淋病奈瑟菌肽基脯氨酰异构酶的原核表达及其作为候选疫苗的初步评价

【背景】淋病是我国主要的性传播疾病之一,感染淋病奈瑟菌可促进人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)的传播和感染。目前我国淋病发病人数呈上升趋势,随着多重耐药菌株的出现,亟须研发保护性疫苗来防治淋病的传播和感染。【目的】分析淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae, NG)肽基脯氨酰异构酶(peptidyl-prolyl isomerase, PPIase)蛋白的高级结构和表位,探讨其作为疫苗和分子诊断靶点的潜力。【方法】利用生物信息学软件分析PPIase蛋白的极性、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级和三级结构,以及T、B细胞表位等;用pET32a(+)质粒构建PPIase蛋白的原核表达系统并纯化蛋白,用纯化的重组蛋白和超声波破碎的NG全菌抗原分别免疫BALB/c小鼠,收获免疫血清;制备NG全细胞抗原,分别以全细胞抗原酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)和间接免疫荧光试验检测重组PPIase蛋白血清抗体与NG全细胞表面抗原的结合情况。【结果】生物信息学分析结果显示,...     

蛇足石杉内生真菌产黄青霉菌MT-40中xanthocillin类似物生物合成基因簇的挖掘及鉴定

Xanthocillin具有显著的抗菌活性,结构中含有独特的异腈基。本文通过对蛇足石杉(Huperzia serrata)内生真菌产黄青霉菌(Penicillium chrysogenum)MT-40基因组的测序分析,利用本地BLAST等生物信息学分析工具挖掘具有合成xanthocillin类似物潜力的基因簇,结合米曲霉(Aspergillus oryzae)NSAR1异源表达技术实现基因簇中关键基因的功能鉴定。结果成功从内生真菌P.chrysogenum MT-40中发现一个合成xanthocillin类似物的生物合成基因簇(命名为for),for基因簇中的关键生物合成基因forB编码的异腈基合成酶可以催化合成2-formamido-3-(4-hydroxyphenyl)acrylic acid,基因forG编码的P450酶可以催化2-formamido-3-(4-hydroxyphenyl)acrylic acid的二聚化生成xanthocillin类似物N,N′-(1,4-bis(4-hydroxyphenyl)buta-1,3-diene-2,3-diyl)diformamide。本文研究结果为进一步从真菌中发现xanthocillin类似物提供参考。     

闽南渔场主要游泳动物时空生态位特征及其影响因素

根据2019—2021年在闽南渔场进行的秋季、冬季、春季和夏季四个航次定点底拖网调查资料,利用相对重要性指数、种群聚集强度、生态位宽度、生态位重叠及冗余分析对主要游泳动物时空生态位特征及其影响因素进行研究。结果表明,(1)调查海域共鉴定出游泳动物214种,主要优势种有18种,优势种存在明显的季节更替现象;夏季优势种的丛生指数和平均拥挤度较高,春季较低;(2)在时间维度上,须赤虾(Metapenaeposis barbata De Haan)生态位宽度最大(0.99), 7组种对时间生态位重叠值等于1.00;在空间维度上,带鱼(Trachurus japonicus Temminck&Schlegel)生态位宽度最大(2.57),空间生态位重叠值超过0.6的种类占71.3%;在时空维度上,带鱼生态位宽度最大(2.45),鹿斑仰口鲾(Leiognathus ruconius Hamilton)与赤鼻棱鳀(Thrissa kammalensis Bleeker)时空生态位重叠值最大(0.94);(3)冗余分析表明,底层温度和底层盐度是影响闽南渔场主要游泳动物时空生态位特征的重要环境因...     

林分密度对云顶山柏木人工林林下植物优势种群生态位的影响

柏木(Cupressus funebris)人工林是川中盆地森林主要类型,林下植物是森林生态系统重要组成部分。该研究采取典型抽样法,调查分析云顶山柏木人工林现存密度[1 100株·hm^-2(A)、950株·hm^-2(B)、800株·hm^-2(C)、650株·hm^-2(D)、500株·hm^-2(E)]的林下灌、草优势种群Shannon生态位宽度(B_sw)、Levins生态位重叠值(O_ik)以及生态位宽度和重叠均值与环境因子的相关性,从生态位特征探究林下植物优势种群对不同林分密度的响应,明确相对适宜的林分密度,分析不同林分密度柏木人工林林下植物种间、群落与环境的关系,筛选出现存相对最优林分密度,为柏木人工林林下植物多样性保育和森林经营措施提供理论支撑。结果表明：(1)研究区共有草本植物38科72属94种,灌木42科65属99种,物种数量随柏木密度的减小呈先增后减的趋势,且在柏木密度为650株·hm^-2时达到峰值。(2...     

