统常见恶性肿瘤患者及50名健康人员血浆中纤维蛋白原和D-二聚体的含量并进行比较。结果:恶性肿瘤患者血浆纤维蛋白原和D-二聚体增高,与健康对照组比较差异有统计学意义(P0.05);Ⅲ+Ⅳ期肿瘤患者纤维蛋白原和D-二聚体水平明显高于Ⅰ+Ⅱ期患者(P0.05);不同肿瘤类型患者的血浆纤维蛋白原和D-二聚体水平差异无显著性。结论:纤维蛋白原、D-二聚体检测对消化系统肿瘤的实验室诊断和疾病分期可能具有重要作用。     

β2糖蛋白I及其抗体在抗磷脂抗体综合症病理进程中的作用探讨

抗磷脂抗体综合症(Antiphospholipid syndrome,APS)是以反复的动脉和静脉血栓形成为特征,与内皮细胞及单核淋巴细胞功能失调有关。β2糖蛋白Ⅰ是一种磷脂结合型糖蛋白,抗β2糖蛋白Ⅰ抗体与血栓形成密切相关,并且在APS的发生发展过程中具有决定性作用,但是抗β2糖蛋白Ⅰ及其抗体的功能尚未阐明。本文将围绕β2GPⅠ及其抗体的结构、生物学功能及其在血栓形成中的作用等方面进行详细的阐述,期望为APS发生发展过程中抗原抗体复合物调节细胞功能的分子机制提供新的视点。     

磷脂化修饰影响超氧化物歧化酶细胞亲和力的研究

目的:研究磷脂化修饰对重组人超氧化物歧化酶(SOD)进入人冠状动脉内皮细胞(HCAEC)、人心肌细胞(HCM)能力的影响。方法:分别运用流式细胞术和蛋白印迹分析磷脂化修饰的超氧化物歧化酶(PC-SOD)和SOD与HCAEC、HCM的结合能力,并用激光共聚焦显微术分析修饰前后的SOD可显著增强PC-SOD与细胞的亲和力,并可显著增强PC-SOD进入人冠状动脉内皮细胞和人心肌细胞的能力。     

功能性新型冠状病毒RBD结构域在毕赤酵母表面的展示*

目的:设计并构建新型冠状病毒(SARS-CoV-2)受体结合结构域(receptor binding domain,RBD)在毕赤酵母表面的展示体系,并对表面展示的RBD进行功能性评价,从而为以RBD为靶点的高通量药物筛选平台奠定基础。方法:将四种锚定分子与新冠病毒RBD融合,电转化至毕赤酵母中;通过细胞免疫荧光分析,筛选能够成功展示RBD的锚定系统;进一步分析其与血管紧张素转化酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)受体的亲和力,证明展示在细胞表面RBD分子的功能。结果:仅Sed1p锚定分子能够有效呈递RBD至毕赤酵母细胞表面,展示效率约为70%;亲和力分析结果表明,ACE2受体和表面展示RBD的亲和力(K_D = 30.42 nmol/L)与溶液中RBD的亲和力(K_D = 16.00 nmol/L)较为接近。结论:这一体系能够在毕赤酵母表面高效地展示具有生物学功能的RBD,可用于抗新冠病毒RBD药物的高通量筛选和评价。