高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展

随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.     

北柴胡种子内生菌群落结构与多样性

为研究北柴胡种子内生菌的群落结构与多样性.采用Illumina Miseq高通量测序技术,分别对山西(BC_1)、黑龙江(BC_2)、河北(BC_3)和内蒙古(BC_4)的四个产地(4份)北柴胡种子的16S RNA V3-V4区和ITS1区扩增片段进行测序,并对内生细菌和内生真菌群落结构和多样性进行分析.结果表明,BC...     

英国帝国理工学院：人类基因组测序有望几分钟内完成

2010年12月20日,英国帝国理工学院（Imperial College）宣布,开发了一种叫做Nano Sequencing的纳米孔测序新技术,该技术可能导致能在数分钟内解读人类基因组的DNA测序仪的开发,而且成本只有现行测序技术的几分之一。研究的详细情况发表在《纳米通讯》（Nano Letters）杂志上。     

博尔纳病病毒与人类神经精神性疾病

博尔纳病病毒是一种宿主范围很广的动物病毒,因其可能与人类的某些神经精神性疾病有关而备受重视.但其在人体的感染,致病还存在很多争议.需要通过建立高效灵敏和准确的检测技术进行更加全面的研究,同时对其可能致病机制的分子生物学研究也会有助于澄清有关争议.如果能够确认某些人类的神经精神性疾病与博尔纳病病毒有关,将会极大地帮助人们控制这类危害越来越大的疾病.     

拟态弧菌溶血素基因的克隆测序与生物信息学分析

目的对拟态弧菌安徽分离株HX4(V.mimicusHX4株)的全长溶血素基因(vmh)进行克隆测序和生物信息学分析,为表达溶血素蛋白(VMH)奠定基础。方法采用PCR法扩增V.mimicusHX4菌株全长vmh基因,将其克隆至pMD18-Tvector并进行测序,应用生物信息学软件分析vmh基因的同源性及其编码蛋白的分子特征。结果V.mimicusHX4菌株vmh基因全长序列2235 bp,编码由744个氨基酸组成的分子量约为82.85 kDa的VMH蛋白。V.mimicusHX4菌株vmh基因的核苷酸序列和氨基酸序列与参考株相应序列的同源性分别介于98.9%~99.1%和96.6%~97.3%。VMH蛋白N端前25个氨基酸组成信号肽,7~27位氨基酸之间存在一个跨膜区域,蛋白二级结构中无规卷曲含量最高,达39.52%,其次为α-螺旋和β-折叠,分别占25.81%和26.75%,β转角含量最低,仅占7.93%。VMH蛋白含有多个T细胞和B细胞抗原表位,同时存在T、B细胞抗原表位的区域最有可能位于肽链第86~95、193~211、419~440和459~501位区段。结论拟态弧菌VMH蛋白是一种高度保守的毒素蛋白,对HX4菌株vmh基因及其编码蛋白信息特征的了解,有助于进一步表达VMH蛋白。     

开发未可培养微生物技术的研究进展

细菌的"活的非可培养状态"(VBNC, viable but nonculturable)发现于20世纪80年代,处于此状态的细菌不但丧失了在培养基上生长繁殖的能力,而且具有与原菌相似的致病性,成为可以逃避检测的"隐性"传染源,对周围的环境及人类安全构成潜在威胁.作为公认的未可培养微生物,它一直是预防医学、流行病学、微生物生态学以及公共卫生检验检疫方面研究的热点问题之一.现代分子生物学技术和基因组学的深入研究,为开发环境中的未可培养微生物提供了新的研究方法和机遇.其中遗传指纹图谱技术、宏基因组技术显示出一定的优势,同时,随着各种细菌的非可培养状态的实验室模型已日臻成熟,这为开发和利用未可培养微生物资源提供了新的研究思路.     

2009年诺贝尔生理学或医学奖

2009年诺贝尔生理学或医学奖被授予了三位科学家Elizabeth H．Blackburn、Carol W．Greider和Jack W．Szostak,以表彰他们解决了生物学中的一个重要问题：在细胞分裂期间,染色体是如何被完整地复制的,它们又是如何受到保护而不被降解。三位获奖者在染色体的末端——端粒找到了答案,并且发现了形成端粒的酶——端粒酶。     

Mitosis and microtubule organizational changes in rice root-tip cells

The pattern of change of the microtubule cytoskeleton of the root-tip cells of rice during mitosis was studied using immunofluorescence technic and confocal laser scanning microscopy. All the major stages of ceil division including preprophase, prophase, metaphase, anaphase and telophase were observed. The most significant finding was that in the preprophase cells microtubules radiating from the nuclear surface to the cortex were frequently seen. During development these microtubules became closely associated with the preprophase band and prophase spindie indicating that the microtubules radiating from the nuclear surface, the preprophase band and the prophazc spindle were structurally and functionally closely related to each other. Granule-like anchorage sites for the radiating microtubules at the muclear surface were often seen and the possibility that these gramle-like anchorage sites might represent the microtubule organizing centres was discussed.     

9号染色体臂间倒位21例分析

在2 703例遗传咨询门诊病例中检出9号染色体臂间倒位21例,将本组inv(9)的频率与普通群体inv(9)的频率作比较,并通过对伴有其它性状的inv(9)家系的分析,讨论了inv(9)的遗传效应问题。 Abstract:　Twenty one cases of pericentric inversion of chromosome 9 were found in 2703 patients asking genetic counseling. The percentage of inv(9) in this group was compared with that in normal population. Two special pedigrees with inv(9) were analyzed and the genetic effects of inv(9) were discussed.     

人胚胎干细胞和分化细胞差别基因的筛选

人类胚胎干细胞(human embryonic stem cell,hESC)在增殖过程中如何保持未分化状态是干细胞生物学的核心问题之一,已有的LIF通路、Oct-4因子及Nanog基因的作用还不能对这一问题做出全面的解释。为进一步了解维持hESC未分化状态的机制,采用自行建立培养的hESC及分化的hESC细胞克隆(differentiated hESC,dhESC),应用抑制消减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)结合反向cDNA斑点杂交技术,筛选出在hESC高表达、在dhESC中低表达或不表达的表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)共105个。通过与GenBank比较,显示其中76个EST代表61个已知基因,18个EST代表15个假想基因,另有11个属于未知EST。选取其中8个克隆进行半定量RT-PCR分析,证实其中7个克隆在hESC中高表达,在dhESC中低表达或不表达。结果表明,hESC分化前后涉及多个基因的差异表达,对这些在hESC中高表达、在dhESC中低表达或不表达基因的进一步功能研究为阐明维持hESC未分化状态的机制提供了基础。