XML—实现DELTA在INTERNET分布和跨平台操作的新途径

许多专家把DELTA格式和DELTA系统应用于各种生物类群的分类学研究中。随着的更新和新需求的不断出现,DELTA不适用于Internet发布和跨平台操作等缺点也逐渐暴露出来。可扩展置标语言XML（eXtensible Markup Language)是一门新兴的面向Internet的置标语言,具有巨大的发展前景,应用XML正好可以弥补DELTA的这一不足。本文着重介绍了XML语言的技术优势,探讨了根据DELTA数据格式,将XML应用于DELTA系统的方法,并以小蜂总科为例给出了相应的XML描述文件。     

Red重组系统及在微生物基因敲除中的应用

在完成了对各种微生物基因组的测序以后,功能基因学的研究变得尤为重要。研究基因功能最直接的方法便是将待研究的基因失活。最初构建基因突变体是采用大肠杆菌的RecA系统,但是RecA重组系统操作复杂,重组效率低。最近建立了Red重组系统,该系统由3个蛋白组成：α蛋白(即λ核酸外切酶),β蛋白,Gam蛋白。应用Red系统进行基因敲除,可以直接利用线性打靶DNA,两侧同源臂长度在35~60 bp即可发生同源重组,且重组效率高。 Abstract:Since many DNA-sequencing projects of varied microorganisms have been completed,studies on their functional genomics become more important.Inactivation of an interesting gene is a direct method to characterize its function.Though the Esherichia coli RecA recombination system can be used to produce gene mutants,it needs a complex manipulation process.Furthermore,its efficiency is very low.Recently a Red recombination system was developed.This recombination system consists of three proteins:α protein（λ exonuclease）,β protein and Gam protein.In this system,the linear targeting DNA which contains a selectable marker flanked with a homologous region as short as only 35~60 bp can be directly targeted for gene knock-out with a higher efficiency.     

包埋法固定化对硫氧化微生物菌群结构和功能的影响

【目的】为探讨包埋法固定化过程对硫氧化菌群硫化物去除能力及菌群微生物群落结构的影响,【方法】以聚乙烯醇-海藻酸钠-活性炭为载体,对硫氧化菌群进行了固定化,并采用富含硫化物的无机盐培养基,对比固定化与非固定化硫氧化菌群对硫化物的氧化去除能力。同时,利用PCR-DGGE技术,探讨硫氧化菌群在固定化前后以及在硫化物氧化去除过程中微生物群落结构变化。【结果】在对硫氧化菌群进行固定化之后,12 h之内对硫化物的最大去除能力从1000 mg/L下降为600 mg/L。硫氧化菌群的微生物群落结构发生了明显变化,但菌群中的硫氧化菌Catenococcus thiocycli未受影响,硫氧化菌Thioclava pacifica在菌群中的地位反而得到了强化。【结论】受制于底物在载体材料中的扩散迁移效率,硫氧化菌群对硫化物的氧化去除能力在固定化之后有所下降。由于不同微生物对固定化形成的微环境的适应能力以及对载体附着能力的不同,固定化对硫氧化菌群的微生物群落结构产生较大影响。     

辽西北风沙地区不同无性系桑树抗旱性

为选育适合辽西北风沙地区生长的优良桑树品种,以沈阳农业大学选育的"沈桑1号"(SS)、辽宁省阜新市彰武县优株(ZW)、吉林省通化市集安县桑树优株(JS)3种优质桑树无性系以及东北主栽品种"龙桑1号"(LS)为试验材料,通过测定不同无性系桑树在干旱胁迫下的叶片光合色素含量、光响应曲线、不同光强对气体交换参数的影响以及光系...     

