网页方式下的BLAST程序

NCBI BLAST是（Basic Local Alignment Search Tool,局部对比基本检索工具）方便研究工作的优秀工具。介绍BLAST网页方式下的程序,加深用户对BLAST的了解,利用好BLAST。     

(行鸟)形目12种鸟类线粒体细胞色素b基因序列差异及其系统发育关系

采用PCR直接测序方法首次对Hang形目(Charadriiformes)12种鸟类：蒙古沙Hang(Charadrius mongolus)、环颈Hang(Charadrius alexandrinus)、大杓鹬(Numenius madagascariensis)、白腰杓鹬(Numenius arquata)、中杓鹬（Numenius phaeo-pus）、红脚鹬（Trina totanus）、林鹬（Trina alareola）、翘嘴鹬（Xenus cineres）、翻石鹬（Arenaria interpres）、大滨鹬（Calidris teruarostris)、反嘴鹬（Recurvirostra avosetts)和砺鹬（Haematopus ostralensis)线粒体cyt b基因全序列进行测定,并以白鹳（Ciconia ciconia)的同序列作为外群杓建系统发生树。经比对,Hang形目12种鸟类线粒体cyt b基因全序列均包括1143bp,序列间未见有插入和缺失,共有381个变异位点,种间序列差异值为5．16％—16．01％。重建的系统树将Hang形目12种鸟类分为2个支系：第1支系包括红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬,其中红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬聚为一支,中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬聚为另一支;第2支系包括蒙古沙Hang、环颈Hang、反嘴鹬和硕鹬,其中反嘴鹬与砺鹬互为姐妹群,然后再与Hang属的两个种蒙古沙Jamg和环Hang组成的姐妹群构成并系群。分子证据提示：第1支系中各属问及种间的系统关系与形态学研究结果相吻合;第2支系中的反嘴鹬与Hang鹬之间的亲缘关系较近,两者聚为姐妹群,提示将这两个类群合并为一个亚科——反嘴葫亚科更为合理,与码亚科共同组成Hang科,与核型研究结果和Sibley在新分类体系中将码科分为反嘴鹬亚科和Hang亚科、反嘴鹬族和砺鹬族属于反嘴鹬亚科的观点相一致。     

大肠杆菌ubiC基因的克隆及序列分析

研究以克隆得到正确序列的大肠杆菌ubiC基因目的,实验通过PCR方法从大肠杆菌基因组中扩增得到了ubiC基因,扩增产物克隆到pUC118载体,转化大肠杆菌JM109,DNA序列分析结果表明克隆得到的大肠杆菌ubiC基因碱基序列正确。     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。     

戊型肝炎病毒中国XT—179株全基因组Cdna克隆及其核苷酸和氨基酸序列分析

本文报道对中国新疆东部一起戊型肝炎流行高峰期间,由ＨＥ患者烘便中分离到的型肝炎病毒中国ＸＴ－１７９株进行全基因ｃＤＮＡ克隆、核苷酸和氨基酸序列测定及分析结果。所阐明的ＨＥＶ－ＸＴ－１７９株基因组全序列由７１９４个核苷酸和３＇端的多聚腺嘌呤核苷酸尾组成。四种核苷酸的含量腺嘌呤（Ａ）为１７．０％,胞嘧啶（Ｃ）为３１．９％,鸟嘌呤（Ｇ）为２６．０,尿嘧啶（Ｕ）为２５．１％。Ｇ＋Ｃ含量为５７．９％。全基因     

在网络上作蛋白质序列分析

因特网上的Ｗｅｂ服务器是生物学家的主要网络资源[1] ,就目前的数学和计算机科学能力而言 ,不同的基因组序列项目产生的大量序列 ,仍是生物计算领域的主要挑战之一。如何从生物数据的海量中获取蛋白质序列最有价值的信息 ?首要条件是访问由几个生物计算中心如ＮＣＢＩ、ＥＢＩ、ＥＭＢＬ、ＳＩＢ和ＩＮ ＦＯＢＩＯＧＥＮ研究开发的最新序列和结构数据库 (例 :ＥＭＢＬ、ＧｅｎＢａｎｋ、Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔ、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａＢａｎｋ)。网络蛋白质序列分析 (ＮｅｔｗｏｒｋＰｒｏｔｅｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅＡｎａｌｙｓｉｓ,ＮＰＳ …     

建兰花哇病毒运动蛋白基因克隆及序列分析

从建兰花叶病毒（CyMV）石斛兰分离物中提取病毒RNA,用反转录－－聚合酶链式反就（RT－PCR）方法获得约500bp的运动蛋白基因片段,插入pGEM-T载体克隆并测序,序列分析表明,该基因片数由474个核苷酸组成,和CyMV美国夏威夷分离物、新加坡分离物相应基因核甘酸序列分别具有97.8%同源性;根据核酸序列推导该片断含有3个部分重叠的开放阅读框架（ORF）,分别编码14kD、12kD和10kD的多肽。     

我国登革3型病毒广西80-2株基因组全序列分析

对我国登革 3型病毒 80 2株基因组进行全序列测定 ,为了解其基因组结构与功能的关系提供依据 .根据登革 3型病毒H87株的序列设计并合成引物 ,应用RT PCR和RACE法 ,对 80 2株基因组RNA进行扩增、克隆测序后获得我国登革 3型病毒广西株基因组序列 .该株病毒基因组全长10 696nt ,不含poly(A)尾 ,4种碱基数分别为A :3 4 3 7,C :2 2 15,G :2 773 ,U :2 2 71.包含一个读码框架 ,自 95至 10 2 67位 ,共 10 170个碱基 ,编码 3 3 90个氨基酸 ,5′和 3′非编码区长度分别为 94nt和4 3 2nt.与H 87株比较 ,核苷酸和氨基酸序列同源性均在 99%以上 ,有 2 8个碱基发生改变 ,其中 2 6个碱基突变发生在读码框架内 ,碱基转换 18个 ,颠换 10个 ;碱基突变引起 14个氨基酸的改变 .80 2株与H87株病毒的基因组全序列同源性高 ,变异度小 .     

葡萄感霜霉病基因RAPD标记的序列分析

利用Ｗｉｚａｒｄ ＤＮＡ ｃｌｅａｎ－ｕｐ ｓｙｓｔｅｍ纯化葡萄感霜霉病基因ＲＡＰＤ遗传标记的ＤＮＡ片段,用细菌质粒ｐＧＥＭ Ｔ－ｅａｓｙ ｖｅｃｔｏｒ克隆该片段,采用自动荧光ＤＮＡ测序仪对片段的核苷酸组成进行双向测序。来自欧洲葡萄粉红玫瑰的葡萄感霜霉病基因ＲＡＰＤ标记由８３５对核苷酸及其特定序列组成。所获的感霜霉病基因ＲＡＰＤ标记可以作为合成探针的基础,用于葡萄抗病育种过程中的早期选择及品种对霜     

ITS序列同源性在苏云金芽孢杆菌分型中的应用研究

ＰＣＲ扩增了苏云金芽孢杆菌９个亚种的１６Ｓ－２３Ｓ ｒＲＮＡ基因转录间隔（ＩＴＳ）片段,它们的长度均为１４４碱基;序列同源性分析结果批出这９个亚种及其它亚种的ＩＴＳ序列高度相似,说明１６Ｓ－２３Ｓ ｒＲＮＡ基因的ＩＴＳ序列不适于苏云金孢杆菌亚种的分型。