黄杆菌菌株RC2-3基因组生物信息学分析及高效降解岩藻多糖功能基因的挖掘

以从海带中筛选获得的一株具有降解岩藻多糖能力的黄杆菌菌株RC2-3为研究对象，该菌株产的岩藻多糖酶可以高效降解不同来源的岩藻多糖。为进一步探究菌株RC2-3降解岩藻多糖的机制，推动岩藻寡糖的酶法生产，采用Illumina测序技术对菌株RC2-3进行基因组测序、基因功能注释和碳水化合物活性酶注释以及岩藻多糖降解相关基因的生物信息学分析。结果表明，黄杆菌菌株RC2-3基因组全长3 414 532 bp,共编码2 967个基因，GC含量为30.92%。经碳水化合物活性酶数据库注释获得213个基因，与岩藻多糖降解有关的包括7个岩藻糖结合结构域的基因；2个β-D-岩藻糖苷酶(EC 3.2.1.38)基因；2个属于GH141家族的α-L-岩藻糖苷酶(EC 3.2.1.51)基因；12个属于GH29家族的α-1, 3/1, 4-L-岩藻糖苷酶(EC 3.2.1.111)基因；9个属于GH95家族的α-1, 2-L-岩藻糖苷酶(EC 3.2.1.63)基因。此外，通过与已报道的蛋白序列比对发现，岩藻多糖酶基因RC2.3＿GM001247编码的蛋白序列与FunA蛋白序列同源性达到70.98%,岩藻多糖酶...     

抑制素α亚基片段P33对大鼠离体培养黄体细胞凋亡的影响

我室先前的工作表明,抑制素α亚基片段Ｐ３３显著抑制离体培养大鼠黄体细胞的孕酮分泌,整体实验显示Ｐ３３促进黄体功能萎缩和细胞凋亡。本实验进一步在细胞水平探讨Ｐ３３促进黄体细胞凋亡的作用机制。应用ＤＮＡ电泳检测技术、ＤＮＡ荧光（ＡＯＥＢＰＩ）染色和流式细胞分析方法观察了Ｐ３３对ＰＭＳＧｈＣＧ假孕大鼠胶原酶ＤＮＡ酶分散的黄体细胞的自发凋亡的影响。结果三种方法一致显示,Ｐ３３（１μｇ／ｍｌ）促进黄体细胞的自发凋亡。阻断酪氨酸蛋白激酶活性（ｇｅｎｉｓｔｅｉｎ５０μｇ）则抑制Ｐ３３诱导的黄体凋亡;而阻断ＲＮＡ和蛋白质合成（Ｃｙｘ,５０μｇ／ｍｌ;ＡｃｔＤ,５０μｇ／ｍｌ）均不抑制Ｐ３３促进的黄体细胞凋亡。结果表明,Ｐ３３促进培养大鼠黄体细胞的自发凋亡,其作用机制可能与ＴＰＫ途径有关。本实验为抑制素α亚单位或其相关衍生物可能是卵巢局部调节因子之一的假说提供了又一证据。     

GnRH在文昌鱼脑和哈氏窝的分布

用免疫细胞化学方法和抗哺乳动物ＧｎＲＨ抗体研究了ＧｎＲＨ免疫活性细胞在文昌鱼脑和哈氏窝的分布。ＡＰＡ免疫染色法证明了哺乳动物ＧｎＲＨ免疫活性结构分布在文昌鱼端脑前端和靠近中脑的背部,中脑中部,神经管和哈氏窝中。ＧｎＲＨ－ｉｒ胞体有多种类型,一种是大脑胞体,可见在端脑和中脑,另一种为中等和小型胞体,这些胞体聚集在中脑中部（相当于鱼类下丘脑）以及端脑。长的念珠状ＧｎＲＨ－ｉｒ神经纤维从端脑腹外侧面延伸     

尼古丁预防帕金森氏综合症和老年痴呆症的分子机理研究

吸烟有害健康,吸烟产生的自由基、亚硝胺和多环芳烃等是主要有害物质,而尼古丁是造成吸烟依赖的主要物质。流行病学统计显示,吸烟者患帕金森氏综合症(Parkinson's disease,PD)和老年痴呆症(Alzheimer's disease,AD)的概率远低于不吸烟者;实验和人群结果表明尼古丁可以预防PD和AD,但其机理还不十分清楚。实验发现:1)尼古丁可以有效清除活性氧自由基,能够抑制多巴胺自氧化,是一种抗氧化剂;2)尼古丁能够有效抑制6-OHDA和MPP 诱导的细胞色素C(Cytochrome C,Cyt.C)释放;3)尼古丁可以保护海马神经元抵抗β淀粉样蛋白诱导的凋亡;4)尼古丁可以防止淀粉样蛋白在转基因AD鼠脑中的沉淀;5)尼古丁可以络合金属铜和锌,防止其在脑中积聚;6)尼古丁可以通过激活烟碱型乙酰胆碱受体nAChRs(nicotin acetylcholine receptor)7和MAPK(mitogen activated protein kinase)来抑制NF-κB和C-Myc信号通路,抑制炎症和诱导型NOS表达和NO生成,预防AD。这些结果对于解释尼古丁防治神经退行性疾病AD和PD的机理具有重要意义。     

