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11.
利用支持向量机和马氏判别式预测人类polⅡ启动子   总被引:1,自引:0,他引:1  
林昊  杨科利 《生物信息学》2009,7(2):117-119,127
通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249~-1;0~+50;-30~+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31~-21;-4-+2;+25-+29)的3-mer频数作为位置打分函数的参数,分别利用支持向量机和马氏判别式为判别函数对启动子进行预测。用10折叠交叉检验来衡量两种算法的预测能力,预测结果成功率分别达到87.0%和87.9%。对于独立检验集,敏感性分别为62.7%和76.0%,特异性分别为77.5%和66.8%。  相似文献   
12.
用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构   总被引:1,自引:0,他引:1  
用离散量的方法,对2208个分辨率在2.5I以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发,以氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,当序列模式固定长取8个氨基酸残基时,对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%;当序列模式固定长取10个氨基酸残基时,对“1041”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到83.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到79.8%。  相似文献   
13.
心室再同步心脏转复除颤器(CRT_D)可有效改善心力衰竭(CHF)患者的运动耐量和生活质量,预防猝死,提高生存率,但CRT_D植入后由于心室激动顺序的改变,使QT间期延长、跨室壁复极离散度(TDR)增加,潜在致室性心律失常风险;且CHF患者通常存在心肌解剖改变,传导的不均一性,也为折返性心动过速的发生提供了维持的机制;而多次电击也可导致肌钙蛋白升高,引起心肌损伤,局部心肌复极离散度增加(DRVR)和QT间期延长,以及电除颤后心肌纤维化和急性细胞损伤,反复室速、室颤也会引起进行性左心功能不全、心肌细胞凋亡、恶化心律失常基质和增加心律失常易感性。CRT_D潜在致室性心律失常作用逐渐引起人们的重视,本文就近年来CRT_D致室性心律失常的电生理机制与临床防治对策等做一综述。  相似文献   
14.
目的:研究C57BL/6小鼠在PD-1基因敲除后体内炎症升高对房颤发病易感性的影响。方法:对两组动物进行了观察:C57BL/6小鼠和C57BL/6-PD-1基因敲除小鼠(各组均为15只,雄性,6-8周龄)。应用流式细胞仪微球芯片捕获技术对比了实验组与对照组的血清炎性细胞因子表达水平,应用多导电生理记录仪检测了实验组与对照组心房有效不应期和有效不应期离散度。结果:和对照组相比较,C57BL/6-PD-1-/-小鼠血清炎性细胞因子水平明显升高,C57BL/6-PD-1-/-小鼠心房肌有效不应期较对照组减低,而有效不应期离散度则明显升高。结论:PD-1基因敲除后出现的机体内炎性细胞因子水平的升高导致了C57BL/6小鼠的心房电重构,并由此使得C57BL/6-PD-1-/-小鼠心房纤颤发病易感性升高。  相似文献   
15.
本文研究了一个带有离散和分布时滞的Holling-IV型功能反应的捕食与被捕食模型,将离散时滞r看作分支参数,讨论了正平衡点的局部稳定性和Hopf分支,利用Routh-Hurwitz定理得到了平衡点局部渐近稳定的充分条件.通过分析相应的特征方程,发现随着r穿越某临界值,Hopf分支会发生,并且可能出现小范围周期解.  相似文献   
16.
蛋白质亚细胞定位的识别   总被引:3,自引:2,他引:3  
根据蛋白质的亚细胞定位,将蛋白质分为12类,用离散量的数学理论,以蛋白质中400个氨基酸二联体数目构成离散源,通过计算离散增量预测蛋白质的亚细胞定位,用Self-consistency和Jackknife两种方法测试均获得较高的预测成功率。结果表明:Self-consistency方法预测成功率为84.5%,Jackknife方法预测成功率为81.1%。  相似文献   
17.
林昊 《生物信息学》2009,7(4):252-254
由于蛋白质亚细胞位置与其一级序列存在很强的相关性,利用多样性增量来描述蛋白质之间氨基酸组分和二肽组分的相似程度,采用修正的马氏判别式(这里称为IDQD方法)对分枝杆菌蛋白质的亚细胞位置进行了预测。利用Jackknife检验对不同序列相似度下的蛋白质数据集进行了预测研究,结果显示,当数据集的序列相似度小于等于70%时,算法的预测精度稳定在75%左右。在对整体852条蛋白质的预测成功率达到87.7%,这一结果优于已有算法的预测精度,说明IDQD是一种有效的分枝杆菌蛋白质亚细胞预测方法。  相似文献   
18.
采用“盐分增量法”测定了松嫩平原大安古河道试验站典型的羊草.星星草.碱地蒲公英群落分布区的植被蒸散量。结果表明,盐分增量法是一种测定植被蒸散量的新方法,可有效地测定植被蒸散量;植被日均蒸发量随植被盖度增加不断减少,日均蒸腾量随植被盖度增加逐渐增大,由于蒸腾量增加幅度大于同期蒸发量减少幅度,植被日均蒸散量随植被盖度增加而增大。  相似文献   
19.
将谱域光学相干层析技术(Spectral-domain Optical Coherence Tomography,SD-OCT)应用于细胞膜厚的动态检测,引入了光谱干涉测量方法,通过对干涉光谱信号进行离散傅里叶变换得到表示物体深度位置信息的光程差信号。搭建了一套SD-OCT测量系统并设计了专门用于细胞检测的样品平台,检测精度达到μm量级,信噪比达70 db,是一种快速、实时、非接触的细胞分子膜厚动态检测技术。  相似文献   
20.
步长稳心颗粒治疗136例心律失常的临床疗效观察   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:观察步长稳心颗粒对心律失常的治疗效果。方法:将心律失常患者136例随机分成两组,治疗组68例用稳心颗粒治疗,对照组68例用胺碘酮治疗,治疗4周观察静息心电图、动态心电图、Q-T离散度,平均心室率,不良反应的变化。结果:治疗4周后,治疗组总有效率优于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗组治疗后Q-T离散度减小,差异有统计学意义(P<0.05);对照组胺碘酮治疗后Q-T离散度变化不大。治疗组和对照组治疗后平均心室率均下降,差异有统计学意义(P<0.05),但两组间平均心室率比较差异无统计学意义(P>0.05);治疗组不良反应发生率明显低于对照组(P<0.05)。结论:稳心颗粒能有效治疗心律失常,毒副作用小,安全可靠。  相似文献   
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