定量蛋白质组学分析链霉素耐药和敏感结核分枝杆菌临床分离株

[目的]发现结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)链霉素耐药相关的潜在菌体蛋白.[方法]以结核分枝杆菌临床分离链霉素敏感株01105和结核分枝杆菌H37Rv为对照,采用iTRAQ技术和生物信息学鉴定并相对定量结核分枝杆菌临床分离链霉素耐药株01108菌体蛋白,并通过WEGO功能注释聚类分析01108菌株差异表达蛋白的细胞组分、分子功能和生物进程.[结果]01108菌株分别与01105菌株和H37Rv菌株比较差异表达蛋白为194个和146个,01108菌株与01105菌株和H37Rv比较均差异表达蛋白121个(共同差异表达蛋白).差异表达蛋白理论相对分子量和等电点分布广泛,其生物进程主要参与中间代谢、呼吸作用和脂质代谢,分子功能主要为催化活性功能和结合功能.共同差异表达蛋白:7个核糖体蛋白(Rv2785c,Rv0056,Rv0641,Rv0652,Rv0701,Rv1630和Rv2442c)在01108菌株中表达下调;7个蛋白在01108菌株中显著差异表达(上调大于1.20倍或下调小于0.55倍),分别为巯基过氧化物酶(Rv1932)、酰基载体蛋白脱氢酶(Rv0824c)、30S核糖体蛋白S15 (Rv2785c)、丙酮酸脱氢酶E2部分(Rv2215)、双组份转录调控蛋白(Rv3133c)以及假定未知蛋白(Rv2466c和Rv2626c).[结论]iTRAQ发现了链霉素耐药结核分枝杆菌相对于链霉素敏感结核分枝杆菌和H37Rv共同差异表达蛋白,为进一步探讨结核分枝杆菌链霉素耐药机制奠定了基础.     

基于遥感和GIS的巢湖流域生态功能分区研究

生态功能分区是区域自然资源科学管理及可持续发展利用的基础。基于生态功能分区原则,考虑流域——子流域完整性进行巢湖流域生态功能分区。在综合分析巢湖流域生态环境基本特征的基础上,确定生态功能分区原则、依据、方法及命名,基于遥感与GIS在数据采集方面及多层面叠加功能的优势,通过遥感数据对研究区土地利用信息的提取以及利用DEM空间分析进行子流域划分等技术手段,探讨了遥感和GIS技术支持下的研究区子流域生态功能划分方法,形成了巢湖流域生态功能分区方案,将全流域分为5个生态功能区和12个生态功能亚区,并阐明了不同生态功能区的生态保护重点与经济社会发展约束。对于新调整行政区划的巢湖流域生态环境综合治理具有重要的现实意义,可为流域产业布局、生态防灾减灾、环境保护与建设规划等提供科学依据。     

小哺乳动物化石牙齿釉质碳、氧同位素测试方法简介及应用前景

探讨古环境和古气候变化与哺乳动物演化之间的关系是目前古生物学研究领域中的一个热点,而哺乳动物化石牙齿釉质的碳、氧同位素分析是恢复古环境和古气候的一个重要手段。以往的哺乳动物化石牙齿釉质稳定同位素分析多集中在大哺乳动物化石,这主要是受到技术手段的限制,所需的样品量较大所决定的。但最近几年随着激光和离子显微探针技术的应用,对小哺乳动物化石(如啮齿类和兔形类)的牙齿釉质碳、氧同位素的分析和应用日趋成熟和广泛。除了传统的化学处理方法之外,对小哺乳动物化石牙齿釉质碳、氧同位素的分析还有以下三种方法:1)激光剥蚀气相色谱/同位素比值质谱分析;2)直接激光氟化技术;3)离子显微探针技术(SHRIMPII)。这些技术需要的样品量少,对标本的破损小,准确度和精密度高,所以在小哺乳动物化石和一些珍贵标本(如古人类化石)的稳定同位素分析中起到了重要作用。相对于大哺乳动物化石,小哺乳动物化石数量多、演化速度快,更能反映多个层位长时间序列的古环境和气候变化;而且小哺乳动物通常没有长距离迁徙的行为,栖息地局限,所以更能准确反映化石埋藏地点的古环境和气候状况。     

内蒙古二连盆地呼和勃尔和地区壮鼠类化石

描述了产自内蒙古二连盆地呼和勃尔和地区始新世壮鼠类化石,包括呼和勃尔和剖面伊尔丁曼哈组底部的Asiomys dawsoni以及努和廷勃尔和剖面阿山头组底部的Ischyromyidae gen.et sp.indet.。其中Asiomys与其他壮鼠类的区别在于其下颌厚、高;咬肌窝明显、前缘宽,并有较明显的结节;P4无次尖、M1和M2次尖小;后小尖2个;dp4有明显的下次脊、p4无下次脊;下臼齿下原尖后棱长短不一、下次尖与下后齿带相连、下外脊完整、下次脊短。Asiomys的下颌特征与Paramys delicatus相似,门齿釉质层、上臼齿次尖、下臼齿下次脊等结构特征与北美中始新世的壮鼠类相近,与亚洲已知的壮鼠类差别较大。因此,Asiomys是中始新世亚洲与北美大陆哺乳动物之间交流的又一佐证。     

