枯草芽孢杆菌菌剂对烟草根际土壤细菌群落的影响

通过构建16S rRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,研究施用生物防治剂枯草芽孢杆菌菌剂对烟草根际土壤细菌群落结构以及多样性的影响.采用文库库容值(C)、Shannon多样性指数(H)、Pielou 均匀度指数(E)和Margalef丰富度指数(R)对细菌多样性进行评价.系统发育分析表明: 对照及处理样品均检测到12个细菌类群：酸杆菌门(Acidobacteria)、变形菌门(α 、β 、δ 、γ-Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和拟杆菌门(Bacteroidetes);但各细菌类群的结构组成及所占比例在不同样品间有较大差别.对照土壤中优势菌群为Acidobacteria(27.1%)和Proteobacteria(26.5%);处理土壤中则为Proteobacteria(38.0%)和Acidobacteria(29.6%);菌剂处理后土壤中,γ-Proteobacteria和α Proteobacteria所占比例明显提高,而β Proteobacteria、Planctomycetes和Firmicutes等菌群的数量则相对降低.多样性分析表明,土壤样品均具有丰富的细菌多样性,经枯草芽孢杆菌菌剂处理后,土壤细菌多样性指数和丰富度指数均提高.
     

野生与笼养绿孔雀种群的随机扩增多态DNA研究

利用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对野生14只和笼养18只绿孔雀（Pavo muticus）个体进行了种群遗传多样性分析。用23个随机引物,野生与笼养绿孔雀分别获得161和166个扩增片段,计算发现野生与笼养绿孔雀的种群内平均相对遗传距离分别是0.0555和0.1355,两种群间的为0.1635;两种群的Shannon多样性指数平均分别是0.4348和1.0163,有显著性差异。以上分析都显示野生绿孔雀的遗传多样性很低。用UPGMA法聚类显示两个种群都是分别来源于两个家系,可据此进行繁育管理。 Abstract:Random-amplified polymorphic DNA(RAPD) was used to investigate the genetic diversity of the population of 14 wild green peafowl and 18 captive green peafowl(pavo muticus).Total of 161 and 166 bands were obtained respectively,and 23 random primers were used to amplify the genomic DNA of the wild and captive green peafowls.The average relative hereditary distance of the wild and captive green peafowls is 0.0555 and 0.1355 respectively;and the Shannon diversity index is 0.4348 and 1.0163 respectively.There is a prominent differentia between the two populations by T-Test of HO.All the analyses above show that the genetic diversity is very low in wild green peafowl.It tells us that the two populations come from two families by using UPGMA,which can be useful in the breeding management in the future.     

盐胁迫下棉花基因组基于毛细管电泳的MSAP分析

以棉花杂交种中棉所29为材料,用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP) 分析法结合毛细管电泳检测技术进行甲基化鉴定,以初步探讨棉花耐盐的分子机理．应用24个引物组合,中棉所29在0.4%盐水胁迫及清水对照下,平均每引物组合检测甲基化位点数分别为69.2和56.7,差异达显著水平．盐胁迫下的DNA甲基化水平与清水对照下相比,52.6%位点表现出甲基化水平提高,即发生了超甲基化;19.7%位点甲基化水平降低,即表现为次甲基化;二者差异达极显著水平．研究结果表明,中棉所29盐胁迫后发生了广泛的DNA甲基化变化,包括超甲基化和次甲基化,以及其它甲基化类型的转变|发生超甲基化位点极显著地多于发生次甲基化位点．盐胁迫下的中棉所29与对照相比,DNA总体甲基化水平显著提高,暗示中棉所29有提高基因组甲基化水平以应对盐胁迫的潜在机制,棉花基因组整体甲基化水平的提高可能与棉花对盐胁迫的耐受性起重要作用．本研究中,甲基化序列的初步克隆及比对分析表明,盐胁迫前后多个ATP合成相关基因甲基化程度维持在同一水平,其表达不受甲基化影响,这也可能是中棉所29耐盐性较强,在一定时间盐处理后能维持正常生长的原因之一．     

ITS/CHS1靶位序列分析结合SRAP分子标记技术鉴定Nannizzia incurvata临床分离株

以转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）和几丁质合成酶1（chitinase synthase 1,CHS1）为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员（现被归入Nannizzia菌属）鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea（Microsporum gypseum）,另7株为Nannizzia incurvata（Microsporum incurvatum）。在此基础上,通过序列相关扩增多态性（SRAP）分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性。本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持。     

基于多重置换扩增技术的RNA病毒基因组扩增方法研究

为了便于新发或罕见病毒性传染病的筛查检测,本研究利用多重置换扩增技术,以负链RNA病毒—发热伴血小板减少综合征病毒和正链RNA病毒—登革病毒为模拟样本探索临床样本中RNA病毒基因组非特异性扩增方法。研究中通过梯度稀释的RNA病毒模拟样本中可能存在的不同丰度的病原体,样本核酸依次加工成单链cDNA、双链cDNA、T4DNA连接酶处理后的双链cDNA以及添加外源辅助RNA后合成并连接的双链cDNA形式,然后进行Phi29DNA聚合酶等温扩增,使用荧光定量PCR方法比较各种方法对RNA病毒核酸扩增的影响。结果显示,对于不同类型的RNA病毒模拟标本,多重置换扩增对于单链及双链cDNA的扩增效果有限,而双链cDNA经DNA连接酶处理后的扩增能达到6×103倍;在cDNA合成过程中加入外源辅助RNA,模拟样本中病毒基因组的扩增可达2×105倍,尤其是对含有低丰度病原体的模拟样本扩增效果的改善更为明显。本研究摸索建立了基于多重置换扩增技术的RNA病毒基因组扩增方法,能够对样本中低丰度RNA病毒基因组实现有效扩增,可满足开展多种病原体筛查检测的需求。     