大肠杆菌和志贺氏菌O-抗原糖基转移酶与聚合酶的生物信息学研究

利用生物信息学手段对大肠杆菌和志贺氏菌的 1 1 0个O 抗原糖基转移酶与 39个O 抗原聚合酶的序列进行分析 ,探讨这两种酶的序列和结构特点。统计了其序列一致性 ,密码子使用和 (G C) %含量的特点 ;讨论了O 抗原糖基转移酶和聚合酶对底物的特异性 ;推测了 6组糖基转移酶的功能 ;通过对蛋白拓扑结构的预测 ,发现O 抗原聚合酶中广泛存在一个位于细胞周质中的亲水环 (Loop) ,是可能的功能区域 ;通过对蛋白高级结构的预测 ,发现O 抗原糖基转移酶属于两个不同的蛋白超家族。     

大鼠膀胱及其牵涉区的初级传入神经起源

目的：在确定大鼠膀胱痛牵涉区的基础上,明确膀胱及其牵涉区的初级传入神经的起源。方法：经静脉注入Evans Blne,观察染料渗出和皮肤部位;将CB－HRP分别注入膀胱壁内或牵拉区皮下,观察和计数阳性标记细胞出现的部位及数目。结果：深蓝色的染料渗漏斑仅出现在耻骨联合附近皮区,膀胱的CB－HRP阳性标记神经元胞体主要集中在L－L3和L6、S1节段背根神经节（DRG）中,牵涉区的则主要分布在L2、L3节段DRG。结论：大鼠的膀胱痛牵涉区主要位于耻骨联合附近的皮肤,膀胱的初级传入神经起源广泛,而牵涉区的初级传入神经起源局限,二者在L2、L3节段DRG有一定的重叠分布。     

抚仙湖外来黄颡鱼种群的年龄和生长特征

黄颡鱼(Pelteobagrusfulvidraco)是近年被无意引入到抚仙湖的外来鱼类,自2002年以来在渔获物中已形成了较为稳定的产量。根据2002年9月至2005年5月采集的708尾标本对抚仙湖黄颡鱼种群的年龄和生长特征进行了研究。以脊椎骨作为年龄鉴定的材料,表明种群的年龄分别为雌性0 -5 龄6个龄组和雄性0 -7 龄8个龄组组成;拟合的VonBertalanffy生长参数为雄性L∞=294·68mm,k=0·2476/y,t0=-0·0298y,W∞=209·93g;雌性L∞=257·13mm,k=0·2476/y,t0=-0·3329y,W∞=184·45g;生长特征参数分别为=4·3324(♂)和=4·1665(♀)。雄鱼体重生长的拐点年龄为3·1龄时,重60·98g;雌鱼为3·6龄,重54·47g。与其它种群的生活史特征相比,抚仙湖种群表现出年龄结构复杂和生长缓慢的特点,这些变化是黄颡鱼在抚仙湖建立种群过程中为增加总体适合度而作出的一种适应性响应[动物学报52(2):263-271,2006]。     

黄单胞菌(Xanthomonas campestris)XA5-5β-葡萄糖苷酶基因的克隆与表达

以黄单胞菌(Xanthomonas campestris)XA5-5为供体菌,广泛寄主质粒pRK404为载体,在大肠杆菌中克隆了一个β-葡萄糖苷酶基因,重组质粒pLZS1外源片段为1.1kb,将pLZS1接合导入黄单胞菌XA5-5,得到了克隆子XA5-5(pLZS1).以水杨苷为底物,XA5-5(pLZS1)的酶活性大大高于E.Coli JM83(pLZS1).并且质粒在XA5-5中能相对稳定地存在.初步结果表明,所克隆的基因编码的产物对于水杨苷底物有较强的亲和力,并可以在一定程度上降低XA5-5中酶与pNPG底物的亲和力,使其酶活减小.     

野油菜黄单胞菌NK-01的形态及黄原胶分泌的电镜研究

利用透射电镜,研究了野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)NK-01菌株培养过程中菌体形态及黄原胶分泌的动态变化过程.喷涂造影显示出菌体形态及黄原胶分泌的变化规律.超薄切片揭示了此菌株的超微结构.用铬离子交联技术观察到黄原胶可交织成网状结构.     

粘质赛氏菌胞外蛋白酶的氨基酸组成、N端序列及其部分性质

终浓度为５ｍｍｏｌ／Ｌ的ＥＤＴＡ可彻底抑制粘质赛氏菌４１００３（２）胞外蛋白酶活力,而Ｃａ２＋可以回复部分酶活力,表明Ｃａ２＋为酶活力所必需;Ｚｎ２＋、Ｍｎ２＋、Ｆｅ２＋等金属离子对酶具有不同程度的抑制作用;５－磷酸吡哆醛及对甲氧基苯甲醛对酶具有明显的激活作用;以酪蛋白为底物,采用双倒数法求得酶的Ｋｍ值为６．６７ｍｇｍｌ－１;Ｎ,Ｎ－二甲基酪蛋白也是酶的理想底物;经酸水解,测定出酶的氨基酸组成;利用蛋白质自动分析仪测定了酶的Ｎ端９个氨基酸序列．比较来源不同的粘质赛氏菌胞外蛋白酶的Ｎ端序列,发现它们之间存在一定程度的同源性,并且存在特定的通读结构Ａｌａ…Ａｓｐ…Ｇｌｙ．