螺环哌啶类似物作为DOR激动剂的特征结构研究

阿片受体激动剂与特定阿片受体亚型结合,常用来治疗与外伤、癌症或心脏病相关的严重疼痛,是十分有吸引力的药用物质．阿片受体有3种经典亚型(δ, κ, μ),均有与其对应的激动剂．δ阿片受体(DOR)激动剂因其还有明显的抗焦虑、抗抑郁和器官保护作用,是非常有前景的药物．本文研究了一批共102个N-取代螺环哌啶类似物作为δ阿片受体激动剂的分子,采用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数(CoMSIA)两种分析方法对所有分子进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,其中基于疏水场和氢键供体场参数建立的CoMSIA模型最佳,其模型结果为：Q²=0.501,R²_ncv=0.787,R²_pre=0.780,证明模型自我吻合良好,同时有较强的内部及外部预测能力．而模型的等势线图分析表明,在R₁处引入疏水性的取代基及在R₂处引入亲水性的取代基或氢键供体基团对提高激动剂活性有利．这些结论有助于更好地理解N-取代螺环哌啶类似物作为DOR激动剂的机理,为新型的δ阿片受体激动剂的设计和优化提供一定的指导．     

基于FMEA和POSSUM评分的手术风险评估研究

??????? 目的 研究建立手术风险评估的架构,以正确决策手术时机。方法 采用用于计数死亡率和并发症发生率的生理学和手术严重性（POSSUM）评分原理进行分层计分,同时引用失效模式与效应分析方法对手术可能发生故障模式的严重度及发生可能性及风险因素的影响度3个维度进行评估。结果 建立了手术前风险预警机制及手术评估架构,利用评估架构对某综合医院2010年200例80岁高龄的手术病人进行了术前评估,结果手术后并发症的发生率较2009年同年龄的手术病人的并发症下降了10.45%。结论 在手术前对手术相关因素进行评估,可以为手术时机的选择提供参考。     

低温细菌与古菌的生物多样性及其冷适应机制

低温细菌与古菌广泛分布于地球的低温环境,包括南极、北极及高山地带的冻土、低温土壤和荒漠、冰川、湖泊、海冰,以及深海、冰洞和大气平流层等.栖息在这些低温环境中的细菌与古菌具有丰富的多样性,主要为α,p和γ-Proteobacteria分支、CFB类群分支和革兰氏阳性细菌分支等.由于低温环境中的微生物流动性低,因而是研究微生物地理学理想的生态系统,有助于理解地球微生物的多样性、分布规律乃至形成机制.由于长期生活在冰冻环境中,低温细菌与古菌形成了多种适应低温环境的生理机制,如它们通过细胞膜脂类的组成来调节膜的流动性以维持正常的细胞生理功能;利用相容性溶质、抗冻蛋白、冰核蛋白及抗冰核形成蛋白等实现低温保护作用;产生冷激蛋白、冷适应蛋白和DEAD-box RNA解旋酶保持低温下RNA的正确折叠、蛋白质翻译等重要的生命活动;另外还产生低温酶,提高能量产生和储存效率等以适应低温环境.随着DNA序列分析技术的飞速发展,各类组学方法也用于揭示微生物全局性的冷适应机制.     

厄他培南不敏感大肠埃希菌耐药性及同源性分析

目的探讨临床分离大肠埃希菌对碳青霉烯类抗生素的耐药机制及流行情况,为临床用药和院内感染监控提供依据。方法收集2012年8月至2013年7月温州医科大学附属第二医院厄他培南不敏感的大肠埃希菌10株,采用VITEK Compact2全自动微生物分析仪检测18种常用抗菌药物的MIC值;改良Hodge试验检测碳青霉烯酶,PCR扩增包括碳青霉烯酶基因在内的多种B．内酰胺酶基因;应用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析菌株同源性。结果分离菌株来自不同病区无聚集现象,标本来源以尿液为主;菌株对广谱青霉素、三代、四代头孢菌素、氟喹诺酮类和酶抑制剂复合物耐药严重,对氨基糖苷类抗生素较为敏感;PCR扩增几乎所有菌株携带ESBL基因,只有一株除外,其中主要是blarsm和、blactx-mo3株blaNOM-1基因阳性,未检出其他碳青霉烯酶基因;脉冲场凝胶电泳分析表明,菌株之间没有克隆关系。结论该院分离10株大肠埃希菌对碳青霉烯类耐药主要是存在NDM-1金属酶联合ESBL,菌株间未发现克隆传播。     

基于比较基因组学方法的丝状子囊菌同源序列分析

为探讨丝状子囊菌基因组的同源保守序列作为标记基因,利用Standalone BLASTN方法将构巢曲霉全基因组基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较.构巢曲霉与每个丝状子囊菌基因组之间的同源匹配基因数量似乎可反映子囊菌之间的进化关系,构巢曲霉（10,560个基因）与15种散囊菌纲其他真菌间的匹配基因数量为5,179-7,747个,其中与另外7个同属的种匹配的基因数量为7,434-7,747个,而与亲缘关系较远的2种锤舌菌纲真菌灰葡萄孢和核盘菌的匹配基因数量分别仅有4,318个和4,242个.构巢曲霉的10,560个基因与20余种子囊菌基因组同时匹配的基因数为3,509个,占33.2％,构巢曲霉基因与30种子囊菌共同匹配的基因仅924个.此外,E值大小在10-30_0.1范围的同源序列变异性大,而在0-10-100范围的同源序列高度保守.随着基因组序列数据的增加,比较基因组方法将会在真菌系统学研究领域发挥更大的作用.