基于单细胞测序构建胶质母细胞瘤预后模型

[目的]基于单细胞测序筛选胶质母细胞瘤特征基因并构建预后模型。[方法]分析GEO数据库单细胞RNA测序数据集GSE84465,筛选出GBM细胞分化相关的差异基因。下载TCGA数据库GBM的基因表达谱和临床数据,采用Lasso回归、Cox回归分析筛选出特征基因构建预后模型,根据独立预后因素构建列线图,GSE83300作为外部验证集。基于风险评分中位数将患者分组,比较两组生存差异。[结果]通过scRNA-seq得到492个分化差异基因,经过回归分析得到基于6个基因(PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE2、CD81)的预后模型。其1、3、5年ROC曲线下面积均大于0.7;KM分析显示高低风险组预后存在差异(P<0.001),GSE83300验证结果与TCGA一致。多因素Cox回归分析表明年龄和风险评分可以作为独立影响因素(P<0.01);C-Index(0.679)、校准图显示列线图预测模型有良好的拟合度。GSEA分析示高低风险组差异基因集参与细胞因子受体相互作用、抗原处理与提呈等通路。[结论]由PLAUR、RARRES2、G0S2、MDK、SERPINE...     

三峡库区鱼类群落结构和功能多样性

物种的功能特征是联系群落结构和功能的关键因素,开展功能多样性研究可以更好地理解群落结构和功能的关系。为了解三峡库区鱼类群落结构和功能多样性的空间格局,作者于2019年和2020年对三峡库区库首秭归、库中云阳、库尾巴南及库首支流香溪河下游峡口、库中支流小江下游高阳、库尾支流嘉陵江下游合川等江段的鱼类进行调查,分析了鱼类群落结构和多样性,从摄食、运动和繁殖3个方面探讨了鱼类功能多样性空间格局。在三峡库区及主要支流共采集到鱼类78种,隶属于6目15科56属。各江段以广适性和静水性鱼类为主,其中库首秭归和支流香溪河下游峡口、小江下游高阳江段的短颌鲚(Coilia brachygnathus)和贝氏?(Hemiculter bleekeri)等静水性鱼类相对丰度较高,库中云阳、库尾巴南和支流嘉陵江下游合川江段的蛇鮈(Saurogobio dabryi)和光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)等广适性鱼类相对丰度较高。非度量多维尺度(non-metric multidimensional scale, NMDS)和Bray-Curtis相异性指数分析表明,秭归和嘉陵江下游合川江段群...     

类器官培养方法及家畜类器官研究进展

类器官(organoid)是由干细胞在体外培育而成的一种三维(3D)细胞培养物,其中包含多种细胞类型的自组装。类器官是生物医学领域内近年来的热门前沿技术之一,可用于发育、内稳态、再生、疾病建模和药物研发等领域的相关研究。不同类器官的培养方法存在差异,因此了解相关进展对成功构建合适的类器官模型非常重要。家畜与人类生活息息相关,通过构建类器官的方式以其为研究对象,对人类的饮食安全、医疗保健、精神健康都具有重要意义。本文评述了类器官的培养方式及家畜类器官研究方面的进展,以便为后期相关研究提供参考。     

固定化细胞分布对动力学影响的模型化研究

通过对固定化Gluconobacter oxydans和Bacillus cereus的活细胞系统的研究,提出了固定化细胞不均匀分布模型,将此类分布与均匀分布(最劣分布模型)进行比较,分析了它们对固定化细胞内部的基质浓度分布、有效速率因子和选择率的影响,指出不均匀分布和均匀分布对于该固定化活细胞系统的动力学行为无显著影响,这一模型分析结果在实验中得以验证。通过无因次化分析,建立了适用于固定化生物催化剂动力学研究的模型方法。     

真核生物DNA复制起始调控

复制起始调控是真核生物复制调控机制的重要环节,也是细胞生长调控的核心问题．对SV40病毒和酵母体系的研究为阐明真核生物的复制起始机制及其与细胞周期的关系提供了线索．目前,与DNA复制起始有关的多种蛋白质因子（如核蛋白P₁,DNA单链结合蛋白,DNA聚合酶α,增殖细胞核抗原等）的作用机理逐渐明朗,周期依赖的调控特点得到了证实文章着重介绍了DNA复制起始在细胞周期中的两个调控点及各种周期蛋白在该点的作用,文中还涉及复制起始异常与肿瘤发生的关系.     

青海湖裸鲤寄生舌状绦虫的空间格局研究

舌状绦虫裂头蚴只寄生在体长小于２２０ｍｍ的青海湖裸鲤中,其种群在宿主种群中呈聚集分布。其聚集分布的强度随寄生虫种群平均密度的增加而降低。由于舌状绦虫在宿主体腔生长,产生明显的空间拥挤效应,可能导致宿主死亡或被食鱼鸟类捕食而转移到终末宿主中。在体长小于１２０ｍｍ的宿主中,密度依赖的死亡过程可能是使聚集强度降低的原因;而体长１４０－２００ｍｍ的鱼中,则是非密度依赖的全死过程使聚集强度增加．     

升流厌氧污泥层反应器动力学模型

用碘离子作示踪剂,采用矩形脉冲示踪法测定升流厌氧污泥层(UASB)反应器的流动分布。建立了申级返混加沟流模型。模型简单,能够反映反应器流动分布,具有较强的拟合能力和良好的适用性。运用流动模型和Monod方程,建立了UASB反应器稳态模型,并对模型参数进行了估计。通过灵敏度分析,进水基质浓度S。,废水流量Q,最大比基质降解速率,μmax 对出水基质浓度有较大影响。在稳态模型的基础上又建立了UASB反应器动态模态,利用此模型,对出水基质浓度序列Se,和产气量序列Qg进行计算预测,平均偏差分别5．40％和7．46％,标准偏差分别为7．02％和9．66％。     

幼年蝙蝠下丘神经元的听空间特性

实验分别在出生后４周龄的幼年和成年鲁氏菊头蝠（Ｒｈｉｎｏｌｏｐｈｕｓｒｏｕｘｉ）上进行。使用移动声刺激装置,高频喇叭可在动物头部前方水平方向１８０度、垂直方向６０度的范围内移动。玻璃微电极记录单个神经元的听反应。实验考察了幼年和成年动物下丘神经元的听空间特性,共观察了３０１个神经元,其中幼年动物１４８个,成年动物１５３个。结果表明,４周龄的幼年动物下丘听神经元已表现出方向敏感性,即每个听神经元均有一个特定的最佳反应中心和反应域。但神经元听反应中心在听空间的分布相当弥散,大多数位于对侧水平方向２０—８０度、垂直方向上下１５度范围内。而成年动物听神经元反应中心的分布则相当集中,局限地分布于对侧水平方向２８－５０度,垂直方向０—１０度范围内,两者构成明显差异。     

耳蜗核神经元的简化现实性模型

采用我们以前提出的简化现实性神经网络模型［１］的一种修正形式,通过选定适当的参数,仿真了耳蜗核的类初级细胞（Ｐｒｉｍａｒｙ－ｌｉｋｅｃｅｌｌ）,梳状反应细胞（Ｃｈｏｐｐｅｒｒｅｓｐｏｎｓｅｃｅｌｌ）以及给刺激反应细胞（Ｏｎｓｅｔｒｅｓｐｏｎｓｅｃｅｌｌ）对短纯青刺激的刺激后时间直方图。并通过分析参数配置和仿真行为的对应关系,指出模型在生理学上的合理性。