基于质谱的选择反应监测技术相关策略和方法的研究进展

随着蛋白质组学研究的不断深入,基于质谱的选择反应监测技术(SRM)已经成为以发现生物标志物为代表的定向蛋白质组学研究的重要手段.SRM技术根据假设信息,特异性地获取符合假设条件的质谱信号,去除不符合条件的离子信号干扰,从而得到特定蛋白质的定量信息.SRM技术具有更高的灵敏度和精确性、更大的动态范围等优势.该技术可分为实验设计、数据获取和数据分析三个步骤.在这几个步骤中,最重要的是利用生物信息学手段总结当前实验数据的结果,并用机器学习方法和总结的经验规则进行SRM实验的母离子和子离子对的预测.针对数据质控和定量的生物信息学方法研究在提高SRM数据可靠性方面具有重要作用.此外,为方便SRM的研究,本文还收集、汇总了SRM技术相关的软件、工具和数据库资源.随着质谱仪器的不断发展,新的SRM实验策略以及分析方法、计算工具也应运而生.结合更优化的实验策略、方法,采用更精准的生物信息学算法和工具,SRM在未来蛋白质组学的发展中将发挥更加重要的作用.     

无筛选标记转基因作物的研究进展

目前,大部分植物遗传转化都要使用选择标记基因,诸如抗生素、除草剂等来筛选转化子,由此而引起的转基因生物安全性问题受到了人们的关注。为了消除转基因作物中的筛选标记,一种全新的策略即无选择标记的转基因技术迅速发展起来。该技术既能够减轻大众对转基因植物中含有选择标记基因而引起的恐惧,又能将多个基因逐个整合到同一作物以实现基因聚合。因此这种新策略有着巨大的应用价值。对获得无筛选标记转基因作物的一些方法及其最新研究进展进行综述。     

特异性IgG抗体在异种/同种异株疟原虫感染治愈后P.y17XL再感染中的保护作用

为探讨特异性IgG抗体在异种/同种异株疟原虫治愈后再感染过程中的作用,用不同种/株疟原虫感染BALB/c小鼠,经治愈后用P.y17XL再感染。通过计数红细胞感染率和检测再感染后血清中特异性IgG抗体的水平变化,发现P.y17XNL感染治愈组小鼠几乎不出现原虫血症,其余异种疟原虫感染治愈组小鼠出现了不同程度的虫血症发生时相延迟和水平降低,部分生存率有所延长;不同虫种/株感染治愈后P.y17XL再感染的小鼠IFN-γ水平均明显低于同时间点P.y17XL初次感染的小鼠;P.v、P.y17XNL感染治愈小鼠血清中P.y17XL特异性IgG抗体水平出现显著增加(P<0.05),且以IgG1亚类升高为主。表明特异性IgG抗体可在宿主抗同源疟原虫再感染中发挥着重要作用,而对异种疟原虫再感染保护性有限。     

美洲斑潜蝇SS PCR检测技术研究

【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种潜叶蝇类害虫为参照,采用种特异性PCR方法（species specific PCR, SS PCR）,研究其快速分子检测鉴定技术。【方法】调用GenBank中一段936 bp的美洲斑潜蝇线粒体DNA（mtDNA）细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因（CO[KG-*2]Ⅰ）的序列（GenBank登录号为EU219613）,并根据此基因片段的碱基序列设计引物1对,其扩增片段大小为294 bp。【结果】种特异性检验结果显示,该引物只对美洲斑潜蝇的CO[KG-*2]Ⅰ基因具有扩增能力,对其他种类如南美斑潜蝇、三叶斑潜蝇、葱斑潜蝇、豌豆潜叶蝇等没有扩增能力。该引物不仅对成虫具有良好的扩增效果,对蛹、幼虫以及单粒卵也具有同样的扩增效果,其最低检出阈值为1/3840头成虫。【结论与意义】SS PCR技术体系可用于美洲斑潜蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。     

HIF基因突变——肿瘤代谢机制研究新发现

HIF2α是一种特异性调控红细胞增殖和细胞新陈代谢的重要转录因子.来自美国犹他大学癌症研究所(HCI)和国立卫生研究院(NIH)的研究员首次证实该基因的突变与肿瘤的发生密切相关,并将结果发表在     

