特有植物多样性分布格局测度方法的新进展

特有植物是生物多样性保护的重要对象,对其分布格局的研究可以为生物多样性优先保护区的确定提供重要参考.研究人员利用多种测度和分析方法,在不同地理区域对特有现象的分布格局开展了大量研究.随着分子系统学方法的不断完善及一些空间统计分析方法的引入,新的生物多样性测度方法应运而生.本文介绍了生物多样性测度方法的类型及其特点、应用现状与前景.这些测度方法的发展经历了从单一的时间或空间格局到时空格局统一的过程,具体涉及物种丰富度、谱系多样性、进化特异性以及这3种测度方法整合空间分布加权的算法.其中,谱系多样性指数(phylogenetic diversity)、谱系特有性指数(phylogenetic endemism)以及空间加权的进化特异性指数(biogeographically weighted evolutionary distinctiveness)尤其值得关注.中国特有植物分布格局的研究需要在以下4个方面进一步开展工作:(1)完善特有物种的分布格局研究;(2)加强物种的测序工作,完善谱系多样性格局的分析;(3)结合系统发育信息,揭示谱系多样性及进化历史的分布格局,进而深入开展物种p多样性和谱系p多样性的研究;(4)加强物种分布区变化的模拟,在时间维度上探讨特有现象的变化格局,为生物多样性保护提供更完善的理论支持.     

牦牛CAPN2基因的电子克隆及生物信息学分析

目的:对牦牛CAPN2基因进行电子克隆和序列分析,以期为进一步研究牦牛该基因与其肉质性状相关性以及基因结构和表达奠定理论基础。方法:利用人的CAPNA2基因cDNA序列为探针,在EST数据库进行同源性筛选,运用CAP3进行拼接得到完整序列并结合生物信息学进行序列分析。结果:牦牛CAPN2基因全长3 200bp,包含一个2 103bp的开放阅读框,共编码700个氨基酸;牦牛CAPN2的核苷酸序列与普通牛、羊、马、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99%、97%、90%、87%、85%、79%、90%。经聚类分析,牦牛首先与普通牛聚在一起,然后与羊、猪聚为一类;人与小鼠聚为一类;这两类相聚为一大类后,再依次与马、鸡相聚,其结果与以往的生物学分类结果一致。牦牛CAPN2基因编码蛋白的分子式为C3569H5503N255O1082S26,相对分子质量为79 935.2,理论等电点PI为4.86。结论:牦牛与普通牛、羊、马、猪、小鼠、鸡、人在CAPN2基因的编码序列具有较高有一致性。该基因编码的蛋白为位于细胞质中的水溶性蛋白。     

Genome-wide analysis of Nilaparvata lugens nymphal responses to high-density and low-quality rice hosts

The brown planthopper （BPH） Nilaparvata lugens is an economically impor- tant pest on rice plants. In this study, the higher population density and yellow-ripe stage of rice plants were used to construct adverse survival conditions （ASC） against BPH nymphs. Simultaneously, the low population density and tillering stage of rice plants were used to establish a suitable survival condition （SSC） as a control. Solexa/Illumina sequencing was used to identify genes of BPH nymphs responding to ASC. Significantly longer duration development of BPH nymphs and significantly lower brachypterous ratio of BPH adults were observed by ASC compared with SSC. A total of 2 544 differentially expressed genes （DEGs） were obtained and analyzed by BLASTx, Gene Ontology and KEGG Orthology. Gene ontology analysis revealed that the DEGs were mainly involved in categories of cell, cell part, cellular process, binding, catalytic, organelle and metabolic processes. 1138 DEGs having enzyme commission numbers were assigned to different metabolic pathways. The largest clusters were neurodegenerative diseases （137, 12.0%）, followed by carbohy- drate metabolism （113, 9.9%）, amino acid metabolism （94, 8.3%）, nucleotide metabolism （76, 6.7%）, energy metabolism （64, 5.6%）, translation （60, 5.3%）, lipid metabolism （58, 5.1%）, and folding, sorting and degradation （52, 4.6%）. Expressing profile of 11 DEGs during eight nymphal developmental stages of BPH were analyzed by quantitative real- time polymerase chain reaction. The 11 genes exhibited differential expression between ASC and SSC during at least one developmental stage. The DEGs identified in this study provide molecular proof of how BPH reconfigures its gene expression profile to adapt to overcrowding and low-quality hosts.     

耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌OXA基因检测及同源性分析

目的 了解台州地区碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、碳青霉烯酶基因型以及同源性.方法 63株碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌经VITEK2 Compact进行细菌鉴定及药敏分析,用K-B法复核药敏结果,采用多重PCR扩增分析碳青霉烯酶的基因型;采用脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分析其同源性.结果 63株菌株为多重耐药菌株,除多粘菌素、阿米卡星、头孢哌酮/舒巴坦外,对其他常用抗生素的耐药率均在70％以上.63株菌株检测出OXA-51基因60株(95.2％),OXA-23基因58株(92.1％),两个基因同时存在的有58株(92.1％).PFGE结果显示碳青霉烯类鲍曼不动杆菌主要分为5个克隆型,其中A、B两个为主型.结论 产OXA酶是台州地区耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的主要耐药机制之一,其中OXA-23是主要的基因型.     

大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌对三种氨基糖苷类抗生素的耐药性分析

【摘 要】 目的 评价庆大霉素、妥布霉素及阿米卡星三种氨基糖苷类抗生素（AGs）对大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的体外抗菌活性。方法 对902株大肠埃希菌和404株肺炎克雷伯菌,采用VITEK-2全自动微生物分析仪配套的AST-GN13药敏卡进行庆大霉素、妥布霉素及阿米卡星的体外药敏试验。结果 大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）菌株检出率分别为40.8％和36.6％;产ESBLs的大肠埃希菌对庆大霉素、妥布霉素及阿米卡星的敏感率分别为42.4%、39.1%和96.5%,与非产ESBLs菌株比较,敏感率差异均有统计学意义（P<0.01）;产ESBLs的肺炎克雷伯菌对庆大霉素、妥布霉素及阿米卡星的敏感率分别为64.2%、62.8%和91.9%,与非产ESBLs菌株比较,敏感率差异均有统计学意义（P<0.01）;阿米卡星对产与非产ESBLs的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌均高度敏感,敏感率均在91%以上。结论 本地区大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌产ESBLs菌株流行严重,ESBLs的产生可使大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌对AGs的耐药情况加重,提示ESBLs和AGs引起的耐药可能存在一定的相关性。     

ICU病区大肠埃希菌中qnr基因的分布与耐药性的研究

目的调查温州医科大学附属第一医院ICU病区分离的大肠埃希菌基因的分布以及与耐药谱的关系,并初步探讨其在分子流行病学中的作用。方法收集2012年1-9月ICU病区分离的大肠埃希菌76株进行qnr基因检测,并通过DNA直接测序确定;分析qnr基因在ICU病区分离的大肠埃希菌的分布及其与耐药性的关系。结果根据PCR产物片段大小及测序分析,76株大肠埃希菌中共有qm基因阳性菌株46株,阳性率为60. 5% ;对阳性菌株进行DNA测序、BLAST比对,其中25株为qnrB基因,17株为qnrS基因阳性,12株基因阳性,未检测到qwC和qnrD基因。在46株qnr基因阳性菌株中有38株为产ESBL菌株,而在qnr阴性菌株中仅有5株ESBL阳性。结论该院ICU分离大肠埃希菌qnr基因携带严重,呈现出多重耐药性,多伴随呈现为产ESBL菌株。     

青海湖裸鲤三磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆和表达特性

目的开展青海湖裸鲤基础生物学特征和适应低氧、低温、高盐度的分子机理的研究,揭示青海湖裸鲤的基本生命活动规律,为该鱼种的资源保护和人工增殖放流提供理论依据。方法通过RT—PCR和RACE技术,得到了青海湖裸鲤三磷酸甘油醛脱氢酶（Gp—GAPDH）两种旁系同源体的完整编码序列,分别命名为Gp-GAPDHα（JX287372）和Gp-CAPDHβ（JX287373）。通过半定量RT-PCR分析白．GAPDHa和Gp-GAPDHβ在不同的组织和胚胎发育不同阶段的表达量。结果Gp—GAPDH两种异形体蛋白质序列的同源性为72％,所编码的氨基酸序列与其他物种具有较高的相似度。两种旁系同源体基因在不同组织和胚胎发育不同阶段表达水平各有所不同,其中Gp—GAPDHα在胚胎发育不同阶段的表达量存在极为显著的差异。结论在青海湖裸鲤胚胎发育研究中,Gp-GAPDHα不适合作为参照基因使用,两者的功能则需要做进一步研究。     

