慢传输型便秘患者肠道粪便菌群的变化特征

目的通过16S rDNA高通量测序技术,研究慢传输型便秘(slow transit constipation,STC)患者粪便菌群的变化特征。方法选取12例慢传输型便秘患者(STC组)及12例健康志愿者(对照组),留取粪便标本后,应用16S rDNA高通量测序技术对标本进行测序,并分析测序结果。结果 STC组与对照组人群肠道在菌群物种种类(Chao1指数和Sobs指数)上差异存在统计学意义(Z=-2.771,P=0.006;Z=-2.425,P=0.015),对照组人群肠道菌群物种种类明显高于STC组;两组在物种均一性(Shannon指数、Simpson指数)上差异无统计学意义(Z=-0.520,P=0.603;Z=-0.348,P=0.728)。在门水平,两组人群粪便菌群多样性差异无统计学意义。在属水平,Phascolarctobacterium(Z=-2.194,P=0.028)、Streptococcus(Z=-4.157,P0.001)、Eggerthella(Z=-2.427,P=0.015)和Actinomyces(Z=-2.310,P=0.021)在STC组人群肠道中相对丰度增加,而Faecalibacterium(Z=-2.887,P=0.004)、Roseburia(Z=-3.118,P=0.002)、Sphingomonas(Z=-4.157,P0.001)、Variovorax(Z=-2.732,P=0.006)、Holdemania(Z=-1.970,P=0.049)、Phyllobacterium(Z=-2.732,P=0.006)、Pseudomonas(Z=-2.439,P=0.015)、Acinetobacter(Z=-2.732,P=0.006)、Aquabacterium(Z=-2.134,P=0.033)和Novosphingobium(Z=-2.134,P=0.033)在STC组中相对丰度减少。结论 STC组与对照组人群肠道在菌群物种种类丰富度上差异存在统计学意义,而在菌群分布均一性上差异无统计学意义;在菌属水平,两组人群的粪便菌群构成也存在较大差异。     

不同畜禽粪便浸出液对青钱柳种子发芽特性的影响研究

本文选取猪粪、牛粪、羊粪、鸡粪等4种畜禽粪便堆肥为供试样品,分别采用不同浓度的浸提液,对青钱柳种子进行育苗,统计其发芽率、根数、叶片数并测量根长。结果表明,猪粪、羊粪、鸡粪粪便浸提液在1∶40浸提比浓度处理下对青钱柳种子的相对发芽率、根数、叶片数有明显的促进作用,鸡粪浸提液的促进作用最明显,且鸡粪在1∶50和1∶60浸提比浓度下处理对相对发芽率也有一定的促进作用,因此鸡粪能显著提高青钱柳种子的相对发芽率、根数、叶片数。而猪粪、羊粪、鸡粪粪便浸提液1∶20浸提比浓度对青钱柳相对根长具有显著的促进作用,其余浸提比对青钱柳相对根长则有一定的抑制作用,且随着浓度的下降其抑制作用越显著。因此,用鸡粪粪便浸提液在1∶40浸提比浓度处理下对青钱柳种子育苗是有积极作用的,为今后对青钱柳种子育苗提供参考。     

藏仔猪粪便真菌菌群多样性分析

为探究西藏地区藏仔猪粪便中真菌菌群结构,本研究采用ITS1序列分析新生藏仔猪和断奶藏仔猪新鲜粪便中真菌的多样性。结果表明：从5头新生藏仔猪新鲜粪便中,共鉴定出5个门、13个纲、 25个目、33个科和38个属的真菌;从5头断奶藏仔猪新鲜粪便中,共鉴定出5个门、12个纲、20个目、24个科和28个属的真菌。子囊菌门和担子菌门为优势门,占门级分类的86.35%;布勒担菌科、虫草科、丛赤壳科、曲霉科、丝孢酵母菌科、肉杯菌科、酵母菌科和毕赤酵母菌科为优势科,占科级分类的54.38%。随着藏仔猪的生长,其粪便中真菌菌群的数量和优势真菌的相对丰度均发生变化,这说明不同生长发育阶段会影响藏仔猪粪便中真菌的多样性。     

