我国不同基因型水痘-带状疱疹病毒流行毒株gE基因序列分析

为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒(VZV)病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株gE基因序列。于2010年12月至2011年6月期间,收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市4个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂片,共计18份。用单个核苷酸多态性(SNP)谱的方法确定病毒株的基因型。然后采用聚合酶链反应(PCR)方法扩增gE基因的全长片段,并进行测序分析。SNP分析显示18个病毒株的基因型共为4种,其中有7株属于clade2遗传支,1株属于clade3遗传支,4株为clade5遗传支。另有6株病毒兼有不同遗传支的特征,按照目前国际通用的分型方法不能归属于任何明确的遗传支。对不同病毒株gE基因序列分析,除了发现3个国外已有报道的1个同义突变(T660C)和2个反义突变(C119T、C1606A),还发现了3个新的反义突变(C56T、C1109T和C917A)和4个同义突变(C54T、T1075C、T816C和G279A)。首次在我国新疆自治区发现了clade5遗传支的VZV,在长春市还发现了目前尚未能分型的6株病毒。对部分病毒株gE基因序列分析,在gE的e1和c1抗原表位的编码区内中检出1个新型反义突变(C917A),需要进一步研究该突变对该病毒免疫原性和致病性的影响。     

云南萝芙木pnae基因全长克隆及其序列分析

根据已知的其他物种PNAE酶cDNA序列设计引物,采用RT-PCR技术从云南萝芙木叶片中扩增获得pnae基因部分cDNA序列即PNAE酶基因中间大片段,再用RACE技术获得其两端序列。序列拼接得到完整的1 004 bp的PNAE酶基因,根据获得的序列,分析得到795 bp的开放阅读框,编码264个氨基酸。序列分析显示,云南萝芙木中PNAE酶氨基酸序列与蛇根木中的该酶氨基酸序列同源性高达90%,但和其他植物物种中的PNAE酶氨基酸序列,以及其他物种间的PNAE酶氨基酸序列同源性都不高,在40%-60%之间,表明不同物种中PNAE酶氨基酸序列不具有全序列的高度同源性。进一步序列分析发现,在各植物的PNAE酶氨基酸序列中都存在两个高度保守的氨基酸区域,表明不同物种中PNAE酶存在共同的高度保守区段。     

全雌系苦瓜ACC氧化酶基因cDNA克隆及序列分析

为研究1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶(ACC氧化酶,ACO)基因在苦瓜性别分化中的作用,以全雌系苦瓜‘X-Hei-d-d’花蕾为试材,采用RT-PCR和RACE技术获得了ACC氧化酶基因(Mc-ACO1)的全长cDNA序列。该序列为1 137 bp(GenBank登录号:FJ459813),其完整开放阅读框长1 005 bp,编码334个氨基酸,预测分子量为37.30 kD,肽链N端缺失ACOs家族典型的1个保守区和2个保守二价铁离子/抗坏血酸依赖型双加氧酶氨基酸残基。序列分析表明,植物ACO基因的演化与其来源植物亲缘关系的一致性较高;与其他物种相比,苦瓜Mc-ACO1不同的氨基酸序列主要表现在肽链N端;苦瓜Mc-ACO1应属于黄瓜Cs-ACO2类成员,功能可能与性别分化相关。     

