全错位排列问题的一种改进的表面DNA计算模型

文章提出全错位排列问题的一种改进的表面计算模型,通过巧妙的编码,不但继承了表面计算的诸多优点,而且摆脱了以往模型难以推广的不足.同时,设计中采用了荧光淬灭的有关技术,利用观察荧光淬灭来确定问题的非解,这种读解方法简单有效,算法是有效可行的.     

温度、盐度和pH对尼罗罗非鱼性别分化的影响

采用Box-Behnken设计及响应曲面法研究了温度(20～36℃)、盐度(0 ～16)和pH(5.5 ～8.5)3个主要环境因子对吉富品系尼罗罗非鱼性别分化的影响.结果表明:温度的一次和二次效应分别对吉富罗非鱼性别分化的影响显著.盐度和pH的一次和二次效应分别对吉富罗非鱼性别分化的影响不显著,3个环境因子中任意2个因子之间的互作效应都不显著.采用响应曲面法分析发现,随着温度的升高,吉富罗非鱼的雄性率呈逐渐上升的趋势;温度为36℃、盐度为8、pH为8.5时,吉富罗非鱼最大雄性率可达80％.建立雄性率与温度、盐度和pH三者之间关系的模型方程,并剔除相关不显著的因子后,得到雄性率与温度之间的模型方程,可用于预测吉富罗非鱼雄性率的变化.     

大豆血红蛋白基因lba转化根瘤菌工程菌株的构建

以土著大豆根瘤菌接种大豆幼苗45 d后获得的根瘤为材料,提取其总RNA并反转录成cDNA,采用同源序列克隆法扩增大豆血红蛋白基因lba编码区序列。利用DNA重组技术,将lba基因连到lac启动子的下游,利用带有发光酶标记基因luxAB的质粒载体pTR102构建表达载体pTR-Plac-lba。采用三亲本杂交的方式,将表达载体pTR-Plac-lba及作为对照的空载体pTR102分别转化土著大豆根瘤菌,获得根瘤菌工程菌株SFH(pTR-Plac-lba)和SFH(pTR102)。盆栽试验发现,接种SFH(pTR-Plac-lba)的大豆植株各生理指标明显高于接种SFH(pTR102)、土著根瘤菌以及未接菌的大豆植株各生理指标。试验证明,导入大豆血红蛋白基因lba的根瘤菌工程菌株SFH(pTR-Plac-lba)对于提高大豆根瘤的固氮酶活性,增加大豆产量起到显著效果。     

“鱼类的感觉世界和渔业：海洋环境变化及人类活动对鱼类的影响”研讨会成功召开

2012年10月29—31日,由上海海洋大学与西澳大利亚大学和美国马里兰大学共同举办的＂鱼类的感觉世界和渔业：海洋环境变化及人类活动对鱼类的影响＂研讨会在上海浦东新区临港新城召开。来自美国马里兰大学、德克萨斯大学、哈佛大学、纽约大学、密阿迷大学、澳洲西澳大利亚大学、     

表观遗传学新视点——DNA羟甲基化

5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）是新发现的一种的修饰碱基,以低水平存在于哺乳动物的多种细胞类型中。5hmC是10-11易位（TET）家族的酶通过氧化5-甲基胞嘧啶（5mC）产生的。5hmC不仅能够降低MeCP蛋白的甲基化结合结构域（MBD）与甲基化DNA的亲和性,具有潜在的参与基因表达调控的转录调节功能,而且参与了DNA去甲基化过程。因此关于5hmC的研究日益受到学者们的青睐,随着5hmC甲基化分析和检测方法学日益发展,发现5hmC分布具有组织特异性,并且5hmC在肿瘤组织中含量显著降低,可能成为某些肿瘤早期诊断的分子标志物。     

信号分子ppGpp与微生物环境适应性

微生物能感知环境胁迫信号,通过触发严谨反应对生长速率进行调节,并通过一系列代谢调控,使细胞能在不利环境中生存。高度磷酸化的鸟苷四/五磷酸ppGpp/pppGpp（文中以ppGpp统称）作为信号分子对微生物生理具有广泛的调节作用,至今仍是微生物学研究热点之一。ppGpp对于微生物适应高温、高压等环境起到了积极的作用。综述了信号分子ppGpp合成降解机制及其调控微生物适应性方面的研究进展。     

高通量测序技术及其在表观遗传学上的应用

DNA测序技术是现代生命科学研究的重要工具之一,而高通量测序技术在全基因组的研究中发挥着越来越重要的作用。简要回溯DNA测序技术的产生与发展,着重从PCR扩增测序和单分子测序两个方面全面描述了高通量测序中众多代表性的技术及直接测序技术,并从DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA调控等方面阐述了高通量测序技术在表观遗传学上的运用。     

DNA池快速筛查牛STAM1基因SNPs及估算等位基因频率

目的:旨在对不同牛种STAM1基因进行SNPs筛查,为地方牛种选种选育提供一定理论依据.方法:选取生长发育性状明显差异的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛2个牛种构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种STAM1基因第14外显子序列总长898bp.切胶回收后对PCR产物进行双向测序.结果:在牛STAM1基因中快速筛查到5个SNPs:A33C、C66G、C356T、T523A、T652C,其中A33C(Tyr→Ser)、C66G(Pro→Arg)、C356T(Glu→Lys)为错义突变,T523A为同义突变,T652C位于内含子区.贵州荷斯坦奶牛在T523A和T652C两个位点基因频率为1.0000,而务川黑牛分别为0.6730和0.8106.生物信息学分析表明:突变前后STAM1的RNA二级结构和蛋白质二级、三级结构均有明显改变.结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,检测到STAM1基因第14外显子5个SNPs.     

斜带髭鲷高质量DNA提取及AFLP分析体系建立

目的:提取斜带髭鲷高质量基因组DNA并建立适用于AFLP分析的体系。方法:以斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)为材料提取高质量基因组DNA,并进行AFLP扩增。对AFLP分析体系中几个关键环节(基因组双酶切、连接、预扩增及选择性扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染)做了优化。结果:提取的斜带髭鲷全基因组DNA纯度高,无拖尾。采用9组选择性引物共检测出350个不同的扩增位点,其中多态位点为175个,多态性比例为49.58%。聚丙烯酰胺凝胶电泳图像染色均匀,条带清晰且无背景干扰。结论:该分析体系的建立为斜带髭鲷的群体遗传多态性、种质资源、遗传图谱、遗传育种等研究奠定基础。     

DNA条形码技术在青海海东地区小型兽类鉴定中的应用

为弥补传统形态分类方法的不足,探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,本研究用DNA条形码技术检测了青海省海东地区3目6科14属18种110只小型兽类的COI基因部分序列。分析所测COI基因序列可知:种内遗传距离≤3%,种间遗传距离5-10%,属间遗传距离12-19%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。NJ树显示同种个体聚为有很高支持度的单一分支。有6个个体(4只黄胸鼠、2只小家鼠)在现场鉴定中被误定为其他种类。研究结果表明使用条形码技术能纠正形态学鉴定中的错误,也说明动物线粒体COI基因是一个有效的DNA条形码标准基因。