从猕猴肝脏组织扩增黄嘌呤脱氢酶／氧化酶基因片段

RT-PCR扩增猕猴黄嘌呤脱氢酶／氧化酶（XDH／XO）基因片段,为进一步开展相关研究提供实验资料。方法提取猕猴新鲜肝脏组织总RNA,用RT-PCR二步法进行XDH／XO基因片段扩增,对获得的目的片段进行序列测定,与GenBank上发表的人类（Homosapiens）、小鼠（Musmusculus）、家鼠（Rattusnorvegicus）、野猪（Susscrofa）等物种XDH／XO基因进行该序列同源性比对分析,DNAMAN软件预测该段核苷酸的氨基酸序列,Inter-ProScan及SWISS-MODEL工具进行XDH／XO的编码蛋白结构域及功能预测及三维结构构建。结果RT-PCR产物电泳检测得到了与设计大小相一致的目的条带,序列测定共测到683个核苷酸,DNAMAN软件预测该段核苷酸的氨基酸序列包括了1个编码53个氨基酸的开放阅读框（ORF）,通过该软件包中Multiplealignment对目的基因片段的核苷酸序列与NCBI报道的人类、小鼠、家鼠、野猪XDH／XO基因mRNA互补的cDNA核苷酸序列同源性进行同源性比较分析,结果显示所扩增得到的目的片段与人类同源性最高,为95．6％,与小鼠、家鼠、野猪的同源性分别为85．2％、84．3％、86．1％,说明获得的基因片段是猕猴的XDH／XO基因片段,且该基因在物种间具有较高的相似性。生物信息学预测该段XDH／XO编码蛋白含有醛氧化／脱氢酶的钼喋呤结合点结构域及黄嘌呤脱氢酶结构域。结论在体外成功扩增出猕猴XDH／XO基因片段,为进一步开展高尿酸血症致病机理研究,抗高尿酸血症新药研发奠定工作基础。     

鲍曼不动杆菌耐消毒剂基因检测

目的 了解深圳市人医院鲍曼不动杆菌抗季铵盐类消毒剂基因的检出率及基因型特点.方法 收集深圳市人民医院临床标本中分离鲍曼不动杆菌67株,PCR检测分离株的qacA/B、qacE△1、qacC、qacG和qacJ 5种抗季铵盐类消毒剂基因.结果 67株鲍曼不动杆菌中qacE△l基因阳性42株(62.6％),qacA/B与qacG基因各有一菌株阳性,未检测出qacC或qacJ基因阳性菌株.结论 深圳市人医院鲍曼不动杆菌中抗季铵盐类消毒剂基因检出率较高,主要为qacE△1型.     

胎次、性别对成年小鼠海马齿状回神经发生及学习记忆的影响

目的探讨胎次、性别是否对成年小鼠海马齿状回神经发生及学习记忆产生影响。方法运用Morris水迷宫系统检测第1～3胎成年小鼠的学习记忆能力,腹腔注射BrdU,标记神经干细胞,检测不同胎次、性别小鼠海马齿状回中的神经发生的差异。结果 （1）在同性别、不同胎次成年小鼠间,第2胎的学习记忆能力（LMA）均显著地高于第1、3胎的,其影响规律为LMA2〉LMA1〉LMA3,且P〈0.05;在同胎次、不同性别成年小鼠间,雌性小鼠的LMA均高于雄性小鼠的,但其差异无显著性（P〉0.05）。（2）在同性别、不同胎次成年小鼠间,第2胎海马DG新生神经细胞的数量（N）均高于第1、3胎的,其影响规律分别为NF2〉NF3〉NF1和NM2〉NM1〉NM3,但其差异无显著性（P〉0.05）;在同胎次、不同性别成年小鼠间,雌性小鼠的N均高于雄性小鼠的,但其差异无显著性（P〉0.05）。结论胎次、性别对实验动物神经发生及学习记忆等方面产生的影响是肯定的。因此,在使用实验动物时,应予以充分考虑,尽量使用胎次、性别相同的。