《国外医学——分子生物学分册》的引文分析

对《国外医学——分子生物学分册》(以下简称《分册》)2000—2002年3年间的综述类文章的引文进行了分析。结果表明,《分册》综述篇均引文条数为19．40条;英文语种引文为6485条(98．63％);近3年的引文为2496条(37．96％);引文最集中的杂志有23种。     

用ID-SVM预测蛋白质的ATP结合位点

从蛋白质序列出发,对经Dr．G．P．S．Raghava整理和使用过的168条非冗余的ATP与蛋白质结合氨基酸序列进行分段,对ATP与蛋白质结合位点进行了统计分析。在此基础上,利用20种氨基酸的亲疏水性将20种氨基酸约化为6类。以氨基酸组分和6类亲疏水紧邻为参数,用多样性增量（ID）方法将氨基酸组分和6类亲疏水紧邻降维并将降维后的特征参数输入支持向量机中运算,本文运算结果显示用氨基酸组分ID值和6类亲疏水紧邻ID值共同作为特征参数结果最优,在七交叉检验下的预测总精度达到了99．67％,相关系数达到0．9934,好于前人的预测结果。     

IDQD算法预测人类蛋白质相互作用

蛋白质是一切生命活动的物质基础,研究蛋白质的相互作用有助于理解生物过程的分子机制,阐明疾病的分子机理。本文依据蛋白质序列组分特征,应用基于多样性增量的二次判别分析方法,对人类的1 963对蛋白质相互作用进行了预测。自洽检验的各项预测指标均在79%以上,且交叉检验的总精度也大于60%,表明本算法可以用于蛋白质相互作用预测。     

构建限制性培养条件下细菌群体生长模型的探讨

依据E.coli菌株在摇瓶和发酵罐培养条件下菌群增长过程光密度值的变化,在改进了数据平滑和微分求导方法的基础上,以瞬时速率和瞬时增量为目标函数表征菌群增长的动力学过程.瞬时速率表现为指数衰减模式,而瞬时增量的过程曲线因接种量而异,由它们所表征的生长动力学过程都不存在延迟期和稳定期.动力学曲线的形状由接种物中含有的处于分裂状态的细胞数所决定,它是菌群内源性的增长能力(来自细胞分裂的连续发生)和由增长引发的外源性阻抑力(营养物质的减少和代谢产物的增加)相互作用的结果.由瞬时速率和瞬时增量还可推导出菌群增长的倍增时间及体积生产效率等参量.研究结果可为解决logistic方程和Monod方程在拟合菌群增长过程曲线时遇到的不确定性等难题提供有效的数学分析方法.     

低维输入空间的支持向量机识别人类剪接位点

真核生物剪接位点的识别作为基因阵构成的向量来表示序列,用支持向量机在六维向量空间中寻找最优超平面,从而将真实的剪接位点和虚假的剪接位点进行分类.计算结果表明,利用这样的算法预测人类的剪接位点,有较好的预测效果.与其他的一些算法相比,表现出参数少,精度高等优点.     

大尺度生态水文模型的构建及其与GIS集成

基于过程模拟手段揭示森林植被的生态水文功能和变化机制,已经成为生态水文学研究的重要手段。由于陆地生态水文过程的非线性和尺度问题的广泛性,基于过程的坡面或小流域尺度的分布式水文模型不适合大流域的水文过程的分析和预测;另外,传统的水文模型主要侧重水文物理过程,只有充分耦合植被生态过程,才能从机制上揭示森林植被参与水文循环的调控作用。依据大流域的水文过程特点,从5个方面阐述了大尺度生态水文模型构建过程中的主要问题：①大尺度生态水文模型的概念和结构;②尺度的界定与匹配;③离散化数据集的建立,着重分析了植被覆盖、土壤质地、山地气候等主要数据集的建立方法;④分布式与集总式模型,这两类模型可以从他们的基本空间单元上进行区分,数字流域的建立和空间分析手段使得集总式模型和分布式模型得到了很好的结合;⑤生态水文模型与GIS的集成。分析了4种不同的集成方式,“松散型”的集成方式因其编程工作量小而被广泛采用。集成的目的不仅是要提高模拟的技术水平,更要提高系统整体的概念化水平。     

核小体定位与RNA剪接

根据核小体定位序列和缺失序列的碱基分布特征,应用多样性增量二次判别方法(IDQD)构建模型对这两类序列进行了区分,受试者操作特性曲线下的面积达到了0.958．应用这一模型研究了核小体在人类基因组剪接位点(GT/AG)邻近序列中的分布方式,发现外显子所对应的DNA序列通常倾向参与核小体的形成,并且由它所转录的RNA统计上具有较强的刚性,而剪接位点及其邻近的内含子对应的DNA序列则避免参与核小体的形成,所转录的RNA统计上具有较强的柔性．进一步还发现,DNA序列的核小体定位/缺失和RNA的刚性/柔性具有统计相关性,为从机制上解释为何前体RNA剪接事件与DNA序列中的核小体定位信息有关提供了依据．     

城市小区环境生物剂气溶胶的扩散模拟研究

目的:研究城市小区中生物剂气溶胶的扩散模拟和污染区域的划分,为反生物恐怖危害评估及应急响应提供决策依据。方法:以典型生物剂炭疽为例,利用计算流体力学中的离散相模型对小区环境中生物剂气溶胶的扩散规律进行研究;对扩散后生物剂气溶胶的数目分布进行量化分析,结合吸入式炭疽的剂量-反应模型进行污染区域的划分。结果:通过计算机模拟,得到了生物剂气溶胶在小区环境中的扩散规律及数目分布,并依据人员感染炭疽概率的不同划分出小区内的污染区域。结论:利用离散相模型和剂量-反应模型,可以对城市小区中生物剂气溶胶的扩散规律进行模拟并划分污染区域,为反生物恐怖危害评估及应急响应提供决策依据。     

基于离散增量的支持向量机算法预测蛋白质中四类简单超二级结构

蛋白质超二级结构预测是三级结构预测的一个非常重要的中间步骤。本文从蛋白质的一级序列出发,对5793个蛋白质中的四类简单超二级结构进行预测,以位点氨基酸为参数,采用3种片段截取方式,分别用离散增量算法预测的结果不理想,将组合的离散增量值作为特征参数输入支持向量机,取得了较好的预测结果,5交叉检验的平均预测总精度达到83.0%,Matthew’s相关系数在0.71以上。     

管道厌氧消化器反应过程模型的研究

管道厌氧消化器是一种由若干管节横向串联组装而成的新型厌氧消化工艺。本文在分析管道厌氧消化器的流动状态和基质降解动力学的基础上,建立了管道厌氧消化器反应过程模型——离散模型。用实验值作了模型参数估值。模型模拟管道厌氧消化器过程结果表明,模型计算值与实验值拟合良好,误差为7％左右,模型用作预测,其结果是可信的。