基于叶绿体DNA atpB-rbcL区序列探讨石蒜属种间系统发育关系

摘要：为了探讨石蒜属（Lycoris Herb.）的种间系统发育关系,对石蒜属95个材料包括15种、4变种及2个人工杂种的叶绿体 DNA atpB-rbcL间隔区进行了测序,结合花部形态和核型特征,探讨了石蒜属种间系统关系及其可能的杂交起源,结果表明：在系统发育树上亲缘关系近的材料聚在一起,其中矮小石蒜（L. radiata var. pumila）和换锦花（L. sprengeri）与2个人工杂交种（Hybrid 1、Hybrid 2）、麦秆石蒜（L. straminea）、江苏石蒜（L. houdyshelii）、短蕊石蒜（L. caldwellii）和乳白石蒜（L. albiflora）具有密切的亲缘关系。atpB-rbcL序列揭示的石蒜属种间关系与染色体核型的分类结果部分一致,主要表现在具有近端部着丝粒(A)染色体的种与具有中部(M)和端部(T)着丝粒染色体的种各成一支,与形态和染色体分类结果一致;不同之处在于具有中部、端部和近端部着丝粒染色体的种分散在两个主要分支内,进一步验证了具有中部、端部和近端部3种着丝粒类型染色体组的石蒜如麦秆石蒜、江苏石蒜、短蕊石蒜和乳白石蒜等是杂交起源的假设,结合2个人工杂交种分析,揭示了短蕊石蒜和乳白石蒜的近端部着丝粒染色体来源于换锦花;麦秆石蒜和江苏石蒜近端部着丝粒染色体来源于矮小石蒜。     

A large-scale gene discovery for the red palm weevil Rhynchophorus ferrugineus （Coleoptera： Curculionidae）

The red palm weevil （RPW; Rhynchophorusferrugineus） is a devastating pest of palms, prevalent in the Middle East as well as many other regions of the world. Here, we report a large-scale de novo complementary DNA （cDNA） sequencing effort that acquired ~5 million reads and assembled them into 26 765 contigs from 12 libraries made from samples of different RPW developmental stages based on the Roche/454 GS FLX platform. We annotated these contigs based on the publically available known insect genes and the Tribolium castaneum genome assembly. We find that over 80% of coding sequences （CDS） from the RPW contigs have high-identity homologs to known proteins with complete CDS. Gene expression analysis shows that the pupa and larval stages have the highest and lowest expression levels, respectively. In addition, we also identified more than 60 000 single nucleotide polymorphisms and 1 200 simple sequence repeat markers. This study provides the first large-scale eDNA dataset for RPW, a much-needed resource for future molecular studies.     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究

目的通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法从GenBank中已报道的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与GenBank中七种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其他啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列,其碱基组成A、T、C、G分别为40.5%、24.5%、18.7%、16.3%,与其他七种啮齿类动物的碱基含量相比,各碱基含量基本相似。NJ进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。     

陕西省烟草灰霉病病原及云芝多糖对其防治研究

采用形态学观察和分子鉴定方法对2011年在陕西省发生的一种烟草未知病害的病原菌进行鉴定。从病叶组织分离纯化得到病原菌,通过致病性测定以及人工接种后再分离病菌,证明编号LJL007的菌株为该病的致病菌。依据病原菌的形态学和培养特征,将菌株LJL007鉴定为灰葡萄孢Botrytis cinerea Pers.,其有性型为富氏葡萄孢盘菌Botryotinia fuckeliana Whetzel。通过核糖体DNAITS序列分析,分离菌株LJL007序列(登录号:HM17900)与富氏葡萄孢盘菌序列(登录号:HM849615)同源性达100%,进一步证明该病原菌是灰葡萄孢Botrytis cinerea。云芝多糖在离体条件下,对灰葡萄孢的菌丝生长和孢子萌发均无直接抑制作用。云芝多糖对烟草灰霉病有较好预防保护作用,其预防效果可达56.29%。云芝多糖可显著提高烟草体内几丁质酶和β-1,3-葡聚糖酶活性,其活性峰值分别比对照提高56.89%和429.83%,说明云芝多糖可诱导植物产生抗病性。     

Formaldehyde induces toxic effects and regulates the expression of damage response genes in BM-MSCs

