An Integrative Meta-analysis of MicroRNAs in Hepatocellular Carcinoma

We aimed to shed new light on the roles of microRNAs （miRNAs） in liver cancer using an integrative in silico bioinformatics analysis. A new protocol for target prediction and functional analysis is presented and applied to the 26 highly differentially deregulated miRNAs in hepatocellular carcinoma. This framework comprises： （1） the overlap of prediction results by four out of five target prediction tools, including TargetScan, PicTar, miRanda, DIANA-microT and miRDB （combining machine-learning, alignment, interaction energy and statistical tests in order to minimize false positives）, （2） evidence from previous microarray analysis on the expression of these targets, （3） gene ontology （GO） and pathway enrichment analysis of the miRNA targets and their pathways and （4） linking these results to oncogenesis and cancer hallmarks. This yielded new insights into the roles of miRNAs in cancer hallmarks. Here we presented several key targets and hundreds of new targets that are significantly enriched in many new cancer-related hallmarks. In addition, we also revealed some known and new oncogenic pathways for liver cancer. These included the famous MAPK, TGFβ and cell cycle pathways. New insights were also provided into Wnt signaling, prostate cancer, axon guidance and oocyte meiosis pathways. These signaling and developmental pathways crosstalk to regulate stem cell transformation and implicate a role of miRNAs in hepatic stem cell deregulation and cancer development. By analyzing their complete interactome, we proposed new categorization for some of these miRNAs as either tumor-suppressors or oncomiRs with dual roles. Therefore some of these miRNAs may be addressed as therapeutic targets or used as therapeutic agents. Such dual roles thus expand the view of miRNAs as active maintainers of cellular homeostasis.     

嫩江高峰林区鸟类迁徙与气象因子的相关性初探

2001～2010年在黑龙江省嫩江县高峰林场开展了鸟类环志研究工作,共环志鸟类173种238672只,其中春季142种102285只,秋季147种136387只,隶属14目41科。春季以小鹀Emberiza pusilla、红胁蓝尾鸲Tar-siger cyanurus、黄眉柳莺Phylloscopus inornatus、栗鹀E.rutila、黄眉鹀E.chrysophrys、燕雀Fringilla montifringilla、田鹀E.rustica、黄雀Carduelis spinus等8种为迁徙鸟类的优势种,累计75145只,占春季环志数量的73.5%;秋季以白腰朱顶雀Carduelis flammea、黄雀、田鹀、燕雀、黄眉柳莺、煤山雀Parus ater、北朱雀Carpodacus roseus等7种为迁徙鸟类的优势种,累计99335只,占秋季环志数量的72.8%。利用统计软件对气象因子中的平均气温、日最高气温、日最低气温、平均水汽压、日最低气压、日最高气压、相对湿度、地面平均温度、平均风速、最大风速、最大风速的风向、日照时数与春秋季迁徙鸟类的优势种的相关性进行了分析,发现地面平均温度、日最高气温与鸟类迁徙的相关性很强。在春季,与鸟类迁徙的相关性很强的还有日最高气压,而秋季则是日照时数。相对湿度在鸟类迁徙中呈很强的负相关。     

样地数量对气候变化背景下树种分布预测的影响

基于不同景观破碎化程度下的中性景观,探讨了气候变化背景下样地数量对景观尺度树种分布预测的影响.采用模型耦合的方法进行树种分布预测,设置了3个样地数量预案与1个参考预案.分别在每一破碎化程度下检验3种样地数量预案的预测结果与参考预案之间的差异.结果表明:样地数量会影响树种分布预测结果,具有不同生活史属性的树种对样地数量的需求不同,对普适性树种进行分布预测需要的样地数量较多;除极度特异种外,景观的破碎化程度也会影响样地数量对树种分布预测的影响;随着模拟时间的增加,样地数量对景观尺度树种分布预测的作用会发生变化,对于一些普适种树种来说,长期模拟需要较多的样地.     

云南受威胁鱼类种类组成及其地理分布特征

在综合历年相关文献的基础上,利用ArcGIS 9.3软件对云南受威胁鱼类种类组成及其地理分布特征进行统计分析.结果表明:云南境内共统计到受威胁鱼类83种,隶属5目13科47属,鲤形目占绝对优势,共64种,其次是鲇形目,共16种;鲤形目中鲤科鱼类种类最多,共51种,占鲤形目总数79.7％;鲤科鱼类中,鲃亚科、鲤亚科和鲐亚科种类最多,依次为14、10和10种.云南受威胁鱼类可归于青藏高原区和东洋区两大动物地理区划,其种类组成及地理区划是与周围环境相适应的历史演变的结果.在湖泊与河流两种生态系统中,鲤科鱼类均占有绝对优势,分别占总数的36.1％和31.3％;前者濒危等级多为濒危种,后者多为易危种.本文还从地史演变及现状两个方面探讨了云南受威胁鱼类的影响因素.     