小型SPECT／CT系统研制成功

日前,中科院高能物理研究所研制成功的小型SPECT／CT系统,性能指标达到国际同类设备的先进水平,通过了专家验收。     

菝葜属和肖菝葜属的核型变异和系统演化研究

基于体细胞染色体核型及花序特征对菝葜科Smilacaceae菝葜属Smilax和肖菝葜属Heterosmilax进行了系统演化研究,报道了国产菝葜科17个分类群的核型。根据已研究的部分形态学特征和已有的核型和分子序列资料,对它们的系统进化进行了分析。结果显示：（1）整个类群的核型变异表现在二型化、多倍化、染色体的微变异以及染色体基数递减（从16-15-13）,16为菝葜类群的基本染色体基数。（2）草本菝葜的核型对称性在东亚到北美种类中,表现出从对称到不对称的变化,而木本菝葜的各组间并未表现出这种趋势。（3）先出叶（prophy11）是宿存的芽鳞,因此在菝葜组sect．China和土茯苓组sect．Coilanthus中具花序的分枝（该分枝基部具先出叶）与圆锥菝葜组sect．Macranthae和穗菝葜组sect．Smilax中着生叶腋的花序分枝或者具关节的单伞形花序是同源的;结合ITS资料,推测花序原始类型是具伞形花序无总花梗呈穗状排列的种类。从祖先类型,花序的分化朝两个方向：一为菝葜属的菝葜组和土茯苓组以及肖菝葜属的全部种类为代表的生于叶腋的单伞形花序,另一为菝葜属的圆锥菝葜组sect．Macranthae的全部种类构成的圆锥．伞形花序。（4）肖菝葜属的核型和ITS数据都表明其为非单系类群,与草本菝葜和土茯苓组成员为姐妹群,首次发现花被2／3联合的过渡类型——筐条菝葜S.corbularia,建议将肖菝葜属降为亚属,置于菝葜属。（5）核型特点支持草本菝葜是东亚起源,扩展到北美,与土茯苓组种类有共同祖先．来自于x=16的木本菝葜,赞同恢复草本组sect．Nemexia。（6）在广布种菝葜S.china中首次发现二倍体居群,已知其存在3种倍性（2x、4x和6x）,发现不同倍性居群的分布规律,推测在第三纪至更新世中期日本、台湾岛与大陆分离之前,菝葜的叙居群已广泛分布,而目前广泛分布的缸居群是岛屿与大陆分离后形靠的。（7）我国西南是菝葜科现代分布和分化中心。     

节肢动物线粒体基因组与系统发生重建

对mt基因组的比较研究是探讨节肢动物系统发生的有效手段之一。基因的排列和DNA序列可以为重建节肢动物的系统发生提供有用的信息。目前,已测定mt基因组全序列的节肢动物已增加到44种。归纳、总结了节肢动物mt基因组的基本特征、基因顺序、基因重排的发生和机制等。简要评述基于mt基因组的节肢动物系统发生研究。     

植物乳杆菌天然质粒系统进化和起源

【目的】为了探索植物乳杆菌天然质粒系统进化关系和起源。【方法】本文利用复制起始蛋白(replication initiation protein,Rep)系统进化树、基因组共线性、基因组GC含量和宿主范围分析方法,对植物乳杆菌75个天然质粒的系统进化关系和起源进行了详细和多角度的分析。【结果】首先,Rep系统进化树和基因组共线性分析结果均表明,植物乳杆菌所有天然质粒可以划分为6个进化关系亲密的家族、2个进化形态特殊的杂合质粒和1个独立进化质粒pLP2140。杂合质粒pMRI5.2、pLP12-1分别由家族1-2和5-6质粒融合形成,因此植物乳杆菌质粒可能起源于7个祖先。其次,基因组共线性分析可以将6个家族质粒进一步划分为17个进化关系更近的亚家族类群,并清晰、有效地揭示类群内质粒之间的系统进化关系。最后,基因组GC含量和宿主范围分析为植物乳杆菌质粒的系统进化关系和起源提供了进一步的证据。【结论】因此上述研究可以准确、有效地揭示植物乳杆菌天然质粒的系统进化关系和起源,这对植物乳杆菌天然质粒系统进化和起源的了解和研究具有重要的参考价值。通过Rep系统进化树和基因组共线性两种分析方法优缺点的比较和组合,我们提出了一种更加有效的研究思路和分析方法,同时这种方法很可能适用于所有细菌天然质粒,因此对于天然质粒进化和起源研究具有普遍的方法学意义。     

新版DELTA系统在植物分类学中的应用——以羊茅属研究为例

DELTA系统是针对分类学研究开发的综合性多功能软件包。新版DELTA系统在运行环境、程序、指令、界面、操作方式及中文字符处理等重要功能上比旧版本均有较大改进。作为国际分类学数据库数据交换标准,应用该系统可以规范分类学描述,对研究中所有常用性状进行识别和处理,自动生成各个研究对象分类学特征描述并对其进行详尽的相似性和差异性比较,对性状特征和分类单元进行注释和图像示例,将数据转换为数量分类学或分支分类学所需格式以生成树状图,自动生成检索表,建成基于本地和网络的交互式专家辅助鉴定系统等。DELTA系统作为植物分类学研究的常用手段和工具是非常适合及大有帮助的。     

细胞色素b基因序列与11种熊蜂的系统进化

通过比较一段357b的细胞色素b的序列,分析了熊蜂属5亚属11种熊蜂系统发育关系。5亚属包括Bombus( 5种）,Thoracobombus(3种）,Mendacibombus(1种）,Fervidobombus(1种）和Pyrobombus(1种）,该序列有65个单变异态位点和71个简约信息多态位点,翻译成119个氨基酸序列后有45个氨基酸变异位点。根据P－距离构建的邻接树（NJ tree)和最大简约树（MP tree)都显示同样的结果：Mendacibombus (B.avinovielllus)分化最早;Fervidobombus(B.pensylvanicus)次之;Pyrobombus(B.impatiens)和Bombus形成姊妹群;Bombus亚属是单系群,其中B.ignitus在所研究的5个种中分化最早。