In this study, we assessed the toxic effects of formaldehyde （FA） on mouse bone marrow mesenchymai stem cells （BM- MSCs）. Cytotoxicity was measured by using MTT assay. DNA strand breakage was detected by standard alkaline comet assay and comet assay modified with proteinase K （PK）. DNA-protein crosslinks （DPCs） were detected by KCI-SDS precipitation assay. We found that FA at a con- centration from 75 to 200 μM inhibited cell survival and induced DPCs over 125 μM. The PK-modified comet assay showed that FA-induced DNA strand breakage was increased in a dose-dependent manner from 75 to 200 μM. On the other hand, standard alkaline comet assay showed that DNA strand breakage was decreased with FA concen- tration over 125 μM. We confirmed by using Pearson cor- relation that there was a negative linear correlation between DPCs and survival rate （r = -0.987, P 〈 0.01） and positive linear relationships between DPCs and （i） sister chromatid exchange and （ii） micronucleus （r = 0.995, P〈 0.01; r = 0.968, P〈 0.01）. DNA damage RTz profiler polymerase chain reaction array was used to investigate the changes in the expression of damage response genes. Xpa and Xpc of the nucleotide excision repair pathway and Brca2, Rad51, and Xrcc2 of the homologous recombination pathway were all up-regulated in both 75 and 125 μM FA. However, the same genes were down-regulated with 175 μM FA. The expressions of Chekl and Husl, which are involved in cell cycle regulation, were altered in the same manner with 75, 125, and 175 μM FA. These results indicated that Xpa, Xpc, Brca2, Rad51, Xrcc2, Chekl, and Husl were essential for the BM-MSCs to counteract the effects of FA.     

3.0T磁共振多序列成像对鉴别胰头癌与胰头肿块型慢性胰腺炎的应用价值

目的：探讨磁共振多序列成像对鉴别胰头癌与胰头肿块型慢性胰腺炎的临床价值及意义。方法：对已确诊的16例胰头癌患者和5例胰头肿块型慢性胰腺炎患者的磁共振多序列成像MR进行回顾性分析。主要征象包括：①肿块信号及形态学特点;②胰管及胆管扩张情况;③动态增强的特征;④胰周及大血管受累情况;⑤邻近器官受累与淋巴结肿大情况。检查方法包括：平扫T1WI＋FST2WI＋FS,MRCP,3D—VIBE动态增强扫描。结果：1）肿块形态信号异常：胰头癌与胰头肿块型胰头慢性胰腺炎的信号有较多重叠,在TlwI上均表现为相对低信号,T2WI表现为不均匀稍高、相等或低信号。2）胰管与胆管的异常：胰头癌表现为胰管扩张至肿块处突然截断12例,胆总管突然截断10例,“双管征”10例。胰头肿块型慢性胰腺炎胰管扩张3例,2例为串珠样扩张,扩张的胰管可贯通病灶区,胆总管5例均扩张,远端呈短锥形狭窄3例,鼠尾样狭窄2例。3）3D—VIBE强化特征分析结果：随着时间的延长胰头癌强化程度和强化百分率较胰头肿块型慢性胰腺炎明显减低。4）胰周大血管受累情况：胰头癌肿块与血管分界不清者8例,部分包绕血管6例完全包绕血管6例;胰头肿块型慢性胰腺炎1例与血管分界不清,1例部分被包绕。5）邻近器官受累与淋巴结肿大情况：胰头癌有7例淋巴结肿大主要分布在胰周及腹主动脉旁,胰头肿块型慢性胰腺炎,未见明显肿大淋巴结,有四例肾周筋膜增厚,两例肾前筋膜增厚。结论：磁共振多序列成像的联合使用及征象分析,有助于鉴别胰头癌与胰头肿块型慢性胰腺炎。     

Positive Selection of CAG Repeats of the ATXN2 Gene in Chinese Ethnic Groups

The ataxin-2 （ATXN2） gene is located on human chromo-some 12q24.1. In normal individuals, the coding region in exon 1 of this gene has fewer than 31 CAG repeats （Yu et al., 2005： Laffita-Mesa et al., 2012）. However, an abnormal expansion of CAG trinucleotide repeats results in the aggre-gation of polyglutamine （polyQ）, which causes spinocer-ebellar ataxia type 2 （SCA2） （Pulst et al., 1996）. The expanded alleles have more than 32 repeats in the affected individuals, and generally there is an inverse correlation between CAG repeat length and age of onset （Pulst et al., 1996）. SCA2 is an autosomal dominant inheritance neurodegenerative disease, whose major clinical feature is progressive cerebellar ataxia. Atrophies of the brainstem and frontal lobe have been frequently detected by magnetic resonance imaging （MRI） （Yamamoto-Watanabe et al., 2010）. This disease has the strong effect on sensory and motor control.