Nature:研究发现与肝硬化相关肠道菌群的遗传特征

<正>近日,浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室、感染性疾病诊治协同创新中心主任李兰娟院士及其科研团队,找到了汉族人和肝硬化相关的肠道菌群的遗传特征,为检测晚期肝疾病提供了方法。该研究成果在学术期刊《自然》发表。目前,部分病毒性肝炎及脂肪性、酒精性、药物性、免疫性肝病患者会经历肝炎、肝硬化、肝癌"三部曲"。尽管有些研究表明,肠道微生物的改变在终末期肝硬化并发症中起重要作用,但一直缺乏肠道菌群和肝脏病变的确切关联证据。李兰娟院士及其科研团队通过收集181个来自于中国人肠道菌群的样本,其中包括98个中国肝硬化患者及83个健康中国志愿者的粪便样本,用宏基因组学的研究方法,开展了肝硬化肠道菌群的深度测序及关联分析研究,从中获得269万个非冗余的人体肠道微生物菌群的基因集,     

基于高通量测序的全基因组关联研究策略

全基因组关联研究（Genome-wide association study, GWAS）是人类复杂疾病研究的重要组成部分之一,在群体水平检测全基因组范围的遗传变异与可观测性状间的遗传关联。传统的GWAS是以芯片（Array）技术获得高密度的遗传变异,尽管硕果累累,但也存在不少问题。如：所谓的“缺失的遗传力”,即利用关联分析检测达到全基因组水平显著的遗传变异位点只能解释小部分遗传力;在某些性状上不同研究的结果一致性较弱;显著关联的遗传变异位点的功能较难解释等。高通量测序技术,也称第二代测序（Next-generation sequencing, NGS）技术,可以快速、准确地产出高通量的变异位点数据,为解决以上问题提供了可行的方案。基于NGS技术的GWAS方法（NGS-GWAS）,可在一定程度上弥补传统GWAS的不足。文章对NGS-GWAS策略和方法进行了系统性调研,提出了目前较为可行的NGS-GWAS的实施策略和方法,并对NGS-GWAS如何应用于个体化医疗（Personalized medicine, PM）进行了展望。     

A型流感病毒NS1基因密码子去优化改造引起病毒毒力减弱

根据A型流感病毒密码子使用偏嗜性,选取稀有密码子对A/Puerto Rico/8/34(H1N1)病毒NS1基因内部110个氨基酸区域进行密码子同义突变改造,并全基因合成NS基因,利用反向遗传操作技术拯救出含有密码子去优化NS1基因的重组病毒(deoNS)。体外细胞噬斑形成实验和病毒生长曲线证明该病毒在MDCK细胞内的感染和复制能力比野生型病毒低约1000倍;BALB/c小鼠体内致病力实验证明deoNS病毒不能引起小鼠发病和死亡,该病毒在小鼠肺内的复制滴度比野生型病毒低100～1000倍。本研究探索了通过基因组密码子去优化改造途径降低A型流感病毒毒力的可行性,首次证明流感病毒NS1基因密码子去优化同义突变可以降低病毒毒力,为流感减毒活疫苗的研究提供了新的思路。     

激光及γ射线对有丝分裂染色体畸变感应现象的比较

波长514nm的激光照射可用于研究激光导致有丝分裂染色体畸变的效应。本文提供了一种新的辐照系统,能用于研究突变的感应现象,并与从γ-线辐射源获得的结果进行了比较。 Abstract:Laser irradiation at wavelength 514 nm was used to study the effect of lasers in inducing chromosomal aberrations at mitosis.This study offers a new radiation system which could be used for the induction of mutations.Results are compared with those obtained from studies using γ-rays as irradiation source.     

研发动态

中科院获得黑鲷肿瘤坏死因子α基因重组表达方法专利由中科院海洋所宋林生研究员等完成的“黑鲷肿瘤坏死因子α基因的重组表达方法”于日前获国家发明专利授权,该项发明涉及分子生物学技术领域,是黑鲷肿瘤坏死因子α(BSTNFα)基因的体外表达与纯化技术,利用亲和层析对表达产物进行多级纯化,获得高纯度体外表达的重组肿瘤坏死因子α,可用于鱼类免疫机制的理论研究,也可作为饵料添加剂、免疫增强剂、病害防治药物等在生产方面进行应用。华东师大发现抗菌药物新靶点华东师大生命科学学院赖玉平博士与美国国家卫生研究所米歇尔.奥托博士合作发…     

大豆7S贮存蛋白基因结构

大豆胚胎发生的中熟期(mid-maturation)合成的大量贮存蛋白质为研究高等植物基因表达调节提供了一个极好的系统。已对其中两种主要的贮存蛋白质,大豆球蛋白(glycinin)(11s)和conglycinin(7S)作了生物化学定性。     

Java AWT和JAI技术在生物数据库图像显示上的应用

利用Java AWT和JAI技术绘制生物图像的方法可以使在实验室中得到的生物实验数据自动转化为需要的图谱,并且图像的精确度高。绘制成的图像既可以保存在本地硬盘中,也可以在浏览器中以网页的形式展示出来供研究人员分析使用。该方法目前已在上海生物信息技术研究中心开发的可视化工具MapViewer和主题数据库H2H,SRA中得到应用。     

肿瘤发生发展的分子机理(5)

众所周知,肿瘤细胞的许多重要生长基因和细胞周期调控基因存在插入、缺失、点突变等遗传异常。一些基因常被异常扩增并出现染色体断裂和易位,产生癌性的嵌合蛋白。多数肿瘤细胞也缺乏一个或多个DNA修复系统,并因此产生大量突变的累积,此外,肿瘤细胞中的关卡调控机制也可出现缺陷,使DNA损     

细菌必需基因、最小基因组和合成细胞

单细胞原核生物是原始的细胞生命形式,确定细菌必需基因和最小基因组对理解生命的本质、细胞生命的起源和进化有非常重要的意义。文中简要介绍近年来有关细菌的必需基因、最小基因组和合成细胞的研究方法、理论和进展。还特别介绍人工建立最小细菌基因组的策略以及应用前景。     

高等植物叶绿体和线粒体免疫亲近性的研究

以火箭免疫电泳分析表明:大豆叶绿体抗体与大豆线粒体有免疫交叉反应,同时大豆线粒体抗体与大豆叶绿体也有免疫交叉反应,但是大豆线粒体的抗体与鼠肝线粒体之间无免疫交叉反应。这说明高等植物线粒体对叶绿体比之对动物线粒体在免疫特性上有更大的亲近性,亦即高等植物线粒体和高等植物的叶绿体有更大的同源性。经火箭免疫电泳、交叉免疫电泳和线状免疫电泳进一步分析表明:菠菜偶联因子抗体(AbCF_1)和大豆线粒体、大豆叶绿体间,大豆线粒体抗体与CF_1和大豆叶绿体之间,以及大豆叶绿体的抗体(AbC)与CF_1和大豆线粒体间有免疫交叉反应,说明两种换能器之间有免疫亲近性,并分别与CF_1存在免疫亲近性。这揭示两种换能器免疫亲近性的表现是由于存在共同物质基础所致,这内在共同物质基础是偶联因子。这个结果有力地支持高等植物叶绿体和线粒体在结构和功能上以及发生上存在同源性的观点,在理论上也为两种换能器的起源和演化上存在同源性提供了一些依据。