大熊猫粪便类固醇激素研究进展

概述了大熊猫粪便样本采集和保存方法,系统总结了大熊猫粪便类固醇激素提取、测定方法和应用研究,对大熊猫粪便类固醇激素的应用进行了展望。     

基于粪便DNA的雪豹种群调查和遗传多样性

雪豹 (Panthera uncia) 是仅分布于亚洲高海拔山区的珍稀濒危猫科动物.本研究在印度西南部(Ladakh)、中国青海和蒙古国的南部(南Gobi)3个独立的雪豹分布区共采集109份粪便样品.应用线粒体DNA(mtDNA) cyt b基因特异性引物对109份粪便样品进行鉴定,发现有31份粪便来自雪豹,其中印度Ladakh、我国青海和蒙古国南Gobi的雪豹样品分别为17份、3份和11份.利用重新筛选设计的7对家猫(Felis catus)微卫星引物,对雪豹粪便样品进行了基因分型分析,结果发现在Ladakh和南Gobi检测到的雪豹粪便样品分别来自4只和5只不同的雪豹个体,而青海的样品则来自同一只雪豹;遗传多样性统计分析表明,蒙古国南Gobi的雪豹微卫星遗传多样性水平低于印度的Ladakh.研究结果表明了粪便DNA在雪豹种群监测和遗传多样性研究中的可行性.     

肠球菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的利用TaqMan荧光定量PCR方法,建立肠球菌实时荧光PCR检测方法,并初步应用于粪便中肠球菌的检测。方法根据GenBank发表的肠球菌23S rRNA基因序列的保守区域参考国外文献设计合成特异性的引物和探针[1];利用构建的质粒标准品优化Mg2 的浓度和引物探针浓度,并考核检测体系的保守性、灵敏性和重复性;初步应用于粪便标本的检测分析。结果Mg2 终浓度为4.5 mmol/L,上下游引物终浓度为0.4μmol/L,灵敏度为6拷贝数/反应;绘制两种标准曲线,构建了基因拷贝数、细菌数为分析指标的定量分析模型,检测粪便标本结果显示TaqMan荧光定量PCR方法较平板计数法敏感、快捷、简便。结论本研究建立了一种灵敏、特异、简便易行的肠球菌定量检测方法。     

肠道菌群分析及粪便炎性标志物检测在炎症性肠病活动度评估中的作用

目的 探讨肠道菌群和粪便炎性标志物在炎症性肠病（IBD）活动度评估中的临床价值。方法 共纳入120例IBD患者为研究组,其中溃疡性结肠炎（UC）患者68例,克罗恩病（CD）患者52例。选择30例经结肠镜检查正常的健康体检者为对照组。采集全部研究对象的新鲜粪便标本进行粪便细菌培养及炎性标志物检测,比较不同疾病活动度IBD患者的肠道菌群及粪便钙卫蛋白（FC）、乳铁蛋白（LF）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、髓过氧化酶（MPO）水平的变化。结果 与对照组比,UC和CD患者肠道中肠杆菌、肠球菌、拟杆菌、消化球菌及酵母菌数量均明显增加（P＜0.05）,双歧杆菌、乳杆菌及真杆菌数量明显减少（P＜0.05）。UC患者梭菌数量较对照组增加（P＜0.05）,CD患者梭菌数量较对照组减少（P＜0.05）。UC、CD活动期患者肠杆菌、肠球菌、拟杆菌、消化球菌及酵母菌数量明显多于缓解期患者（P＜0.05）,双歧杆菌、乳杆菌及真杆菌数量明显少于缓解期患者（P＜0.05）,且重度活动期患者肠道菌群改变较轻、中度活动期改变更明显（P＜0.05）。UC活动期患者梭菌数量明显多于缓解期（P＜0.05）,CD活动期患者梭菌数量明显少于缓解期（P＜0.05）。UC和CD患者粪便中FC、LF、MMP-9及MPO水平均显著高于对照组（P＜0.05）。UC、CD活动期患者FC、LF、MMP-9及MPO水平显著高于缓解期患者（P＜0.05）,且重度活动期患者高于轻、中度活动期患者（P＜0.05）。结论 肠道菌群变化和粪便中FC、LF、MMP-9及MPO水平可作为IBD患者疾病活动性评估的辅助指标。     