小反刍兽疫病毒H蛋白抗体化学发光免疫分析检测方法的建立

本研究旨在建立小反刍兽疫病毒H蛋白抗体的化学发光免疫分析检测方法。以H蛋白4个反应原性较好的B细胞表位串联后为检测抗原,在确定抗原包被量和血清稀释度,优化血清和酶标二抗反应时间的基础上,用ROC曲线分析确定检测临界值,建立了小反刍兽疫病毒H蛋白抗体化学发光免疫分析检测方法,然后对该方法进行敏感性、特异性和重复性评价。结果显示,建立的小反刍兽疫病毒H蛋白抗体化学发光免疫分析检测方法最佳抗原包被浓度为1.5×10^-6μg/孔,待检血清最佳稀释度为1∶100;血清及酶标二抗孵育时间均为10 min,检测方法的临界值为S/P=9.77%,批内及批间变异系数均小于10%;与口蹄疫、羊痘、蓝舌病及山羊传染性胸膜肺炎阳性血清不发生交叉反应;用建立的化学发光法和市售小反刍兽疫抗体cELISA试剂盒平行检测247份田间血清,两者相对符合率为94.33%,但化学发光法敏感性更高。研究结果表明,建立的小反刍兽疫病毒H蛋白抗体化学发光免疫分析方法灵敏、特异、稳定,可用于田间血清样品小反刍兽疫抗体检测。     

基于生态位理论的毛竹-桫椤群丛物种竞争共存机制

研究毛竹干扰状态下赤水桫椤国家级自然保护区毛竹-桫椤群丛主要物种的生态位特征和种间协变关系,分析物种间竞争共存机制。结果表明：群丛中木本及高大草本植物共有67种,隶属于40科53属。毛竹的重要值、Shannon生态位宽度指数(B_S)、Levins生态位宽度指数(B_L)均最大,毛竹为群丛中绝对优势种;桫椤的重要值和B_L值位列第二,B_S值位列第三。20个主要物种组成的190组种对中,毛竹与桫椤生态位重叠值最大,为0.64;136组种对生态位重叠值小于0.2(占总对数的71.6%),物种间生态位重叠程度低,生态位分化程度较大。主要物种间的总体联结呈显著正联结,群落相对稳定;主要物种间相关性不显著,联结性不强,种间独立性较强。毛竹与桫椤、罗伞、绿叶黄葛树、毛桐呈极显著正协变,毛竹与粗糠柴、云南樟、黄心树呈极显著负协变。毛竹与土著种的适合度差异和生态位差异共同影响群丛物种间的共存和竞争。控制毛竹扩张,限制与桫椤呈负协变关系物种的规模,可为桫椤营造良好的生存环境。     

平截独活的香豆素成分

从四川省汶川县产平截独活Heracleum vicinum根的乙醇提取物中分离鉴定了6个成分,分别为虎耳草素(pimpinellin)(1),异佛手柑内酯(2),6-甲氧基当归素(sphondin)(3)。佛手柑内酯(bergapten)(4),异虎耳草素(isopimpincllin)(5),falcarindi01)(6).     

北美水貂和欧亚水獭在东北地区的分布与生态位重叠

作为入侵物种,北美水貂(Neovison vison)在欧洲引起了一系列生态问题,侵占了欧亚水獭(Lutra lutra)的生态空间,其入侵性对当地生物多样性和生态系统构成了严重威胁。水貂引入我国东北地区已有70多年的历史,然而国内对其野外种群却鲜有研究。掌握水貂种群的入侵范围、入侵影响因素以及与本地具有相似生态位的欧亚水獭之间的竞争关系,对水貂的入侵管理和东北地区的生物多样性保护具有重要意义。本研究利用实地调查和文献资料获取的分布信息,通过集合模型识别水貂和水獭的潜在分布区,评估水貂对水獭在地理空间上的入侵风险,并通过主成分分析(principal component analysis,PCA)评估其生态位重叠和影响因素。结果表明:(1)我国东北地区水貂的潜在分布区面积为61,944.57 km²,水獭的潜在分布区面积为83,590.94 km²,两者重叠区域面积为50,544.21 km²,占水獭潜在分布区面积的60.47%;(2)从各省分布情况来看,黑龙江省水獭受水貂入侵的风险最高,潜在分布区重叠的比例达到78.9...     

镇海棘螈产卵场微生境选择

镇海棘螈(Echinotriton chinhaiensis)为国家一级重点保护野生动物,其种群面临着生境退化及丧失的重要威胁。产卵是决定镇海棘螈种群数量增长的关键环节之一,了解其产卵选择的微生境偏好可以更有针对性地保护该物种。本研究旨在确定影响镇海棘螈产卵场微生境选择的关键环境变量,同时为该物种的产卵生境保护、改造和重建提供科学基础。本文于2021年3-5月(繁殖期)在浙江省宁波市北仑区林场对镇海棘螈产卵位点(n=105)与非产卵位点(n=70)处的18个微生境变量进行调查。采用拟合优度卡方检验判断3种无序分类变量的差异性,并利用生境喜好系数对生境选择性进行分析。采用二元逻辑斯蒂回归模型对15个数值型变量进行分析,确定影响镇海棘螈产卵微生境选择的关键变量。结果显示镇海棘螈繁殖期间对产卵场微生境有明显偏好,通常产卵于朝向水坑、落叶层较厚(5.19±0.18 cm)、坡度较陡(18.64°±1.18°)和土壤含水量较低(33.51%±1.87%)的土壤基质上。此外,在大型遮蔽物中,镇海棘螈偏好选择体积较小的石块和乔木(2,994.63±316.17 cm³)作为遮蔽...     

蛋白质中原子与基团的可及性的一种新计算方法及其应用

实现了一种新的蛋白质中原子层次可及面积的计算方法－Ｍｏｎｔｅ－Ｃａｒｌｏ模拟方法。计算了溶菌酶各个原子与功能基团的可及性,并应用于蛋白质结构和功能的研究中。使得对蛋白质性能的预测更准确,提供了一种对蛋白质结构和功能研究的新思路。