中风易感性与候选基因SNP位点关联研究

脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。结果发现:寡核苷酸芯片技术作为一种很好的基因分型方法,具有高通量、平行性、微量化、自动化和快速灵敏等的特点,适用于大规模基因分型平台的建立;实验初步发现与中风易感性相关的有血管紧张素原(AGT)基因M235T(OR=3.437,CI=1.211,9.709),载脂蛋白E(APOE)基因cys158arg (OR=9.434,1.686-83.3),亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T(OR=2.591,1.002-6.711),血管紧张素ⅡⅠ型受体(AT1R)基因A1166C(OR=0.213,0.057-0.799)。     

鳜碱性肌球蛋白轻链基因cDNA的克隆及其发育表达分析

肌球蛋白轻链是构成鱼类肌纤维主要组成部分,在鱼类肌肉生长和收缩过程中具有重要作用。鳜鱼具有生长快、肉质细嫩、味道鲜美、营养成分高等优良的性状。研究通过构建鳜肌肉组织cDNA文库分离到两个碱性肌球蛋白轻链基因,即MLC1和MLC3基因。序列分析显示MLC1和MLC3基因cDNA序列全长分别为1237bp和1070bp,分别编码192和150个氨基酸,除去MLC1N端多出的42个氨基酸残基,MLC1与MLC3氨基酸序列同源性为80.3%。通过PROSITEtools软件预测显示两种轻链都具有两个保守的EF-手相结构,其中第二个EF-hand结构除前三个氨基酸外同源性达100%。鱼类MLC3轻链N端没有高等脊椎动物MLC3特有标志序列。采用实时荧光定量PCR方法对鳜鱼MLC1和MLC3发育性表达分析表明,在原肠期开始有低量表达,与原肠期、尾芽期和肌肉效应期相比,心搏期和仔鱼期MLC1和MLC3表达量显著升高。研究结果首次提供了鳜肌肉组织肌球蛋白主要结构基因的分子生物学信息以及它们在鳜肌肉组织发生和功能的相关性。       

河北承德地区两个温泉中细菌的多样性分析

通过构建16S rDNA克隆文库,对承德地区两温泉中的细菌多样性水平及系统发育关系进行了初步研究。研究表明:68°C的A11文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属5个细菌类群,分别为Firmicutes(6.25%)、Deinococcus-Thermus(25.0%)、Gammaproteobacteria(12.5%)、Betaproteobacteria(50.0%)、Alphaproteobacteria(6.25%);而74.5°C的A12文库仅属于一个细菌类群:厚壁菌门(Firmicutes)。两温泉中细菌多样性的差异表明,温度是影响温泉中细菌多样性水平的重要因素。此外,A11文库中克隆的16S rDNA序列与许多已知的可产色素的好氧菌相似性很高,而A12文库中的细菌多数为专性厌氧或兼性厌氧型,其中厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)中的Anoxybacillus flavithermus可以作为研究泉华形成的理想材料。     

质粒pCAMBIA1301的检测

用引物延伸芯片法实现对转基因水稻中 生物芯片技术是生物技术和微制造技术的融合, 已广泛用于生命科学的研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域。而基因芯片是生物芯片中的一种,是指将大量基因探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,所以一次可对大量核酸分子进行检测分析,从而解决了传统核酸印迹杂交技术操作复杂、自动化程度低、检测目的分子数量少、效率低等不足。文章探讨了用基因芯片这一新的检测手段对转基因植物的初步检测,采用一种新的反应机制－引物延伸芯片法（arrayed primer extension）,实现了样品扩增和杂交的一步化,而在传统的基因芯片检测中要需要两步来完成,从而为目前基因芯片中大片段样品的检测提供了一种可能性。 Abstract: Biochip technology which had emerged from the fusion of biotechnology and micro/nanofabrication technology at the end of 1980s has been widely used in life science ,medicine,clinical diagnosis,durg design,agricμLture,envioment pretection and strategics. DNA microarray (also call gene chip,DNA chip),one kind of biochips,is small chip containing many oligonucleotide probe .It can hybridize with labelled sample which makes it possible to detect large numbers of oligonucleotides at one time.So DNA microarray can overcome the disadvantage of traditional hybridization technology such as complexity,low automatization,poor efficiency and amount of detcting molecμLes. This paper describes a new method to detect transgenic plant with gene chip.We have developed a novel arrayed-primer extension technique. It combines hybridization and PCR at one step, while two separate steps are needed in the ordinary DNA microarray, therefore our method provide a feasibility to detect long DNA fragment .     