人的粪便、血浆、唾液、呼出气体中短链脂肪酸的分析

目的建立一种顶空气相色谱-串联质谱法(HS-GC/MS)快速检测人的粪便、血浆、唾液、呼出气体中短链脂肪酸(SCFAs)的方法,初步探索人的粪便、血浆、唾液、呼出气体中短链脂肪酸的相关性。方法样品无需处理直接封存于顶空进样瓶中,顶空进样;采用DB-FFAP毛细管柱(30 m×0.25 mm×0.25μm)分离;全扫描模式检测。结果人的粪便、血浆、唾液、呼出气体中均含有短链脂肪酸。在人的粪便、唾液样本中均检测到8个短链脂肪酸(乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸、异己酸、己酸);血浆、呼出气体样本中均检测到7个短链脂肪酸(未检测到异己酸)。结论初步推测人的粪便、血浆、唾液、呼出气体中的短链脂肪酸具有一定的相关性。本方法简单、快速、灵敏,可用于人的生物样品中短链脂肪酸的快速检测。     

马鹿阿拉善亚种遗传多样性和群体结构

马鹿阿拉善亚种（Cervus elaphus alashanicus）又称阿拉善马鹿,目前仅分布于贺兰山地区,是我国马鹿亚种分布范围最狭窄的一个隔离种群。为了解阿拉善马鹿的种群遗传多样性及遗传变异情况,以对该种群的保护提供科学参考,对在贺兰山采集的93个野生个体新鲜粪便样本的线粒体控制区部分序列（991 bp）进行扩增和分析,共检测到68个变异位点,定义16种单倍型,平均单倍型多样性为0.405,平均核苷酸多样性为0.00232,说明种群遗传多样性水平较低。中性检验和错配分布分析表明阿拉善马鹿曾出现过种群扩张,贝叶斯天际线分析（BSP）显示扩张时间约在末次冰盛期（0.028—0.010 Ma）。FST检验表明阿拉善马鹿种群内存在显著遗传分化,系统发育树和单倍型网络图分析表明群体间没有明显的系统地理格局。本研究表明阿拉善马鹿目前种群遗传多样性较低,建议加大对该亚种的关注和保护力度。       

基于粪便DNA的东北马鹿遗传多样性

东北马鹿(Cervus canadensis xanthopygus)为国家二级重点保护野生动物,近些年其种群数量急剧下降、分布区不断退缩、种群基因交流受阻,很多地区更是难觅其踪迹。亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性。本研究在大、小兴安岭和长白山脉的6个重点研究区域,共收集409份疑似马鹿粪便样本。首先基于mtDNA Cyt b基因测序技术进行物种鉴定,并对鉴定为马鹿的阳性样本利用微卫星技术进行个体识别。结果共识别出172只东北马鹿个体;Cyt b基因序列共检测出14个变异位点和11个单倍型,单倍型多样性为0.849 (0.105～0.732),核苷酸多样性为0.678%(0.099%～0.775%)。10个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为5.7 (5.2～7.2),有效等位基因数为3.3 (2.5～4.1),观测杂合度为0.687 (0.644～0.725),期望杂合度为0.619 (0.564～0.689),近交系数为-0.113 (-0.160～-0.037)。结果表明,东北马鹿种群遗传多样性处于中等水平,其...