Fragrep： An Efficient Search Tool for Fragmented Patterns in Genomic Sequences

Many classes of non-coding RNAs （ncRNAs; including Y RNAs, vault RNAs, RNase P RNAs, and MRP RNAs, as well as a novel class recently discovered in Dictyostelium discoideum） can be characterized by a pattern of short but well-conserved sequence elements that are separated by poorly conserved regions of sometimes highly variable lengths. Local alignment algorithms such as BLAST are therefore ill-suited for the discovery of new homologs of such ncRNAs in genomic sequences. The Fragrep tool instead implements an efficient algorithm for detecting the pattern fragments that occur in a given order. For each pattern fragment, the mismatch tolerance and bounds on the length of the intervening sequences can be specified separately. Furthermore, matches can be ranked by a statistically well-motivated scoring scheme.     

皮质酮诱导的PC12细胞梯度应激损伤模型的构建及评价

目的:建立皮质酮诱导的PC12细胞梯度应激损伤模型,为细胞应激水平的评估和细胞应激损伤调控研究提供实验基础和对象。方法:通过检测不同浓度皮质酮(0～1 000μmol/L)在经过不同干预时间(8～48 h)后PC12细胞活力,观察皮质酮对细胞活力的影响,筛选最佳干预条件的细胞模型。分光光度法和微量法检测细胞模型的关键应激指标(MDA、SOD、NADH、LDH),对模型进行评价。结果:当皮质酮浓度在200μmol/L以下且干预时间为12 h时,细胞活力在半数失活率以下,可减少各组由于细胞活力下降而产生的混杂因素。与空白对照组比较,皮质酮浓度依赖性地升高模型组的MDA、NADH和LDH水平,降低SOD水平(P<0.01),符合梯度应激模型的构建要求。结论:成功建立了PC12细胞梯度应激损伤模型,在干预时间为12 h的情况下,干预浓度为0μmol/L、25μmol/L、50μmol/L、100μmol/L、150μmol/L、200μmol/L,使得细胞模型应激损伤程度梯度增加,可作为开展细胞应激损伤评估及调控实验的基础和对象。     

基于DPSIR-物元的吉林省旅游生态安全时空格局测度及障碍诊断

科学评价旅游地生态安全对实现区域旅游业可持续发展意义重大。基于旅游活动对生态环境系统的影响,针对吉林省旅游生态安全面临的问题,构建DPSIR旅游生态安全评价指标体系,运用物元模型、障碍因子诊断模型,分析吉林省各市(州)2010—2019年旅游生态安全时空格局变化特征及其影响因素,并诊断其障碍因子。结果表明：(1)2019年大部分市(州)旅游生态安全为向Ⅴ级安全转化等级,主要集中在中东部地区,2010—2019年空间差异逐渐缩小;(2)响应系统旅游生态安全等级明显提升,状态系统旅游生态安全等级小幅提升但等级仍较低水平,说明各地政府管理效能有所提升,但生态环境较为脆弱;(3)森林覆盖率、城市日供水能力等为各市(州)旅游生态安全水平提升的主要障碍因子;受地形、气候等原因的影响,各地区前5位的障碍因子有明显差异;从DPSIR角度分析,状态系统已成为制约吉林省旅游生态安全水平提升的主要障碍因素。对吉林省而言,旅游生态安全整体水平较为一致,根据不同地区限制性因素,针对性制定发展策略,缩小地区差异,保证吉林省旅游生态安全协调稳定发展。     

基于生物学核心问题的“鸟类”一节教学探究

从“鸟类为什么善于飞行”这个核心问题出发,组织学生在猜想的基础上设计、完善实验方案并实施实验。通过探究、观察以及利用学具模拟实验,分小组对鸟类适应飞行的结构展开系列研究。在习得知识的同时学会研究问题的方法,促进生物学学科核心素养的形成。     

溃疡性结肠炎与湿热证溃疡性结肠炎大鼠模型的比较研究

目的 建立适用于评价抗湿热证溃疡性结肠炎中药复方及新药研发药效的动物模型,并探讨普通溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)与湿热证UC的区别与联系.方法 随机将24只SD大鼠分为空白对照组、UC组、UC+DH组,每组8只.除空白组外,UC组接受5％DSS诱导,而UC+DH组大鼠先后接受"高脂高糖饮食...     

骨重建逆转期细胞事件及偶联因子再归类

骨重建是由基本多细胞单位（basic multicellular units, BMUs）进行的维持骨体积、微观结构的细胞活动,包括三个在时间和空间上高度协调的过程：骨吸收期、逆转期和骨形成期。BMUs逆转期发生的细胞事件在时间上是吸收期与形成期的短暂连接,在功能上偶联骨吸收的关闭和骨形成的启动,是骨质疏松症等疾病发生的病理生理基础。依据骨重建模型重新归类逆转期纷繁复杂的细胞分泌或基质偶联因子,可为骨重建障碍的疾病如骨质疏松等,提供符合偶联规律的药物治疗周期和靶点。     

基于三温模型的南宁市蒸散量估算及其影响因素

蒸散发是水文能量循环和气候系统的关键要素.研究蒸散发的时空变化特征及其响应气候、土地利用的变化规律,对理解城市流域水循环和生态过程效应具有重要意义.本研究基于三温模型和MODIS影像,估算并分析2001-2018年南宁市的蒸散量时空演变特征,并探讨了主要气候要素、土地利用类型对蒸散量的影响规律和驱动模式.结果表明:20...     

亚热带河口养殖塘沉积物有机碳矿化及其影响因子

亚热带河口的养殖塘是温室气体二氧化碳(CO2)的重要排放源,但其沉积物有机碳矿化动力学特征目前尚未厘清.以我国东南沿海亚热带闽江、木兰溪以及九龙江河口区的6个凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)养殖塘为研究对象,对沉积物取样,并进行为期60 d的室内厌氧培养,对养殖塘沉积物CO2累积产量曲线利用一阶动力学模型...     

基于鼠脑海马位置细胞与Q学习面向目标导航

生理学实验表明在鼠脑海马结构中存在的一种具有特异性放电特征的细胞,它在大鼠空间导航和环境认知中起着关键性作用,该特异性神经元被称之为位置细胞。本文将基于位置细胞、运动神经元来构建一种前馈神经网络模型,采用Q学习算法实现大鼠面向目标导航任务。实验结果表明该前馈神经网络模型能快速实现大鼠面向目标导航任务。     

基于肿瘤免疫微环境鉴定IDH突变型弥漫性胶质瘤的预后标志物

异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变存在于大多数低级别胶质细胞瘤中,免疫逃逸是肿瘤标志性特征之一,免疫治疗在胶质瘤的治疗中的作用越来越重要。利用生信手段分析TCGA、CGGA、GEO数据集中IDH突变胶质瘤的770个免疫相关基因及其临床相关数据,从而获得每个患者的免疫风险评分(IMRS);结合IMRS和临床信息,筛选出6个差异表达基因(TRAF3、ATG10、BID、TAB1、MAP3K1、RPS6)组成IMRS模型并生成诺莫图对患者预后进行评估,发现低风险组患者的总生存期(OS)较高风险组均明显延长。此外,签名相关免疫细胞浸润分析发现肿瘤相关巨噬细胞浸润评分(TAM)与肿瘤相关T细胞浸润评分(TIS)呈明显的负相关,表明高IMRS富集了促肿瘤免疫浸润,而低IMRS则富集了相对较多的抗肿瘤免疫浸润。