不同粪便DNA提取方法比较分析北大核心CSCD

肠道微生物群落结构和多样性与人体疾病密切相关。然而,相关群落结构分析结果可能受到DNA提取质量等实验因素影响。因此,评估不同DNA提取方法对肠道特定种属的提取效果,对于全面、准确获取人体肠道微生物谱,深入探究肠道微生物群落结构具有指导意义。本研究旨在借助实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT qPCR)技术,以DNA提取纯度、浓度,以及对肠道中特定种属微生物基因组DNA的提取丰度为指标,对5种DNA提取方法进行比较分析。结果表明,试剂盒Q的提取效果最佳,特别是对乳杆菌属和双歧杆菌属等革兰氏阳性菌的提取效果较好。N试剂盒的平均DNA提取浓度较Q试剂盒低,但在纯度方面,二者无显著性差异。与其他3种商用试剂盒(M、PSP、TG)相比,N方法对肠道内指定微生物基因组的提取效果仅次于Q试剂盒,位居第二。相比之下,M试剂盒提取所得DNA,质量较高,但浓度偏低,对于肠道内革兰氏阳性菌的提取效果不很理想。TG试剂盒和PSP试剂盒提取所得DNA在浓度、质量以及细菌丰度方面均不及其他验证的试剂盒。综上,Q试剂盒可作为肠道微生态研究相关实验中获取高质量基因组DNA的提取方法。本研究结果为肠道微生态研究相关实验中基因组DNA提取方法的选择提供参考依据。     

雪豹的微卫星DNA遗传多样性

利用微卫星DNA标记,对来自青海囊谦县、治多县以及甘肃阿克塞县3个地区的36份雪豹(Panthera uncia)粪便DNA样品进行了遗传多样性研究。结果显示,在8个微卫星位点上共检测到57个等位基因,有效等位基因数为2.190~5.488,平均每个位点的等位基因数为7.130,基因频率分布不均匀;期望杂合度为0.543~0.847,平均0.759;多态信息含量为0.458~0.829,平均0.722;表明这8个微卫星位点均为高度多态性位点,有较丰富的遗传多样性。3个样地雪豹居群之间的遗传距离与地理距离相关,地理距离最近的青海省囊谦县和治多县的雪豹居群遗传距离最小。根据雪豹平均遗传分化度Fst(0.053)、平均基因流(4.488)以及STRUCTURE聚类分析结果(当K=1时,ln P(D)值最大),推测3个居群间虽然有一定的遗传距离,但均来自同一个种群,暂无分化现象。     

圈养林麝粪便类固醇激素保存时效性研究

用非损伤性采样方法对圈养林麝在三个条件:1)未处理,2)90%甲醇,3)0.9%抗生素,15个时间梯度下(20℃)的粪便中类固醇激素及其代谢物的保存时间及方法进行了比较,结果表明:林麝粪便在室温下(20℃),孕酮及其代谢物48 h有明显的上升趋势;雌二醇、睾酮和皮质醇及其代谢物在18 h均出现显著变化;对比抗生素保存,用甲醇保存是一种较好的保存林麝粪便类固醇激素的方法;然而不同激素用甲醇保存的时间不同,孕酮不宜超过1个月,皮质醇不宜超过半个月,睾酮则不宜超过10天,而雌二醇可以保存2个月之久.     

短尾猴粪便雌二醇和孕酮处理与提取方法比较

非损伤性的粪便样本已在监测动物性激素水平中得到广泛应用,但粪便处理和激素的提取方法在不同物种中因其食性与代谢不同具有明显的物种特异性.本研究以野生和笼养两种环境下的短尾猴(Macaca thibetana)为研究对象,采集粪便样品,利用放射免疫法(RIA)检测激素含量,比较不同粪便处理方式(湿便法、冷冻干燥粉碎法、冷冻...     

高寒草甸生态系统牲畜种群的线性规划模型和最优化利用策略

本文研究了高寒草甸生态系统牲畜种群的线性规划模型和最优利用策略。以门源马场牧场的实际数据作为模型的一个例子,分别提出了藏羊、改良羊和牦牛的最优种群结构和最优出栏方案。在改良羊、藏羊、牦牛和马为主的牧场上,改良羊是牧场上的主要牲畜,牦牛和马保持其数量下限,藏羊全部淘汰。在藏羊、牦牛和马为主的牧场上,藏羊是牧场上的主要牲畜,牦牛和马保持其数量下限。按照线性规划模型方案经营,可提高经济收益,并减轻冬舂草场上牲畜的过多采食。价格分析说明青海省现行的畜产品价格体系需要调整。     

气候和放牧对锡林郭勒地区植被覆盖变化的影响

基于锡林郭勒盟15个气象站点1981-2007年的逐月气温、降水量数据及各旗县的牲畜头数,在ArcGIS软件的支持下,分析气候干燥度和牲畜密度的空间分布,结合1981-2007年的逐旬归一化植被指数(NDVI)数据,对研究区植被覆盖变化的驱动因素进行分析.结果表明:研究期间,锡林郭勒盟气候干燥度与植被覆盖状况之间存在良好的线性回归关系;NDVI与牲畜密度之间存在良好的二项式回归关系,随着NDVI值的升高,牲畜密度先增加后降低;植被覆盖状况与干燥度和牲畜密度呈复线性相关关系,其中,NDVI与干燥度呈正相关,与牲畜密度呈负相关,且干燥度对NDVI的影响远大于牲畜密度对NDVI的影响.     