浅谈海参养殖与气象的关系

海参(Holothurian,sea cucumber)归属无脊椎动物棘皮动物门,是海参纲动物的泛称。据统计,全世界约有40种,我国约20种海参可供食用,个别参种有较高价值。2011年江苏海辰农业发展有限公司在响水开始海参的海水养殖,品种是刺参中最好的品种-辽参。本文通过实地调研,深入了解了海参的养殖与气象的关系,特别是温度、暴雨、台风、大风等方面的影响。     

不同地位克氏原螯虾胜利者-失败者效应的稳定性

为探究不同地位的克氏原螯虾(Procambarus clakii)胜利者-失败者效应的稳定性。通过视频拍摄优势者和从属者在新的领域中各自与等重量级雄性螯虾连续遭遇战,统计胜负场数、格斗次数、时间、优势指数等多个参数。在与陌生对手的首次交战中,40个优势者中有23只螯虾取得了胜利,17只失败,胜负比例之间差异不显著;而从属者中获胜比例为18/40,与失败者的比例之间也没有差异,说明优势者和从属者之间原有的等级地位并不被陌生对手识别。在与陌生对手的第二次交战中,获胜的优势者中18/23的螯虾再次胜利,极显著高于失败的螯虾比例;获胜的从属者中,仅11/18的螯虾再次胜利,与失败者的比例之间不显著;而失败的优势者中,13/17的螯虾持续失败,失败的从属者中,17/22的螯虾持续失败,均显著高于获胜的比例,说明不同地位的螯虾胜利者-失败者效应稳定性不同,优势者的胜利者-失败者效应均比较稳定,而从属者的失败者效应稳定,胜利者效应并不稳定,一胜之后不能获得稳定、完全的二胜。对格斗次数、时间、优势指数等参数统计分析发现,胜利或失败的优势者以及从属者在格斗策略上有较大的差异。     

5 岁以下儿童ORMDL3基因表达与哮喘预测指数相关性分析

目的:为了探究ORMDL3(orosomucoid 1-like 3)基因表达量与哮喘预测指数(Asthma predictive index,API)、性别、年龄、遗传和环境等因素之间的相关性。方法:从2013年4月-2014年8月,我们收集了115位数据有效的5岁以下儿童的资料,并依据API严格标准对其进行分类:API+(过去一年内喘息次数≥4)、API-(过去一年内喘息次数1-3次)和API0(无喘息)组,统计三组之间的基本资料,并检测ORMDL3基因表达量与API、性别、年龄、家族史、喘息次数、和鼻炎之间的相关性。结果:API+组内男女性别比例显著高于其他组,ORMDL3基因表达量在API0内的表达量显著高于API+和API-组内表达量(P=0.044),并且ORMDL3基因表达量与API指数之间存在一定的相关性(相关系数:-0.232,P=0.020),但是ORMDL3基因表达量与性别、年龄、家族史、喘息次数、和鼻炎之间无统计学相关性(P0.05)。结论:ORMDL3基因表达量与API指数之间存在微弱的负相关性,API阳性鉴定标准需要进一步的改进。     

肉桂双瓣卷蛾发生期预测与幼虫空间分布型研究

肉桂双瓣卷蛾Polylopha cassiicola是危害肉桂Cinnamomum cassia和樟树Cinnamomum canphora嫩梢的一种重要钻蛀性害虫,对华南地区肉桂和樟树的发展造成了严重威胁。为了有效地控制该害虫,准确掌握其最适防治时期是非常必要的。2013-2015年采用物候法、期距法和空间分布型分析方法,对肉桂双瓣卷蛾的发生期进行预测和幼虫空间分布型进行了研究。结果表明,肉桂双瓣卷蛾在林间属聚集分布,是害虫本身的生物学特性和樟树林不同样地不同生境共同作用的结果。采用物候法预测樟树林肉桂双瓣卷蛾成虫盛发日,采用期距法预测幼虫发生时间基本吻合,可按照预测的时间进行防治或适当提前进行防治。     

基于深度最大输出网络的抗体种型特异性B细胞表位预测

B细胞表位研究有助于肽段疫苗研制,抗体研制以及疾病诊断和治疗研究.不同的B细胞表位诱导免疫系统产生不同的抗体种型,探索研究能够诱导特异性抗体产生的B细胞表位具有重要意义.基于二肽组成特征,利用深度最大输出网络算法训练构建三个二类分类器,分别对应诱导三种不同特异性抗体的B细胞表位,即IgA表位,IgE表位以及IgG表位.通过五折交叉验证训练和测试这三个分类器,获得AUC的值分别为0.78,0.93以及0.78.IgA表位和IgE表位分类器的预测能力优于其它IgA表位和IgE表位分类器,IgG表位分类器和其它IgG表位分类器的预测能力相当.