植物可转化基因组文库的发展和应用

在基因克隆时,如应用通常的一些基因组文库如ＹＡＣ、ＢＡＣ 和ＰＡＣ 等进行目的基因的筛选,在获得候选克隆后,通常进行亚克隆,然后对每个亚克隆逐一进行基因功能互补试验,不仅工作量大,而且有遗漏的可能。近年来,对一些通常的基因组文库载体进行改建,已发展了既可用于克隆,又能直接进行转化的载体,这将大大方便大片段ＤＮＡ的转移。     

转几丁质酶和葡聚糖酶双价基因棉花对土壤细菌种群多样性的影响

以转几丁质酶和葡聚糖酶双价基因棉花为研究对象,非转基因受体棉花为对照,通过比较可培养细菌数量和基于16S rRNA克隆文库细菌种群分析,评价外源双价基因的导入在苗期、蕾期、花铃期和吐絮期对棉花根际细菌群落多样性的影响。结果表明,可培养细菌的数量不受外源双价基因的影响,随着棉花生育期的交替而变化,以代谢旺盛的花铃期最多。构建的转基因和非转基因不同生育期根际土壤细菌16S rRNA文库容量为2400个克隆,涵盖了细菌的283个属。其中,Acidobacterium是最大优势类群,共包括624个克隆,其次为未知细菌种群和Flavisolibacter。比较转基因和非转基因棉花根际土壤细菌的种群结构,结果显示,同一生育期内前者种群的多样性显著低于后者,二者的共有类群随着生长发育的进行而增多。研究结果说明几丁质酶基因和葡聚糖酶基因对棉花根际细菌种群多样性有着不同程度的削减作用,但是随着种植时间的延长,该差异呈现逐渐缩小的趋势。     

水葫芦根际细菌群落结构多样性分析

【目的】了解水葫芦根际细菌群落结构。【方法】运用末端限制性片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术分析富营养化水体中水葫芦根际和水葫芦近、远水样的细菌群落特征及多样性,结合克隆文库技术和培养法分析根际的细菌种群类型。【结果】同一时期水葫芦根际细菌多样性(Shannon-Weiner指数H′或Simpson指数D)更高,水葫芦近水样次之,远水样最小。10月份的细菌多样性高于5月份的。通过水葫芦根际细菌的克隆文库可知变形杆菌门(Proteobacteria)是水葫芦根际细菌的主要类群,占总群体的65.1%,包括噬菌弧菌(Bacteriovorax sp.)、Dechloromonas sp.、Leptothrix sp.、红螺菌科(Rhodospirillaceae)、Rhodoferax sp.和红环菌科(Rhodocyclaceae)等。T-RFLP图谱显示159 bp为最大优势菌,247 bp为第二大优势菌,对照克隆文库及培养结果分析247 bp属于γ-Proteobacteria,159 bp为不动杆菌(Acinetobacter sp.)。【结论】水葫芦根际细菌的群落结构丰富,不同时段水葫芦根际细菌的丰度略有变化,主要类群为变形杆菌门。     

用交错延伸剪接PCR技术扩增油菜花粉育性基因MS2Bnap全长cDNA序列

交错延伸剪接PCR是一种用于分子进化研究的DNA改组技术.本实验利用其原理,将已获得的油菜花粉育性基因MS2Bnap有部分序列重叠的三段PCR产物作为模板进行扩增,获得了花粉育性基因MS2Bnap的全长cDNA序列。 Abstract:SOE by PCR is one of DNA shuffling technologies for molecular evolution engineering.Using the theory of SOE by PCR,the full-length cDNA sequence of pollen fertility gene MS2Bnap of Brasscia napus was amplified with three obtained fragments as templates which have part overlapping of MS2Bnap sequence.     

柯萨奇病毒B组3型基因组剪切片段的序列分析

柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus B,CVB)感染细胞时其基因组RNA存在不稳定现象,但产生机制尚不清楚。本研究将柯萨奇病毒B组3型(CVB3)感染细胞后,利用5′ cDNA末端快速扩增技术(5′ rapid amplification of cDNA ends,5′ RACE)扩增并克隆细胞内CVB3基因组片段,并对每条序列及其5′端的二级结构进行分析。结果获得的20条CVB3基因组片段,长度为 2 067～5 547 bp,片段断端主要分布于2Apro和2C编码区。RNAfold分析显示,这些片段多数在5′断点端形成二级茎-环结构。本研究显示,CVB在宿主细胞感染时可形成大量不完整基因组RNA片段,这些片段可在5′断点端形成局部双链结构,提示片段不是随机产生,可能是RNA酶剪切产物。此发现有助于理解CVB基因组不稳定的机制。