大熊猫和小熊猫粪便DNA提取的简易方法

采集了大熊猫和小熊猫的新鲜粪便样品 ,使用 1 0 0 %乙醇保存。通过重复离心富集研究动物的肠道脱落细胞 ,并使用乙醇和双蒸水洗涤以除去抑制物。用 1 %的SDS快速裂解细胞 ,离心除去残渣后 ,向裂解液中加入蛋白酶进行消化。消化结束后使用等体积的酚 /氯仿抽提 ,乙醇沉淀DNA。用双蒸水溶解粪便DNA后 ,使用PCR产物纯化试剂盒对粪便DNA进行纯化。电泳检测结果显示 ,从乙醇保存的大、小熊猫粪便样品中抽提到高质量的粪便DNA。对线粒体控制区、细胞色素b基因、 1 2SrRNA基因的PCR扩增反应以及测序结果也证实了样品保存方法和DNA抽提方法可靠而高效。此方法使用实验室内常用的分子生物学试剂 ,不仅克服了分子粪便学研究中常见的抑制物粪便DNA微量降解严重等障碍 ,与商业化的粪便抽提试剂盒 (QIAampDNAStoolMiniKit,Qiagen)相比还是一种经济的试验方法 (抽提反应成本为试剂盒的 1 / 5 )。文中还对粪便DNA内细菌基因组等背景DNA可能对分子粪便学试验结果的影响进行了探讨。在基于PCR技术的遗传学研究中 ,对于植食性动物而言 ,粪便内的背景DNA对目标动物DNA片断的扩增和序列测定未见影响 ;但对于肉食性动物 ,则必须考虑被捕食者基因组对试验可能产生的影响 ,应谨慎对待     

圈养雄獐领域行为和粪便睾酮水平变化的关系

2011年8月到2012年4月间,在上海市浦东新区华夏公园獐重引入试点,采用目标取样、扫描取样和全事件记录法,对圈养条件下6只成体雄獐(Hydropotes inermis)的6种领域行为进行观察,并利用放射免疫分析法(RIA)测定雄獐粪便中的睾酮水平变化.结果表明,雄獐的许多领域行为发生频次表现出明显的月间变化,包括打斗、威胁、取代、追逐和粪尿标记;擦额标记行为频次虽月间差异不显著,但与其他领域行为一样在11月份出现频次峰值.发情期(2011年10月～2012年1月)和非发情期(2011年9月、2012年2～4月),打斗、威胁、粪尿标记和擦额标记行为发生频次差异显著;取代和追逐行为频次差异不显著.6种领域行为的发生频次均在发情期明显高于非发情期.粪便睾酮含量在发情期和非发情期差异显著,发情期明显高于非发情期,其含量在12月份达到峰值(51.16±9.85) ng/g.雄獐的威胁、擦额标记、粪尿标记和打斗行为发生频次与睾酮水平呈显著的正相关性,而取代和追逐行为与睾酮水平变化不具有显著相关性.     

青海省可可西里地区几种有蹄类动物的食物重叠初步分析

2005年7月和2006年1月,应用粪便显微组织分析法测定了可可西里地区的藏野驴、藏羚、藏原羚、野牦牛,以及家牦牛和藏羊在冷季(1月)和暖季(7月)的食物构成.用Schoener's Index计算了这些同域分布动物种间的食物重叠度.结果表明,藏野驴分别与藏羚羊、野牦牛、藏原羚在暖季的食物重叠度各为63.0%、48.4%和24.1%,在冷季的重叠度为别为71.6%、42.0%和11.4%;藏羚羊与野牦牛、藏原羚在暖季的食物重叠度分别为52.0%和33.4%,其在冷季的食物重叠度各为50.3%和29.3%;野牦牛与藏原羚在冷暖季的食物重叠度分别为13.1%和15.9%.在可可西里地区吲域分布野牛有蹄类动物种间,藏原羚与其他有蹄类动物食物重叠较少,而藏羚羊、藏野驴、野牦牛之间则存在不同程度的食物重叠,且随季节不同而变化,反映了这些动物之间复杂的竞争和共存关系.此外,家牦牛和藏羊均与这些野生有蹄类动物存在高度的食物重叠.     

粪便DNA突变检测在快速筛选大肠癌中的应用

大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病, 对高危人群进行大规模的普查筛选, 可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术, 与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比, 具有特异性高、灵敏度高和易于被患者接受等优点。文章阐述了粪便DNA突变检测的相关基因、肿瘤特异性DNA提取方法和检测方法等, 并对其在快速筛选大肠癌中的应用进行了展望。大肠癌是发病率和死亡率都很高的常见疾病, 对高危人群进行大规模的普查筛选, 可以降低大肠癌的发生率和死亡率。粪便DNA突变检测是新近发展的可用作大肠癌普查的技术, 与常规结肠镜检测和大便隐血实验相比, 具有特异性高、灵敏度高和易于被患者接受等优点。文章阐述了粪便DNA突变检测的相关基因、肿瘤特异性DNA提取方法和检测方法等, 并对其在快速筛选大肠癌中的应用进行了展望。