特异性免疫治疗对屋尘螨致敏哮喘小鼠NKT细胞的影响

目的:研究特异性免疫治疗(SIT)对哮喘小鼠自然杀伤T(NKT)细胞的影响。方法:24只BALB/C小鼠随机分为对照组(A组)、哮喘模型组(B组)、哮喘免疫治疗(SIT)组(C组),各8只。通过屋尘螨提取液(HDM)诱导建立哮喘小鼠模型并进行SIT治疗。检测各组小鼠的气道反应性、支气管肺泡灌洗液(BAlF)细胞计数及分类、ELISA检测IL-4、IFN-γ以及应用流式细胞仪检测NKT细胞数目,通过RT-PCR方法检测T-bet和GATA-3mRNA表达水平;HE染色观察小鼠肺组织的改变。结果:与B组相比,C组气道反应性明显下降(P0.01);BALF中细胞总数及嗜酸性粒细胞(EOS)数显著减少(P0.01);血清IL-4分泌显著降低(P0.01),IFN-γ显著升高(P0.01);NKT细胞数及其成熟型比例明显升高(P0.05);T-betmRNA表达水平明显升高(P0.01),且与NKT细胞数及其成熟型比例呈正相关性,GATA-3mRNA表达水平明显降低(P0.05),且与NKT细胞数及其成熟型比例呈负相关性。B组肺部管腔周围炎性细胞聚集,组织上皮损伤,组织水肿,而C组肺部变应性炎症明显减轻。C组其他各项指标接近A组。结论:哮喘的发生可能与NKT细胞失调相关,通过改变NKT细胞数目及其成熟型比例来调节GATA-3/T-bet的表达可能是SIT治疗哮喘的作用机制之一。     

原核生物基因组三核苷酸转移概率偏倚的物种特异性及致病关联性

作为DNA序列的重要组成特征,基因组寡核苷酸使用模式及其偏倚的研究已被广泛应用于原核生物基因组的分析。然而,关于寡核苷酸使用模式的偏倚是否具有种群特异性并反映种群的功能这一问题,尚未阐明。我们基于一阶马尔可夫链模型,提出了一个度量寡核苷酸使用模式偏倚的新指标——基因组三核苷酸(trinucleotide,tri-)转移概率偏倚(transition probability bias,TPB)特征向量,或称之为三核苷酸转移概率最大偏倚分布,并分析比较了727条有代表性的原核生物基因组序列tri-TPB特征向量。结果表明,基因组tri-TPB特征向量具有物种特异性,亲缘关系越近的物种,它们的tri-TPB特征向量越相似;同种内的不同菌株具有几乎完全相同的tri-TPB特征向量,并且不依赖于基因组的GC含量;此外,基因组tri-TPB特征向量的相似性与菌株的致病性特征相关。本研究结果为基于全基因组寡核苷酸组成和分布信息的物种及其致病性进化分析提供了新的思路和方法。     

牛呼吸道合胞体病毒核蛋白的表达及其单克隆抗体的制备

利用牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)接种牛肺细胞(BL),提取病毒RNA。通过RT-PCR扩增BRSV的核蛋白基因,然后定向克隆到原核表达载体pET30a,获得重组表达质粒pET30a-N。将重组质粒转化表达菌BL21(DE3),经增菌培养和IPTG诱导以及SDS-PAGE和Western blot分析,成功表达出了核蛋白(N),其分子量约为49kDa。为制备BRSV核蛋白的单克隆抗体,用纯化的重组核蛋白免疫BALB/c小鼠,取免疫鼠脾细胞与SP2/0细胞融合。采用以BRSV为检测抗原的间接ELISA筛选阳性细胞克隆,经3次克隆纯化后获得2株稳定分泌抗N特异性MAb的杂交瘤细胞株,分别命名为2D12与4B10。用2D12与4B10杂交瘤细胞株接种BALB/c小鼠制备腹水,采用rN及BRSV包被的ELISA测得的效价分别是1×105和1×106及1×102和1×103。间接ELISA、Western blot、IFA试验表明两株杂交瘤细胞所分泌的MAb具有良好的反应性和特异性。经抗体亚类鉴定D12与4B10均为IgG1/κ。特异性试验表明单抗2D12与4B10均不与牛副流感病毒3型和牛病毒性腹泻病毒反应。所制备的D12与4B10可用于建立检测BRSV病原及抗体的诊断方法。     

VICAM新型Fumo-V试纸可在几分钟内准确测出烟曲霉毒素检测结果

沃特世公司旗下的VICAM近日推出了可用于便携式VertuTM侧流读取器的Fumo-VTM试纸,该试纸采用了经过验证的具有敏感性和特异性的VICAM单克隆抗体,能够在几分钟内准确地检测出浓度在0.2ppm至5ppm范围内的烟曲霉毒素B1、B2和B3。     

白念珠菌MP65和SAP2蛋白原核表达质粒的构建与表达

目的构建以白念珠菌基因MP65和SAP2为目的基因的原核表达质粒,IPTG诱导其表达融合蛋白,并对其免疫原性进行分析。方法PCR法自白念珠菌标准菌株获取MP65和SAP2基因,分别插入至原核表达载体pGEx．4T之和pET32a中;将重组表达质粒转染感受态EcoliBL-21,经IPTG诱导表达、纯化后,SDS—PAGE和Western blot分析。结果PCR法克隆出全长为1140bp的MP65和1197bp的SAP2基因,构建的原核表达质粒pGEX-4T-2-MP65及pET32a-SAP2,可分别表达出66KD左右的GST融合蛋白和His融合蛋白。结论成功获取了白念珠菌基因^伊65和SAP2,所构建的原核表达质粒在BL-21中成功表达;两种蛋白均有免疫原性。