后基因组时代的微生物遗传学

微生物遗传学是建立在经典遗传学基础上的、揭示微生物遗传和变异的一门独立的学科。微生物遗传学研究的内容包括微生物生长、发育、分化、代谢以及进化等生命现象的基本规律。粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)四分体的遗传分析为孟德尔式遗传提供了直接证据,对大肠     

基于高通量RNA测序数据分析的弹性云平台

高通量RNA测序（RNA-seq）技术为研究人员提供了海量数据,如何对这些数据进行快速有效的分析,并为后续转录组、基因表达等研究提供支持,是生物信息学领域的热点方向。本文讨论了当前RNA-seq数据分析的发展水平和常用软件、算法,并设计了一系列数据处理模块和分析流程。同时,为了给用户提供更好的使用环境,我们设计了基于弹性资源管理系统的生物云平台BioCloud。该平台集成了丰富的软件,采用高灵活度、高扩展性的体系架构,在给用户提供低成本、高性能计算服务的同时,还提供个性化的流程定制服务。     

全细胞PCR扩增用于鱼腥藻种类鉴定

传统鉴定藻种的方法主要是通过形态学观察的方法加以判断。蓝藻在自然条件和人工培养过程中 ,其形态、代谢能力等都可能发生变化 ,同时该过程需要的时间长 ,难以区分种或种以下的分类、单位 ,亦难以在水华暴发早期阶段准确鉴定。本文利用rDNA通用引物扩增 ,表明在 5 0 μL的反应体系中加入 2 0个鱼腥藻细胞能扩增出目的条带 ;对已知的鱼腥藻PC基因的分析设计引物 ,在BSA浓度为 0 2 %— 1% (w/v)下 ,全细胞扩增出实验室保存的四种鱼腥藻的部分PC以及PC IGS序列 ,序列分析结果表明PC IGS序列能用来作为鉴定种及种以下的分类依据     

大规模平行测序技术(MPSS)研究进展

大规模平行测序技术（massively parallel signature sequencing,MPSS）是以DNA测序为基础的大规模高通量基因分析新技术,通过标签库的建立、微珠与标签的连接、酶切连接反应和生物信息分析等步骤,获得基因表达序列.MPSS具有能测定表达水平较低、差异较小的基因,不必预先知道基因的序列,自动化和高通量等特点,是值得推广的技术.     

淋球菌nspA和大肠杆菌ltB融合基因的构建、表达及鉴定

通过基因工程的方法构建奈瑟氏淋球菌表面蛋白A(Neisseria gonorrhoeae surface protein A,nspA)和大肠杆菌不耐热肠毒素B亚单位(B subunit of Escherichia coli heat-labile enterotoxin,ltB)融合基因的原核表达载体,对其进行表达与鉴定,为后续融合蛋白LTB-NspA的生物活性分析及其作为淋球菌粘膜免疫疫苗的研究奠定基础.用PCR法从标准菌株分别扩增出nspA、ltB基因,用重组PCR法通过接头将ltB与nspA融合,将其插入pET-30a中,转入BL21中表达.经测序、SDS-PAGE和Western blot分析,证实成功构建了1tB-nspA融合基因的原核表达载体,并在BL21中表达.ltB-nspA融合基因的成功表达,为进一步研究其生物活性及淋球菌粘膜免疫疫苗的研究奠定了一定基础.     

长PCR技术及其在动物学研究中的应用

长PCR(1ongPCR)技术自194年发明以来,在生命科学发展中发挥了巨大的作用。长PCR技术与常规PCR有较大的区别。本文从长PCR技术的由来、长PCR技术对模板、引物和聚合酶的特殊要求及长PCR技术反应条件等方面进行了较全面的介绍。最后介绍了近期发展的LR-IPCR(long range-inverse PCR,长反向PCR)、内切酶介导性长PCR(endonuclease-mediated long PCR)、long RT-PCR以及LDD-PCR。目前此技术在动物学研究中的应用主要在基因组测序和线粒体基因组研究、病理诊断、基因差异表达、病原微生物的研究、遗传多态性分析等领域。     

大粉瘤菌小亚基rDNA片段的克隆测序

对大粉瘤菌Lycogala flavofuscum的19S rDNA片段进行了克隆测序,序列长度为1443bp。同时将之与多头绒泡菌的相应序列进行了比较,其序列同源性为58．16％。     

植物渗调蛋白的研究进展

植物在逆境下会产生许多逆境响应蛋白,渗调蛋白（Osmotins)是其中重要的一种,该蛋白是一种逆境适应,蛋白,其基因的表达受到干旱,盐渍,病原侵染,乙烯,ABA等因子的诱导,与植物的抗旱,耐盐和抗病性等有关。作者对渗调蛋白的存在,特性,功能和基因调控规律作以下简要综述。     

一种快速辨别糙皮侧耳和肺形侧耳的方法

目的：建立一种快速、经济的方法辨别糙皮侧耳（P.ostreatus）和肺形侧耳（P.pulmonarius）。方法：在GenBank下载糙皮侧耳和肺形侧耳的ITS序列,经ClustalX序列比对,利用Primer 3设计特异引物组合1F（5′-GATAGATCTGTGAAGTCGTC-3′）、1R（5′-TCACAATTGGAAAGAAACC-3′）和2R（5′-TGCGTGCTATTGATGAGTGA-3′）,最后经PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测。结果：5个糙皮侧耳菌株均能得到2条带,分别为342bp和459bp。4个肺形侧耳菌株均能扩增到一条446bp的片段。结论：该组引物适合辨别糙皮侧耳和肺形侧耳。     

全基因组测序及其在遗传性疾病研究及诊断中的应用

最近,随着测序成本的不断降低,数据分析策略的不断提升,全基因组测序（whole-genome sequencing,WGS）已经在癌症、孟德尔遗传病、复杂疾病的致病基因检测中得到了一定运用,并逐步走向了临床诊断。全基因组测序不但可以检测编码区和非编码区的点突变（SNVs）和插入缺失（InDels）,还可以在全基因组范围内检测拷贝数变异（copy number variation,CNV）以及结构变异（structure variation,SV）。本文详细地介绍了全基因组测序的标准生物信息分析流程与方法,及其在疾病研究、临床诊断中的应用,并对全基因组测序在医学遗传学中的应用与研究进展,以及数据分析方面面临的挑战进行了概述。