4个Y-STR基因座银染复合扩增

建立一个复合扩增体系,同时扩增DYS391、GATA-A4、GATA-A10和GATA-H4 4个Y染色体特异性的STR基因座,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色技术进行基因分型。采用该复合扩增系统调查广东汉族311名无关男性个体的单倍型频率,这4个基因座分别检出5、7、6和5个等位基因,其基因多样性分别为0.4623、0.6972、0.7173、0.6015。共检出98种单倍型,单倍型基因多样性为0.9755。该复合扩增体系在建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传和进行法医学鉴定有重要意义。 Abstract:A multiplex PCR system has been developed to amplify 4 Y-chromosome specific short tandem repeats(STR),DYS391,GATA-A4,GATA-A10 and GATA-H4,simultaneously.PCR products were separated by polyacrylamide gels electrophoresis followed by silver stain.When 311 unrelated males from the Han population in Guangdong were detected by the multiplex system,DYS391,GATA-A4,GATA-A10 and GATA-H4 showed 5,7,6 and 5 alleles respectively.Total 98 haplotypes could be identified.Gene diversity value for the 4 STR was 0.4623,0.6972,0.7173 and 0.6015 respectively.The gene diversity value for the haplotypes of the 4 Y-STR reached 0.9755.The four Y-STR multiplex system will be very powerful for establishing Y-STR database,exploring human origin,paternity testing and personal identification.     

人胃及其癌组织的RAPD多态性分析

为了研究细胞癌变后DNA结构的改变,探讨这种改变和肿瘤发生、发展 的关系,用AP-PCR扩增胃癌及其癌旁和正常组织DNA。结果表明,引物P1（5′CGGCCCCGGT3′）对上述三种组织的扩增产物的电泳图谱表现出多态性;然而,引物P2（5′TTTGCCCGGT3′）对上述三种组织的扩增产物的电泳带型一样,没有表现出多态性。这说明,细胞癌变后DNA结构在引物PI顺序处发生了突变;这些突变可能和细胞的癌变有关。     

乌龟Sox gene的PCR扩增及其条件

参照人SRY gene HMG-box保守区的序列,设计一对引物,扩增了乌龟的Sox gene,并对扩增条件进行了优化。结果显示乌龟Sox gene的扩增片段与人SRY gene扩增片段大小相同,为220bp左右,且雌雄个体间无差异;最佳扩增条件为：Mg^2 2.0mM、dNTP120μM、引物0.3μM及退火温度52℃。本研究为探索乌龟的性别决定机制以及Sox gene进货的保守性提供分子资料。     

菠萝SRAP反应体系的建立及优化

目的:建立一种适合菠萝基因扩增的 SRAP 反应体系.方法:用改良 CTAB 法提取菠萝 DNA,对扩增结果影响重要的反应组分 Taq 酶、Mg2 、随机引物及 dNTPs 进行单因素体系优化,以确定最佳菠萝 SRA P反应体系.结果:用这种方法建立的菠萝SRAP 反应体系为:20μL 反应体系中含1×PCR buffer,2.5mmol/L Mg2 、1.2U TaqDNA 聚合酶、0.2mmol/L dNTPs、0.3umol/L随机引物、20ng DNA 模板.结论:用引物Me4-Em4 组合对供试菠萝 19 个品种进行扩增,结果扩增条带清晰、丰富、重复性好,此 SRAP反应体系适合菠萝基因型扩增.     

内蒙古荒漠草原植物遗传多样性对模拟增温处理的响应

为探究全球变暖对温带荒漠草原地上种群的遗传影响,对已经接受模拟增温处理6年的短花针茅草原4种不同生活型植物,即半灌木、多年生禾草、多年生杂类草和一年生植物,应用AFLP分子标记方法研究了其遗传多样性和遗传结构。结果显示,对照处理与增温处理下的木地肤、短花针茅、细叶葱、猪毛菜4种植物的多态位点百分率(PPB)分别为11.32%,11.32%;40.83%,39.91%;14.29%,13.10%;19.85%,19.12%。Nei's基因多样性指数(He)分别为0.0274,0.0259;0.0812,0.0899;0.0131,0.0084;0.0506,0.0456。Shannon's信息指数值(I)分别为0.0447,0.0430;0.1354,0.1466;0.0267,0.0182;0.0811,0.0733。分子方差分析(AMOVA)显示4种植物的变异主要来源于实验处理内部,木地肤为85.03%,短花针茅为66.35%,细叶葱为70.00%,猪毛菜为66.52%;增温处理间的变异分别占-2.81%,-5.47%,-3.60%,2.53%(P0.05)。4种植物增温处理与变异程度之间在统计学上并无相关性。研究表明虽然短时间的模拟增温并不足以使4种生活型植物种群遗传多样性和遗传结构发生显著变化,但相对于3种多年生植物,一年生植物猪毛菜更容易受到增温影响。多年生和一年生植物对增温具有不同的遗传响应。