基于双向长短时记忆网络和注意力机制的RNA m5C甲基化位点预测

RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰在许多生物过程中发挥重要的作用，对m5C位点的准确识别有助于更好地理解其生物学功能，所以识别m5C甲基化位点十分必要。尽管已发展了多种识别m5C甲基化位点的机器学习方法，但预测能力仍有待提高。本文基于双向长短时记忆网络和注意力机制，提出了一种预测RNA m5C甲基化位点的深度学习算法。用该方法在人、小鼠、酿酒酵母和拟南芥共4种生物的RNA m5C数据集上进行实验，m5C位点预测AUC值分别达到92.5%、99.7%、93.6%和86.5%。与现有预测方法相比，该方法具有较好的预测性能，并且具有更优的泛化能力，为RNA m5C甲基化位点预测提供了一种新方法。     

短短芽孢杆菌X23中edeB基因的克隆、原核表达及转录时相分析

短短芽孢杆菌（Brevibacillus brevis）X23可产生非核糖体肽类抗生素伊短菌素，已被广泛用于植物病害的生物防治。伊短菌素合成基因簇中，edeB基因参与调控伊短菌素的合成积累。本研究利用基因同源重组技术，以edeB基因作为外源基因的重组片段，构建了原核表达载体pET28a-edeB，转化至大肠杆菌BL21(DE)中进行诱导表达；通过转录组测序检测edeB基因在短短芽孢杆菌不同培养时间（12、18、24、30和36 h）的转录时相。结果表明：edeB基因全长为771 bp，编码256个氨基酸。聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）显示，在分子质量为30 kD处有一条特异条带，与生物信息学预测的EdeB蛋白的大小一致，且EdeB蛋白主要以包涵体的形式存在。转录时相分析结果表明，edeB基因在各个培养时间点均有表达，表达模式为先升高后降低，且在30 h时表达水平最高。这些结果为进一步研究edeB基因调控伊短菌素合成积累的分子机制奠定了基础，为短短芽孢杆菌高产伊短菌素菌株的构建提供了理论依据。     

郑氏始孔子鸟复原图

该图由赵闯、邢立达绘制,属首次公开发表。郑氏始孔子鸟(Eoconfuciusornis zhengi)发现于河北省丰宁县四岔口乡,其属名意为"原始的孔子鸟",种名献给我国著名鸟类学家郑光美院士。郑氏始孔子鸟生存的年代约为距今1.31亿年,是已知孔子鸟类中最原始的代表,而之前发现的孔子鸟化石,其生活的时代为距今约1.20～1.25亿年,郑氏始孔子鸟的发现把孔子鸟类群的生存时代向     

不用化学键的蛋白质固定法使芯片制造更加简单

最近，出现了一种用聚合物的光学反应时蛋白质进行物理固定的技术。不受电荷和官能团的影响、能用于各种蛋白质、不会因固定而除降低蛋白质活性是最大的特点。[编者按]